cluster # 653

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Oryza sativa
cluster # 653 cluster # 653 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_653#0 length = 461 sequences # 1

consensus_653#1 length = 348 sequences # 1

consensusID : consensus_653#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 461
fasta sequence

                              [CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATGTTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTAAGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATTATGATAGTTATTTATTTATTTTATTAATGGTCAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATATTTATTATACTAGTATGTCTAGATTTATTGAACTATGATGTGTTATCTTCGAGTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGATTTGTAGTTATTTTTCTCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA]

[+] EMBL BI813264             [CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATGTTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTAAGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATTATGATAGTTATTTATTTATTTTATTAATGGTCAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATATTTATTATACTAGTATGTCTAGATTTATTGAACTATGATGTGTTATCTTCGAGTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGATTTGTAGTTATTTTTCTCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA]




>consensus_653#0
CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATG
TTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTA
AGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATTATGATAGTTATTTATTTATTTTATTAATGG
TCAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAGAG
GGAGTATATTTATTATACTAGTATGTCTAGATTTATTGAACTATGATGTGTTATCTTCGA
GTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTT
TAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGATTTGTAGTTATTTTTC
TCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA

consensusID : consensus_653#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 348
fasta sequence

                              [TGCTGCCAAGATGATTGACTGTGTGGATGCACACACAATGATGATATGAATAGAGTGAAGGATGATAAAAAGTGAAGATGGTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGTTGATTTATTTATTTTATTTAATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTAGATTTGATGTGAACTATGGATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG]

[+] EMBL BI810292             [TGCTGCCAAGATGATTGACTGTGTGGATGCACACACAATGATGATATGAATAGAGTGAAGGATGATAAAAAGTGAAGATGGTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGTTGATTTATTTATTTTATTTAATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTAGATTTGATGTGAACTATGGATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG]




>consensus_653#1
TGCTGCCAAGATGATTGACTGTGTGGATGCACACACAATGATGATATGAATAGAGTGAAG
GATGATAAAAAGTGAAGATGGTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGT
TGATTTATTTATTTTATTTAATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCT
AAAAATGCTTTTATTTTGGGACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTA
GATTTGATGTGAACTATGGATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGG
AGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_653#0      CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATG 60
consensus_653#1      -------------------------------------TGCTGCCAAGATGATTGACTGTG 23
                                                             *   *  **  * **** **

consensus_653#0      TTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTA 120
consensus_653#1      TGGATGCACACACAATGATGATATGA---ATAGAGTGAAGGATGATAAAAAGTGAAGATG 80
                     *    *    **  **  *  * ***   * *   *  *  *   *** *  * **  * 

consensus_653#0      AGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATT--ATGAT-AGTT-ATTTATTTATTTTATT- 175
consensus_653#1      -GTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGTTGATTTATTTATTTTATTT 139
                      * *** * ********************   ***** **** **************** 

consensus_653#0      AATGGTCAAA-GTTAAAAATGTTTGACTTGTCAC-TATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGG 233
consensus_653#1      AATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGG 199
                     ********** *********************** *************************

consensus_653#0      GACA--GAGGGAGTATATTTAT-TATACTAGTAT--GTCTAGATTTATTG--AACTATGA 286
consensus_653#1      GACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTAGATTTGATGTGAACTATGG 259
                     ****  **************** *********    **********  **  ******* 

consensus_653#0      T--GTGTTATCTTCGAGTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGT 344
consensus_653#1      ATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGT 319
                        ****************    *************************************

consensus_653#0      TGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGA 404
consensus_653#1      TGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG------------------------------- 348
                     *****************************                               

consensus_653#0      TTTGTAGTTATTTTTCTCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA 461
consensus_653#1      ---------------------------------------------------------