cluster # 8782

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Oryza sativa
cluster # 8782 cluster # 8782 Sequences # 5 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8782#0 length = 758 sequences # 3

consensus_8782#1 length = 677 sequences # 2

consensusID : consensus_8782#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 758
fasta sequence

                              [CCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCAGGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGGGACTGAATCCTCCTCTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAGTATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGAAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGTGAAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTTG-GGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATAAAAAATTTCTTGTCGATCTATTGTCAATTTGTCATAGTACGATTGATTGATGTCTGATTACTGTAATGGCGCGTACGTGTAATGTTGCGATGAGAGCTCAAACAAGCAA]

[+] EMBL AK108269             [CCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCAGGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGGGACTGAATCCTCCTCTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAGTATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGAAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGTGAAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTTG GGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATATACTGTTTCTTGTCGATCTATTGTCAATTTGTCATAGTACGATTGATTGATGTCTGATTACTGTAATGGCGCGTACGTGTAATGTTGCGATGAGAGCTCAAACAAGCAA]
[+] EMBL CF296735             [                                                                                                                               GGCGCCGCGCTATCCGTCC TGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAGTATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGAAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGTGAAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTTGNGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATAAAAAA                                                                                                        ]
[-] EMBL CF296734             [                                                                                                                                                                             GGGGAGTATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGAAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGTGAAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTTG GGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATAAAAAAa                                                                                                       ]




>consensus_8782#0
CCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCAG
GCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGGGACTGAATCCTCCTC
TCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAGT
ATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGA
AGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGC
GGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGTGAAGGCGTCCATCC
GCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTT
ACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGAT
GTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCA
TCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGT
TGGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATAAAAAATTTCTT
GTCGATCTATTGTCAATTTGTCATAGTACGATTGATTGATGTCTGATTACTGTAATGGCG
CGTACGTGTAATGTTGCGATGAGAGCTCAAACAAGCAA

consensusID : consensus_8782#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 677
fasta sequence

                              [CCCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCAGGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGAGACTGAATCCTCCTCTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAGTATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGGAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGGTGAAAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTTGGGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAC]

[+] EMBL CF334346             [CCCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCAGGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGAGACTGAATCCTCCTCTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAGTATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGGAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGGTGAAAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTTGGGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAC]
[-] EMBL CF334345             [                                                                                                                                                                                      TCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATGGAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGGCGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAA GGTG AAGGCGTCCATCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATATTTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATCGATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACATCCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTGGGTT GGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATATAAAAAAAAAA             ]




>consensus_8782#1
CCCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCA
GGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGAGACTGAATCCTCCT
CTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAG
TATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATG
GAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGG
CGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGGTGAAAGGCGTCCA
TCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATAT
TTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATC
GATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACAT
CCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTG
GGTTGGGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATATAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAACAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8782#0      -CCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCA 59
consensus_8782#1      CCCAACCCAACGTCTCACTCCTCTCTCTCTATCTCCTGTCCTGCCCTGCCCTGCCCTGCA 60
                       ***********************************************************

consensus_8782#0      GGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGGGACTGAATCCTCCT 119
consensus_8782#1      GGCGAGGCTAGCTGCAGGTCAATTCATTGGCTCTGTGCTAGCTTGAGACTGAATCCTCCT 120
                      ********************************************* **************

consensus_8782#0      CTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAG 179
consensus_8782#1      CTCTTGAGGGCGCCGCGCTATCCGTCCATGGCGCCGTCGTACCGCCCCTACTCCGGGGAG 180
                      ************************************************************

consensus_8782#0      TATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATG 239
consensus_8782#1      TATCAGTACGGCAACGGCAACGCGGTGGTGCCGTATGGCGGTGGCGGCGAGCGGAGGATG 240
                      ************************************************************

consensus_8782#0      AAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGG 299
consensus_8782#1      GAGGCGGTGTGTCGGTGGGTGCCTGGTGCGTGGTGGCTGTCGGACCCGGAGATGAAGCGG 300
                       ***********************************************************

consensus_8782#0      CGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGT--GAAGGCGTCCA 357
consensus_8782#1      CGGCGGAGGGTGGCCGGATACAAGTCGTACGCGGTGGAGGGGAAGGGTGAAAGGCGTCCA 360
                      **********************************************    **********

consensus_8782#0      TCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATAT 417
consensus_8782#1      TCCGCAGGGGGCTCCGCTGGATCAAGGCCAAGTGCTCCCACATCGTCCGCCGCTAGATAT 420
                      ************************************************************

consensus_8782#0      TTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATC 477
consensus_8782#1      TTTACTCTACTACTCTCTACTTGTTCTTCTTGCTACTGCAACTTTTATTTGCAATCGATC 480
                      ************************************************************

consensus_8782#0      GATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACAT 537
consensus_8782#1      GATGTCCTTCTTGCTTGCTTGATTCACGAGCACAGCACTCTTGTTCGTTTGCAATAACAT 540
                      ************************************************************

consensus_8782#0      CCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTG 597
consensus_8782#1      CCATCTGCCAAGTTTGCTTGCTTTCCCTTTCCCCCAACTCCTCCTCCACTGCTTTGGTTG 600
                      ************************************************************

consensus_8782#0      GGTTGGG-AGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATAAAAAATT 656
consensus_8782#1      GGTTGGGGAGATCTTGCTAGCTTGCAGATGTTTCTAGCTCCTAGCTAGTTATATAAAAAA 660
                      ******* ********************************************* ****  

consensus_8782#0      TCTTGTCGATCTATTGTCAATTTGTCATAGTACGATTGATTGATGTCTGATTACTGTAAT 716
consensus_8782#1      AAAAAAAAAAAAAACAC------------------------------------------- 677
                              *   *                                               

consensus_8782#0      GGCGCGTACGTGTAATGTTGCGATGAGAGCTCAAACAAGCAA 758
consensus_8782#1      ------------------------------------------