Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 606 cluster # 606       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_606#0 length = 613 sequences # 1  
consensus_606#1 length = 611 sequences # 1  

consensusID : consensus_606#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 613
fasta sequence
                              [ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCAAATTTATAATCAATCAGGTCCTTTAAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAGACTAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCAATTGGATTTAAACTTAATTTAGAAAAAGATTATCCAACGACGATCGATGGAAAAGCAAATGAACAATGTCTCAAATCCAATGGAAGTTCACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGATATCAACAATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTCCAATCTATTTCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAAGTTTCCGATGTCTTTGATCATTATTCAACGGGTGTTTTTGATGTACCTGGTTGTCCAACTCATCGAAATATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACTGATTTTTGGAAAGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAAATTAANAGAAAATGAAATATGTGT]

[+] EMBL CA755279             [ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCAAATTTATAATCAATCAGGTCCTTTAAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAGACTAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCAATTGGATTTAAACTTAATTTAGAAAAAGATTATCCAACGACGATCGATGGAAAAGCAAATGAACAATGTCTCAAATCCAATGGAAGTTCACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGATATCAACAATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTCCAATCTATTTCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAAGTTTCCGATGTCTTTGATCATTATTCAACGGGTGTTTTTGATGTACCTGGTTGTCCAACTCATCGAAATATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACTGATTTTTGGAAAGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAAATTAANAGAAAATGAAATATGTGT]


>consensus_606#0 ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCA AATTTATAATCAATCAGGTCCTTTAAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAGAC TAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCAATTGGATT TAAACTTAATTTAGAAAAAGATTATCCAACGACGATCGATGGAAAAGCAAATGAACAATG TCTCAAATCCAATGGAAGTTCACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGATATCAACA ATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTCCAATCTA TTTCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAAGTTTCCGA TGTCTTTGATCATTATTCAACGGGTGTTTTTGATGTACCTGGTTGTCCAACTCATCGAAA TATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACTGATTTTTGGAA AGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAAATTAANAGAAA ATGAAATATGTGT



consensusID : consensus_606#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 611
fasta sequence
                              [TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCTGATTTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAGACTAATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGGATCTAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCACGAATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAATATCAACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGGCCATCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAACGTTCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCCACTCACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACTGATTTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCCCAGTAATTGGTTAGATCAAGGTTTCTCAAAGTGACATCACCCGAAA]

[+] EMBL CA755278             [TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCTGATTTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAGACTAATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGGATCTAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCACGAATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAATATCAACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGGCCATCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAACGTTCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCCACTCACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACTGATTTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCCCAGTAATTGGTTAGATCAAGGTTTCTCAAAGTGACATCACCCGAAA]


>consensus_606#1 TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCTGAT TTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAGACT AATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGGATC TAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCACGA ATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAATATC AACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGGCCA TCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAACGT TCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCCACT CACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACTGAT TTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCCCAGTAATTGGTTAGATCAAGGTTTCTCAAAGTGAC ATCACCCGAAA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_606#0      ACATTGTGGTTCTTGTTATGCTTTTGCTATGGTTGGTGCTTTAGAAAAAACTTATGCTCA 60
consensus_606#1      ---TGGTGCCGAATGCTATGCTATTGCTATGCATGCCGGTTTCAAATGAATTTATGCTCT 57
                        * ***     ** ****** ********  **  * ***  **  ** ******** 

consensus_606#0      AATTTATAATCAATCAGGTCCTTT--AAGTCCACAACAATTAGTTGATTGTTCAACAGAG 118
consensus_606#1      GATTTATAAAACATACTGTACTTGTAGAGACCTCTACAAACACGTGGCTTTTCTTCTGAG 117
                      ********   **   ** ***    ** ** * ****  *  **  * ***  * ***

consensus_606#0      ACTAATGGTTGTGATGGAGGATCTTTTATTGGATCTTTTAATTATATTCAATCA-ATTGG 177
consensus_606#1      ACTAATGGATGTGATGGAAGATCTTTTATTGGACCTTTAAACTATATTCCATCATATTGG 177
                     ******** ********* ************** **** ** ******* **** *****

consensus_606#0      ATTTAAACTTAATTTAGAAA-AAGATTATCCAACGACGATCG-ATGGAAAAGCAAATGAA 235
consensus_606#1      ATCTAAACTTAAGTGATAAATAGGATTATCCTATTACAATCGCATGAAAGAGCAAATGCA 237
                     ** ********* * * *** * ******** *  ** **** *** ** ******** *

consensus_606#0      C-AATGTCTCAAATCCAATGGAAGTT-CACTTTCATTTAATTCAACATTTCAACTTAGAT 293
consensus_606#1      CGAATGTCTCACATCCTATGGAAGTTGCACTTTCATTTAACTTTACACTTCTGCTTAAAT 297
                     * ********* **** ********* ************* *  *** ***  **** **

consensus_606#0      ATCAACAATTACCATCTGAAGATGAACAATTTATGAAAAAAGTTATTTATGAACAAGGTC 353
consensus_606#1      ATCAACAATGACCATCTGAATATGCATCTCCTAATGAAGAACATATTTATTGACAAAGGG 357
                     ********* ********** *** *     **   ** **  *******  **** *  

consensus_606#0      CAATCTATT-TCTCATTTAATTGTGGAAAAAGAGAAGGAAATGATACAATTCTAAGAAAA 412
consensus_606#1      CCATCTATCCTCTCATTTAATTGTGAAAAAAGAGAAGGAAATGATACAACTCTAAGAAAA 417
                     * ******  *************** *********************** **********

consensus_606#0      GTTTCCGATGT-CTTTGATCATTATTCAACGGGTG--TTTTTGATGTACCTGGTTGTCCA 469
consensus_606#1      CGTTCCGATGTGCTTTGATCCTTATTCCCCGCTCCGTTTTTTGATGTACCTGGCCGTTCC 477
                       ********* ******** ******  **      ****************  ** * 

consensus_606#0      ACTCATCGAAATATGAATCATGCTCTTGTCATTGTTGGTTACGGAAATGAAAATGGAACT 529
consensus_606#1      ACTCACCGAAAAATGGATTACCGCTCCAGCTCTGAAGGGGACGGTCCCGTAAAAGTAACT 537
                     ***** ***** *** ** *         *  **  **  ****    * *** * ****

consensus_606#0      GATTTTTGGAAAGTGAAAAATTCTTGNGGTGCTGATTGGGGAGATCAAGGTNTATCTCAA 589
consensus_606#1      GATTTTTGGTTAACGGAAAATCCTTGCC-CAGTAATTGGTTAGATCAAGGTT--TCTCAA 594
                     *********  *  * ***** ****      * *****  **********   ******

consensus_606#0      ATTAANAGAAAATGAAATATGTGT 613
consensus_606#1      AGTGACATCACCCGAAA------- 611
                     * * * *  *   ****       




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)