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Oryza sativa
cluster # 9377 cluster # 9377       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9377#0 length = 1976 sequences # 6  

consensusID : consensus_9377#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 1976
fasta sequence
                              [AGCAATGAACTGGTGCAAGAGTGGAAAGTGTGGTCATTTTGGATCTGGGGGTTTCATAATCTGGGACATATCTGGAGGCCAAGAAGATTACTCCTACCAAGAACTATTGCCTATGGCAATTATTGGTGTTATTGGTGGACTTCTAGGGGCATTATTCAATCAACTTACCCTGTATATAACTAAATGGCGTCGAACATATCTTCACAAAAAGGGGAAACGAGTGAAGATCTTTGAAGCATGCCTTATATCTTTGGTTACATCCACAATTTCCTTTGTGTTGCCATTGATGAGGAAATGCAGTTCATGTCCTCAGTTAGAAACTAATTCTGGCATCGAATGCCCTCGGCCACCTGGAACAGATGGGAATTTTGTCAATTTTTATTGTTCTAAAGATAACGAATACAACGACCTAGCAACCATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCAATACGTAATCTATTCAGTGCAAAAACATTCCATGAATACAGTGCACAAAGCCTTATCACCTTCCTGGTCATGTTTTACTCCTTAGCTGTCGTGACATTTGGAACCGCTGTTCCAGCTGGTCAATTTGTTCCAGGAATAATGATCGGATCAACATATGGCCGGCTTGTTGGAATGTTTGTTGTTAAGTTTTATAAGAAGCTAAATGTTGAGGAGGGCACGTATGCTCTACTTGGTGCTGCTTCCTTTCTTGGTGGCTCAATGAGAATGACTGTATCTTTATGTGTTATAATGGTTGAAATTACTAACAACTTGAAACTCCTGCCGTTAATCATGCTTGTGCTTCTGATTTCTAAGGCCGTGGGTGACTTTTTTAATGAAGGGCTGTATGAAGTGCAAGCCCAATTAAGGGGCATCCCTTTACTTGACTCAAGACCCAAACAGGTTATGAGAAATATGAGTGCGAAGGATGCCTGCAAGAATCAAAAGGTTGTGTCCCTTCCTCGCGTTTCAAGAATTGTTGATATTATTTCTGTTTTGCGAAG-CAACAAGCATAATGGCTTCCCTGTTGTTGATCGTGGGCAGAATGGCGAGTCACTTGTCATAGGTCTGATACTTCGTAGTCACTTACTTGTACTTCTGCAATCTAAAGTAGATTTCCAGAATAGTCCTTTCCCTTGTGGACCTGGTATACTCAACAGGCACAATACAAGTGACTTTGTTAAACCAGCATCGAGTAAAGGAAAGTCAATTGATGATATTCATTTGACAGAAGATGAGCTAGGGCTGTATTTGGATCTCGCCCCATTTCTAAATCCTTCTCCTTATATAGTGCCAGAGGACATGTCCTTAGCAAAGGTGTACAATCTCTTCCGCCAACTAGGATTGCGACATATATTTGTTGTTCCACGGCCTTCTCGTGTTGTTGGATTAATAACAAGACAAGATCTTTTACTTGAGGAGAACGGCAATAATGTGACAACT-GAG-CT-CCAGTCGACTAGTGTAAGGGGTCAGCT-GAATGGCAAAATGCTCAGTGG-CAG-CACACATCTGGGG-CATCCTCTTCTTGATAGT-ATTGTGGTT-GA-GGAGTAAATACATGTGA-CCATAATCT-CT-CAAGATAATTTTGACCGCAA-G-CAGCTAACCTGT-CACTG-CAT-CCTGGGG-CATGTTT-AGCT-CCTCGAACAAGGCGG-CCCT-GGACTCTGGCTGAT-GCAACATGAATTGGATTCTGCAATCCTATGCGACAGAAAGGGTAGCAATGAGCTATCCTCATGTAGTGGCTAATTAGGTGATTTGCCCCATACCTTGGATACTAGTTAGGTGATTGTAAGTTGTAACTCGTAGAAATGTTTAGATGTTTATACCCATCATCCGTGCATACCACGAGAAAACATCTGATTATGTTTACACAACGATTTTATAGGATTCATTTTTCTTTACAGGAGTTTGCGCATGTAAATACCTTTTTTTTTTCTTAACGGGAATTACAGGGAAGCCCCAGACCTGAGGCATGAGTTCCTTAAATTGTTGCAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CB618749             [AGCAATGAACTGGTGCAAGAGTGGAAAGTGTGGTCATTTTGGATCTGGGGGTTTCATAATCTGGGACATATCTGGAGGCCAAGAAGATTACTCCTACCAAGAACTATTGCCTATGGCAATTATTGGTGTTATTGGTGGACTTCTAGGGGCATTATTCAATCAACTTACCCTGTATATAACTAAATGGCGTCGAACATATCTTCACAAAAAGGGGAAACGAGTGAAGATCTTTGAAGCATGCCTTATATCTTTGGTTACATCCACAATTTCCTTTGTGTTGCCATTGATGAGGAAATGCAGTTCATGTCCTCAGTTAGAAACTAATTCTGGCATCGAATGCCCTCGGCCACCTGGAACAGATGGGAATTTTGTCAATTTTTATTGTTCTAAAGATAACGAATACAACGACCTAGCAACCATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCAATACGTAATCTATTCAGTGCAAAAACATTCCATGAATACAGTGCACAAAGCCTTATCACCTTCCTGGTCATGTTTTACTCCTTAGCTGTCGTGACATTTGGAACCGCTGTTCCAGCTGGTCAATTTGTTCCAGGAATAATGATCGGATCAACATATGGCCGGCTTGTTGGAATGTTTGTTGTTAAGTTTTATAAGAAGCTAAATGTTGAGGAGGGCACGTATGCTCTACTTGGTGCTGCTTCCTTTCTTGGTGGCTCAATGAGAATGACTGTATCTTTATGTGTTATAATGGTTGAAATTACTAACAACTTGAAACTCCTGCCGTTAATCATGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CB639619             [                                                                                                                                                                      ACCCTGTATATAACTAAATGGCGTCGAACATATCTTCACAAAAAGGGGAAACGAGTGAAGATCTTTGAAGCATGCCTTATATCTTTGGTTACATCCACAATTTCCTTTGTGTTGCCATTGATGAGGAAATGCAGTTCATGTCCTCAGTTAGAAACTAATTCTGGCATCGAATGCCCTCGGCCACTTGGAACAGATGGGAATTTTGTCAATTTTTATTGTTCTAAAGATAACGAATACAACGACCTAGCAACCATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCAATACGTAATCTATTCAGTGCAAAAACATTCCATGAATACAGTGCACAAAGCCTTATCACCTTCCTGGTCATGTTTTACTCCTTAGCTGTCGTGACATTTGGAACCGCTGTTCCAGCTGGTCAATTTGTTCCAGGAATAATGATCGGATCAACATATGGCCGGCTTGTTGGAATGTTTGTTGTTAAGTTTTATAAGAAGCTAAATGTTGAGGAGGGCACGTATGCTCTACTTGGTGCTGCTTCCTTTCTTGGTGGCTCAATGAGAATGACTGTATCTTTATGTGTTATAATGGTTGAAATTACTAACAACTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL AK059537             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TATAATGGTTGAAATTACTAACAACTTGAAACTCCTGCCGTTAATCATGCTTGTGCTTCTGATTTCTAAGGCCGTGGGTGACTTTTTTAATGAAGGGCTGTATGAAGTGCAAGCCCAATTAAGGGGCATCCCTTTACTTGACTCAAGACCCAAACAGGTTATGAGAAATATGAGTGCGAAGGATGCCTGCAAGAATCAAAAGGTTGTGTCCCTTCCTCGCGTTTCAAGAATTGTTGATATTATTTCTGTTTTGCGAAG CAACAAGCATAATGGCTTCCCTGTTGTTGATCGTGGGCAGAATGGCGAGTCACTTGTCATAGGTCTGATACTTCGTAGTCACTTACTTGTACTTCTGCAATCTAAAGTAGATTTCCAGAATAGTCCTTTCCCTTGTGGACCTGGTATACTCAACAGGCACAATACAAGTGACTTTGTTAAACCAGCATCGAGTAAAGGAAAGTCAATTGATGATATTCATTTGACAGAAGATGAGCTAGGGCTGTATTTGGATCTCGCCCCATTTCTAAATCCTTCTCCTTATATAGTGCCAGAGGACATGTCCTTAGCAAAGGTGTACAATCTCTTCCGCCAACTAGGATTGCGACATATATTTGTTGTTCCACGGCCTTCTCGTGTTGTTGGATTAATAACAAGACAAGATCTTTTACTTGAGGAGAACGGCAATAATGTGACAACT GAG CT CCAGTCGACTAGTGTAAGGGGTCAGCT GAATGGCAAAATGCTCAGTGG CAG CACACATCTGGGG CATCCTCTTCTTGATAGT ATTGTGGTT GA GGAGTAAATACATGTGA CCATAATCT CT CAAGATAATTTTGACCGCAA G CAGCTAACCTGT CACTG CAT CCTGGGG CATGTTT AGCT CCTCGAACAAGGCGG CCCT GGACTCTGGCTGAT GCAACATGAATTGGATTCTGCAATCCTATGCGACAGAAAGGGTAGCAATGAGCTATCCTCATGTAGTGGCTAATTAGGTGATTTGCCCCATACCTTGGATACTAGTTAGGTGATTGTAAGTTGTAACTCGTAGAAATGTTTAGATGTTTATACCCATCATCCGTGCATACCACGAGAAAACATCTGATTATGTTTACACAACGATTTTATAGGATTCATTTTTCTTTACAGGAGTTTGCGCATGTAAATACCTTTTTTTTTTCTTAACGGGAATTACAGGGAAGCCCCAGACCTGAGGCA                                ]
[+] EMBL OSR20251B            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATATTATTTCTGTTTTGCGAAGACNA NAGCATAATGGCTTCCCTGTTGTTGATCGTGGGCAGAATGGCGAGTCACTTGTCATAGGTCTGATACTTCGTAGTCACTTACTTGTACTTCTGCAATCTAAAGTAGATTTCCAGAATAGTCCTTTCCCTTGTGGACCTGGTATACTCAACAGGCACAATACAAGTGACTTTGTTAAACCAGCATCGAGTAAAGGAAAGTCAATTGATGATATTCATTTGACAGAAGATGAGCTAGGGCTGTATTTGGATCTCGNCCCAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[-] EMBL CB618750             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTCAATTGATGATATTCATTTGACAGAAGATGAGCTAGGGCTGTATTTGGATCTCGCCCCATTTCTAAATCCTTCTCCTTATATAGTGCCAGAGGACATGTCCTTAGCAAAGGTGTACAATCTCTTCCGCCAACTAGGATTGCGACATATATTTGTTGTTCCACGGCCTTCTCGTGTTGTTGGATTAATAACAAGACAAGATCTTTTACTTGAGGAGAACGGCAATAATGTGACAACT GAG CT CCAGTCGACTAGTGTAAGGGGTCAGCT GAATGGCAAAATGCTCAGTGG CAG CACACATCTGGGG CATCCTCTTCTTGATAGT ATTGTGGTT GA GGAGTAAATACATGTGA CCATAATCT CT CAAGATAATTTTGACCGCAA G CAGCTAACCTGT CACTG CAT CCTGGGG CATGTTT AGCT CCTCGAACAAGGCGG CCCT GGACTCTGGCTGAT GCAACATGAATTGGATTCTGCAATCCTATGCGACAGAAAGGGTATCAATGAGCTATCCTCATGTAGTGGCTAATTAGGTGATTTGCCCCATACCTTGGATACTAGTTAGGTGATTGTAAGTTGTAACTCGTAGAAATGTTTAGATGTTTATACCCATCATCCGTGCATACCACGAGAAAACATCTGATTATGTTTACACAACGATTTTATAGGATTCATTTTTCTTTACAGGAGTTTGCGCATGTAAATACC TTTTTTTTTCTTAACGGGAATTACAGGGAAGCCCCAGACCTGAGGCATGAGTTCCTTAAATTGTTGC            ]
[+] EMBL AU031836             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CAACTGGAGCCTCCCNNTCGACTGGTGTAAGGGNTCCACTGGAATGGCCAAATGCTCCNTGGCCAGCCACAC TCTGGGGCCACCCTCTTCTTGATAGTAATTGTGGTTGGAGGGAGTAAATACATGTGACCCATAATCTCCTCCAAGAT ATTTTGACCGCAANGCCAGCTAACCTNTCCACTGCCATCCCTGGGGCCATGTTTNAGCTCCCTCGAACAAGGCGGCCCCTGGGACTCTGGCTGATGGCAACATGAATTGGATTCTGCAATCCTATGCGACAGAAAGGGTAGCAATGAGCTATCCTCATGTAGTGGCTAATTAGGTGATTTGCCCCATACCTTGGATACTAGTTAGGTGATTGTAAGTTGTAACTCGTAGAAATGTTTAGATGTTTATACCCATCATCCGTGCATACCACGAGAAAACATCTGATTATGTTTACACAACGATTTTATAGGATTCATTTTTCTTTACAGGAGTTTGCGCATGTAAATACCTTTTTTTTTTCTTAACGGGAATTTCAGGGAAGCCCCAGACCTGAGGCATGAGTTCCTTAAAaaaaaaaaaaaaaaaaaaa]


>consensus_9377#0 AGCAATGAACTGGTGCAAGAGTGGAAAGTGTGGTCATTTTGGATCTGGGGGTTTCATAAT CTGGGACATATCTGGAGGCCAAGAAGATTACTCCTACCAAGAACTATTGCCTATGGCAAT TATTGGTGTTATTGGTGGACTTCTAGGGGCATTATTCAATCAACTTACCCTGTATATAAC TAAATGGCGTCGAACATATCTTCACAAAAAGGGGAAACGAGTGAAGATCTTTGAAGCATG CCTTATATCTTTGGTTACATCCACAATTTCCTTTGTGTTGCCATTGATGAGGAAATGCAG TTCATGTCCTCAGTTAGAAACTAATTCTGGCATCGAATGCCCTCGGCCACCTGGAACAGA TGGGAATTTTGTCAATTTTTATTGTTCTAAAGATAACGAATACAACGACCTAGCAACCAT TTTCTTCAATACTCAGGATGATGCAATACGTAATCTATTCAGTGCAAAAACATTCCATGA ATACAGTGCACAAAGCCTTATCACCTTCCTGGTCATGTTTTACTCCTTAGCTGTCGTGAC ATTTGGAACCGCTGTTCCAGCTGGTCAATTTGTTCCAGGAATAATGATCGGATCAACATA TGGCCGGCTTGTTGGAATGTTTGTTGTTAAGTTTTATAAGAAGCTAAATGTTGAGGAGGG CACGTATGCTCTACTTGGTGCTGCTTCCTTTCTTGGTGGCTCAATGAGAATGACTGTATC TTTATGTGTTATAATGGTTGAAATTACTAACAACTTGAAACTCCTGCCGTTAATCATGCT TGTGCTTCTGATTTCTAAGGCCGTGGGTGACTTTTTTAATGAAGGGCTGTATGAAGTGCA AGCCCAATTAAGGGGCATCCCTTTACTTGACTCAAGACCCAAACAGGTTATGAGAAATAT GAGTGCGAAGGATGCCTGCAAGAATCAAAAGGTTGTGTCCCTTCCTCGCGTTTCAAGAAT TGTTGATATTATTTCTGTTTTGCGAAGCAACAAGCATAATGGCTTCCCTGTTGTTGATCG TGGGCAGAATGGCGAGTCACTTGTCATAGGTCTGATACTTCGTAGTCACTTACTTGTACT TCTGCAATCTAAAGTAGATTTCCAGAATAGTCCTTTCCCTTGTGGACCTGGTATACTCAA CAGGCACAATACAAGTGACTTTGTTAAACCAGCATCGAGTAAAGGAAAGTCAATTGATGA TATTCATTTGACAGAAGATGAGCTAGGGCTGTATTTGGATCTCGCCCCATTTCTAAATCC TTCTCCTTATATAGTGCCAGAGGACATGTCCTTAGCAAAGGTGTACAATCTCTTCCGCCA ACTAGGATTGCGACATATATTTGTTGTTCCACGGCCTTCTCGTGTTGTTGGATTAATAAC AAGACAAGATCTTTTACTTGAGGAGAACGGCAATAATGTGACAACTGAGCTCCAGTCGAC TAGTGTAAGGGGTCAGCTGAATGGCAAAATGCTCAGTGGCAGCACACATCTGGGGCATCC TCTTCTTGATAGTATTGTGGTTGAGGAGTAAATACATGTGACCATAATCTCTCAAGATAA TTTTGACCGCAAGCAGCTAACCTGTCACTGCATCCTGGGGCATGTTTAGCTCCTCGAACA AGGCGGCCCTGGACTCTGGCTGATGCAACATGAATTGGATTCTGCAATCCTATGCGACAG AAAGGGTAGCAATGAGCTATCCTCATGTAGTGGCTAATTAGGTGATTTGCCCCATACCTT GGATACTAGTTAGGTGATTGTAAGTTGTAACTCGTAGAAATGTTTAGATGTTTATACCCA TCATCCGTGCATACCACGAGAAAACATCTGATTATGTTTACACAACGATTTTATAGGATT CATTTTTCTTTACAGGAGTTTGCGCATGTAAATACCTTTTTTTTTTCTTAACGGGAATTA CAGGGAAGCCCCAGACCTGAGGCATGAGTTCCTTAAATTGTTGCAAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)