Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 6241 cluster # 6241       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6241#0 length = 1748 sequences # 4  

consensusID : consensus_6241#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1748
fasta sequence
                              [CCTTTGAACACGGATTCTCGGACATGTGAAGATGTTATCACTGAGCTTGGGTACCCTTTTGAGGCTATAAAAGTTGTTACTTCAGATGGATATGCCCTACTGCTGGAGAGAATTCCAAGGCGTGATTCACAGAAGGTGGTATTGCTGCAACATGGAATACTGGACTCATCAATGGGTTGGGTATCGAATGGTGTTGTTGGCTCACCTGCATTTGCAGCATATGATCAAGGTTATGATGTTTTTCTTGGAAATCTGCGTGGTTTAGTCTCCAGGGAGCATGTTGATAAAAATATTTCTTCCTACAAGTACTGGAAATATTCTGTTAATGAACATGGAACCAAAGATATGCCAGCAATTGTTGAAGAAATTCACAAGATTAAAACTTCAGAACTTGGCAAAAGTAGACCTCACATAAGTGAGGAAACAGAAGATCAAAACGATAAGATAAAAAATTTGGAAGTGCAGGCTTCACAGGACGATGAAAGAGACAATCAACCATACAAGCTTTGTGCTGTCTGCCACAGCTTGGGTGGTGCGGTGATGTTAATGTATGTGGTGACATCAAGGATTGCGCAGAAGCCCCACAGGTTATCAAGATTGGTCTTGCTATCTCCTGCTGGCTTTCATGAGGATTCTAATGTGGTGTTCAGCATGGTAGAAAAGCTCATTTTGTTTGTTGGACCAGTACTAGCTCCATTTATACCTGGCCTTTACATACCAACACGTTTCTTCCGGATGCTACTGAACAAATTGGCCAGGGATTTCAACAACTATCCAGCTTTGGGCGGCCTTGTCCAAACTCTTATGGGCTATGTAGTTGGCGGTGACAGTTCAAATTGGGTGGGAGTGCTCGGCTTGCCACACTACAACATGGATGACATGCCTGGTGTATCATTCCATGTTGCACTTCACCTTGCACAAATAAAGAGGGCAAAAAGGTTCCAAATGTATGACTATGGAAGTCCAGTAGCAAATATGGAAGCATATGGAACACCAGAACCCTTGGACCTGGGAGCTCATTATGGTCTGATTGACATCCCAGTAGATTTAGTCGCTGGGCAAAGAGACAGAGTTATCTCACCATCCATGGTAAAGAAGCACTATAAGCTGATGCGCAAGGCTGGTGTAGAGGTTTCCTACAATGAATTCGAGTACGCCCACTTGGATTTCACATTCTCCCATAGGGAGGAGCTTTTGTCCTATGTTATGTCCCGCCTGCTCTTAGTGTCTGACCCAGGTAAAGGCCGCATCAAGCAGACTAGTGTCCGCCTTAGAAAGCTGAAGAAAGCTCAGTCAGAAATTGAGAATGACTCTGACAGCAAGGAGCACAATGGCATAGATAATGTGGTTACAGATGAGCAAAATGGGCATGTGCATGCTGC-GTGATGTGATCATGTGGAATATGCTGAACA-TTTGTTGTTAGTTTGTGAATAGAACACGTGCTGCCTCTGGCATATACCTTCTGCAACATGTAGAAGATGTGAGGATGGATAGAGCCCAGTTCTTTCTAGCAGTAGTTGTGTTGATGGGGATTGTTTTTTATGTATCCCTGTAGGAGAACAAGACAAGTATATGTAATACATGAATAGTGGCTATAGTGTTGTTCATATATATCAAGAACTGACAGGGAGAAGCTACCGGTGTTAAGGATGTAGATTTTTGCACTTAACGCGTGCTTTCGTGTGTTCGCGTTTTGTTTTTGCTCTTCCTGTGAAGAGGTGATCGAAATGCAGTTTCTTAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK064554             [CCTTTGAACACGGATTCTCGGACATGTGAAGATGTTATCACTGAGCTTGGGTACCCTTTTGAGGCTATAAAAGTTGTTACTTCAGATGGATATGCCCTACTGCTGGAGAGAATTCCAAGGCGTGATTCACAGAAGGTGGTATTGCTGCAACATGGAATACTGGACTCATCAATGGGTTGGGTATCGAATGGTGTTGTTGGCTCACCTGCATTTGCAGCATATGATCAAGGTTATGATGTTTTTCTTGGAAATCTGCGTGGTTTAGTCTCCAGGGAGCATGTTGATAAAAATATTTCTTCCTACAAGTACTGGAAATATTCTGTTAATGAACATGGAACCAAAGATATGCCAGCAATTGTTGAAGAAATTCACAAGATTAAAACTTCAGAACTTGGCAAAAGTAGACCTCACATAAGTGAGGAAACAGAAGATCAAAACGATAAGATAAAAAATTTGGAAGTGCAGGCTTCACAGGACGATGAAAGAGACAATCAACCATACAAGCTTTGTGCTGTCTGCCACAGCTTGGGTGGTGCGGTGATGTTAATGTATGTGGTGACATCAAGGATTGCGCAGAAGCCCCACAGGTTATCAAGATTGGTCTTGCTATCTCCTGCTGGCTTTCATGAGGATTCTAATGTGGTGTTCAGCATGGTAGAAAAGCTCATTTTGTTTGTTGGACCAGTACTAGCTCCATTTATACCTGGCCTTTACATACCAACACGTTTCTTCCGGATGCTACTGAACAAATTGGCCAGGGATTTCAACAACTATCCAGCTTTGGGCGGCCTTGTCCAAACTCTTATGGGCTATGTAGTTGGCGGTGACAGTTCAAATTGGGTGGGAGTGCTCGGCTTGCCACACTACAACATGGATGACATGCCTGGTGTATCATTCCATGTTGCACTTCACCTTGCACAAATAAAGAGGGCAAAAAGGTTCCAAATGTATGACTATGGAAGTCCAGTAGCAAATATGGAAGCATATGGAACACCAGAACCCTTGGACCTGGGAGCTCATTATGGTCTGATTGACATCCCAGTAGATTTAGTCGCTGGGCAAAGAGACAGAGTTATCTCACCATCCATGGTAAAGAAGCACTATAAGCTGATGCGCAAGGCTGGTGTAGAGGTTTCCTACAATGAATTCGAGTACGCCCACTTGGATTTCACATTCTCCCATAGGGAGGAGCTTTTGTCCTATGTTATGTCCCGCCTGCTCTTAGTGTCTGACCCAGGTAAAGGCCGCATCAAGCAGACTAGTGTCCGCCTTAGAAAGCTGAAGAAAGCTCAGTCAGAAATTGAGAATGACTCTGACAGCAAGGAGCACAATGGCATAGATAATGTGGTTACAGATGAGCAAAATGGGCATGTGCATGCTGC GTGATGTGATCATGTGGAATATGCTGAACA TTTGTTGTTAGTTTGTGAATAGAACACGTGCTGCCTCTGGCATATACCTTCTGCAACATGTAGAAGATGTGAGGATGGATAGAGCCCAGTTCTTTCTAGCAGTAGTTGTGTTGATGGGGATTGTTTTTTATGTATCCCTGTAGGAGAACAAGACAAGTATATGTAATACATGAATAGTGGCTATAGTGTTGTTCATATATATCAAGAAC                                                                                                                               ]
[-] EMBL CB673674             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCATATGGAACACCAGAACCCTTGGACCTGGGAGCTCATTATGGTTTGATTGACATCCCAGTAGATTTAGTCGCTGGGCAAAGAGACAGAGTTATTTCCCCATCCATGGTAAAGAAGCCCTATAAGCTGATGCGCAAGGCTGGTGTAGAGGTTTCCTACAATGAATTTGAGTTCGCCCCCTTGGATTTCACATTTTCCCATAGGGGGGAGGTTTTGTCCTATGTTATGTCCCGCCTGCTTTTAGTGTTTGACCCAGGTAAAGGCCGCATCAAGCAGACTAGTGTCCCCCTTAGAAAGCTGAAGAAAGCTCAGTCAGAAATTGAGAATGATTTTGACAGCAAGGAGCCCAATGGCATAGATAATGTGGTTACAGATGAGCAAAATGGGCATGTGCATGCTGC GTGATGTGATCATGTGGAATATGCTGAACA TTTGTTGTTAGTTTGTGAATAGAACCCGTGCTGCCTTTGGCATATCCCTTTTGCAACATGTAGAAGATGTGAGGATGGATAGAGCCCAGTTTTTTTTAGCAGTAGTTGTGTTGATGGGGATTGTTTTTTATGTATCCCTGTAGGAGAACAAGACAAGTATATGTAATACATGAATAGTGGGTATAGTGTTGTTCATATATATCAAGAACT                                                                                                                              ]
[+] EMBL OSA417533            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGTGTCCGCCTTAGAAAGCTGAAGAAAGCTCAGTCAGAGATTGAGAATGACTCTGACAGCAAGGAGCACAATGGCATAGATAATGTGGTTACAGATGAGCAAAATGGGCATGTGCATGCTGC GTGATGTGATCATGTGGAATATGCTGAACA TTTGTTGTTAGTTTGTGAATAGAACACGTGCTGCCTCTGGCATATACCTTCTGCAACATGTAGAAGATGTGAGGATGGATAGAGCCCAGTTCTTTCTAGCAGTAGTTGTGTTGATGGGGATTGTTTTTTATGTATCCCTGTAGGAGAACAAGACAAGTATATGTAATACATGAATAGTGGCTATAGTGTTGTTCATATATATCAAGAACTGACAGGGAGAAGCTACCGGTGTTAAGGATGTAGATTTTTGCACTTA                                                                                ]
[+] EMBL BI813567             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGAGAATGACTCTGACACCAAGGAGCAC ATGGCATAGATAATGTGGTTACAGATGA CCAAATGGGCATGTGCGTGCTGCTGTGATGTGATCATGTGGAATATGCTGAACACTTTGTTGTTAGTTTGTGAATAGAACACGTGCTGCCTCTGGCATATACCTTCTGCAACATGTAGAAGATGTGAGGATGGATAGAGCCCAGTTCTTTCTAGCAGTAGTTGTGTTGATGGGGATTGTTTTTTATGTATCCCTGTAGGAGAACAGGACAAGTATATGTAATACATGAATAGTGGCTATAGTGTTGTTCATATATATCAAGAACTGACAGGGAGAAGCTACCGGTGTTAAGGATGTAGATTTTTGCACTTAACGCGTGCTTTCGTGTGTTCGCGTTTTGTTTTTGCTCTTCCTGTGAAGAGGTGATCGAAATGCAGTTTCTTAAAAAAAAA]


>consensus_6241#0 CCTTTGAACACGGATTCTCGGACATGTGAAGATGTTATCACTGAGCTTGGGTACCCTTTT GAGGCTATAAAAGTTGTTACTTCAGATGGATATGCCCTACTGCTGGAGAGAATTCCAAGG CGTGATTCACAGAAGGTGGTATTGCTGCAACATGGAATACTGGACTCATCAATGGGTTGG GTATCGAATGGTGTTGTTGGCTCACCTGCATTTGCAGCATATGATCAAGGTTATGATGTT TTTCTTGGAAATCTGCGTGGTTTAGTCTCCAGGGAGCATGTTGATAAAAATATTTCTTCC TACAAGTACTGGAAATATTCTGTTAATGAACATGGAACCAAAGATATGCCAGCAATTGTT GAAGAAATTCACAAGATTAAAACTTCAGAACTTGGCAAAAGTAGACCTCACATAAGTGAG GAAACAGAAGATCAAAACGATAAGATAAAAAATTTGGAAGTGCAGGCTTCACAGGACGAT GAAAGAGACAATCAACCATACAAGCTTTGTGCTGTCTGCCACAGCTTGGGTGGTGCGGTG ATGTTAATGTATGTGGTGACATCAAGGATTGCGCAGAAGCCCCACAGGTTATCAAGATTG GTCTTGCTATCTCCTGCTGGCTTTCATGAGGATTCTAATGTGGTGTTCAGCATGGTAGAA AAGCTCATTTTGTTTGTTGGACCAGTACTAGCTCCATTTATACCTGGCCTTTACATACCA ACACGTTTCTTCCGGATGCTACTGAACAAATTGGCCAGGGATTTCAACAACTATCCAGCT TTGGGCGGCCTTGTCCAAACTCTTATGGGCTATGTAGTTGGCGGTGACAGTTCAAATTGG GTGGGAGTGCTCGGCTTGCCACACTACAACATGGATGACATGCCTGGTGTATCATTCCAT GTTGCACTTCACCTTGCACAAATAAAGAGGGCAAAAAGGTTCCAAATGTATGACTATGGA AGTCCAGTAGCAAATATGGAAGCATATGGAACACCAGAACCCTTGGACCTGGGAGCTCAT TATGGTCTGATTGACATCCCAGTAGATTTAGTCGCTGGGCAAAGAGACAGAGTTATCTCA CCATCCATGGTAAAGAAGCACTATAAGCTGATGCGCAAGGCTGGTGTAGAGGTTTCCTAC AATGAATTCGAGTACGCCCACTTGGATTTCACATTCTCCCATAGGGAGGAGCTTTTGTCC TATGTTATGTCCCGCCTGCTCTTAGTGTCTGACCCAGGTAAAGGCCGCATCAAGCAGACT AGTGTCCGCCTTAGAAAGCTGAAGAAAGCTCAGTCAGAAATTGAGAATGACTCTGACAGC AAGGAGCACAATGGCATAGATAATGTGGTTACAGATGAGCAAAATGGGCATGTGCATGCT GCGTGATGTGATCATGTGGAATATGCTGAACATTTGTTGTTAGTTTGTGAATAGAACACG TGCTGCCTCTGGCATATACCTTCTGCAACATGTAGAAGATGTGAGGATGGATAGAGCCCA GTTCTTTCTAGCAGTAGTTGTGTTGATGGGGATTGTTTTTTATGTATCCCTGTAGGAGAA CAAGACAAGTATATGTAATACATGAATAGTGGCTATAGTGTTGTTCATATATATCAAGAA CTGACAGGGAGAAGCTACCGGTGTTAAGGATGTAGATTTTTGCACTTAACGCGTGCTTTC GTGTGTTCGCGTTTTGTTTTTGCTCTTCCTGTGAAGAGGTGATCGAAATGCAGTTTCTTA AAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)