cluster # 7810

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Oryza sativa
cluster # 7810 cluster # 7810 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_7810#0 length = 791 sequences # 1

consensus_7810#1 length = 623 sequences # 3
consensus_7810#2 length = 416 sequences # 1

consensusID : consensus_7810#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 791
fasta sequence

                              [ACTATGTCTGTGTCACTACAACATCAGGTATTGGTTATAATTCAGCTAGAGGAAAGTAGAGTACTTTGAAGTGTTTGAATGGTTTTCACATGTATACTCTGCTAGCTACCCTTTAGTAAGTATATTCATGTAAAGGGGAGTAATAGATCATTGCACTAATGTTCAAACTCTATTGAGATTGTCCCAGGTGTCACTTTGTTCACTGAAAAAAAAAGAGAACATTTATAGGTTTTTTTTGCTGCTTGGGAGAGGATGCTGCCGAATTGAATTAAGACAGCCTTCAGAATCTGGTATATCTAATGGTCTGTAAAATTTTACACAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCACATGTGATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCTTGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGATTAACGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGTTCTAGATCTCTGACCTAAGAATCCTGTTTTAGTTTTTTTTTAGATCTCTTGCTTTGGGTGTTGTTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCAGTTTCAGGTGCTTTGTAGTGTAGTTTAGTTTGGGGGTGTTCTCAAGGTGTTGTACAGTGAATTGGTTTCGGTGCTTGCCCTTTGTTGCGTTGGTGTTGTTTATGTTCTCTATATCGATGAAAGATGTTAAAGCTTTTGCCTTTGTTTCGAAAAAGATT]

[+] EMBL AK070033             [ACTATGTCTGTGTCACTACAACATCAGGTATTGGTTATAATTCAGCTAGAGGAAAGTAGAGTACTTTGAAGTGTTTGAATGGTTTTCACATGTATACTCTGCTAGCTACCCTTTAGTAAGTATATTCATGTAAAGGGGAGTAATAGATCATTGCACTAATGTTCAAACTCTATTGAGATTGTCCCAGGTGTCACTTTGTTCACTGAAAAAAAAAGAGAACATTTATAGGTTTTTTTTGCTGCTTGGGAGAGGATGCTGCCGAATTGAATTAAGACAGCCTTCAGAATCTGGTATATCTAATGGTCTGTAAAATTTTACACAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCACATGTGATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCTTGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGATTAACGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGTTCTAGATCTCTGACCTAAGAATCCTGTTTTAGTTTTTTTTTAGATCTCTTGCTTTGGGTGTTGTTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCAGTTTCAGGTGCTTTGTAGTGTAGTTTAGTTTGGGGGTGTTCTCAAGGTGTTGTACAGTGAATTGGTTTCGGTGCTTGCCCTTTGTTGCGTTGGTGTTGTTTATGTTCTCTATATCGATGAAAGATGTTAAAGCTTTTGCCTTTGTTTCGAAAAAGATT]




>consensus_7810#0
ACTATGTCTGTGTCACTACAACATCAGGTATTGGTTATAATTCAGCTAGAGGAAAGTAGA
GTACTTTGAAGTGTTTGAATGGTTTTCACATGTATACTCTGCTAGCTACCCTTTAGTAAG
TATATTCATGTAAAGGGGAGTAATAGATCATTGCACTAATGTTCAAACTCTATTGAGATT
GTCCCAGGTGTCACTTTGTTCACTGAAAAAAAAAGAGAACATTTATAGGTTTTTTTTGCT
GCTTGGGAGAGGATGCTGCCGAATTGAATTAAGACAGCCTTCAGAATCTGGTATATCTAA
TGGTCTGTAAAATTTTACACAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCACATGTG
ATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCTT
GCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGAT
TAACGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTAT
TGTTCTAGATCTCTGACCTAAGAATCCTGTTTTAGTTTTTTTTTAGATCTCTTGCTTTGG
GTGTTGTTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCAGTTTCAGGTGCTTTGTAGTGTAGTTTA
GTTTGGGGGTGTTCTCAAGGTGTTGTACAGTGAATTGGTTTCGGTGCTTGCCCTTTGTTG
CGTTGGTGTTGTTTATGTTCTCTATATCGATGAAAGATGTTAAAGCTTTTGCCTTTGTTT
CGAAAAAGATT

consensusID : consensus_7810#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 623
fasta sequence

                              [CGCCCGGGCAGGTAATTAGAGACGCATGGATCTGTCGTCAATCAAATCTGGTTTTTTTCGCTGCTCGAGAGAGGATGCTGCTGAGTTGAATCAAGACATCCTTCAGAATCTGGTATATCTAATGGTCTGTAAAATTTTACAAAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCAAATGTGATGGATTGTGTATAGAAAAAAGAGATTCGTTGTTTGCTGAAGGTGTATTGGAAGTTGCTTGCTGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGATTTTGATGGAAAACTATGTCGAGTTTTCAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGTTCTAGGTCTTTGACCTAGAATCATGT-TTTAGTTTTTTTTCTAGGTCTCTTGCTTTTTGTGTTATTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCTGTTTCAGGTGTTTTGTAGTGTAGTTCAGTTTGGGAGTGTTCTCAAGGTGTTATACAGTGAATTGGTGTTTCGGTGTTCGCCCTTTGTTGGGTTGGTGTTGTTTATCTTCTCTATCGATGAAAGAGGACAAAGCTTTTGCCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI118840             [CGCCCGGGCAGGTAATTAGAGACGCATGGATCTGTCGTCAATCAAATCTGGTTTTTTTCGCTGCTCGAGAGAGGATGCTGCTGAGTTGAATCAAGACATCCTTCAGAATCTGGTATATCTAATGGTCTGTAAAATTTTACAAAAGCAACAGRAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCAAATGTGATGGATTGTGTATAGAAAAAAGAGATTCGTTGTTTGCTGAAGGTGTATTGGAAGTTGCTTGCTGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGATTTTGATGGAAAACTATGTCGAGTTTTCAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGTTCTAGGTCTTTGACCTAGAATCATGT TTTAGTTTTTTTTCTAGGTCTCTTGCTTTTTGTGTTATTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCTGTTTCAGGTGTTTTGTAGTGTAGTTCAGTTTGGGAGTGTTCTCAAGGTGTTATACAGTGAATTGGTGTTTCGGTGTTCGCCCTTTGTTGGGTTGGTGTTGTTTATCTTCTCTATCGATRAAAGAGGACAAAGTTTTTGCCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI118838             [                     ACGCATGGATCTGTCGTCAATCAAATCTGGTTTTTTTCGCTGCTCGAGAGAGGATGCTGCTGAGTTGAATCAAGACATCCTTCAGAATCTGGTATATCTAATGGTCTGTAAAATTTTACAAAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCAAATGTGATGGATTGTGTATAGAAAAAAGAGATTCGTTGTTTGCTGAAGGTGTATTGGAAGTTGCTTGCTGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGRAGGATTTTGATGGAAAACTATGTCGAGTTTTCAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGTTCTAGGTCTTTGACCTAGAATCATGT TTTAGTTTTTTTTCTAGGTCTCTTGCTTTTTGTGTTATTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCTGTTTCAGGTGTTTTGTAGTGTAGTTCAGTTTGGGAGTGTTCTCAAGGTGTTATACAGTGAATTGGTGTTTCGGTGTTCGCCCTTTGTTGGGTTGGTGTTGTTTATCTTCTCTATCGATGAAAGAGGACAAAGCTTTTGCCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA ]
[+] EMBL BI118846             [                     ACGCATGGATCTGTCGTCAATCAAATCTGGTTTTTTTCGCTGCTCGAGAGAGGATGCTGCTGAGTTGAATCAAGACATCCTTCAGAATCTGGTATATCTAATGGTCTGTAAAATTTTACAAAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCAAATGTGATGGATTGTGTATAGAAAAAAGAGATTCGTTGTTTGCTGAAGGTGTATTGGAAGTTGCTTGCTGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGATTTTGATGGAAAACTATGTCGAGTTTTCAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGCTTATTGTT TAGGTCTTTGACCTAGAATCATGTGTTTAGTTTTTTTTCTAGGTCTCTTGCTTTTTGTGTTATTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCTGTTTCAGGTGTTTTGTAGTGTAGTTCAGTTTGGGAGTGTTCTCAAGGTGTTATACAGTGAATTGGTGTTTCGGTGTTCGCCCTTTGTTGGGTTGGTGTTGTTTATCTTCTCTATCGATGAAAGAGGACAAAGCTTTTGCCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA   ]




>consensus_7810#1
CGCCCGGGCAGGTAATTAGAGACGCATGGATCTGTCGTCAATCAAATCTGGTTTTTTTCG
CTGCTCGAGAGAGGATGCTGCTGAGTTGAATCAAGACATCCTTCAGAATCTGGTATATCT
AATGGTCTGTAAAATTTTACAAAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCAAATG
TGATGGATTGTGTATAGAAAAAAGAGATTCGTTGTTTGCTGAAGGTGTATTGGAAGTTGC
TTGCTGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGG
ATTTTGATGGAAAACTATGTCGAGTTTTCAGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGT
TTATTGTTCTAGGTCTTTGACCTAGAATCATGTTTTAGTTTTTTTTCTAGGTCTCTTGCT
TTTTGTGTTATTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCTGTTTCAGGTGTTTTGTAGTGTAG
TTCAGTTTGGGAGTGTTCTCAAGGTGTTATACAGTGAATTGGTGTTTCGGTGTTCGCCCT
TTGTTGGGTTGGTGTTGTTTATCTTCTCTATCGATGAAAGAGGACAAAGCTTTTGCCCTA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_7810#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 416
fasta sequence

                              [ATGCCAATTGATTAGGTAGATTTTAAGAATTAAGGATTTAAAAAATAATGCTTTAAGATGATAGAAAGAGAACATATGCTAGGTAACCCAGCATTGATATAAACTGACAACATGCTGCTGCTGAGAATATGTGTAACAATGCCAAAATCTCACATCATATTATGTGTAACAGGGAATGTTTCACATGTGATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCTTGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGGATTACCGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGGTCCTAGTNCTCTGACCTAAGGAATCCTGTTTAAGTTTTTTTT]

[+] EMBL C28932               [ATGCCAATTGATTAGGTAGATTTTAAGAATTAAGGATTTAAAAAATAATGCTTTAAGATGATAGAAAGAGAACATATGCTAGGTAACCCAGCATTGATATAAACTGACAACATGCTGCTGCTGAGAATATGTGTAACAATGCCAAAATCTCACATCATATTATGTGTAACAGGGAATGTTTCACATGTGATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCTTGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGGATTACCGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGTTTATTGGTCCTAGTNCTCTGACCTAAGGAATCCTGTTTAAGTTTTTTTT]




>consensus_7810#2
ATGCCAATTGATTAGGTAGATTTTAAGAATTAAGGATTTAAAAAATAATGCTTTAAGATG
ATAGAAAGAGAACATATGCTAGGTAACCCAGCATTGATATAAACTGACAACATGCTGCTG
CTGAGAATATGTGTAACAATGCCAAAATCTCACATCATATTATGTGTAACAGGGAATGTT
TCACATGTGATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGA
AAGTTGCTTGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTG
AAGGAGGGATTACCGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGAC
ACTCGGTTTATTGGTCCTAGTNCTCTGACCTAAGGAATCCTGTTTAAGTTTTTTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_7810#0      ACTATGTCTGTGTCACTACAACATCAGGTATTGGTTATAATTCAGCTAGAGGAAAGTAGA 60
consensus_7810#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7810#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7810#0      GTACTTTGAAGTGTTTGAATGGTTTTCACATGTATACTCTGCTAGCTACCCTTTAGTAAG 120
consensus_7810#1      ------------------------------------------------------------
consensus_7810#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7810#0      TATATTCATGTAAAGGGGAGTAATAGATCATTGCACTAATGTTCAAACTCTATTGAGATT 180
consensus_7810#1      -------------------------------------------------CGCCCGGGCAG 11
consensus_7810#2      ---------------------------------------------ATGCCAATTGATTAG 15
                                                                       *    *     

consensus_7810#0      GTCCCAGGTGTCACTTTGTTCACTGAAAAAAAAAGAGAACATTTATAGGTTTTTTTTGCT 240
consensus_7810#1      GTAATTAGAGACGCATGGATCTGTCGTCAATCAA------ATCT---GGTTTTTTTCGCT 62
consensus_7810#2      GTAGATTTTAAGAATTAAGGATTTAAAAAATAATGCTTTAAGATGATAGAAAGAGAACAT 75
                      **             *       *    **  *       *  *    *          *

consensus_7810#0      GCTTGGGAGAGGATGCTGCCGAATTGAATTAA-GACAGCCTTCAGAATCTGGTATATCTA 299
consensus_7810#1      GCTCGAGAGAGGATGCTGCTGAGTTGAATCAA-GACATCCTTCAGAATCTGGTATATCTA 121
consensus_7810#2      ATGCTAGGTAACCCAGCATTGATATAAACTGACAACATGCTGCTGCTGAGAATATGTGTA 135
                            *  *          **  * **   *  ***  ** * *       *** * **

consensus_7810#0      ATGGTCTGTAAAATTTTACACAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCACATGT 359
consensus_7810#1      ATGGTCTGTAAAATTTTACAAAAGCAACAGGAGGGACCATCAAGGGAATGTTTCAAATGT 181
consensus_7810#2      ACAATGC-CAAAATCTCACATCA-TATTATGTGTAAC-----AGGGAATGTTTCACATGT 188
                      *   *    ***** * ***  *  *  * * *  **     ************* ****

consensus_7810#0      GATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCT 419
consensus_7810#1      GATGGATTGTGTATAGAAAAAAGAGATTCGTTGTTTGCTGAAGGTGTATTGGAAGTTGCT 241
consensus_7810#2      GATGGATTTTGTATAGAAAAAGGAGATTCATTGTTTGCTGAAGGTGTATTGAAAGTTGCT 248
                      ******** ************ ******* ********************* ********

consensus_7810#0      TGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGA 479
consensus_7810#1      TGCTGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGA 301
consensus_7810#2      TGCCGATAAATAAAGACCCCATGGATAGATGCAATGATGCATTAAGCTCTTGAAGGAGGG 308
                      *** ******************************************************* 

consensus_7810#0      TT--AACGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAG-TAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGT 536
consensus_7810#1      TTTTGATGGAAAACTATGTCGAGTTTTCAG-TAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGT 360
consensus_7810#2      ATT-ACCGGAAAACTATGTCGAGTTTTTAGGTAGCCTTGTTTGGGCTAACGACACTCGGT 367
                       *     ******************** ** *****************************

consensus_7810#0      TTATTG-TTCTAGATCTCTGACCTAA-GAATCCTGTTTTAGTTTTTTTT-TAGATCTCTT 593
consensus_7810#1      TTATTG-TTCTAGGTCTTTGACCTA--GAATCATGTTTTAGTTTTTTTTCTAGGTCTCTT 417
consensus_7810#2      TTATTGGTCCTAGTNCTCTGACCTAAGGAATCCTGTTTAAGTTTTTTTT----------- 416
                      ****** * ****  ** *******  ***** ***** **********           

consensus_7810#0      GCTTTGGGTGTTGTTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCAGTTTCAGGTGCTTTGTAGTG 653
consensus_7810#1      GCTTTTTGTGTTATTTGCTCTAGGTGTTCTGTTGTCCGCTGTTTCAGGTGTTTTGTAGTG 477
consensus_7810#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7810#0      TAGTTTAGTTTGGGGGTGTTCTCAAGGTGTTGTACAGTGAATTGGT--TTCGGTGCTTGC 711
consensus_7810#1      TAGTTCAGTTTGGGAGTGTTCTCAAGGTGTTATACAGTGAATTGGTGTTTCGGTGTTCGC 537
consensus_7810#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7810#0      CCTTTGTTGCGTTGGTGTTGTTTATGTTCTCTATATCGATGAAAGATGTTAAAGCTTTTG 771
consensus_7810#1      CCTTTGTTGGGTTGGTGTTGTTTATCTTCTCTAT--CGATGAAAGAGGACAAAGCTTTTG 595
consensus_7810#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_7810#0      CCTTTGTTTCGAAAAAGATT-------- 791
consensus_7810#1      CCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 623
consensus_7810#2      ----------------------------