Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 860 cluster # 860       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_860#0 length = 2241 sequences # 2  

consensusID : consensus_860#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 2241
fasta sequence
                              [GGCACGAGGGTTTGCTCTAGAACTTATAGCATCGACATATATCAGGAATCAGACTGACTCGATCGCTCGCCAAAATAAATTGAGTTTTTAGTTTGGTGTGATGTCGGGTCCCAACCAAACATGAACCGCGGTCTGTTGTTCTACACGTATCGATGCATGTAGGCCTAACTTAGGAGAAGAATTGATTAAATAATAAGTGTAAAAAGTGAACATTTGTCAATGACTAATTAAGTATTACATTACATATTATAAAGTTTGAAAAATGAATTTACCAAATTATTTCAACAAATGCGGATGAAGAAAGTTTTTTGGTTGCAAAAAAACATTGTTTAATAACTTGGGAAGCGTGCTCGTGCAAATCGAGGGAGTTAGTGGCGGAGCTAGAACTTTTCCAAATCTAGGGCTAAATTAGTTGAATTTATATAATTTTACCGGGGCTGTCTACAGTTCGGGCGCCCGACGATTTGGAGAAAAAACGGGCGCTGACGTCAACGCCCGATTTACGTGCAAAAACTATTTAAACTGATTTTTCTCTTAAATTACTTATCCAAATCATGATCCGATTGCACCATTAAATTCGTTGCAATTAAATCTTCAAAACAAGACCACACATGGATATATTTCGATGACAATTTTTTTAGCTTATTATTGAATTATTTTTAAATGTTGCACGATGTTCCCCCAGGTATATCGGAATTGTTTCACTAAGTAGATCAAAAATGTTTCACTCATTTAAATTGGGTGTTGTTTCACCTCATATAAAAACAATGTTTCAGCCAATAGCGAAAGATTGTTTCAGTTCACTGCAACATTTGATCCATACATAGTGAAACATTATAAGTGCACTAGGTGAAACATTTTTTGGTGGAACAAAAAATAAAACGAATTCCCTTAATAGAGGGTTTCCAAAATATGTGGGTTTTTTGTCGCAATGGAATATTTCGGTTCACTGCAACATTAGATCTATATATAGTGAAACATTGTGAGTATACTAGGTGAAACATTTTTGGTGAAACAAAAAATAAACCAAATTCCCTTAATAGAGGGTTTTTAAAATATGTGGTTGATTTGTTACAGGTGGGGGCAGGTATTGTGGTGGGGTCAGTGACATCACCGTGCGCGCGGGGGCGGGGGGAGCGACCGATTTTTCCTCTCCCAGCCCGGTCACCCGACGGCCATCATTTCCCAATTTTACCTTTTGTCTTCTAGGTTTTGAAGTTTTAAAATAAAATTTTAATGAATATTTAGGAGCAGGAGTAGCTGCAGCCCTAGCTGCCCTACTCCCGTCTGCCAACCATCCAAGTCAAATGGGGCTTTGCTCGTCCTCATGTTATGGGATAAGATGACAATTTCAGTAGTTGCTACTTGCTCATGTCTAGATACAGGACATTTGGTTAATTGGTTACCTTGCTAGTCCTTTTTCTTTTGTTTGCTTTAAGGGATATATAGTTTGCATCTAGGACTAGTCGTTCATAAACATTGTCAGCAGAGAGATATTTCTCACAGTAACAGGAGGTCAGGTCGTGGAGAAGTTACAATAGAGATGATGTGTTCCAAGTTGTGAACCTTGCCATTCTGGCATGACGTCACAACAGAGATCATGTGCCCATTTTATTTCAGAAACATGTTTACTTCTTCTATTTAACATGCAGGGTATGCCTAATTGTCTAGTTTGATAGTAATGCTGTTGCTTTCATGAATCCTCCACCAGAGTATAACGGTTCAATTCCCAGAGCCATATTTATAAATAATTAAATTTCGTTTATAGAAGGCAGATTGCAGTTGATGACTGTGAATTCTCAACCATTGTTGTTTGTTGTGAAGGACGACAAGACTGATCTGAAGCTAAAAAAACACCTTCAAGAACTGGAGCAAATGCTTGACCAAATTGTCAGTGAACATGTGAAGCTGCACAGATTAGTGCACAGCTCTGACCGTGGCTATTTTGAGAGGCTTTTGAGCGAACATGGGTGGCCCAAATGCAAACCTCGTGATGTTTTTGTTTGGAGATGTAGGCTTACAACTATTTTTGTTGCATCTGTCATGATCGGTTACATGTTGCCTGAAATAGGATATCCGTCGTAAAATGCTGTGAAGGAACACCCTACATAGTTGTTTGCAGTCGTGCAGATGTACAGGCGATGGACACTTCTCGCTATCTACAGTAGTACCTAAGACATGTAAATGTGATGCACTTTTCAAATCTTTCTACTCCCTCCGTCTTATTTTAAATGCAACAAT]

[+] EMBL CF307493             [GGCACGAGGGTTTGCTCTAGAACTTATAGCATCGACATATATCAGGAATCAGACTGACTCGATCGCTCGCCAAAATAAATTGAGTTTTTAGTTTGGTGTGATGTCGGGTCCCAACCAAACATGAACCGCGGTCTGTTGTTCTACACGTATCGATGCATGTAGGCCTAACTTAGGAGAAGAATTGATTAAATAATAAGTGTAAAAAGTGAACATTTGTCAATGACTAATTAAGTATTACATTACATATTATAAAGTTTGAAAAATGAATTTACCAAATTATTTCAACAAATGCGGATGAAGAAAGTTTTTTGGTTGCAAAAAAACATTGTTTAATAACTTGGGAAGCGTGCTCGTGCAAATCGAGGGAGTTAGTGGCGGAGCTAGAACTTTTCCAAATCTAGGGCTAAATTAGTTGAATTTATATAATTTTACCGGGGCTGTCTACAGTTCGGGCGCCCGACGATTTGGAGAAAAAACGGGCGCTGACGTCAACGCCCGATTTACGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL AK107514             [                       TTATAGCATCGACATATATCAGGAATCAGACTGACTCGATCGCTCGCCAAAATAAATTGAGTTTTTAGTTTGGTGTGATGTCGGGTCCCAACCAAACATGAACCGCGGTCTGTTGTTCTACACGTATCGATGCATGTAGGCCTAACTTAGGAGAAGAATTGATTAAATAATAAGTGTAAAAAGTGAACATTTGTCAATGACTAATTAAGTATTACATTACATATTATAAAGTTTGAAAAATGAATTTACCAAATTATTTCAACAAATGTGGATGAAGAAAGTTTTTTGGTTGCAAAAAAACATTGTTTAATAACTTGGGAAGCGTGCTCGTGCAAATCGAGGGAGTTAGTGGCGGAGCTAGAACTTTTCCAAATCTAGGGCTAAATTAGTTGAATTTATATAATTTTACCGGGGCTGTCTACAGTTCGGGCGCCCGACGATTTGGAGAAAAAACGGGCGCTGACGTCAACGCCCGATTTACGTGCAAAAACTATTTAAACTGATTTTTCTCTTAAATTACTTATCCAAATCATGATCCGATTGCACCATTAAATTCGTTGCAATTAAATCTTCAAAACAAGACCACACATGGATATATTTCGATGACAATTTTTTTAGCTTATTATTGAATTATTTTTAAATGTTGCACGATGTTCCCCCAGGTATATCGGAATTGTTTCACTAAGTAGATCAAAAATGTTTCACTCATTTAAATTGGGTGTTGTTTCACCTCATATAAAAACAATGTTTCAGCCAATAGCGAAAGATTGTTTCAGTTCACTGCAACATTTGATCCATACATAGTGAAACATTATAAGTGCACTAGGTGAAACATTTTTTGGTGGAACAAAAAATAAAACGAATTCCCTTAATAGAGGGTTTCCAAAATATGTGGGTTTTTTGTCGCAATGGAATATTTCGGTTCACTGCAACATTAGATCTATATATAGTGAAACATTGTGAGTATACTAGGTGAAACATTTTTGGTGAAACAAAAAATAAACCAAATTCCCTTAATAGAGGGTTTTTAAAATATGTGGTTGATTTGTTACAGGTGGGGGCAGGTATTGTGGTGGGGTCAGTGACATCACCGTGCGCGCGGGGGCGGGGGGAGCGACCGATTTTTCCTCTCCCAGCCCGGTCACCCGACGGCCATCATTTCCCAATTTTACCTTTTGTCTTCTAGGTTTTGAAGTTTTAAAATAAAATTTTAATGAATATTTAGGAGCAGGAGTAGCTGCAGCCCTAGCTGCCCTACTCCCGTCTGCCAACCATCCAAGTCAAATGGGGCTTTGCTCGTCCTCATGTTATGGGATAAGATGACAATTTCAGTAGTTGCTACTTGCTCATGTCTAGATACAGGACATTTGGTTAATTGGTTACCTTGCTAGTCCTTTTTCTTTTGTTTGCTTTAAGGGATATATAGTTTGCATCTAGGACTAGTCGTTCATAAACATTGTCAGCAGAGAGATATTTCTCACAGTAACAGGAGGTCAGGTCGTGGAGAAGTTACAATAGAGATGATGTGTTCCAAGTTGTGAACCTTGCCATTCTGGCATGACGTCACAACAGAGATCATGTGCCCATTTTATTTCAGAAACATGTTTACTTCTTCTATTTAACATGCAGGGTATGCCTAATTGTCTAGTTTGATAGTAATGCTGTTGCTTTCATGAATCCTCCACCAGAGTATAACGGTTCAATTCCCAGAGCCATATTTATAAATAATTAAATTTCGTTTATAGAAGGCAGATTGCAGTTGATGACTGTGAATTCTCAACCATTGTTGTTTGTTGTGAAGGACGACAAGACTGATCTGAAGCTAAAAAAACACCTTCAAGAACTGGAGCAAATGCTTGACCAAATTGTCAGTGAACATGTGAAGCTGCACAGATTAGTGCACAGCTCTGACCGTGGCTATTTTGAGAGGCTTTTGAGCGAACATGGGTGGCCCAAATGCAAACCTCGTGATGTTTTTGTTTGGAGATGTAGGCTTACAACTATTTTTGTTGCATCTGTCATGATCGGTTACATGTTGCCTGAAATAGGATATCCGTCGTAAAATGCTGTGAAGGAACACCCTACATAGTTGTTTGCAGTCGTGCAGATGTACAGGCGATGGACACTTCTCGCTATCTACAGTAGTACCTAAGACATGTAAATGTGATGCACTTTTCAAATCTTTCTACTCCCTCCGTCTTATTTTAAATGCAACAAT]


>consensus_860#0 GGCACGAGGGTTTGCTCTAGAACTTATAGCATCGACATATATCAGGAATCAGACTGACTC GATCGCTCGCCAAAATAAATTGAGTTTTTAGTTTGGTGTGATGTCGGGTCCCAACCAAAC ATGAACCGCGGTCTGTTGTTCTACACGTATCGATGCATGTAGGCCTAACTTAGGAGAAGA ATTGATTAAATAATAAGTGTAAAAAGTGAACATTTGTCAATGACTAATTAAGTATTACAT TACATATTATAAAGTTTGAAAAATGAATTTACCAAATTATTTCAACAAATGCGGATGAAG AAAGTTTTTTGGTTGCAAAAAAACATTGTTTAATAACTTGGGAAGCGTGCTCGTGCAAAT CGAGGGAGTTAGTGGCGGAGCTAGAACTTTTCCAAATCTAGGGCTAAATTAGTTGAATTT ATATAATTTTACCGGGGCTGTCTACAGTTCGGGCGCCCGACGATTTGGAGAAAAAACGGG CGCTGACGTCAACGCCCGATTTACGTGCAAAAACTATTTAAACTGATTTTTCTCTTAAAT TACTTATCCAAATCATGATCCGATTGCACCATTAAATTCGTTGCAATTAAATCTTCAAAA CAAGACCACACATGGATATATTTCGATGACAATTTTTTTAGCTTATTATTGAATTATTTT TAAATGTTGCACGATGTTCCCCCAGGTATATCGGAATTGTTTCACTAAGTAGATCAAAAA TGTTTCACTCATTTAAATTGGGTGTTGTTTCACCTCATATAAAAACAATGTTTCAGCCAA TAGCGAAAGATTGTTTCAGTTCACTGCAACATTTGATCCATACATAGTGAAACATTATAA GTGCACTAGGTGAAACATTTTTTGGTGGAACAAAAAATAAAACGAATTCCCTTAATAGAG GGTTTCCAAAATATGTGGGTTTTTTGTCGCAATGGAATATTTCGGTTCACTGCAACATTA GATCTATATATAGTGAAACATTGTGAGTATACTAGGTGAAACATTTTTGGTGAAACAAAA AATAAACCAAATTCCCTTAATAGAGGGTTTTTAAAATATGTGGTTGATTTGTTACAGGTG GGGGCAGGTATTGTGGTGGGGTCAGTGACATCACCGTGCGCGCGGGGGCGGGGGGAGCGA CCGATTTTTCCTCTCCCAGCCCGGTCACCCGACGGCCATCATTTCCCAATTTTACCTTTT GTCTTCTAGGTTTTGAAGTTTTAAAATAAAATTTTAATGAATATTTAGGAGCAGGAGTAG CTGCAGCCCTAGCTGCCCTACTCCCGTCTGCCAACCATCCAAGTCAAATGGGGCTTTGCT CGTCCTCATGTTATGGGATAAGATGACAATTTCAGTAGTTGCTACTTGCTCATGTCTAGA TACAGGACATTTGGTTAATTGGTTACCTTGCTAGTCCTTTTTCTTTTGTTTGCTTTAAGG GATATATAGTTTGCATCTAGGACTAGTCGTTCATAAACATTGTCAGCAGAGAGATATTTC TCACAGTAACAGGAGGTCAGGTCGTGGAGAAGTTACAATAGAGATGATGTGTTCCAAGTT GTGAACCTTGCCATTCTGGCATGACGTCACAACAGAGATCATGTGCCCATTTTATTTCAG AAACATGTTTACTTCTTCTATTTAACATGCAGGGTATGCCTAATTGTCTAGTTTGATAGT AATGCTGTTGCTTTCATGAATCCTCCACCAGAGTATAACGGTTCAATTCCCAGAGCCATA TTTATAAATAATTAAATTTCGTTTATAGAAGGCAGATTGCAGTTGATGACTGTGAATTCT CAACCATTGTTGTTTGTTGTGAAGGACGACAAGACTGATCTGAAGCTAAAAAAACACCTT CAAGAACTGGAGCAAATGCTTGACCAAATTGTCAGTGAACATGTGAAGCTGCACAGATTA GTGCACAGCTCTGACCGTGGCTATTTTGAGAGGCTTTTGAGCGAACATGGGTGGCCCAAA TGCAAACCTCGTGATGTTTTTGTTTGGAGATGTAGGCTTACAACTATTTTTGTTGCATCT GTCATGATCGGTTACATGTTGCCTGAAATAGGATATCCGTCGTAAAATGCTGTGAAGGAA CACCCTACATAGTTGTTTGCAGTCGTGCAGATGTACAGGCGATGGACACTTCTCGCTATC TACAGTAGTACCTAAGACATGTAAATGTGATGCACTTTTCAAATCTTTCTACTCCCTCCG TCTTATTTTAAATGCAACAAT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)