cluster # 6812

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 6812 cluster # 6812 Sequences # 4 consensus # 1
see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6812#0 length = 1684 sequences # 4
consensusID : consensus_6812#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1684
fasta sequence
                              [TTTCAAATCATCTCGCTTCACGGTGGTCGCTCGCAAGCCACACACGCACGCACCCCCACCACTCCTCCCATTCGAGACCCCGCGGGGCTCTGGATTGCTTGCTCGGAACCTGGGATGCACTGCCTCGCCTGCGCCGCTCCGGCCGCGCGCGCCCCGGGCAGTCGCGTCGGCGGCGGCGGCCGCCGGAGGATGGCTATCGAGTGCGCCGCCTCCTCCCCCTTCACCCGCGACGGCGAGGAAACGGCCCCGAGGTCAATGATGGAAACATATGGTGAAATGTCAAGTAAACCTGTATTGCTTGCGTCAAGGAGGAAGCTTGTTGCATTATCATCGTTTTGCTTTTGCTTACATTCTTCAAGGTACTTCTCAGCACTTGCTTTGGGTGATCCATCTGTTAAAATTGATGATGTCACTCCAAAGATTTTTCCATCTGGTCCACTGTTTCCAACTGAGAAACGGATCGCAGAGCTTTTTGAAACAAATACTTACTCTGTTGTCAACATTTTTGATGCAACTCTGCGCCCTCAGCTCAATGTAACTGGTGTTGTTGAGATTCCCGAAGGAAATGGTTCTGGCGTAGTTTGGGATGATTCCGGCCATATTGTTACAAACTACCATGTGGTTGGCAATGCCCTTTCAAAAAAACCAAAGCCTGGCGAAGTTGTTGCGCGTGTCAACATTCTTGCTGCTGATGGGATACAGAAAAATTTTGAAGGCAAATTGGTTGGTGCTGACCGTTCTAAAGATCTTGCTGTTCTCAAGGTGGATGCTCCTACAGATCTGTTGAAGCCAATTAACGTGGGACAATCTTCAGCTCTAAGAGTTGGTCAACAGTGTTTAGCAATTGGAAATCCATTTGGCTTTGACCATGCTCTAACTGTTGGTGTCATCAGTGGTTTAAATCGAGACATTTTCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCAGCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGTATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCGTCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCTGGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGATCTCTAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGGTGATGTCATTG-TTGCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGCGTTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCG-ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCA-ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTATGATGAAA]

[+] EMBL AK065850             [TTTCAAATCATCTCGCTTCACGGTGGTCGCTCGCAAGCCACACACGCACGCACCCCCACCACTCCTCCCATTCGAGACCCCGCGGGGCTCTGGATTGCTTGCTCGGAACCTGGGATGCACTGCCTCGCCTGCGCCGCTCCGGCCGCGCGCGCCCCGGGCAGTCGCGTCGGCGGCGGCGGCCGCCGGAGGATGGCTATCGAGTGCGCCGCCTCCTCCCCCTTCACCCGCGACGGCGAGGAAACGGCCCCGAGGTCAATGATGGAAACATATGGTGAAATGTCAAGTAAACCTGTATTGCTTGCGTCAAGGAGGAAGCTTGTTGCATTATCATCGTTTTGCTTTTGCTTACATTCTTCAAGGTACTTCTCAGCACTTGCTTTGGGTGATCCATCTGTTAAAATTGATGATGTCACTCCAAAGATTTTTCCATCTGGTCCACTGTTTCCAACTGAGAAACGGATCGCAGAGCTTTTTGAAACAAATACTTACTCTGTTGTCAACATTTTTGATGCAACTCTGCGCCCTCAGCTCAATGTAACTGGTGTTGTTGAGATTCCCGAAGGAAATGGTTCTGGCGTAGTTTGGGATGATTCCGGCCATATTGTTACAAACTACCATGTGGTTGGCAATGCCCTTTCAAAAAAACCAAAGCCTGGCGAAGTTGTTGCGCGTGTCAACATTCTTGCTGCTGATGGGATACAGAAAAATTTTGAAGGCAAATTGGTTGGTGCTGACCGTTCTAAAGATCTTGCTGTTCTCAAGGTGGATGCTCCTACAGATCTGTTGAAGCCAATTAACGTGGGACAATCTTCAGCTCTAAGAGTTGGTCAACAGTGTTTAGCAATTGGAAATCCATTTGGCTTTGACCATGCTCTAACTGTTGGTGTCATCAGTGGTTTAAATCGAGACATTTTCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCAGCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGTATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCGTCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCTGGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGATCTCTAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGGTGATGTCATTG TTGCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGCGTTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCG ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCCTCCA ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTATGATG   ]
[-] EMBL CB679186             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCAGCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGTATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCGTCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCTGGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGATCTATAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTACCATTGTTCTTGGTGATGTCATTG TTGCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGCTTATGGCGTTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAATCTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCCGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCGCATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTGGCTGAGCTGTTCATGCTTCCACACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTGTTAAATCCTAAAGCGAATGGATTCAGAACTCTCTCTCTGTGTCTGTCTCCTCTCAATGGAga                                                                  ]
[+] EMBL BI812220             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aagGGTCTTGTTCCTACCAGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGTTGATGTCATTGTTTCCCGTGGACGGTAAACCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGC TTGGAGACAAGGTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGC CTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAGGCAAGTATCTGATGTATTTCTA CAGTAAGTTGGCATCCCCG ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCA ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACT AAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTtaaaaaaaa]
[+] EMBL CA754160             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCG ATCTATTGCTTTTGTAAATATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCA ACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAAATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGTGCCTCAAaaaaaaaa                                                 ]




>consensus_6812#0
TTTCAAATCATCTCGCTTCACGGTGGTCGCTCGCAAGCCACACACGCACGCACCCCCACC
ACTCCTCCCATTCGAGACCCCGCGGGGCTCTGGATTGCTTGCTCGGAACCTGGGATGCAC
TGCCTCGCCTGCGCCGCTCCGGCCGCGCGCGCCCCGGGCAGTCGCGTCGGCGGCGGCGGC
CGCCGGAGGATGGCTATCGAGTGCGCCGCCTCCTCCCCCTTCACCCGCGACGGCGAGGAA
ACGGCCCCGAGGTCAATGATGGAAACATATGGTGAAATGTCAAGTAAACCTGTATTGCTT
GCGTCAAGGAGGAAGCTTGTTGCATTATCATCGTTTTGCTTTTGCTTACATTCTTCAAGG
TACTTCTCAGCACTTGCTTTGGGTGATCCATCTGTTAAAATTGATGATGTCACTCCAAAG
ATTTTTCCATCTGGTCCACTGTTTCCAACTGAGAAACGGATCGCAGAGCTTTTTGAAACA
AATACTTACTCTGTTGTCAACATTTTTGATGCAACTCTGCGCCCTCAGCTCAATGTAACT
GGTGTTGTTGAGATTCCCGAAGGAAATGGTTCTGGCGTAGTTTGGGATGATTCCGGCCAT
ATTGTTACAAACTACCATGTGGTTGGCAATGCCCTTTCAAAAAAACCAAAGCCTGGCGAA
GTTGTTGCGCGTGTCAACATTCTTGCTGCTGATGGGATACAGAAAAATTTTGAAGGCAAA
TTGGTTGGTGCTGACCGTTCTAAAGATCTTGCTGTTCTCAAGGTGGATGCTCCTACAGAT
CTGTTGAAGCCAATTAACGTGGGACAATCTTCAGCTCTAAGAGTTGGTCAACAGTGTTTA
GCAATTGGAAATCCATTTGGCTTTGACCATGCTCTAACTGTTGGTGTCATCAGTGGTTTA
AATCGAGACATTTTCAGTCAAGCTGGAGTAACAATTGGAGGTGGAATTCAAACAGATGCA
GCTATTAACCCTGGGAACAGTGGTGGTCCATTGCTGGATTCGAAGGGGCATATGATTGGT
ATTAATACAGCAATTTTCACACAGACAGGAACATCTGCTGGTGTTGGTTTTGCCATCCCG
TCATCAACTGTTCTGAAAATAGCTCCTCAGTTAATTCAGTTTGGAAAAGTTCGCCGTGCT
GGCTTGAATGTGGAGTTTGCTCCAGATCCAATCGCATATCAGCTTAATGTTCGCACTGGA
TCTCTAATATTGCAGGTTCCTGGGGGCAGTGCTGCAGCCAAAGCTGGTCTTGTTCCTACC
AGTAGGGGTTTTGCTGGTAACATTGTTCTTGGTGATGTCATTGTTGCCGTGGACGGTAAA
CCTATCAAAGGCAAATCTGATCTATCGAGGGTTCTGGATGATTATGGCGTTGGAGACAAG
GTGAGCTTGACAATCCAAAGAGGCGCTGAAACTCTGGAGGTAACCTTGCCTTTAGAAGAG
GCAAGTATCTGATGTATTTCTAGCAGTAAGTTGGCATCCCCGATCTATTGCTTTTGTAAA
TATCGCATTTGCTGAGCTGTTCATGCTTCCAACCTGAAGCCTTTTTCGTTTGTTTCTTAA
ATACTAAAACGAATCGATTCAGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCCATAGATGGT
GCCTCAATATACATCAGAGTTTCTGCTTATTATACGTCATAATCCTTTGAAGATTATGAT
GAAA
clustalw multiple alignements is not computed in this case