These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8195#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! 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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 362 fasta sequence [TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCCCCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCAATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAACCTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA] [+] EMBL BI797883 [TCGGCTCGTCTATGTATCGGCCCGCCCTCGTCCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAGCCGCCGGCGACGGCCTGGTGCCCCGGCATGAGCCCCCGGACCATCTTGCCCACCTACGTTCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAGATGCATCATCTCTTTATCCACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTCAATTAGCTATGAATGATTATGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAACCTACCGTTGATTGGATCTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8195#0 CGCGAACGCGTGGGCGCGCGCCCCGCGTCGTCGNCGGGCANCCGCTCCGCCTCCTCGGGA 60 consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8195#0 TGGAGTTCGAGGACGGGCACCGTCCTCGCCGCGCTCACCGGGGTCACCGTCATCGCGCTG 120 consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8195#0 CTCTTCACCAACGTCGGCTGGAACGTCATCGGCTCGGTCATG-ATCGGCGCCGCCCTCGT 179 consensus_8195#1 ----------------------------TCGGCTCGTCTATGTATCGGC-CCGCCCTCGT 31 ******** *** ****** ********** consensus_8195#0 CGCCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGAGCAGGAGGCCGC 239 consensus_8195#1 C-CCGCGCACGCCACGCTCCGCTCCACCGACGACCTCTTCTTGACCGACCAGGAG-CCGC 89 * ********************************************** ****** **** consensus_8195#0 CGGCGACGGCCTGGTGGCCGCCGGCATGAGCGCCGCCGGACCAATCTTGCCCACCTACGT 299 consensus_8195#1 CGGCGACGGCCTGGTGCC--CCGGCATGAGCCCC--CGGACCA-TCTTGCCCACCTACGT 144 **************** * *********** ** ******* **************** consensus_8195#0 TCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCAAGATGCATCAATCTC 359 consensus_8195#1 TCGCATCGCTTGATCTACTCGGCTTGGTATGATGATATCCCCCCA-GATGCATCA-TCTC 202 ********************************************* ********* **** consensus_8195#0 TTTATCCAACACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTGCCTTGCAAATTAGCTATGAATGATTG 419 consensus_8195#1 TTTATCCA-CACTCGTAGCTAATTGATGTTCTTCCTTC---AATTAGCTATGAATGATTA 258 ******** ************************ * * ****************** consensus_8195#0 TGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAAACCTAGCAGTTGATTTGAT 479 consensus_8195#1 TGTGTGTCTCCTGGCTGGAATTTATACTGTGTAATTATCAA-CCTACC-GTTGATTGGAT 316 ***************************************** **** * ******* *** consensus_8195#0 CTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATTCTTTTGTTAGCGTGTACAAATACTA 539 consensus_8195#1 CTTTGATGATATATATGGTACGGTGTTTGTTGATCCAAAAAAAAAA-------------- 362 ********************************** * * consensus_8195#0 GCTTTGCGTGTGATCATACTATGAACATATTGAGTCGCAACTGAATTGAGTAAAAAAATA 599 consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8195#0 TGGTGGTGGTGTTAATTTGCNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 659 consensus_8195#1 ------------------------------------------------------------ consensus_8195#0 AAAAAAAAAAAAAAAAAAA 678 consensus_8195#1 ------------------- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||