Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 6089 cluster # 6089       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6089#0 length = 2692 sequences # 3  

consensusID : consensus_6089#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2692
fasta sequence
                              [CCTCGGCCGCGACGGTTCCATCGCCCCTCTCATCTCTCTCGCTCTCTCCGGCGCGATGCGCCGCGCCGCCTGGATCTCGCCGCGCCATGGCCGCCGCCCGCTCTTCTCCTTTTGCGCCCGGCACAGCGACAATGACGGCCACGCGGATCACGTGAGTGAACTGGTGGCCGCCCTCAACTCTTCTCCCTCTCCATCCCCATTCTCTTCCTTTCCGGGTAGGCGGAGGCCTGTGACAACGATGGCCGCGCGGGCGAGCCGTCGAGGAGGCGGAGAATCACCAGATCTAGTAGGGCGGCGGCCCGATTCGGAGAGGAAGCAGCCCGATCTGTGACATTGGCTTCCATTTCCGGCCAGCGGTGGTCTCCAGGACGGCGGATGCCGCTGGATCTGATGGATGGTGGGCTCCTGGTTGGCTCCAATGCTCCATCATACCTCCCTATTTGCTTTCTTCAAAGGAGTCTGAGGTAGATGGTGGACCACTGATCTCCTCTCGTGCCCCTGTGTTCGTGCACACCACCTCCGCACCGACTTACCATGCATGCCGGCGTATGCGGAGGAGCCTAGGTGCCGGCTACGGTGAGCTTACACGAAGGGCATTGGTGGGTTCCCAGAGGGTGGTGGCATCTCCATCCCCACATGTCGCCGCCTTGCTGCCTGGCCCCGGTTGTCGGTCACAGCCTCCATGTCATCAGCCACTGTGACCAGGTTGCAACTCCACCACTCTTTCACCTAACGTGACCCACTAAGAAGCTCAGTTTGATGGCGATGAGGTTGCTTTGGTGTTGTAGCTGTCAATCTGGCTGGGCATTTCTTTCATGGGTTCATCTAAGATTCATCGTAGTGTGTGCTGATGACTTTAAATTACTAATGAGTTACTGCACAATATTATTTGTTTTCAAGTATAATAATTGATATATCTTTGTAGTTGAAGTACAAGTACGCTGATTTGTTCCAACAAAATATATCAATGTATAATACTTTTATGGATGATTCGATGATGCTTCATCCAAATGTAGTCATGCATATTATGTCAAAATAGACTGGCTTTGCACTTTTAGTTCGTTCATTACGAATAGCATCTTTTTTAATTATCATGTCCCTGAAGGTAGCGGATTCTATTAATCTATTAAACTAATTTATAATGAGCACGTTTGTAACTTGACATTAGCTGAATTTTTACATGCAGAACCTGAGGCTAAGCTTATGCACTAGCTGGTATGGTACTACTGCTACTGCGACCCTAAAAAAGCTAAACCATCTAGATCAGAACTCTATATTATTGTTAAAACCTAATGATCTGCATTACAGTGCTTTACTCTATTTTTTGGATGTGATTATTAAAGCTCGCTATGTGTCTGTTCTTTTTTGCAATGTATAAAATCAATTTATCTCAAAATTTGTTGCTGCTTTGATTCTATTTCAAGTTGCCTAATCTGCCCAACGTCAATCAGCTGTCACCTTACAATAGATTTCATTATTGCTTTGCAAATAATATTAGAAGGGCCAAAGAAAATGCGATGAATTTTTGCAAGATCAAATTTTGGCATTGTTGTCTGCTATATTAGTTGCTGATGAAAGAATTGTTATTTAATTTCACTTCTCTAATTCTTATAGGCTTTAGCTGATGTAGTGGTTTCAGTAGCAACATGATAGGCTTATGACTCCCTGAATCAGAACAAAGGAT-GCCAACATTGGTGTCCTCTTCTAGGAGGGGCAATGGCACCGCTGGCAACCAGCAACATACGTGATTGGTGCATTTTGTTTGGCTGACCATTGTATGTTGCCTCCTTAATTTGAGTTCACCATTTCATTATATATGTCGGAAGCGAAAATTTAGTTGATTGTTTATTAAACTATGTGCCTTGCATATATTAGTTTTATGATTTAGTTATTTGTGAACAAGAAATCTGTTGCAAGTTATAGCTAAAGATTGGTAGAGTCATAAAAGATTTAATTATCATGATATCATAGGCATTAGCTCTGAACATATTAAATATCATGATATCCACATCCCCACGATGTGCAACCCAATTTAACTCGATATAAAAAGATGATGTTTCATTGTTTTCTAATTTGCATTCAAGTAATGCCTATGATGTTTTGCAAATGTAACTGACTTATCCTTCACATGCTTCTCATGTTGTGCATTGGATGGCATGAAGTTGATATTGCAACTCACTTTGAATCTTCTACCTAATGCTTCTAATATTTATACCCATTTTTACTTAGCATGCGATGATTAGTTAGCGCTTAGACTAGCATATAAAAAGATTGACTTTTGATTGGGTCCTGATTCCTGAAGTTGGAGTTTTCTTTGAAATGACTAATGATATTATTTGCTCTTGCCATATAAGTGACTTTTCAGGACTCTTGATATATAATTATTTGTTTGGGACAATAAAGCTTCGGTTTAGGATGATGAGCTCTGCCCTGCAGCACTTCTCAAGCAGCTATGTAAAGTGGAAGCGATTAGACGTAGCAAATTATACGCCTCTTCCATTTGCACATCAACTAAAAGGCCCTTGCAGTGAATTCAAAGGGAAAAGGGGGCAATTGCTGCAAAGGCATCCAAACCACATTAGAATTTAACCATTTGTGATGTGTTCGTATGTATTCATCTAGCGGAACTGTTTCTATTCTATCACTGTAACACTACTATGTATTGTCTTCCCTTACACCATACATGTGCCAA]

[+] EMBL AK119268             [CCTCGGCCGCGACGGTTCCATCGCCCCTCTCATCTCTCTCGCTCTCTCCGGCGCGATGCGCCGCGCCGCCTGGATCTCGCCGCGCCATGGCCGCCGCCCGCTCTTCTCCTTTTGCGCCCGGCACAGCGACAATGACGGCCACGCGGATCACGTGAGTGAACTGGTGGCCGCCCTCAACTCTTCTCCCTCTCCATCCCCATTCTCTTCCTTTCCGGGTAGGCGGAGGCCTGTGACAACGATGGCCGCGCGGGCGAGCCGTCGAGGAGGCGGAGAATCACCAGATCTAGTAGGGCGGCGGCCCGATTCGGAGAGGAAGCAGCCCGATCTGTGACATTGGCTTCCATTTCCGGCCAGCGGTGGTCTCCAGGACGGCGGATGCCGCTGGATCTGATGGATGGTGGGCTCCTGGTTGGCTCCAATGCTCCATCATACCTCCCTATTTGCTTTCTTCAAAGGAGTCTGAGGTAGATGGTGGACCACTGATCTCCTCTCGTGCCCCTGTGTTCGTGCACACCACCTCCGCACCGACTTACCATGCATGCCGGCGTATGCGGAGGAGCCTAGGTGCCGGCTACGGTGAGCTTACACGAAGGGCATTGGTGGGTTCCCAGAGGGTGGTGGCATCTCCATCCCCACATGTCGCCGCCTTGCTGCCTGGCCCCGGTTGTCGGTCACAGCCTCCATGTCATCAGCCACTGTGACCAGGTTGCAACTCCACCACTCTTTCACCTAACGTGACCCACTAAGAAGCTCAGTTTGATGGCGATGAGGTTGCTTTGGTGTTGTAGCTGTCAATCTGGCTGGGCATTTCTTTCATGGGTTCATCTAAGATTCATCGTAGTGTGTGCTGATGACTTTAAATTACTAATGAGTTACTGCACAATATTATTTGTTTTCAAGTATAATAATTGATATATCTTTGTAGTTGAAGTACAAGTACGCTGATTTGTTCCAACAAAATATATCAATGTATAATACTTTTATGGATGATTCGATGATGCTTCATCCAAATGTAGTCATGCATATTATGTCAAAATAGACTGGCTTTGCACTTTTAGTTCGTTCATTACGAATAGCATCTTTTTTAATTATCATGTCCCTGAAGGTAGCGGATTCTATTAATCTATTAAACTAATTTATAATGAGCACGTTTGTAACTTGACATTAGCTGAATTTTTACATGCAGAACCTGAGGCTAAGCTTATGCACTAGCTGGTATGGTACTACTGCTACTGCGACCCTAAAAAAGCTAAACCATCTAGATCAGAACTCTATATTATTGTTAAAACCTAATGATCTGCATTACAGTGCTTTACTCTATTTTTTGGATGTGATTATTAAAGCTCGCTATGTGTCTGTTCTTTTTTGCAATGTATAAAATCAATTTATCTCAAAATTTGTTGCTGCTTTGATTCTATTTCAAGTTGCCTAATCTGCCCAACGTCAATCAGCTGTCACCTTACAATAGATTTCATTATTGCTTTGCAAATAATATTAGAAGGGCCAAAGAAAATGCGATGAATTTTTGCAAGATCAAATTTTGGCATTGTTGTCTGCTATATTAGTTGCTGATGAAAGAATTGTTATTTAATTTCACTTCTCTAATTCTTATAGGCTTTAGCTGATGTAGTGGTTTCAGTAGCAACATGATAGGCTTATGACTCCCTGAATCAGAACAAAGGAT GCCAACATTGGTGTCCTCTTCTAGGAGGGGCAATGGCACCGCTGGCAACCAGCAACATACGCGATTGGTGCATTTTGTTTGGCTGACCATTGTATGTTGCCTCCTTAATTTGAGTTCACCATTTCATTATATATGTCGGAAGCGAAAATTTAGTTGATTGTTTATTAAACTATGTGCCTTGCATATATTAGTTTTATGATTTAGTTATTTGTGAACAAGAAATCTGTTGCAAGTTATAGCTAAAGATTGGTAGAGTCATAAAAGATTTAATTATCATGATATCATAGGCATTAGCTCTGAACATATTAAATATCATGATATCCACATCCCCACGATGTGCAACCCAATTTAACTCGATATAAAAAGATGATGTTTCATTGTTTTCTAATTTGCATTCAAGTAATGCCTATGATGTTTTGCAAATGTAACTGACTTATCCTTCACATGCTTCTCATGTTGTGCATTGGATGGCATGAAGTTGATATTGCAACTCACTTTGAATCTTCTACCTAATGCTTCTAATATTTATACCCATTTTTACTTAGCATGCGATGATTAGTTAGCGCTTAGACTAGCATATAAAAAGATTGACTTTTGATTGGGTCCTGATTCCTGAAGTTGGAGTTTTCTTTGAAATGACTAATGATATTATTTGCTCTTGCCATATAAGTGACTTTTCAGGACTCTTGATATATAATTATTTGTTTGGGACAATAAAGCTTCGGTTTAGGATGATGAGCTCTGCCCTGCAGCACTTCTCAAGCAGCTATGTAAAGTGGAAGCGATTAGACGTAGCAAATTATACGCCTCTTCCATTTGCACATCAACTAAAAGGCCCTTGCAGTGAATTCAAAGGGAAAAGGGGGCAATTGCTGCAAAGGCATCCAAACCACATTAGAATTTAACCATTTGTGATGTGTTCGTATGTATTCATCTAGCGGAACTGTTTCTATTCTATCACTGTAACACTACTATGTATTGTCTTCCCTTACACCATACATGTGCCAA]
[+] EMBL CF303695             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGAGGCTAAGCTTATGCACTAGCTGGTATGGTACTACTGCTACTGCGACCCTAAAAAAGCTAAACCATCTAGATCAGAACTCTATATTATTGTTAAAACCTAATGATCTGCATTACAGTGCTTTACTCTATTTTTTGGATGTGATTATTAAAGCTCGCTATGTGTCTGTTCTTTTTTGCAATGTATAAAATCAATTTATCTCAAAATTTGTTGCTGCTTTGATTCTATTTCAAGTTGCCTAATCTGCCCAACGTCAATCAGCTGTCACCTTACAATAGATTTCATTATTGCTTTGCAAATAATATTAGAAGGGCCAAAGAAAATGCGATGAATTTTTGCAAGATCAAATTTTGGCATTGTTGTCTGCTATATTAGTTGCTGATGAAAGAATTGTTATTTAATTTCACTTCTCTAATTCTTATAGGCTTTAGCTGATGTAGTGGTTTCAGTAGCAACATGATAGGCTTATGACTCCCTGAATCAGAACAAAGGATNGCCAACATTGGTGTCCTCTTCTAGGAGGGGCAATGGCACCGCTGGCAACCAGCAACATACGTGATTGGTGCATTTTGTTTGGCTGACCATTGTATGTTGCCTCCTTAATTTGAGTTCACCATTTCATTATATATGTCGGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CF303870             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGAGGCTAAGCTTATGCACTAGCTGGTATGGTACTACTGCTACTGCGACCCTAAAAAAGCTAAACCATCTAGATCAGAACTCTATATTATTGTTAAAACCTAATGATCTGCATTACAGTGCTTTACTCTATTTTTTGGATGTGATTATTAAAGCTCGCTATGTGTCTGTTCTTTTTTGCAATGTATAAAATCAATTTATCTCAAAATTTGTTGCTGCTTTGATTCTATTTCAAGTTGCCTAATCTGCCCAACGTCAATCAGCTGTCACCTTACAATAGATTTCATTATTGCTTTGCAAATAATATTAGAAGGGCCAAAGAAAATGCGATGAATTTTTGCAAGATCAAATTTTGGCATTGTTGTCTGCTATATTAGTTGCTGATGAAAGAATTGTTATTTAATTTCACTTCTCTAATTCTTATAGGCTTTAGCTGATGTAGTGGTTTCAGTAGCAACATGATAGGCTTATGACTCCCTGAATCAGAACAAAGGAT GCCAACATTGGTGTCCTCTTCTAGGAGGGGCAATGGCACCGCTGGCAACCAGCAACATACGTGATTGGTGCATTTTGTTTGGCTGACCATTGTATGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]


>consensus_6089#0 CCTCGGCCGCGACGGTTCCATCGCCCCTCTCATCTCTCTCGCTCTCTCCGGCGCGATGCG CCGCGCCGCCTGGATCTCGCCGCGCCATGGCCGCCGCCCGCTCTTCTCCTTTTGCGCCCG GCACAGCGACAATGACGGCCACGCGGATCACGTGAGTGAACTGGTGGCCGCCCTCAACTC TTCTCCCTCTCCATCCCCATTCTCTTCCTTTCCGGGTAGGCGGAGGCCTGTGACAACGAT GGCCGCGCGGGCGAGCCGTCGAGGAGGCGGAGAATCACCAGATCTAGTAGGGCGGCGGCC CGATTCGGAGAGGAAGCAGCCCGATCTGTGACATTGGCTTCCATTTCCGGCCAGCGGTGG TCTCCAGGACGGCGGATGCCGCTGGATCTGATGGATGGTGGGCTCCTGGTTGGCTCCAAT GCTCCATCATACCTCCCTATTTGCTTTCTTCAAAGGAGTCTGAGGTAGATGGTGGACCAC TGATCTCCTCTCGTGCCCCTGTGTTCGTGCACACCACCTCCGCACCGACTTACCATGCAT GCCGGCGTATGCGGAGGAGCCTAGGTGCCGGCTACGGTGAGCTTACACGAAGGGCATTGG TGGGTTCCCAGAGGGTGGTGGCATCTCCATCCCCACATGTCGCCGCCTTGCTGCCTGGCC CCGGTTGTCGGTCACAGCCTCCATGTCATCAGCCACTGTGACCAGGTTGCAACTCCACCA CTCTTTCACCTAACGTGACCCACTAAGAAGCTCAGTTTGATGGCGATGAGGTTGCTTTGG TGTTGTAGCTGTCAATCTGGCTGGGCATTTCTTTCATGGGTTCATCTAAGATTCATCGTA GTGTGTGCTGATGACTTTAAATTACTAATGAGTTACTGCACAATATTATTTGTTTTCAAG TATAATAATTGATATATCTTTGTAGTTGAAGTACAAGTACGCTGATTTGTTCCAACAAAA TATATCAATGTATAATACTTTTATGGATGATTCGATGATGCTTCATCCAAATGTAGTCAT GCATATTATGTCAAAATAGACTGGCTTTGCACTTTTAGTTCGTTCATTACGAATAGCATC TTTTTTAATTATCATGTCCCTGAAGGTAGCGGATTCTATTAATCTATTAAACTAATTTAT AATGAGCACGTTTGTAACTTGACATTAGCTGAATTTTTACATGCAGAACCTGAGGCTAAG CTTATGCACTAGCTGGTATGGTACTACTGCTACTGCGACCCTAAAAAAGCTAAACCATCT AGATCAGAACTCTATATTATTGTTAAAACCTAATGATCTGCATTACAGTGCTTTACTCTA TTTTTTGGATGTGATTATTAAAGCTCGCTATGTGTCTGTTCTTTTTTGCAATGTATAAAA TCAATTTATCTCAAAATTTGTTGCTGCTTTGATTCTATTTCAAGTTGCCTAATCTGCCCA ACGTCAATCAGCTGTCACCTTACAATAGATTTCATTATTGCTTTGCAAATAATATTAGAA GGGCCAAAGAAAATGCGATGAATTTTTGCAAGATCAAATTTTGGCATTGTTGTCTGCTAT ATTAGTTGCTGATGAAAGAATTGTTATTTAATTTCACTTCTCTAATTCTTATAGGCTTTA GCTGATGTAGTGGTTTCAGTAGCAACATGATAGGCTTATGACTCCCTGAATCAGAACAAA GGATGCCAACATTGGTGTCCTCTTCTAGGAGGGGCAATGGCACCGCTGGCAACCAGCAAC ATACGTGATTGGTGCATTTTGTTTGGCTGACCATTGTATGTTGCCTCCTTAATTTGAGTT CACCATTTCATTATATATGTCGGAAGCGAAAATTTAGTTGATTGTTTATTAAACTATGTG CCTTGCATATATTAGTTTTATGATTTAGTTATTTGTGAACAAGAAATCTGTTGCAAGTTA TAGCTAAAGATTGGTAGAGTCATAAAAGATTTAATTATCATGATATCATAGGCATTAGCT CTGAACATATTAAATATCATGATATCCACATCCCCACGATGTGCAACCCAATTTAACTCG ATATAAAAAGATGATGTTTCATTGTTTTCTAATTTGCATTCAAGTAATGCCTATGATGTT TTGCAAATGTAACTGACTTATCCTTCACATGCTTCTCATGTTGTGCATTGGATGGCATGA AGTTGATATTGCAACTCACTTTGAATCTTCTACCTAATGCTTCTAATATTTATACCCATT TTTACTTAGCATGCGATGATTAGTTAGCGCTTAGACTAGCATATAAAAAGATTGACTTTT GATTGGGTCCTGATTCCTGAAGTTGGAGTTTTCTTTGAAATGACTAATGATATTATTTGC TCTTGCCATATAAGTGACTTTTCAGGACTCTTGATATATAATTATTTGTTTGGGACAATA AAGCTTCGGTTTAGGATGATGAGCTCTGCCCTGCAGCACTTCTCAAGCAGCTATGTAAAG TGGAAGCGATTAGACGTAGCAAATTATACGCCTCTTCCATTTGCACATCAACTAAAAGGC CCTTGCAGTGAATTCAAAGGGAAAAGGGGGCAATTGCTGCAAAGGCATCCAAACCACATT AGAATTTAACCATTTGTGATGTGTTCGTATGTATTCATCTAGCGGAACTGTTTCTATTCT ATCACTGTAACACTACTATGTATTGTCTTCCCTTACACCATACATGTGCCAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)