cluster # 6467

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Oryza sativa
cluster # 6467 cluster # 6467 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6467#0 length = 758 sequences # 3

consensus_6467#1 length = 661 sequences # 1

consensusID : consensus_6467#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 758
fasta sequence

                              [TCTTTTTTTTTTATGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAATGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGTTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACGATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACC-TGCATTCATTTTTGCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCTTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGG-ACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGACAATATGTCCTGGTCGTACATATTCCTTCTGGCATTATCATCCTCGTAACAGTTGGTAAATTCTATCGGAAGGCTTTTCCCATCGTACACGGCCTTCTTTCGGGTGATGAGCTCTAAGACCACGATACCGAAACTGTAGACGTCACTCTTCAGTCTAAAATTGCCTGTTATCATATACACAGGATCTATGTAGCCCATGTCGGCACACACGCTTCGGTGCTTGGTTTTCAATACGGACTCTGATGACCCAAAATCTGAGACTTTAGGCATAAAGTTGTCGTCAAGGAGAATATTGGCAGGTTTGATATCACCATGAAAAATGCAGCGGCGGGAATGCGAGTGCATGTAAGTAAGAGCTTCCGCAGAGCCA]

[+] EMBL CB619380             [TCTTTTTTTTTTATGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAATGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGTTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACGATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACC TGCATTCATTTTTGCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCTTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGG ACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGACAATATGTCCTGGTCGTACATATTCCTTCTGGCATTATCATCCTCGTAACAGTTGGTAAATTCTATCGGAAGGCTTTTCCCATCGTACACGGCCTTCTTTCGGGTGATGAGCTCTAAGACCACGATACCGAAACTGTAGACGTCACTCTTCAGTCTAAAATTGCCTGTTATCATATACACAGGATCTATGTAGCCCATGTCGGCACACACGCTTCGGTGCTTGGTTTTCAATACGGACTCTGATGACCCAAAATCTGAGACTTTAGGCATAAAGTTGTCGTCAAGGAGAATATTGGCAGGTTTGATATCACCATGAAAAATGCA                                              ]
[-] EMBL C22611               [      TTTTTTATGCTGCTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAATGGTACACATACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCCAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGTTGGTCAACTCAAACCAACG  TCGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACGATACAAAGCGAAACTATCAACATACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTTGCATTCA TTTTCCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCTTGTCTATGTTGTATTCAAGGCACTGGNACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGACAATATGTCCTGGTCGTACATATTCCTTCTGGCATTATCATCCTCGTAACAGTTGGTAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CB619117             [                     AATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAATGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGTTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACGATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACC TGCATTCATTTTTGCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCTTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGG ACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGACAATATGTCCTGGTCGTACATATTCCTTCTGGCATTATCATCCTCGTAACAGTTGGTAAATTCTATCGGAAGGCTTTTCCCATCGTACACGGCCTTCTTTCGGGTGATGAGCTCTAAGACCACGATACCGAAACTGTAGACGTCACTCTTCAGTCTAAAATTGCCTGTTATCATATACACAGGATCTATGTAGCCCATGTCGGCACACACGCTTCGGTGCTTGGTTTTCAATACGGACTCTGATGACCCAAAATCTGAGACTTTAGGCATAAAGTTGTCGTCAAGGAGAATATTGGCAGGTTTGATATCACCATGAAAAATGCAGCGGCGGGAATGCGAGTGCATGTAAGTAAGAGCTTCCGCAGAGCCA]




>consensus_6467#0
TCTTTTTTTTTTATGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAAT
GGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGT
TGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACG
ATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTGCATTCATTTTTG
CTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCT
TGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGGACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCA
TGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGACAATATGTCCTGGTCGTACATATTCCTTCTGG
CATTATCATCCTCGTAACAGTTGGTAAATTCTATCGGAAGGCTTTTCCCATCGTACACGG
CCTTCTTTCGGGTGATGAGCTCTAAGACCACGATACCGAAACTGTAGACGTCACTCTTCA
GTCTAAAATTGCCTGTTATCATATACACAGGATCTATGTAGCCCATGTCGGCACACACGC
TTCGGTGCTTGGTTTTCAATACGGACTCTGATGACCCAAAATCTGAGACTTTAGGCATAA
AGTTGTCGTCAAGGAGAATATTGGCAGGTTTGATATCACCATGAAAAATGCAGCGGCGGG
AATGCGAGTGCATGTAAGTAAGAGCTTCCGCAGAGCCA

consensusID : consensus_6467#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 661
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTTGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAATGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGTTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACGATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTGCATTCATTTTTGCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCTTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGGACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGAAATATGTCCTGGGCGGACATATTCCTTCTGGCATTATCATCCTCGAACAGTTGGGAAATTCTTTCGGAAGGTTTTTCCCATGGAACACGGCCTTCTTTCGGGGGATGAACTTTTAAACCACCAAACCGAACTGGGAAACCCCACTCCTTAAATCAAAAATTGCCTGTTTCATAAACACCGGATTTTATTTGTCCCCTTGGGGGCCACACCCCTTCGGGGGCTGGGTTTTAAAATAGGGTCTTTAAAACACCAAAATTTGAAACTTTTGGGGT]

[+] EMBL CA759461             [TTTTTTTTTTTTTTTGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAATGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCGTTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGACGATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTGCATTCATTTTTGCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTCTTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGGACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCCATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGAAATATGTCCTGGGCGGACATATTCCTTCTGGCATTATCATCCTCGAACAGTTGGGAAATTCTTTCGGAAGGTTTTTCCCATGGAACACGGCCTTCTTTCGGGGGATGAACTTTTAAACCACCAAACCGAACTGGGAAACCCCACTCCTTAAATCAAAAATTGCCTGTTTCATAAACACCGGATTTTATTTGTCCCCTTGGGGGCCACACCCCTTCGGGGGCTGGGTTTTAAAATAGGGTCTTTAAAACACCAAAATTTGAAACTTTTGGGGT]




>consensus_6467#1
TTTTTTTTTTTTTTTGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAA
TGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCG
TTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGAC
GATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTGCATTCATTTTT
GCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTC
TTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGGACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCC
ATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGAAATATGTCCTGGGCGGACATATTCCTTCTGG
CATTATCATCCTCGAACAGTTGGGAAATTCTTTCGGAAGGTTTTTCCCATGGAACACGGC
CTTCTTTCGGGGGATGAACTTTTAAACCACCAAACCGAACTGGGAAACCCCACTCCTTAA
ATCAAAAATTGCCTGTTTCATAAACACCGGATTTTATTTGTCCCCTTGGGGGCCACACCC
CTTCGGGGGCTGGGTTTTAAAATAGGGTCTTTAAAACACCAAAATTTGAAACTTTTGGGG
T

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6467#0      -TCTTTTTTTTTTATGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAA 59
consensus_6467#1      TTTTTTTTTTTTTTTGCTACTTAATTTATTTTTGCTTTTAATTGCCACTTTGTTGGTAAA 60
                       * ********** **********************************************

consensus_6467#0      TGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCG 119
consensus_6467#1      TGGTACACACACTAATTAAAACGACACTTCCCCGCTAAAAAGATAAATTAAAATGACCCG 120
                      ************************************************************

consensus_6467#0      TTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGAC 179
consensus_6467#1      TTGGTCAACTGAAACCAACGTTTGGACATTTGCTGGGGGATATGATAATAAATTAACGAC 180
                      ************************************************************

consensus_6467#0      GATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTGCATTCATTTTT 239
consensus_6467#1      GATACAAAGCGAAACTATCAACGTACGGGTTGTCTGAACATCGGACCTGCATTCATTTTT 240
                      ************************************************************

consensus_6467#0      GCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTC 299
consensus_6467#1      GCTGCAACCTTTGCTCTCAATTGGATAAGCTCCTGTAGCGCCTCCGCCATAGTCGGCCTC 300
                      ************************************************************

consensus_6467#0      TTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGGACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCC 359
consensus_6467#1      TTGTCTATGTAGTATTCAAGGCACTGGACAGCAATGCCGGCCATTCTGTCGAGGCACTCC 360
                      ************************************************************

consensus_6467#0      ATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGACAATATGTCCTGGTCGTACATATTCCTTCTG 419
consensus_6467#1      ATGCAGTGAGGTTGTAGAGCCTCTGCAGA-AATATGTCCTGGGCGGACATATTCCTTCTG 419
                      ***************************** ************ ** **************

consensus_6467#0      GCATTATCATCCTCGTAACAGTTGGTAAATTCTATCGGAAGGCTTTTCCCATCGTACACG 479
consensus_6467#1      GCATTATCATCCTCG-AACAGTTGGGAAATTCTTTCGGAAGGTTTTTCCCATGGAACACG 478
                      *************** ********* ******* ******** ********* * *****

consensus_6467#0      GCCTTCTTTCGGGTGATGAGCTCTAAGACCACGATACCGAAACTGTAGACGTCACTCTTC 539
consensus_6467#1      GCCTTCTTTCGGGGGATGAACTTTTAAACCACCAAACCGAACTGGGAAACCCCACTCCTT 538
                      ************* ***** ** * * ***** * ******   * * **  ***** * 

consensus_6467#0      AG-TCTAAAATTGCCTGTTATCATATACACAGGATCTATGTAGCCCATGTCGG---CACA 595
consensus_6467#1      AAATCAAAAATTGCCTGTT-TCATAAACACCGGATTTTATTTGTCCCCTTGGGGGCCACA 597
                      *  ** ************* ***** **** **** *   * * **   * **   ****

consensus_6467#0      CACGCTTCGGTGCTTGGTTTTCAA-TACGGACTCTGATGACCCAAAATCTGAGACTTTAG 654
consensus_6467#1      CCCCTTCGGGGGCTGGGTTTTAAAATAGGGTCTTTAAAACACCAAAATTTGAAACTTTTG 657
                      * *  *  ** *** ****** ** ** ** ** * *    ******* *** ***** *

consensus_6467#0      GCATAAAGTTGTCGTCAAGGAGAATATTGGCAGGTTTGATATCACCATGAAAAATGCAGC 714
consensus_6467#1      GGGT-------------------------------------------------------- 661
                      *  *                                                        

consensus_6467#0      GGCGGGAATGCGAGTGCATGTAAGTAAGAGCTTCCGCAGAGCCA 758
consensus_6467#1      --------------------------------------------