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Oryza sativa
cluster # 9728 cluster # 9728       Sequences # 6       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9728#0 length = 814 sequences # 6  

consensusID : consensus_9728#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 6
consensus length = 814
fasta sequence
                              [TTTTTTTTTTTTTTTAGTCGAGAAACACAATATT-C-GTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCATGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCGTCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCCTTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTCTTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTTGCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTC-TTGACTGGGGGGTTGGTCAGGAATTCGTCTAAAACTGCGGGGTCCTCGACATGATCAGCCGACGGTGAGGTATTGACTTTCCAACCAGTCTGCTGTGTGGCCATTGGTAGCTCGATTTTGGTCTCTGAAGCCTCAAGGTCCTGGATTTTGGAGACGCCTGGGGCAGCAGCAGAGCTCTGTCTCCTTTTGGAGAGCTCCTTCTTCTCGGTTACCTCTTTCTTGTCGACGGGAGAGTCCAGACCCTGGACGGCGGAATCGACCTTCTTCAGTGGCTCTGTCATGATGATGAATTGGTTCTGTGTGAGCTTGATCTGTTACCGATCAAGACTCTTGAAGCGTTGGAATTGGG]

[+] EMBL CA999593             [TTTTTTTTTTTTTTTAGTCGAGAAACACAATATT C GTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCATGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCGTCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCCTTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTCTTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTTGCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTCTTTGACTGGGGGGTTGGTCAGGAATTCGTCTAAAACTGCGGGGTCCTCGACATGATCAGCCGACGGTGAGGTATTGACTTTCCAACCAGTCTGCTGTGTGGCCATTGGTAGCTCGATTTTGGTCTCTGAAGCCTCAAGGTCCTGGATTTTGGAGACGCCTGGGGCAGCAGCAGAGCTCTGTCTCCTTTTGGAGAGCTCCTTCTTCTCGGTT                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CA999236             [               AGTCGAGAAACACAATATT CNGTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CA999140             [                    AGAAACACAATATTCC GTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCATGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCGTCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCCTTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTCTTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTTGCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTC TTGACTGGGGGGTTGGTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CA999012             [                     GAAACACAATATT C GTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCATGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCGTCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCCTTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTCTTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTTGCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTC TTGACTGGGGGGTTGGTCAGGAATTCGTCTAAAACTGCGGGGTCCTCGACATGATCAGCCGACGGTGAGGTATTGACTTTCCAACCAGTCTGCTGTGTGGCCATTGGTAGCTCGATTTTGGTCTCTGAAGCCTCAAGGTCCTGGATTTTGGAGACGCCTGGGGCAGCAGCAGAGCTCTGTCTCCTTTTGGAGAGCTCCTTCTTCTCGGTT                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CB000152             [                       AACACAATACT T TTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCATGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCGTCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCCTTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTCTTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTTGCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTC TTGACTGGGGGGTTGGTCAGGAATTCGTCTAAAACTGCGGGGTCCTCGACATGATCAGCCGACGGTGAGGTATTGACTTTCCAACCAGTCTGCTGTGTGGCCATTGGTAGCTCGATTTTGGTCTCTGAAGCCTCAACGTCCTGGATTTTGGAGACGCCTGGGGCAGCAGCAGAGCTCTGTCTCCTTTTGGAGAGCTCCTTCTTCTCGGTTACCTCTTTCTTGTCGACGGGAGAGTCCAGACCCTGGACGGCGGAATCGACCTTCTTCAGTGGCTCTGTCATGATGATGAATTGGTTCTGTGTGAGCTTGATCTGTTACCGATCAAGACTCTTGAAGCGTTGGAATTGGG]
[+] EMBL CA998335             [                        ACACAATATT C GTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCTATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCGCTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCATGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCGTCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCCTTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTCTTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTTGCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTC TTGACTGGGGGGTTGGTCAGGAATTCGTCTAAAACTGCGGGGTCCTCGACATGATCAGCCGACGGTGAGGTATTGACTTTCCAACCAGTCTGCTGTGTGGCCATTGGTAGCTCGATT                                                                                                                                                                                                                                        ]


>consensus_9728#0 TTTTTTTTTTTTTTTAGTCGAGAAACACAATATTCGTTTCTAGATACCCCAGGTAATGCT ATTGGATGCCCGAAGTACATGGCCATGGAGAGTGAAACATGTCTAATTGTTCACCTGGCG CTGCCCTCCTCGAAGTGCAAGTACTAGAACACAACATACAAGGGAAGAGAGGTTGAGGCA TGCTACTCCTCCTCCTCGACCTTCTTTGCTTTCTTGCCACCCTTCTTCTTGCCGGTACCG TCGCCAGCGGCTATGGTCCTCTGTGCAGTGAGGACAACCTCCAAGCGAGTCCAGTGTTCC TTATTCCAGATGAAGCCCTTCAGGAATTTGGCATCGCCCAGCTCGTCATCGGACTTGGTC TTGTATCTCTTGTGGATTGCCTTCATCGCATCCTTAATTGTGACACCTTTAAAACTGCTT GCGGAGACAGTTGCATCCCCAAGCTCAAACCACAGGTCAATCCTCTTGACTGGGGGGTTG GTCAGGAATTCGTCTAAAACTGCGGGGTCCTCGACATGATCAGCCGACGGTGAGGTATTG ACTTTCCAACCAGTCTGCTGTGTGGCCATTGGTAGCTCGATTTTGGTCTCTGAAGCCTCA AGGTCCTGGATTTTGGAGACGCCTGGGGCAGCAGCAGAGCTCTGTCTCCTTTTGGAGAGC TCCTTCTTCTCGGTTACCTCTTTCTTGTCGACGGGAGAGTCCAGACCCTGGACGGCGGAA TCGACCTTCTTCAGTGGCTCTGTCATGATGATGAATTGGTTCTGTGTGAGCTTGATCTGT TACCGATCAAGACTCTTGAAGCGTTGGAATTGGG



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)