cluster # 8848

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Oryza sativa
cluster # 8848 cluster # 8848 Sequences # 6 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_8848#0 length = 707 sequences # 2

consensus_8848#1 length = 690 sequences # 2
consensus_8848#2 length = 606 sequences # 2

consensusID : consensus_8848#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 707
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGGCTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTTCTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTTTTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTAAGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTGATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCCTGTTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAGGGTTTTTTCTAGCTGAGGGTTTTGTTCTTTGATATAATCAAAGTTTTTGCTAACTAAATTTTGATTTTCTAATAGTTTTTCGACTTGTTTTTTAGTAGGTTTTAAAT]

[+] EMBL CA759343             [TTTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGGCTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTTCTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTTTTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTAAGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTGATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCCTGTTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAGGGTTTTTTCTAGCTGAGGGTTTTGTTCTTTGATATAATCAAAGTTTTTGCTAACTAAATTTTGAT                                          ]
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>consensus_8848#0
TTTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTA
CCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGG
CTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTC
CACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTT
CTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTT
TTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTA
AGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTG
ATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCCTGTTCAAATTTTTCTAT
TGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGC
TTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAG
GGTTTTTTCTAGCTGAGGGTTTTGTTCTTTGATATAATCAAAGTTTTTGCTAACTAAATT
TTGATTTTCTAATAGTTTTTCGACTTGTTTTTTAGTAGGTTTTAAAT

consensusID : consensus_8848#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 690
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTATATTAGATTCAGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGGCTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCC-TTTTTTAGGTGGGGCTTTGTACTGACCTTGGGTGTTACTACCTGCAGGTACTATAGCTCCTGCTGAACTACTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGTTGTAAGATTATTAATCTTTTTATCAATTTCTTGTAAAGCGTAAAGTTGTACTAAACCCTTAGATGCTAAATTTACGTCTGCAGCTGACTTTATATTTTCTAGAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTTCCGGCTGTATCTGATTCTAGGTTTTTAAACTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGGTAATCAGCGCTCATGTAGCTTGATGCTTAAGGAATTCCAGGATTTCTCTTAAGTCCTTAATTTCTTGCTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAGTTCTGCTCTGCTATTTTAAGAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCTACTAATAAAGTATTAATGGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAGGGATTTTTCTAGTTGAGTGCTTTGGTCTTTGATATAATCAAAGCTCTTGCTAATTAAGTTTTGATTTTCTAATAGTTTTTCAACTTGTTTTT]

[+] EMBL CA763508             [TTTTTTTTTTTTTATATTAGATTCAGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGGCTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCC TTTTTTAGGTGGGGCTTTGTACTGACCTTGGGTGTTACTACCTGCAGGTACTATAGCTCCTGCTGAACTACTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGTTGTAAGATTATTAATCTTTTTATCAATTTCTTGTAAAGCGTAAAGTTGTACTAAACCCTTAGATGCTAAATTTACGTCTGCAGCTGACTTTATATTTTCTAGAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTTCCGGCTGTATCTGATTCTAGGTTTTTAAACTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGGTAATCAGCGCTCATGTAGCTTGATGCTTAAGGAATTCCAGGATTTCTCTTAAGTCCTTAATTTCTTGCTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAGTTCTGCTCTGCTATTTTAAGAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCTACTAATAAAGTATTAATGGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAGGGATTTTTCTAGTTGAGTGCTTTGGTCTTTGATATAATCAAAGCTCTTGCTAATTAAGTTTTGATT                          ]
[+] EMBL CA763507             [ TTTTTTTTTTTTATATTAGATTCAGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGGCTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTTTTTAGGTGGTGCTTTGTACTGACCTTGGGTGTTACTACCTGCAGGTACTATAGCTCCTGCTGAACTACTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGTTGTAAGATTATTAATCTTTTTATCAATTTCTTGTAAAGCGTAAAGTTGTACTAAACCCTTAGATGCTAAATTTACGTCTGCAGCTGACTTTATATTTTCTAGAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTTCCGGCTGTATCTGATTCTAGGTTTTTAAACTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGGTAATCAGCGCTCATGTAGCTTGATGCTTAAGGAATTCCAGGATTTCTCTTAAGTCCTTAATTTCTTGCTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAGTTCTGTTCTGCTATTTTAAGAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCTACTAATAAAGTATTAATGGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAGGGATTTTTCTAGTTGAGTGTTTTGTTCTTTGATATAATCAAAGTTCTTGCTAATTAAGTTTTGATTTTCTAATAGTTTTTCAACTTGTTTTT]




>consensus_8848#1
TTTTTTTTTTTTTATATTAGATTCAGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACC
AGTAAATGGTCTAAGGCTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTTTTAGGTGGGGCT
TTGTACTGACCTTGGGTGTTACTACCTGCAGGTACTATAGCTCCTGCTGAACTACTTCCA
CTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGTTGTAAGATTATTAATCTTTTTATCAATTTCT
TGTAAAGCGTAAAGTTGTACTAAACCCTTAGATGCTAAATTTACGTCTGCAGCTGACTTT
ATATTTTCTAGAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTTCCGGCTGTATCTGATTCTAGG
TTTTTAAACTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGGTAATCAGCGCTCATGTAGCTTGAT
GCTTAAGGAATTCCAGGATTTCTCTTAAGTCCTTAATTTCTTGCTCAAATTTTTCTATTG
CCTTAGAGTTCTGCTCTGCTATTTTAAGAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCTT
GTTGTATTTCTACTAATAAAGTATTAATGGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAGGG
ATTTTTCTAGTTGAGTGCTTTGGTCTTTGATATAATCAAAGCTCTTGCTAATTAAGTTTT
GATTTTCTAATAGTTTTTCAACTTGTTTTT

consensusID : consensus_8848#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 606
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGGCTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTTCTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTTTTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTAAGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTGATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCTTGTTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTC-TACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCCCCCTTGTCTC]

[+] EMBL CA759344             [TTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGGCTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTTCTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTTTTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTAAGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTGATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCTTGTTCAAATTTTTCTATTGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTC TACTTCCTTAGGTCTAGCTTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCCCCCTTGTCTC]
[-] EMBL CB096430             [              ATANTAGANTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTACCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCNTAGGTGGTGCTTTANACTGACCTTGGGTGTTNCTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTCCACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCNTTNTATCGATTTCTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTANCCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGNTGTTTTTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTAAGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTGATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCTNGTTCAAATTTTTCTANTGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAGAGTTCTTAATTCGTACTTCCTTAGGTCTAGCNTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTACCTGTTT              ]




>consensus_8848#2
TTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTAC
CAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGGC
TTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTCC
ACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTTC
TTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTTT
TATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTAA
GTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTGA
TGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCTTGTTCAAATTTTTCTATT
GCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGCT
TGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCCCCCT
TGTCTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8848#0      TTTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTA 60
consensus_8848#2      -TTTTTTTTTTTTTAATATTAGATTCTGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTA 59
consensus_8848#1      --TTTTTTTTTTTTTATATTAGATTCAGAGGTTGAATCTTGGGTTATAGTTCTAGAAGTA 58
                        ************ *********** *********************************

consensus_8848#0      CCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGG 120
consensus_8848#2      CCAGTAAATGGTCTAAGACTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTCTTAGGTGGGG 119
consensus_8848#1      CCAGTAAATGGTCTAAGGCTCATGCTGGATATTTTCTTTTAATTCCTTTTTTAGGTGGGG 118
                      ***************** ******************************* **********

consensus_8848#0      CTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTC 180
consensus_8848#2      CTTTATACTGACCTTGGGTGTTACTTCCTGCAGGTACTATGGCTCCTGCTGAACTATTTC 179
consensus_8848#1      CTTTGTACTGACCTTGGGTGTTACTACCTGCAGGTACTATAGCTCCTGCTGAACTACTTC 178
                      **** ******************** ************** *************** ***

consensus_8848#0      CACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTT 240
consensus_8848#2      CACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGCTGTAAGATTATTTATCTTTTTATCGATTT 239
consensus_8848#1      CACTAGTTGTAGGTAACTTACTAACTTGGGTTGTAAGATTATTAATCTTTTTATCAATTT 238
                      ****************************** ************ *********** ****

consensus_8848#0      CTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTT 300
consensus_8848#2      CTTGTAGGGCGTAAAGTTGTACTAACCCTTTAGATGCTAGGTTTACGTCTGCAGTTGTTT 299
consensus_8848#1      CTTGTAAAGCGTAAAGTTGTACTAAACCCTTAGATGCTAAATTTACGTCTGCAGCTGACT 298
                      ******  ***************** ** **********  ************* **  *

consensus_8848#0      TTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTA 360
consensus_8848#2      TTATATTTTCTAAAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTGGCGGCTGTATCTGATTCTA 359
consensus_8848#1      TTATATTTTCTAGAGTAAATACCCAATTAAACTTATCTTTTCCGGCTGTATCTGATTCTA 358
                      ************ ***************************  ******************

consensus_8848#0      AGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTG 420
consensus_8848#2      AGTTTTTAAATTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGATAATCAGCGCTCATGTAGATTG 419
consensus_8848#1      GGTTTTTAAACTTTTCAAGGGCTTCCTTGAAAGTTGGGTAATCAGCGCTCATGTAGCTTG 418
                       ********* ************************** ****************** ***

consensus_8848#0      ATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCCTGTTCAAATTTTTCTAT 480
consensus_8848#2      ATGCTTAAGGTATTCTAAGATTTCTCTTAGATCCTTAATTTCTTGTTCAAATTTTTCTAT 479
consensus_8848#1      ATGCTTAAGGAATTCCAGGATTTCTCTTAAGTCCTTAATTTCTTGCTCAAATTTTTCTAT 478
                      ********** **** * ***********  *********** ** **************

consensus_8848#0      TGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGC 540
consensus_8848#2      TGCCTTAGAATTTTGTTCTGCTATTTTAAAAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGC 539
consensus_8848#1      TGCCTTAGAGTTCTGCTCTGCTATTTTAAGAGTTCTTAATTCTACTTCCTTAGGTCTAGC 538
                      ********* ** ** ************* ******************************

consensus_8848#0      TTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAG 600
consensus_8848#2      TTGTTGTATTTCGACTAATAAGGTATTAATAGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCCCC- 598
consensus_8848#1      TTGTTGTATTTCTACTAATAAAGTATTAATGGAGTCTTCTAACTTAACTGTTTTTCTTAG 598
                      ************ ******** ******** *************************    

consensus_8848#0      GGTTTTTTCTAGCTGAGGGTTTTGTTCTTTGATATAATCAAAGTTTTTGCTAACTAAATT 660
consensus_8848#2      -CTTGTCTC--------------------------------------------------- 606
consensus_8848#1      GGATTTTTCTAGTTGAGTGCTTTGGTCTTTGATATAATCAAAGCTCTTGCTAATTAAGTT 658
                         * * **                                                   

consensus_8848#0      TTGATTTTCTAATAGTTTTTCGACTTGTTTTTTAGTAGGTTTTAAAT 707
consensus_8848#2      -----------------------------------------------
consensus_8848#1      TTGATTTTCTAATAGTTTTTCAACTTGTTTTT--------------- 690