Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 7036 cluster # 7036       Sequences # 4       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7036#0 length = 1137 sequences # 4  
consensusID : consensus_7036#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1137
fasta sequence 
                              [CTGCAGGACTTGGTCCCCAACACAAACAAGACAGACAGGGCAGCTATGCTAGACGAAATCCTTGATTATGTGAAGTTTCTTCGGCTTCAAGTAAAGGTTCTGAGTATGAGCAGGCTGGGTGGTGCTGGTGCAGTTGCGCAGCTGGTTGCTGATATTCCAATCTCAGTTAAGGGGGAGGCAAGTGACAGTGGGAGCAAACAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAACCGATGGCACAGAAAAGCAGGTAGCGAAGCTGA-TGGAAGAAGACATCGGAGCAGCAATGCAATTCCTCCAATCCAAAGCACTATGCATGATGCCAATCTCTCTTGCGATGGCGATCTATGACACACAGCATTCGCAGGACGGACACTCAGTGAAGCCTGAACCCAACACTCCTTCATAGTATAGTAACAATAACACTAGCATGCACACCTACTACTACTAGGCGTCGACCTATCCAAAGTGTAGGATATACTGGACATTTTGATTTGCTAACTGGAAAAGGCCTAAGGATCCTCTCCTCAAAGTAGTACCCATGGTATATGATGTCGTCTCCTCTTTTCTTCTTTTCTTCAAAGGTGCTTTGATTGCAAAGATATGGTAAGCGATGTTCTCATGCTCCTACATCTTTCAATGCCCCTATCGAGTGTGAGTGATGGGTAGAGCTACCAAAGAGTCTGGCATGCGCTCATATCATTTCCTTTTGGGTCTGTAGTGCACTAGCCATACACTTTGTGGTGGGGTCGGTCAGTCTTTTGGTAGTGGACGTTTGGACTAATGAAAAGAAGCTGATGTATGTGTGTTAAGTCTGCACAAATGGTTGACACAATTTAAAAGAATGTTCAGATGGAAGATGATGTTGACGGTGAATGGTGGTGCTATTTCTTGTCTATTTTTCCAAAGCGGCAACGGATGTTTTAGTCAATGGAGGCGAAGCGTGTATTAATCTGGTTGCTAGTGGGAGCGTGCTCCTTATGTGCTTTACTTTTCTGTCTGCAAGTCATAGTCTTGATAAGAACCTGCCCTCTTAAAGTTTTTAGCCTCTTGTATTATTGGTTCACTCATGAAACTATATATATCATCTGTGCTGACTTAACATGTGTTAAGGATTTGTACTGCCAAAAAAAAAAAAAAGGAA]

[+] EMBL AK066623             [CTGCAGGACTTGGTCCCCAACACAAACAAGACAGACAGGGCAGCTATGCTAGACGAAATCCTTGATTATGTGAAGTTTCTTCGGCTTCAAGTAAAGGTTCTGAGTATGAGCAGGCTGGGTGGTGCTGGTGCAGTTGCGCAGCTGGTTGCTGATATTCCAATCTCAGTTAAGGGGGAGGCAAGTGACAGTGGGAGCAAACAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAACCGATGGCACAGAAAAGCAGGTAGCGAAGCTGA TGGAAGAAGACATCGGAGCAGCAATGCAATTCCTCCAATCCAAAGCACTATGCATGATGCCAATCTCTCTTGCGATGGCGATCTATGACACACAGCATTCGCAGGACGGACACTCAGTGAAGCCTGAACCCAACACTCCTTCATAGTATAGTAACAATAACACTAGCATGCACACCTACTACTACTAGGCGTCGACCTATCCAAAGTGTAGGATATACTGGACATTTTGATTTGCTAACTGGAAAAGGCCTAAGGATCCTCTCCTCAAAGTAGTACCCATGGTATATGATGTCGTCTCCTCTTTTCTTCTTTTCTTCAAAGGTGCTTTGATTGCAAAGATATGGTAAGCGATGTTCTCATGCTCCTACATCTTTCAATGCCCCTATCGAGTGTGAGTGATGGGTAGAGCTACCAAAGAGTCTGGCATGCGCTCATATCATTTCCTTTTGGGTCTGTAGTGCACTAGCCATACACTTTGTGGTGGGGTCGGTCAGTCTTTTGGTAGTGGACGTTTGGACTAATGAAAAGAAGCTGATGTATGTGTGTTAAGTCTGCACAAATGGTTGACACAATTTAAAAGAATGTTCAGATGGAAGATGATGTTGACGGTGAATGGTGGTGCTATTTCTTGTCTATTTTTCCAAAGCGGCAACGGATGTTTTAGTCAATGGAGGCGAAGCGTGTATTAATCTGGTTGCTAGTGGGAGCGTGCTCCTTATGTGCTTTACTTTTCTGTCTGCAAGTCATAGTCTTGATAAGAACCTGCCCTCTTAAAGTTTTTAGCCTCTTGTATTATTGGTTCACTCATGAAACTATATATATCATCT                                                      ]
[+] EMBL OSR02291A            [                                                                                                                                                                                                                           TCAACCGATGGCACAGAAAAGCAGGTAGCGAAG TGANTGGAAGAAGACATCGGAGCAGCAATGCAATTCCTCCAATCCAAAGCACTATGCATGATGCCAATCTCTCTTGCGATGGCGATCTATGACACACAGCATTCGCAGGACGGACACTCAGTGAAGCCTGAACCCAACACTCCTTCATAGTATAGTAACAATAACACTAGCATGCACACCTACTACTACTAGGCGTCGACCTATCCAAAGTGTAGGATATACTGGACATTTTGATTTGCTAACTGGAAAAGGCCTAAGGATCCTCTCCTCAAAGTAGTACCCATGGTATATGATGTCGTCTCCTCTTTTCTTCTTTTCTTCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CB670934             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTAACAATAACACTAGCATGCACACCTATTACTATTAGGCGTCGACCTATCCAAAGTGTAGGATATACTGGACATTTTGATTTGCTAACTGGAAAAGGCCTAAGGATCCTCTCCTCAAAGTAGTACCCATGGTATATGAGGTCGTCTCCTCTTTTCTTCTTTTCTTCAAAGGTGCTTTGATTGCAAAGATATGGTAAGGGATGTTTTCATGCTCCTACATCTTTCAATGCCCCTATCGAGTGTGAGTGATGGGTAGAGCTACCAAAGAGTTTGGCATGCGCTCATATCATTTCCTTTTGGGTCTGTAGTGCACTAGCCATACACTTTGTGGTGGGGTCGGTCAGTCTTTTGGTAGTGGACGTTTGGACTAATGAAAAGAAGCTGATGTATGTGTGTTAAGTCTGCACAAATGGTTGACACAATTTAAAAGAATGTTCAGATGGAAGATGATGTTGACGGTGAATGGTGGTGCTATTTCTTGTTTATTTTTCCAAAGCGGCAACGGATGTTTTAGTCAATGGAGGGGAAGCGTGTATTAATTTGGTTGCTAGTGGGAGCGTGCTCCTTATGTGCTTTACTTTTCTGTCTGCAAGTCATAGTCTTGATAAGAACCTGCCCTCTTAAAGTTTTTAGCCTCTTGTATTATTGGTTCACTCATGAAACTATATATATCATCTGTGCTGACTTAACATGTGTTAAGGATTTGTACTGCCAAAAAAAAAAAAAAGGAA]
[+] EMBL AU095418             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGGCNTAAGGATCCTCTCCTCAAAGTAG ACCCATGGTATATGATGTCGTCTCCTCTTTTCTTCTTTTCTTCAAAGGTGCTTTGATTGCAAAGATATGGTAAGCGATGTTCTCATGCTCCTACATCTTTCAATGCCCCTATCGAGTGTGAGTGATGGGTAGAGCTACCAAAGAGTCTGGCATGCGCTCATATCATTTCCTTTTGGGTCTGTAGTGCACTAGCCATACACTTTGTGGTGGGGTCGGTCAGTCTTTTGGTAGTGGACGTTTGGACTAATGAAAAGAAGCTGATGTATGTGTGTTAAGTCTGCACAAATGGTTGACACAATTTAAAAGAATGTTCAGATGGAAGATGATGTTGACGGTGAATGGTGGTGCTATTTCTTGTCTATTTTTCCAAAGCGGCAACGGATGTTTTAGTCAATGGAGGCGAAGCGTGTATTAATCTGGTTGCTAGTGGGAGCGTGCTCCTTATGTGCTTTACTTTTCTGTCTGCAAGTCATAGTCTTGATAAGAACCTGCCCTCTTAAAGTTTTTAGCCTCTTGTATTATTGGTTCACTCATGAAACTATATATATCATCTGTGCTGACTTAACATGTGTTAAGGATTTGTACTGCCAAAAAA            ]




>consensus_7036#0
CTGCAGGACTTGGTCCCCAACACAAACAAGACAGACAGGGCAGCTATGCTAGACGAAATC
CTTGATTATGTGAAGTTTCTTCGGCTTCAAGTAAAGGTTCTGAGTATGAGCAGGCTGGGT
GGTGCTGGTGCAGTTGCGCAGCTGGTTGCTGATATTCCAATCTCAGTTAAGGGGGAGGCA
AGTGACAGTGGGAGCAAACAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAACCGATGGCACAGAAAAG
CAGGTAGCGAAGCTGATGGAAGAAGACATCGGAGCAGCAATGCAATTCCTCCAATCCAAA
GCACTATGCATGATGCCAATCTCTCTTGCGATGGCGATCTATGACACACAGCATTCGCAG
GACGGACACTCAGTGAAGCCTGAACCCAACACTCCTTCATAGTATAGTAACAATAACACT
AGCATGCACACCTACTACTACTAGGCGTCGACCTATCCAAAGTGTAGGATATACTGGACA
TTTTGATTTGCTAACTGGAAAAGGCCTAAGGATCCTCTCCTCAAAGTAGTACCCATGGTA
TATGATGTCGTCTCCTCTTTTCTTCTTTTCTTCAAAGGTGCTTTGATTGCAAAGATATGG
TAAGCGATGTTCTCATGCTCCTACATCTTTCAATGCCCCTATCGAGTGTGAGTGATGGGT
AGAGCTACCAAAGAGTCTGGCATGCGCTCATATCATTTCCTTTTGGGTCTGTAGTGCACT
AGCCATACACTTTGTGGTGGGGTCGGTCAGTCTTTTGGTAGTGGACGTTTGGACTAATGA
AAAGAAGCTGATGTATGTGTGTTAAGTCTGCACAAATGGTTGACACAATTTAAAAGAATG
TTCAGATGGAAGATGATGTTGACGGTGAATGGTGGTGCTATTTCTTGTCTATTTTTCCAA
AGCGGCAACGGATGTTTTAGTCAATGGAGGCGAAGCGTGTATTAATCTGGTTGCTAGTGG
GAGCGTGCTCCTTATGTGCTTTACTTTTCTGTCTGCAAGTCATAGTCTTGATAAGAACCT
GCCCTCTTAAAGTTTTTAGCCTCTTGTATTATTGGTTCACTCATGAAACTATATATATCA
TCTGTGCTGACTTAACATGTGTTAAGGATTTGTACTGCCAAAAAAAAAAAAAAGGAA

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)