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Oryza sativa
cluster # 8683 cluster # 8683       Sequences # 5       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8683#0 length = 1668 sequences # 4  
consensus_8683#1 length = 842 sequences # 1  

consensusID : consensus_8683#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1668
fasta sequence
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>consensus_8683#0 AACAACCCCATCCCCAAGAAACTAAACCTCATCCCCGCCCCCACCCATGTCCGACCACCA CCACCTCACCGGCGACCACCACCCCTCCCCGGCGAGCGCCGCCACCACCGCTCTAGGTCC CCTGCTCCTCCTCCCGTCGGAGCTCCTCCACGACATCCTCATCCGCCTCGCCCTCCCGGA GCTCCTCCGCGTCCGCTCCGTCGCGCGCCCGCTCTCCCACGTCATCTCCTCCCCGGACTT CCGCCGCCTGTACCACCTCTCCTCCGCCGCCTCCGGGCCAGGCCCCGCGGCCGCGTGGCT CCTCGTCTTCAAGAAGCTCCGCCCCCGCGACGCCGCGCTCCGGGGGTTCCATGGGCCGTC CGGCCGCTGGTTCCGCATCCCCGTCTCCGCCATCCTCGCGCCCGCGGTGCCACCCGGCGA GGACCTCTACTTCCTGGCCGCGTCCGGCAGCTCCTTCCTCTTCGCCGCCAACGGCCGCCG CGAGCTCGTCGTCGTCGACCTCTCGGCGCACGCCGCCCGCCGCCTCCCGCCGTCCCCGCT CGGCCCCCGCGGCACCTCCTCCTGGCGCCGCTTCGGCCTCAAGCTCGTCGCCGATCCCCC CGGGTCGAGCCAGTTTAGGTTTCTGTTCGCTGAGCTGGTGAACAACACGCCACTCCTCTT CGAGTACCAGTCCGAGACGGACACGTGGCAGTCATCGGAGGCGGTCCAGGCGGAGGGGGC GTCGACGGCGGCCGGGACGGAGGGGACGTTCCTGTGCGCGGCGCACGCCGGGCCGGACTG CGTGATGGTGTACTCCGGGCCGGGCGTGGAGCGGCCGGTCTTCTTCCGGCCGCGGTTCCC GCACAACCCGAACGGCGGCGGCGACAGGCTCCACGTGTACGGCGACGGGAGCGCCGCGGT GGTCCGGTCGACGGTGATCGACGAGCCGGGCAGGCCGCGGGTGAAGGTGGTGGCCGGCGT GGACCTGTACGGGTTCGGGTCGGTCGTCGGCGGCGACTGGCAGCTGGCCTCCACCGTGCC GGGCGAGCTGGTGGAGGGGTTCCGGAAGCCGTACGCCGTGATGACCGGGCTGCTGTCGGA GCGGGAGGGCGTGGTCCGGCTCGTCCTCATCTCCAACTGCCGTGGCGCCTGGGACATCGT GTGGCTGTCGTACGACCGCGCCCGCGGCGAGTGGTGGTGGGTGCCCGTGCCGGACTGGGG CACCAAGGGGCTCAACGTGGCCGGAATCGCCGTCTCCTCCACCTTCTCCCGCCTCTGGCC GCCGGCCGCCGCCTCGTCCTGCACCACCACCACCTCCCAGTGAACCGAACTCGCCGGCGT CTCTGCGTCACCGTGCGGCTTACGGCGAGCGGTGGGGAATTGGATTGTTAGGCCCAACGT GGCAATGGGCCCCGCACCCGTGTAAGTGGTGGGCCTCCTCCCCCGTGCCCGTGGGGCCGT CGCATAATGCGACATGATCTTGCACAATGGCTTCTCCGATGGCGACAAATCGTCGAGTGC GAGTGAGTGTGCTTCAGATAAGGAGGGGTGTACTGGCGTGCGTGCAAGCACTCTTCTCTA TAGTTCTCTTTTAGTATCACTGTTCATTGTTCATAAGCCGTGTGAGTGTAGCTTTGTGTT CATCTTCTCGTAAACCAAGTAAAAAGGGCAGGCTGGTACTCTGTTCTC



consensusID : consensus_8683#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 842
fasta sequence
                              [CACCGGCGACCACCACCCCTCCCCGGCGAGCGCCGCCACCACCGCTCTAGGTCCCCTGCTGCTCCTCCCGTCAGAGCTCCTCCACGACATCCTCATCCGCCTCGCCCTCCCGGAGCTCCTCCGCGTCCGCTCCGTCGCGCGCCCGCTCTCCCACGTCATCTCCTCCCCGGACTTCCGCCGCCTGTACCACCTCTCCTCCGCCGCCTCCGGGCCAGGCCCCGCGGCCGCGTGGCTCCTCGTCTTCAAGAAGCTCCGCCCCCGCGACGCCGCGCTCCGGGGGTTCCATGGGCCGTCCGGCCGCTGGTTCCGCATCCCCGTCTCCGCCATCCTCGCGCCCGCGGTGCCACCCGGCGAGGACCTCTACTTCCTGGCCGCGTCCGGCAGCTCCTTCCTCTTCGCCGTCAACGGTCGCCGCGAGCTCGTCGTCGTCGACCTCTCGGCGCACGCCGCCCGCCTGCTCCCGCCGTCCCCGCTCGGCCTACGCGGACCTTCTCCTGGCGCCGTTCGGGCTCAAGCTCGTCGCGATCCCCCGGGCCAGCCAGTTAGGTTCTGGTCCTGAGCTGGGACAAACGCACTCCTTTCAATCCCGTCCAACGGACACTGGCATATCGGAGCTGCCAACCGAGGGGCTGAGGGGCCGGACCGGGACTCCTTGACGGCACGCGGCCGGACCGTAGGGTCCCGGGCGGGCGGACGGCGGATTTCGGCCGGGCGCAACCAACGAGGCGAGAGGTATCGTGGTCGAAGCCGAGGGGTGAGTTGAGACACGGCTCATATGTGGAGGGACTACGGGTGGCCGTGCGCCGCTCTCGATGCTGAGGTGATGTTAGATGACATAGACA]

[+] EMBL AW155052             [CACCGGCGACCACCACCCCTCCCCGGCGAGCGCCGCCACCACCGCTCTAGGTCCCCTGCTGCTCCTCCCGTCAGAGCTCCTCCACGACATCCTCATCCGCCTCGCCCTCCCGGAGCTCCTCCGCGTCCGCTCCGTCGCGCGCCCGCTCTCCCACGTCATCTCCTCCCCGGACTTCCGCCGCCTGTACCACCTCTCCTCCGCCGCCTCCGGGCCAGGCCCCGCGGCCGCGTGGCTCCTCGTCTTCAAGAAGCTCCGCCCCCGCGACGCCGCGCTCCGGGGGTTCCATGGGCCGTCCGGCCGCTGGTTCCGCATCCCCGTCTCCGCCATCCTCGCGCCCGCGGTGCCACCCGGCGAGGACCTCTACTTCCTGGCCGCGTCCGGCAGCTCCTTCCTCTTCGCCGTCAACGGTCGCCGCGAGCTCGTCGTCGTCGACCTCTCGGCGCACGCCGCCCGCCTGCTCCCGCCGTCCCCGCTCGGCCTACGCGGACCTTCTCCTGGCGCCGTTCGGGCTCAAGCTCGTCGCGATCCCCCGGGCCAGCCAGTTAGGTTCTGGTCCTGAGCTGGGACAAACGCACTCCTTTCAATCCCGTCCAACGGACACTGGCATATCGGAGCTGCCAACCGAGGGGCTGAGGGGCCGGACCGGGACTCCTTGACGGCACGCGGCCGGACCGTAGGGTCCCGGGCGGGCGGACGGCGGATTTCGGCCGGGCGCAACCAACGAGGCGAGAGGTATCGTGGTCGAAGCCGAGGGGTGAGTTGAGACACGGCTCATATGTGGAGGGACTACGGGTGGCCGTGCGCCGCTCTCGATGCTGAGGTGATGTTAGATGACATAGACA]


>consensus_8683#1 CACCGGCGACCACCACCCCTCCCCGGCGAGCGCCGCCACCACCGCTCTAGGTCCCCTGCT GCTCCTCCCGTCAGAGCTCCTCCACGACATCCTCATCCGCCTCGCCCTCCCGGAGCTCCT CCGCGTCCGCTCCGTCGCGCGCCCGCTCTCCCACGTCATCTCCTCCCCGGACTTCCGCCG CCTGTACCACCTCTCCTCCGCCGCCTCCGGGCCAGGCCCCGCGGCCGCGTGGCTCCTCGT CTTCAAGAAGCTCCGCCCCCGCGACGCCGCGCTCCGGGGGTTCCATGGGCCGTCCGGCCG CTGGTTCCGCATCCCCGTCTCCGCCATCCTCGCGCCCGCGGTGCCACCCGGCGAGGACCT CTACTTCCTGGCCGCGTCCGGCAGCTCCTTCCTCTTCGCCGTCAACGGTCGCCGCGAGCT CGTCGTCGTCGACCTCTCGGCGCACGCCGCCCGCCTGCTCCCGCCGTCCCCGCTCGGCCT ACGCGGACCTTCTCCTGGCGCCGTTCGGGCTCAAGCTCGTCGCGATCCCCCGGGCCAGCC AGTTAGGTTCTGGTCCTGAGCTGGGACAAACGCACTCCTTTCAATCCCGTCCAACGGACA CTGGCATATCGGAGCTGCCAACCGAGGGGCTGAGGGGCCGGACCGGGACTCCTTGACGGC ACGCGGCCGGACCGTAGGGTCCCGGGCGGGCGGACGGCGGATTTCGGCCGGGCGCAACCA ACGAGGCGAGAGGTATCGTGGTCGAAGCCGAGGGGTGAGTTGAGACACGGCTCATATGTG GAGGGACTACGGGTGGCCGTGCGCCGCTCTCGATGCTGAGGTGATGTTAGATGACATAGA CA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8683#0      AACAACCCCATCCCCAAGAAACTAAACCTCATCCCCGCCCCCACCCATGTCCGACCACCA 60
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      CCACCTCACCGGCGACCACCACCCCTCCCCGGCGAGCGCCGCCACCACCGCTCTAGGTCC 120
consensus_8683#1      ------CACCGGCGACCACCACCCCTCCCCGGCGAGCGCCGCCACCACCGCTCTAGGTCC 54
                            ******************************************************

consensus_8683#0      CCTGCTCCTCCTCCCGTCGGAGCTCCTCCACGACATCCTCATCCGCCTCGCCCTCCCGGA 180
consensus_8683#1      CCTGCTGCTCCTCCCGTCAGAGCTCCTCCACGACATCCTCATCCGCCTCGCCCTCCCGGA 114
                      ****** *********** *****************************************

consensus_8683#0      GCTCCTCCGCGTCCGCTCCGTCGCGCGCCCGCTCTCCCACGTCATCTCCTCCCCGGACTT 240
consensus_8683#1      GCTCCTCCGCGTCCGCTCCGTCGCGCGCCCGCTCTCCCACGTCATCTCCTCCCCGGACTT 174
                      ************************************************************

consensus_8683#0      CCGCCGCCTGTACCACCTCTCCTCCGCCGCCTCCGGGCCAGGCCCCGCGGCCGCGTGGCT 300
consensus_8683#1      CCGCCGCCTGTACCACCTCTCCTCCGCCGCCTCCGGGCCAGGCCCCGCGGCCGCGTGGCT 234
                      ************************************************************

consensus_8683#0      CCTCGTCTTCAAGAAGCTCCGCCCCCGCGACGCCGCGCTCCGGGGGTTCCATGGGCCGTC 360
consensus_8683#1      CCTCGTCTTCAAGAAGCTCCGCCCCCGCGACGCCGCGCTCCGGGGGTTCCATGGGCCGTC 294
                      ************************************************************

consensus_8683#0      CGGCCGCTGGTTCCGCATCCCCGTCTCCGCCATCCTCGCGCCCGCGGTGCCACCCGGCGA 420
consensus_8683#1      CGGCCGCTGGTTCCGCATCCCCGTCTCCGCCATCCTCGCGCCCGCGGTGCCACCCGGCGA 354
                      ************************************************************

consensus_8683#0      GGACCTCTACTTCCTGGCCGCGTCCGGCAGCTCCTTCCTCTTCGCCGCCAACGGCCGCCG 480
consensus_8683#1      GGACCTCTACTTCCTGGCCGCGTCCGGCAGCTCCTTCCTCTTCGCCGTCAACGGTCGCCG 414
                      *********************************************** ****** *****

consensus_8683#0      CGAGCTCGTCGTCGTCGACCTCTCGGCGCACGCCGCCCGCCGCCTCCCGCCGTCCCCGCT 540
consensus_8683#1      CGAGCTCGTCGTCGTCGACCTCTCGGCGCACGCCGCCCGCCTGCTCCCGCCGTCCCCGCT 474
                      *****************************************  *****************

consensus_8683#0      CGGCCCCCGCGGCACCTCCTCCTGGCGCCGCTTCGGCCTCAAGCTCGTCGCCGATCCCCC 600
consensus_8683#1      CGGCCTACGCGG-ACCTTCTCCTGGCGCCG-TTCGGGCTCAAGCTCGTCGC-GATCCCCC 531
                      *****  ***** **** ************ ***** ************** ********

consensus_8683#0      CGGGTCGAGCCAGTTTAGGTTTCTGTTCGCTGAGCTGGTGAACAACACGCCACTCCTCTT 660
consensus_8683#1      --GGGCCAGCCAGTTAGG--TTCTGGTC-CTGAGCTGG--GACAA-ACGC-ACTCCT-TT 581
                        ** * ********  *  ***** ** *********   **** **** ****** **

consensus_8683#0      CGAGTACCAGTCCGAGACGGACACGTGGCAGTCATCGGAGGCGGTCCAGGCGGAGGGGGC 720
consensus_8683#1      CAAT--CCCGTCCAA--CGGACAC-TGGCA--TATCGGAGCTG---CCAACCGAGGGGCT 631
                      * *   ** **** *  ******* *****   *******  *   *   * ******  

consensus_8683#0      GTCGACGGCGGCCGGGACGGAGGGGACGTTCCTGTGCGCGGCGCACGCCGGGCCGGACTG 780
consensus_8683#1      G-----AGGGGCCGGACCGGGA------CTCCTTGACG----GCACGC--GGCCGGACCG 674
                      *      * ******  ***         ****   **    ******  ******** *

consensus_8683#0      CGTGATGGTGTACTCCGGGCCGGGCGTGGAGCGGCCGGTCTTCTTCCGGCCGCGGTTCCC 840
consensus_8683#1      TAGGG--------TCCCGGGCGGGCG---GACGGC-GGATTTCGGCCGGGCGCAA----C 718
                         *         *** ** ******     **** **  ***  **** ***      *

consensus_8683#0      GCACAACCCGAACGGCGGCGGCGACAGGCTCCACGTGTACGGCGACGGGAGCGCCGCG-G 899
consensus_8683#1      CAACGAGGCGAGAGGTATCGTGGTCGAAGCCGAGGGGTGAGTTGAGACACGGCTCATATG 778
                        ** *  ***  **   **  * *     * * * **  *  **     *   *    *

consensus_8683#0      TGGTCCGGTCGACGGTGATCGACGAGCCGGGCAGGCCGCGGGTGAAGGTGGTGGCCGGCG 959
consensus_8683#1      TGGAGGGACTACGGGTGGCCG-TGCGCCGCTCTCGATGCTGA-GGTGATGTTAGATGACA 836
                      ***   *      ****  **  * ****  *  *  ** *  *  * ** * *  * * 

consensus_8683#0      TGGACCTGTACGGGTTCGGGTCGGTCGTCGGCGGCGACTGGCAGCTGGCCTCCACCGTGC 1019
consensus_8683#1      TAGACA------------------------------------------------------ 842
                      * ***                                                       

consensus_8683#0      CGGGCGAGCTGGTGGAGGGGTTCCGGAAGCCGTACGCCGTGATGACCGGGCTGCTGTCGG 1079
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      AGCGGGAGGGCGTGGTCCGGCTCGTCCTCATCTCCAACTGCCGTGGCGCCTGGGACATCG 1139
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      TGTGGCTGTCGTACGACCGCGCCCGCGGCGAGTGGTGGTGGGTGCCCGTGCCGGACTGGG 1199
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      GCACCAAGGGGCTCAACGTGGCCGGAATCGCCGTCTCCTCCACCTTCTCCCGCCTCTGGC 1259
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      CGCCGGCCGCCGCCTCGTCCTGCACCACCACCACCTCCCAGTGAACCGAACTCGCCGGCG 1319
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      TCTCTGCGTCACCGTGCGGCTTACGGCGAGCGGTGGGGAATTGGATTGTTAGGCCCAACG 1379
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      TGGCAATGGGCCCCGCACCCGTGTAAGTGGTGGGCCTCCTCCCCCGTGCCCGTGGGGCCG 1439
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      TCGCATAATGCGACATGATCTTGCACAATGGCTTCTCCGATGGCGACAAATCGTCGAGTG 1499
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      CGAGTGAGTGTGCTTCAGATAAGGAGGGGTGTACTGGCGTGCGTGCAAGCACTCTTCTCT 1559
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      ATAGTTCTCTTTTAGTATCACTGTTCATTGTTCATAAGCCGTGTGAGTGTAGCTTTGTGT 1619
consensus_8683#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8683#0      TCATCTTCTCGTAAACCAAGTAAAAAGGGCAGGCTGGTACTCTGTTCTC 1668
consensus_8683#1      -------------------------------------------------
                                                                       




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)