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Oryza sativa
cluster # 7527 cluster # 7527       Sequences # 4       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7527#0 length = 1466 sequences # 4  

consensusID : consensus_7527#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1466
fasta sequence
                              [GAGATCATATTTAGCTATATCTCTAGCTAGCTGCGTCTCGTCTTCTCCAAGCTATTGTTACTTAGCTAGCTTTAGCTAGGAGAGTAAAAGATCGAGTGATCATTAGTGAGTTTGATTAGTTGATTTTGTTGGGGTTGAGATCGAAGAGATCGATGGCCGGGCTGAGGGAGATGGAGTCGACGCTGCCGCCGGGGTTCAGATTCTGCCCCAGCGACGAGGAGCTCATCTGCTTCTACCTCCGCAACAAGGTCGCCAACCACCGCGTCGCCTCCGGCACCCTCGTCGACGTCGACCTTCACGCCCGCGAGCCATGGGAGCTTCCCGAGGTGGCTAAGCTCACTGCAGAGGAGTGGTACTTCTTCAGCTTCAGAGACCGGAAATATGCGACAGGGTCACGGACGAACCGTGCGACCAAGACAGGTTACTGGAAGGCCACGGNGAAGGACCGGATTGTCCATGAGGGTACAACACGAGCGGTGGTCGGGATGAGGAAGACGCTGGTTTTTTACCTCGGCCGTGCCCCTAATGGGCAAAAGACGACATGGGTCATGCATGAGTTCCGCCTTGAAACACCTAACTCCCAACCTAAGGAGGATTGGGTGCTATGTAGGGTGTTTGACAAGAAGAAGCCATCGACAATAGAAGCCGAGGGTGGCGGAAGCAGTGGCAGCGACCTTTTCATTCCCGGTGCCACCGATGGCTCTACTGACCCCTCCTCGCCGACGACGATGGCACCTCTCCTTGGCTCATCGCCCGATCCGACAGTGGTGGACAGGTTCGACCACCGGTCAGCGGCGGTGCCACCATTAATGGTACTCATGCAAGGTGGTGGGGACCAAATGATCAGTGGTAGCGGTGTCCACTGCAGCAACAACGACAACTCCGGTAGTAGCAGCGCACTGCTTAACCTGACGATGCTGCAATACAGCTTCCTAGAACATCGGCCAACTGGTGACGACATGGCGGTGGGGGCCCACTTTGGAACATGCCAGGGTGGCAACAACGATGCCACGATGGCACTTGGGATGGGGTTTGAGGAGCATGGCATGGGAGAGATCATAGAGATGGAACCAGCATGGCGCCAAGGTGGTAGCAACTGCGTGTACAGGGACGAGCTCTACTTCTAGCAGAAGTAGTACAATGGATTAATATTAATGATTTGCATGTGTTAGAGTTCAGTTAAATTCAGAAAATATGTAGAGCTTAGAAGAGGTTTGCTAGTTTGTGATTAGAGTGTGATTATTAATTAAGGTGGAGTT-AATTAAGGGGTCGATTAGTTCGAGTGGTCGTGATATGAAAATATTTGTGTAATTACTCAGTTTGTAGGTGAGCCATATATCAAACAACTTTAGGGAAAGGGGATGATCAAGAATTCAGAACCAGGATGAATTTGATATTCTTGTACTTTAAAAAATGTAATGAT-GGGAATAATATTTAAATCTGATTGAGCCAAGCTCTTCAAAAAA]

[+] EMBL CF279719             [GAGATCATATTTAGCTATATCTCTAGCTAGCTGCGTCTCGTCTTCTCCAAGCTATTGTTACTTAGCTAGCTTTAGCTAGGAGAGTAAAAGATCGAGTGATCATTAGTGAGTTTGATTAGTTGATTTTGTTGGGGTTGAGATCGAAGAGATCGATGGCCGGGCTGAGGGAGATGGAGTCGACGCTGCCGCCGGGGTTCAGATTCTGCCCCAGCGACGAGGAGCTCATCTGCTTCTACCTCCGCAACAAGGTCGCCAACCACCGCGTCGCCTCCGGCACCCTCGTCGACGTCGACCTTCACGCCCGCGAGCCATGGGAGCTTCCCGAGGTGGCTAAGCTCACTGCAGAGGAGTGGTACTTCTTCAGCTTCAGAGACCGGAAATATGCGACAGGGTCACGGACGAACCGTGCGACCAAGACAGGTTACTGGAAGGCCACGGNGAAGGACCGGATTGTCCATGAGGGTACAACACGAGCGGTGGTCGGGATGAGGAAGACGCTGGTTTTTTACCTCGGCCGTGCCCCTAATGGGCAAAAGACGACATGGGTCATGCATGAGTTCCGCCTTGAAACACCTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL AK119558             [    TCATATTTAGCTATATCTCTAGCTAGCTGCGTCTCGTCTTCTCCAAGCTATTGTTACTTAGCTAGCTTTAGCTAGGAGAGTAAAAGATCGAGTGATCATTAGTGAGTTTGATTAGTTGATTTTGTTGGGGTTGAGATCGAAGAGATCGATGGCCGGGCTGAGGGAGATGGAGTCGACGCTGCCGCCGGGGTTCAGATTCTGCCCCAGCGACGAGGAGCTCATCTGCTTCTACCTCCGCAACAAGGTCGCCAACCACCGCGTCGCCTCCGGCACCCTCGTCGACGTCGACCTTCACGCCCGCGAGCCATGGGAGCTTCCCGAGGTGGCTAAGCTCACCGCAGAGGAGTGGTACTTCTTCAGCTTCAGAGACCGGAAATATGCGACAGGGTCACGGACGAACCGTGCGACCAAGACAGGTTACTGGAAGGCCACGGGGAAGGACCGGATTGTCCATGAGGGTACAACACGAGCGGTGGTCGGGATGAGGAAGACGCTGGTTTTTTACCTCGGCCGTGCCCCTAATGGGCAAAAGACGACATGGGTCATGCATGAGTTCCGCCTTGAAACACCTAACTCCCAACCTAAGGAGGATTGGGTGCTATGTAGGGTGTTTGACAAGAAGAAGCCATCGACAATAGAAGCCGAGGGTGGCGGAAGCAGTGGCAGCGACCTTTTCATTCCCGGTGCCACCGATGGCTCTACTGACCCCTCCTCGCCGACGACGATGGCACCTCTCCTTGGCTCATCGCCCGATCCGACAGTGGTGGACAGGTTCGACCACCGGTCAGCGGCGGTGCCACCATTAATGGTACTCATGCAAGGTGGTGGGGACCAAATGATCAGTGGTAGCGGTGTCCACTGCAGCAACAACGACAACTCCGGTAGTAGCAGCGCACTGCTTAACCTGACGATGCTGCAATACAGCTTCCTAGAACATCGGCCAACTGGTGACGACATGGCGGTGGGGGCCCACTTTGGAACATGCCAGGGTGGCAACAACGATGCCACGATGGCACTTGGGATGGGGTTTGAGGAGCATGGCATGGGAGAGATCATAGAGATGGAACCAGCATGGCGCCAAGGTGGTAGCAACTGCGTGTACAGGGACGAGCTCTACTTCTAGCAGAAGTAGTACAATGGATTAATATTAATGATTTGCATGTGTTAGAGTTCAGTTAAATTCAGAAAATATGTAGAGCTTAGAAGAGGTTTGCTAGTTTGTGATTAGAGTGTGATTATTAATTAAGGTGGAGTT AATTAAGGGGTCGATTAGTTCGAGTGGTCGTGATATGAAAATATTTGTGTAATTACTCAGTTTGTAGGTGAGCCATATATCAAACAACTTTAGGGAAAGGGGATGATCAAGAATTCAGAACCAGGATGAATTTGATATTCTTGTACTTTAAAAAATGTAATGAT GGGAATAATATTTAAATC                         ]
[+] EMBL CA765299             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGCGTGTACAGGGACGAGCTCTACTTCTAGCAGAAGTAGTACAATGGATTAATATTAATGATTTGCATGTGTTAGAGTTCAGTTAAATTCAGAAAATATGTAGAGCTTAGAAGAGGTTTGCTAGTTTGTGATTAGAGTGTGATTATTAATTAAGGTGGAGTTGAATTAAGGGGTCGATTAGTTCGAGTGGTCGTGATATGCAAATATTTGTGTAATTACTCAGTTTGTAGGTGAGCCATATATCAAACAACTTTAGGGAAAGGGGATGATCAAGAATTCAGAACCAGGATGAATTTGATATTCTTGTACTTT AAGATTGTAATGAT GGGAATAATATTTAAATCTGAT                     ]
[-] EMBL CF279720             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTACAATGGATTAATATTAATGATTTGCATGTGTTAGAGTTCAGTTAAATTCAGAAAATATGTAGAGCTTAGAAGAGGTTTGCTAGTTTGTGATTAGAGTGTGATTATTAATTAAGGTGGAGTT AATTAAGGGGTCGATTAGTTCGAGTGGTCGTGATATGAAAATATTTGTGTAATTACTCAGTTTGTAGGTGAGCCATATATCAAACAACTTTAGGGAAAGGGGATGATCAAGAATTCAGAACCAGGATGAATTTGATATTCTTGTACTTTAAAAAATGTAATGATGGGGAATAATATTTAAATCTGATTGAGCCAAGCTCTTCAAAAAA]


>consensus_7527#0 GAGATCATATTTAGCTATATCTCTAGCTAGCTGCGTCTCGTCTTCTCCAAGCTATTGTTA CTTAGCTAGCTTTAGCTAGGAGAGTAAAAGATCGAGTGATCATTAGTGAGTTTGATTAGT TGATTTTGTTGGGGTTGAGATCGAAGAGATCGATGGCCGGGCTGAGGGAGATGGAGTCGA CGCTGCCGCCGGGGTTCAGATTCTGCCCCAGCGACGAGGAGCTCATCTGCTTCTACCTCC GCAACAAGGTCGCCAACCACCGCGTCGCCTCCGGCACCCTCGTCGACGTCGACCTTCACG CCCGCGAGCCATGGGAGCTTCCCGAGGTGGCTAAGCTCACTGCAGAGGAGTGGTACTTCT TCAGCTTCAGAGACCGGAAATATGCGACAGGGTCACGGACGAACCGTGCGACCAAGACAG GTTACTGGAAGGCCACGGNGAAGGACCGGATTGTCCATGAGGGTACAACACGAGCGGTGG TCGGGATGAGGAAGACGCTGGTTTTTTACCTCGGCCGTGCCCCTAATGGGCAAAAGACGA CATGGGTCATGCATGAGTTCCGCCTTGAAACACCTAACTCCCAACCTAAGGAGGATTGGG TGCTATGTAGGGTGTTTGACAAGAAGAAGCCATCGACAATAGAAGCCGAGGGTGGCGGAA GCAGTGGCAGCGACCTTTTCATTCCCGGTGCCACCGATGGCTCTACTGACCCCTCCTCGC CGACGACGATGGCACCTCTCCTTGGCTCATCGCCCGATCCGACAGTGGTGGACAGGTTCG ACCACCGGTCAGCGGCGGTGCCACCATTAATGGTACTCATGCAAGGTGGTGGGGACCAAA TGATCAGTGGTAGCGGTGTCCACTGCAGCAACAACGACAACTCCGGTAGTAGCAGCGCAC TGCTTAACCTGACGATGCTGCAATACAGCTTCCTAGAACATCGGCCAACTGGTGACGACA TGGCGGTGGGGGCCCACTTTGGAACATGCCAGGGTGGCAACAACGATGCCACGATGGCAC TTGGGATGGGGTTTGAGGAGCATGGCATGGGAGAGATCATAGAGATGGAACCAGCATGGC GCCAAGGTGGTAGCAACTGCGTGTACAGGGACGAGCTCTACTTCTAGCAGAAGTAGTACA ATGGATTAATATTAATGATTTGCATGTGTTAGAGTTCAGTTAAATTCAGAAAATATGTAG AGCTTAGAAGAGGTTTGCTAGTTTGTGATTAGAGTGTGATTATTAATTAAGGTGGAGTTA ATTAAGGGGTCGATTAGTTCGAGTGGTCGTGATATGAAAATATTTGTGTAATTACTCAGT TTGTAGGTGAGCCATATATCAAACAACTTTAGGGAAAGGGGATGATCAAGAATTCAGAAC CAGGATGAATTTGATATTCTTGTACTTTAAAAAATGTAATGATGGGAATAATATTTAAAT CTGATTGAGCCAAGCTCTTCAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)