These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7784#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 333 fasta sequence [GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA] [+] EMBL CA998376 [GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA] consensusID : consensus_7784#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 318 fasta sequence [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA] [+] EMBL CA998377 [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA] [+] EMBL CA998395 [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAca] [+] EMBL CA999277 [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAATTTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA] [+] EMBL CA999718 [TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAGTTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCGAAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCTTGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGGATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAG ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7784#0 GGCAAAATCTCTCATCCTTGTTGGTGTCACTGCGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAG 60 consensus_7784#1 -----------TCATCCTTGTTGGTGTCACTGTGTAGCCATGAAATTAGCACTGGTTTAG 49 ********************* *************************** consensus_7784#0 TTTAGTTTAGCTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCG 120 consensus_7784#1 TTTAGTTTAGTTTAGTTTGGAAAGTGCCGAGATGGTACACGCTCGCTTGGTAGCTATGCG 109 ********** ************************************************* consensus_7784#0 AAACAGGTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCT 180 consensus_7784#1 AAACAGCTGTGAGTTATTCCAATTACATTTCGTATCATCACAGATTTTTAGCTAGAGGCT 169 ****** ***************************************************** consensus_7784#0 TGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGAGCACATATGG 240 consensus_7784#1 TGACAACAGGTGGTTGTTGATAGCCGTATGCAATTTATTTGTTGCAGGGTGCACATATGG 229 ************************************************* ********** consensus_7784#0 ATATATTTAATAGTTGAATTCTATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAAT 300 consensus_7784#1 ATATATTTAATAGTTGAATTCAATGAAGCGACTTGTAAAATGTGGTTTCGTAATTTTAAT 289 ********************* ************************************** consensus_7784#0 TTACTTTAACGATTTCTGCACTACCTTGGATGA 333 consensus_7784#1 TTACTTTAAGGATTAAAAAAAAAAAAAAA---- 318 ********* **** * * |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||