These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6920#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 270 fasta sequence [TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGAAATGGAATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA] [+] EMBL AU165045 [TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGAAATGGAATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA] [+] EMBL AU165080 [TATGTAATGGAACTTGTTTTGCTGTAGTAGGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAAaaa ] [-] EMBL AU078011 [ GGCTGGGATATGATGTGGCAATGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAGCCCTTAATTTCATGTAAGCTTCTTACATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAACTGGAA ] consensusID : consensus_6920#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 201 fasta sequence [TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAAAAA] [+] EMBL AU089653 [TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGCCTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTGAACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATGACATGATTAGAACTTGAAAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6920#0 TATGT-AATGGAA-CTTGTTTTGCTG-TAGTAGGCTGGG-ATATGATGT-GGCAATGG-C 54 consensus_6920#1 TATGTTAATGGAAACTTGTTTCGCCGGTATAAGGCTGGGGAAATGAAGTTGGCAATGGGC 60 ***** ******* ******* ** * ** ******** * **** ** ******** * consensus_6920#0 CTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCATATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTG 114 consensus_6920#1 CTCTAACTATTGCTGTTGTGTACATAAGCCTATGAATGCATGATTTGTAATGGTCGGGTG 120 ***************************** ****************************** consensus_6920#0 AGCCCTTAATTTCATGTAAGCAACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATG 174 consensus_6920#1 AACCCTTAATTTCCTGTTAGCCACTTAAATTGCAGTGTTAAAGAGTTTGGTAATGGAATG 180 * *********** *** *** ************************************** consensus_6920#0 ACATGATTAGAACTTGAACTGGAAGTATAAGTTGTCAAGAATTTGGAAATGTCATTTGGA 234 consensus_6920#1 ACATGATTAGAACTTGAAAAA--------------------------------------- 201 ****************** consensus_6920#0 AATGGAATGACATGATTAGAAGTTGATCTGGAAAAA 270 consensus_6920#1 ------------------------------------ |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||