Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 8692 cluster # 8692       Sequences # 5       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_8692#0 length = 480 sequences # 5  

consensusID : consensus_8692#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 480
fasta sequence
                              [CTGCTGATATCTCAGACAACAGTCTCCATGGGCTGCAGGCTTACAAGGTTTTCATATCCATTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTGCAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATGGCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCTTCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTCTATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGT-GGTACTAC-ATTTT-GGTTGCCTAC-ATCG-TTGC-ACC-TGT--GCCTTGG--CCTTC-TGC-AA-TG-CCTACGGGAAGTGGGTC-TCACTTGATTTGGGTC-TCTTGGCCTCCAACCTATGGCAA-GCTTTGCT-ATC--TTCGGGTTCGGAGCG]

[+] EMBL OSR27921A            [CTGCTGATATCTCAGACAACAGTCTCCATGGGCTGCAGGCTTACAGGGTTTTCATATCCATTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTGCAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATGGCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCTTCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTCTATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGT GGTACTAC ATTTT GGTTGCCTAC ATCG TTGC AC                                                                                                                        ]
[+] EMBL AU064290             [                                             AGGTTTTCATATCCATTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTGCAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATGGCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCTTCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTCTATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGTGGGTACTACAATTTTGGGTTGCCTACAATCGTTTGCAACCTTGTTGGCCTTGGGCCCTTCTTGCNAATTGCCCTACGGGAAGTGGGTCTTCACTTGATTTGGGTCTTCTTGGCCTCCAACCTATGGCAAGGCTTTGCTAATCCTTTCGG          ]
[+] EMBL C91598               [                                             AGGTTTTCATATCCATTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTGCAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATGGCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCTTCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTCTATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGT GGTACTAC ATTTT GGTTGCCTAC ATCG TTGC ANC TGT  GC  TGG  GCTTC TGC AA TG CCTAC GGAAGTGGGTC TCAC TGATT  GGTC TCTTTGCCTCCAA CTATGGCAA GC TTGCT ATC  TTCGTGTTCGGAGCG]
[+] EMBL AU064354             [                                             AGGTTTTCATATCCATTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTGCAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATGGCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCTTCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTCTATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGT GGTACTAC ATTTT GGTTGCCTAC ATCG TTGC ACC TGT  G CTTGG  CCTTC TGC AA TG CCTACGGGAAGTGGGTC TCAC TGA TTGGG C TNTTGGCCTCC ACCTATGGCAA GCTTT CT ATC  TTCGGG         ]
[+] EMBL AU064343             [                                             AGGTTTTCATATCCATTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTGCAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATGGCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCTTCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTCTATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGT GGTACTAC A TTT GGTTGCCTAC ATCG TTGC ACC TGT  GC  TGG  CCTTC TGC AA TG CCTAC GGAA T GGTC TCACT                                                                 ]


>consensus_8692#0 CTGCTGATATCTCAGACAACAGTCTCCATGGGCTGCAGGCTTACAAGGTTTTCATATCCA TTGCTTTGATCCTTGGGGATGGTTTATACAACTTCCTCAAGGTGCTTATCCGCACAATTG CAGGCTTTATATCAATGGTTCAGAACAATTCAAAAGGCATGCTTCCTGTTTCAGACAATG GCATGTCCATGTCCACTGCTGAAGAGGTATCCTTCGATGATGAGCGTCGCACTGAAATCT TCCTGAAAGATCAAATTCCTAAGTCAGTTGCATATGGAGGCTACGTCGTAGTTGCTGCTC TATCGATTGGCACCCTTCCTGAGATCTTCCCGCAGCTCAAGTGGTACTACATTTTGGTTG CCTACATCGTTGCACCTGTGCCTTGGCCTTCTGCAATGCCTACGGGAAGTGGGTCTCACT TGATTTGGGTCTCTTGGCCTCCAACCTATGGCAAGCTTTGCTATCTTCGGGTTCGGAGCG



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)