cluster # 8273

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Oryza sativa
cluster # 8273 cluster # 8273 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8273#0 length = 792 sequences # 4

consensus_8273#1 length = 701 sequences # 1

consensusID : consensus_8273#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 792
fasta sequence

                              [AGAAAGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCGCCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTCCCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCGNCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGT-CCCTCGCCACCAGGGCCT-CCTCCTCCTCTCCGGATTCCTCC-TTCGGCTCGCGGATGGA-GGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGACAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGT-GCTCCTA-CTCCATGGAGGTCAAGGCGCTCTTCAAGCGGATCGGCGTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGGACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAAATGCGAACACAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL OSS14841A            [AGAAAGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCGCCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTCCCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCGNCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGNCGCGCCAGGT CCCTCGNCACCAGGGCCT CCTCCTCCTCTCCGGATTCCTCC TTCGGCTCGCGGATGGAGGGACTCTGTCAAGAGGACGGTCGNCGACAACCCCGTCGTCATCTACTTCAAGTCCTGGTGGTTCCTANTTCCATGGAGGTCAAGGNGGTTTTCAAGNGGATCG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL AK062431             [                                         CTATCGATCCATCCATCCGCCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTCCCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCGCCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGT CCCTCGCCACCAGGGCCT CCTCCTCCTCTCCGGATTCCTCC TTCGGCTCGCGGATGGA GGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGACAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGT GCTCCTA CTCCATGGAGGTCAAGGCGCTCTTCAAGCGGATCGGCGTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGGACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAA                      ]
[+] EMBL AU096724             [                                                                                                                                                                      CCGCTTCCTCNTCG CTTCGCTTCCCNTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGTCCCCTCGCCACCAGGGCCTCCCTCCTCNTCTCCGGATTCNTCCTTTCGGCTCGCGGATGGA GGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGACAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGT GCTCCTA CTCCATGGAGGTCAAGGCGCTCTTCAAGCGGATCGGCGTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGGACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAAATGCGAACACAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU057134             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAAATGCGAACAAAAAA        ]




>consensus_8273#0
AGAAAGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCG
CCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTC
CCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCG
NCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGTCCCTCGCCACCAGGGCCTCCTCCTC
CTCTCCGGATTCCTCCTTCGGCTCGCGGATGGAGGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGA
CAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGTGCTCCTACTCCATGGAGGTCAAGGCGCT
CTTCAAGCGGATCGGCGTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGG
ACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTT
CATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGA
GCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAAC
ATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATT
TGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTA
GGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAAATGCGAACAC
AAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_8273#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 701
fasta sequence

                              [ACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCGCCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTCCCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCGCCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGTCCCTCGCCACCAGGGCCTCCTCCTCCTCTCCGGATTCCTCCTTCGGCTCGCGGATGGAGGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGACAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGTGCTCCTACTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGGACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAA]

[+] EMBL AK062820             [ACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCGCCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTCCCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCGCCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGTCCCTCGCCACCAGGGCCTCCTCCTCCTCTCCGGATTCCTCCTTCGGCTCGCGGATGGAGGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGACAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGTGCTCCTACTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGGACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAA]




>consensus_8273#1
ACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCGCCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCAC
CAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTCCCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCT
TCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCGCCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCA
GGTCCCTCGCCACCAGGGCCTCCTCCTCCTCTCCGGATTCCTCCTTCGGCTCGCGGATGG
AGGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGACAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGT
GCTCCTACTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGGACCTCAGTT
GCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTTCATTGGTGG
AAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGAGCTAGCTAC
CATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAACATGGTTTGC
TATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATTTGTTAGCCA
TGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTAGGGAATTTT
GACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8273#0      AGAAAGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCG 60
consensus_8273#1      --------------------------------ACGAGATACCTATCGATCCATCCATCCG 28
                                                      ****************************

consensus_8273#0      CCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTC 120
consensus_8273#1      CCGCCGGCGATCCCTCCTATCCCCTCCATCACCAATGCCGCCGCGGAGCCTCACCCTCTC 88
                      ************************************************************

consensus_8273#0      CCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCG 180
consensus_8273#1      CCGCCTTCCCGTGGCCGCCCTTGGCCTCCCCTTCTCTTCTTGCTCCCCGCCTCCTCCTCG 148
                      ************************************************************

consensus_8273#0      NCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGTCCCTCGCCACCAGGGCCTCCTCCTC 240
consensus_8273#1      CCTTCGCTTCCCCTTCGCCGCACGCCGCGCCAGGTCCCTCGCCACCAGGGCCTCCTCCTC 208
                       ***********************************************************

consensus_8273#0      CTCTCCGGATTCCTCCTTCGGCTCGCGGATGGAGGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGA 300
consensus_8273#1      CTCTCCGGATTCCTCCTTCGGCTCGCGGATGGAGGACTCTGTCAAGAGGACGCTCGCCGA 268
                      ************************************************************

consensus_8273#0      CAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGTGCTCCTACTCCATGGAGGTCAAGGCGCT 360
consensus_8273#1      CAACCCCGTCGTCATCTACTCCAAGTCCTGGTGCTCCTACTCCA---------------- 312
                      ********************************************                

consensus_8273#0      CTTCAAGCGGATCGGCGTCCAGCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGG 420
consensus_8273#1      ---------------------GCCGCACGTCATCGAGCTCGACCAACTCGGCGCACAGGG 351
                                           ***************************************

consensus_8273#0      ACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTT 480
consensus_8273#1      ACCTCAGTTGCAAAAGGTGTTAGAGCGGCTGACTGGACAGTCCACTGTTCCTAATGTTTT 411
                      ************************************************************

consensus_8273#0      CATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGA 540
consensus_8273#1      CATTGGTGGAAAGCACATTGGTGGCTGTACAGATACTGTGAAGCTTCATCGCAAAGGGGA 471
                      ************************************************************

consensus_8273#0      GCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAAC 600
consensus_8273#1      GCTAGCTACCATGCTGTCAGAGCTGGATATCGACGTCAACAACTCATGACAACATTGAAC 531
                      ************************************************************

consensus_8273#0      ATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATT 660
consensus_8273#1      ATGGTTTGCTATACTGGATATCTGAGGTTTCAATGACTTGAGCAGTCGTGTAATGAGATT 591
                      ************************************************************

consensus_8273#0      TGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTA 720
consensus_8273#1      TGTTAGCCATGTTTACTAATTCAATGCACATTTTATGTAACCGCTTCCCTTGATCAGCTA 651
                      ************************************************************

consensus_8273#0      GGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAAATGCGAACAC 780
consensus_8273#1      GGGAATTTTGACTAATGTGTATCCACCGGTGAACTTGGGAGAGGAAAAAA---------- 701
                      **************************************************          

consensus_8273#0      AAAAAAAAAAAA 792
consensus_8273#1      ------------