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Oryza sativa
cluster # 8104 cluster # 8104       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8104#0 length = 3173 sequences # 5  

consensusID : consensus_8104#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 3173
fasta sequence
                              [ACAACACAGTGACAGAGGAAACCCTCAGCTCACAGCTCCAGGCGATTTTTCGTCGCCGCCGGCGCCGGCGCCGCCGCGAGCCCCGTCGACTCCCTCGCCGGCGGCGGCTGGACGGGACGGAATCTCAGGTCAACCCTCTCTCCCCGCCATTAGAATCTTCGCGATACTCCCCCAATCGGAGGAGAAACGAAACCCTCGTCGAGAAATTTGGACGCGCGCGATTGCTCCTCCTGCTTGGGTTTCTTGGTTGCTCGAGATCTCTCTCTCTGCAATGGCGGTCAGCTCGGAGCTGGAGGGCTTGCAGGACGTGGAGCCCTCCCGCTTCATCGCCTTCTCCTTCCCAAACCCTCTCCTCCTCCTCGACCACGCCTCCGACCCGTACGCCCATGGCGGCCATGAGTTCCTCCGCGTGGCGGTTCTCGACCACTCCTCACCCCACCCGTCGCCGCGCACGGCGGCGATGCTCGTGCCGGCGGGGCGGCACCGCGACTGGATCTTCTCCACCCGCGCCGGCCACCTGCACCTCCTCCTCGCCTCCCGCTCCCAGTGCAGCCACCTCTCCCGCCTCATCCTCGTCGGCCCCGAGCTCTCCGCGCCGTCTCCTTCTCGGGTGGTGGTCGTCGCCGCCGCCGCTCGCCCGGACCCGGATCCTGCTCACGCGCGGCTGCTCCCACTCCTCCTGGCTCTATGCCCCCGTGCCGCGTTTGGGGGCGATGCTATCCCTGACGTGCCATTGCTCTCCTTCCATGATGACCTCCTCCGGCTTGCTCCTGTCAAGGTTGTCGCTGGTCCTGTGGTTGGTGAGATGGTTGTTGAGGATGTGGCCGTCGACTGCGCGCCACGTTCGGCTGAATTGCGCCGCCGATTGCGGTTCAAGCGGATGCCGTTCCTTGTTCAGACGCAGGTGCGCCTTGTGCGGCAATTATCGCCGGGTGATTCTTTGATGTTAGATGCATTGGATGAGGTTGGAGGTGGTTCATTGCAGCCTGAGGTGGGTGGAGAGCTGGTCCAGCCTTACCTACAGGCAATGGCCGCTGGTCTTGCGGTGATCGCCCCTTCCATGGATGAGAGCTTTCGGTTGGGTGGCAAGCCGAGGTGTCTTTGTGCTGGTATCGGTGGCGGCGCTCTTCTGATGTCAATCAGAATGGGGCTTCAGTGTGATGTACTAGGGATAGAGGCTGATGGTGTTGTG-CTGGATGTTGCAAGGAGCCATTTTGGATTGGTAGAGGATGAGTTCCTTCAAGTCCGTGTTGGTGATGCTATTCAAATGATCCAGGATTTTGCTCATCAAGGGGACCCTGATATG-AATTTCAGTGCGATTATGGTGGATCTTGATTCATCTGATGCTATATGTGG-AGTCAGTGCACCACCGTTGGAGATGACAAAGGAAAGCATTCTTCTTGCTTCACGCACGATCCTACATCGTGATGGGGCTTTCATATTGAATGTTATCCCTCCTGCTGCAGATGGATCCTTCTACAAAGGGTTGATTGATGTTCTTCGCCATGTCTTCTCTGAGTTGTATGAAATAAATGTCAGTAATGGTGAAAATTTTGTCCTTGTTGCCACAGTGTCACCAGTTGAAACTATCCTTGCTGATAGTTCAGGAAGCGTTCTGACAAAATTGAGGAAATTAGCTGGGGATTTTTTGGAACACATAACGAGAATCTGACATTCCAAGTCACTGTATTGTTGCTCCAATTGGCCTCCACAACATCTGTCCAGAAGTTATTTTGTTTGGATTTGTTTGCATACTATTCAGACGGCTATAGTATTTCACTGTTCTTATCTCAAATGAAGAAGTCCATTTGAGCCAGCCACTGGATTTGATACCCCAGATTCCTCAGCTCTTCCTGAGTATTTACTGCTGTATTTCAGATCTTATTTAACTGAACAGGTAATAGCAACAATTGAGATATCATTACAAAATCGCTTGCTTCCCAAGATGAATATTTT-GTCGTGATATATGTAGCACACCTCTGCCAAACAGATCTTGTTAATGTCAATGCAATGCAAAATGATACATCTGACATCT-AAAAGAAGAGAGCATCTGAGTACAACAATAACAGCTAAAACGATAT-GGTTTCCTCTTGATATTTATCATATTACAGGTATATATGTGCATGAAGATTTTTCTGTCCTTTTAAACATTATGCGACGTAAACAGTCTCATGAAGACACTAGAAACCTTGTCATGTCCTAGATCAATTTAGCCTTAATGTCTGAATTCTTCTCAAAAAACAAAATTGATGCTAGACTTCTTATGTTAGCTATTGAATTTCTTTTCACGGTACATTTTGTTGTACACCACTTCAACCAATAATTTTGTTTTCATGCCTCTGAAACATTATGACGTCTACTGGTCTTTGACATTGGTGGTAATACCTTCAAAATAAAAATATATACTACAGATCATCTTTCGCTTAACATGTTCCACATGAGTCCCGCTGATGTTTTCGAGAAAAGAAAAGGTATTGTCGATGCATTGTCCTGCAAAATATATCTTTCCAAGGTTAATATGGGGTAAGCACTGTGCCGTTGTTTTCCTAAGGTTCCCTTGTTCACTACATTATTTATCTGCACCATATGGAACGGACCTGCTTTCCCTTCTTTTTAAAAAGACTTTAAGCTTAAGGTGGAAATATGGCGTATCAGCAGCCAAGAGGAAAACTGGTTGTCCCAAACATACTGGGCAGGAGTACATTCTTCTTCTCTGGTTATCTGTTGTGTAATTTCACTTTTGTTCATGTGTGGAGCAGCAGCAATTATTGTTTGAGTGTCAACATTTTGTATTGAAAACATAATATGGCTTACTGGTATCTGCTGTGATGTTATGGAGAAGCATGTGAAGCAAGTAAGCCCAGAATCATGGAAACAATTGTTTCACCTGTCGATCAGAACATCATCACCAGGATGCACTGATTGTTAGCGTTTCGTTGTAAAATAGGCCCCTGGTGAGCCATCCAGATGAATTATTTATCTGTTCATTTAGAGTTTGTAGAGGTATATTGGATCGCCGTTTTCATGTTGTGAGCTATCTAAACCATTGTTTGTTCATTTAAAGTTTGTAGAGGTATATTCGATCGCCATTTTCGTGTTGGTGCCATGTACTTTTCTTGTTAATACCAACAATGACAAGAGTGGAATTGGAATTGGAAGATTATACTTCGTTT]

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[+] EMBL CA765674             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TCCCTGACGTGCCATTGCTCTCCTT CATGATGACCTCCTCCGGCTTGCTCCTGTCAAGGTTGTCGCTGGTCCTGTGGTTGGTGAGATGGTTGTTGAGGATGTGGCCGTCGACTGCGCGCCACGTTCGGCTGAATTGCGCCGCCGATTGCGGTTCGAGCGGATGCCGTTCCTTGTTCAGACGCAGGTGCGCCTTGTGCGGCAATTATCGCCGGGTGATTCTTTGATGTTAGATGCATTGGATGAGGTTGGAGGTGGTTCATTGCAGCCTGAGGTGGGTGGAGAGCTGGTCCAGCCTTACCTACAGGCAATGGCCGCTGGTCTTGCGGTGATCGCCCCTTCCATGGATGAGAGCTTTCGGTTGGGTGGCAAGCCGAGGTGTCTTTGTGCTGGTATCGGTGGCGGCGCTCTTCTGATGTCAATCAGAATGGGGCTTCAGTGTGATGTACTAGGGATAGAGGCTGATGGTGTTGTGCCTGGATGTTGCAAGGAGCCATTTTGGATTGGTAGAGGATGAGTTCCTTCAAGTCCGTGTTGGTGATGCTATTCAAATGATCCAGGATTTTGCTCATCAAGGGGACCCTGATATGAAATTTCAGTGCGATTATGGNGGATCTTGATTCATCTGATGCTATATGTGGAAGTCAGTGCACCACCGTTGGAGATGACAAAGGAAAGCATTCTTCTTGCTTCACGCACGATCCTACATCGNGATGGGGCTTT ATATTGAATGGTATCCCTNCTGCTGCAAATGGATCCTTCTACA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CB096971             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ATG AATTT AGTGCGATTATGGTGGATCTTGATT ATCTGATGCTATATGTGG AGTCAGTGCACCACCGTTGGAGATGACAAAGGAAAGCATTCTTCTTGCTTCACGCACGATCCTACATCGTGATGGGGCTTTCATATTGAATGTTATCCCTCCTGCTGCAGATGGATCCTTCTACAAAGGGTTGATTGATGTTCTTCGCCATGTCTTCTCTGAGTTGTATGAAATAAATGTCAGTAATGGTGAAAATTTTGTCCTTGTTGCCACAGTGTCACCAGTTGAAACTATCCTTGCTGATAGTTCAGGAAGCGTTCTGACAAAATTGAGGAAATTAGCTGGGGATTTTTTGGAACACATAACGAGAATCTGACATTCCAAGTCACTGTATTGTTGCTCCAATTGGCCTCCACAACATCTGTCCAGAAGTTATTTTGTTTGGATTTGTTTGCATACTATTCAGACGGCTATAGTATTTCACTGTTCTTATCTCAAATGAAGAAGTCCATTTGAGCCAGCCACTGGATTTGATACCCCAGATTCCTCAGCTCTTCCTGAGTATTTACTGCTGTATTTCAGATCTTATTTAACTGAACAGGTAATAGCAACAATTGAGATATCATTACAAAATCGCTTGCTTNCCAAGATGAATATTTTGGTCGNGATATATGTAGCACACCTCTGCC AACAGATCNTGGTAATGGCAATGCAATGCAAAATGATACATCTGACATCTNAAAAGAAAAGAGCATCTGAGTACCACAATAACAGCTTAAACGATATGGGTTTCCTCTTGA AATTATCATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]


>consensus_8104#0 ACAACACAGTGACAGAGGAAACCCTCAGCTCACAGCTCCAGGCGATTTTTCGTCGCCGCC GGCGCCGGCGCCGCCGCGAGCCCCGTCGACTCCCTCGCCGGCGGCGGCTGGACGGGACGG AATCTCAGGTCAACCCTCTCTCCCCGCCATTAGAATCTTCGCGATACTCCCCCAATCGGA GGAGAAACGAAACCCTCGTCGAGAAATTTGGACGCGCGCGATTGCTCCTCCTGCTTGGGT TTCTTGGTTGCTCGAGATCTCTCTCTCTGCAATGGCGGTCAGCTCGGAGCTGGAGGGCTT GCAGGACGTGGAGCCCTCCCGCTTCATCGCCTTCTCCTTCCCAAACCCTCTCCTCCTCCT CGACCACGCCTCCGACCCGTACGCCCATGGCGGCCATGAGTTCCTCCGCGTGGCGGTTCT CGACCACTCCTCACCCCACCCGTCGCCGCGCACGGCGGCGATGCTCGTGCCGGCGGGGCG GCACCGCGACTGGATCTTCTCCACCCGCGCCGGCCACCTGCACCTCCTCCTCGCCTCCCG CTCCCAGTGCAGCCACCTCTCCCGCCTCATCCTCGTCGGCCCCGAGCTCTCCGCGCCGTC TCCTTCTCGGGTGGTGGTCGTCGCCGCCGCCGCTCGCCCGGACCCGGATCCTGCTCACGC GCGGCTGCTCCCACTCCTCCTGGCTCTATGCCCCCGTGCCGCGTTTGGGGGCGATGCTAT CCCTGACGTGCCATTGCTCTCCTTCCATGATGACCTCCTCCGGCTTGCTCCTGTCAAGGT TGTCGCTGGTCCTGTGGTTGGTGAGATGGTTGTTGAGGATGTGGCCGTCGACTGCGCGCC ACGTTCGGCTGAATTGCGCCGCCGATTGCGGTTCAAGCGGATGCCGTTCCTTGTTCAGAC GCAGGTGCGCCTTGTGCGGCAATTATCGCCGGGTGATTCTTTGATGTTAGATGCATTGGA TGAGGTTGGAGGTGGTTCATTGCAGCCTGAGGTGGGTGGAGAGCTGGTCCAGCCTTACCT ACAGGCAATGGCCGCTGGTCTTGCGGTGATCGCCCCTTCCATGGATGAGAGCTTTCGGTT GGGTGGCAAGCCGAGGTGTCTTTGTGCTGGTATCGGTGGCGGCGCTCTTCTGATGTCAAT CAGAATGGGGCTTCAGTGTGATGTACTAGGGATAGAGGCTGATGGTGTTGTGCTGGATGT TGCAAGGAGCCATTTTGGATTGGTAGAGGATGAGTTCCTTCAAGTCCGTGTTGGTGATGC TATTCAAATGATCCAGGATTTTGCTCATCAAGGGGACCCTGATATGAATTTCAGTGCGAT TATGGTGGATCTTGATTCATCTGATGCTATATGTGGAGTCAGTGCACCACCGTTGGAGAT GACAAAGGAAAGCATTCTTCTTGCTTCACGCACGATCCTACATCGTGATGGGGCTTTCAT ATTGAATGTTATCCCTCCTGCTGCAGATGGATCCTTCTACAAAGGGTTGATTGATGTTCT TCGCCATGTCTTCTCTGAGTTGTATGAAATAAATGTCAGTAATGGTGAAAATTTTGTCCT TGTTGCCACAGTGTCACCAGTTGAAACTATCCTTGCTGATAGTTCAGGAAGCGTTCTGAC AAAATTGAGGAAATTAGCTGGGGATTTTTTGGAACACATAACGAGAATCTGACATTCCAA GTCACTGTATTGTTGCTCCAATTGGCCTCCACAACATCTGTCCAGAAGTTATTTTGTTTG GATTTGTTTGCATACTATTCAGACGGCTATAGTATTTCACTGTTCTTATCTCAAATGAAG AAGTCCATTTGAGCCAGCCACTGGATTTGATACCCCAGATTCCTCAGCTCTTCCTGAGTA TTTACTGCTGTATTTCAGATCTTATTTAACTGAACAGGTAATAGCAACAATTGAGATATC ATTACAAAATCGCTTGCTTCCCAAGATGAATATTTTGTCGTGATATATGTAGCACACCTC TGCCAAACAGATCTTGTTAATGTCAATGCAATGCAAAATGATACATCTGACATCTAAAAG AAGAGAGCATCTGAGTACAACAATAACAGCTAAAACGATATGGTTTCCTCTTGATATTTA TCATATTACAGGTATATATGTGCATGAAGATTTTTCTGTCCTTTTAAACATTATGCGACG TAAACAGTCTCATGAAGACACTAGAAACCTTGTCATGTCCTAGATCAATTTAGCCTTAAT GTCTGAATTCTTCTCAAAAAACAAAATTGATGCTAGACTTCTTATGTTAGCTATTGAATT TCTTTTCACGGTACATTTTGTTGTACACCACTTCAACCAATAATTTTGTTTTCATGCCTC TGAAACATTATGACGTCTACTGGTCTTTGACATTGGTGGTAATACCTTCAAAATAAAAAT ATATACTACAGATCATCTTTCGCTTAACATGTTCCACATGAGTCCCGCTGATGTTTTCGA GAAAAGAAAAGGTATTGTCGATGCATTGTCCTGCAAAATATATCTTTCCAAGGTTAATAT GGGGTAAGCACTGTGCCGTTGTTTTCCTAAGGTTCCCTTGTTCACTACATTATTTATCTG CACCATATGGAACGGACCTGCTTTCCCTTCTTTTTAAAAAGACTTTAAGCTTAAGGTGGA AATATGGCGTATCAGCAGCCAAGAGGAAAACTGGTTGTCCCAAACATACTGGGCAGGAGT ACATTCTTCTTCTCTGGTTATCTGTTGTGTAATTTCACTTTTGTTCATGTGTGGAGCAGC AGCAATTATTGTTTGAGTGTCAACATTTTGTATTGAAAACATAATATGGCTTACTGGTAT CTGCTGTGATGTTATGGAGAAGCATGTGAAGCAAGTAAGCCCAGAATCATGGAAACAATT GTTTCACCTGTCGATCAGAACATCATCACCAGGATGCACTGATTGTTAGCGTTTCGTTGT AAAATAGGCCCCTGGTGAGCCATCCAGATGAATTATTTATCTGTTCATTTAGAGTTTGTA GAGGTATATTGGATCGCCGTTTTCATGTTGTGAGCTATCTAAACCATTGTTTGTTCATTT AAAGTTTGTAGAGGTATATTCGATCGCCATTTTCGTGTTGGTGCCATGTACTTTTCTTGT TAATACCAACAATGACAAGAGTGGAATTGGAATTGGAAGATTATACTTCGTTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)