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Schistosoma mansoni
cluster # 10467 cluster # 10467       Sequences # 16       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10467#0 length = 1023 sequences # 5  
consensus_10467#1 length = 1018 sequences # 9  
consensus_10467#2 length = 659 sequences # 2  

consensusID : consensus_10467#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 1023
fasta sequence
                              [TTGTGATTTGTTGCATGGCTAAAGAGAATTGTACAGATATCCCTAATGAAACACGATCTGTTATGATTCTTCCAGCTGCTCGTATTCTGAAGCAAAAACCCAGTATTTGGGTGGAAATTAATCTTGCGGTGGCTAAATACAAACCAATCAATTTAGGTCAGGGCTTTCCGGACATTCTCCCAAAACAACATGTTCTTGAAAGTCTATCCATGCTTGGAAAACCCGATGTTAGCCCATTTCTTCATCAATACACTAGATCTAT--GTCATCCGCGTTTAGTGACTGTGTTATCTAAACTGTATACAAGTTTTTTAAGATGTGATCGTAAACTGTACAGTGAATCTGGAAGTCTTCAAGTGGACTCATTTGGACCAGACAGAGAAATCGATCCTTTAAAAGAAGTTATTATAACCTGTTGGTGCCTTATGGTTCGCTTTTTACGGCTATTTCAGCATTAGTTGATCCTGGTGATGAAGTGATAATTATGGATCCAAGTTTTGATTGTTATACTCCAATGACAGTAAT-GGCTGGTGGTGTACCGATTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAAGAATTAATCAGTGATTGTTGGAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACT-AAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCC-TTTGGGTAAAGTATTTAATAGAGAAGAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCG-CTAATC-ACATATT-AAATCGCCTC-TTGCCTGGTATGTGG-CAC-GT-CCCTGACTATTGGAAGTGCT-GCAAAACA-TCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCG]

[-] EMBL CD128686             [TTGTGATTTGTTGCATGGCTAAAGAGAATTGTACAGATATCCCTAATGAAACACGATCTGTTATGATTCTTCCAGCTGCTCGTATTCTGAAGCAAAAACCCAGTATTTGGGTGGAAATTAATCTTGCGGTGGCTAAATACAAACCAATCAATTTAGGTCAGGGCTTTCCGGACATTCTCCCAAAACAACATGTTCTTGAAAGTCTATCCATGCTTGGAAAACCCGATGTTAGCCCATTTCTTCATCAATACACTAGATCTAT  GTCATCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL BF936659             [ TGTGATTTGTTGCATGGCTAAAGAGAATTGTACAGATATCCCTAATGAAACACGATCTGTTATGATTCTTCCAGCTGCTCGTATTCTGAAGCAAAAACCCAGTATTTGGGTGGAAATTAATCTTGCGGTGGCTAAATACAAACCAATCAATTTAGGTCAGGGCTTTCCGGACATTCTCCCAAAACAACATGTTCTTGAAAGTCTATCCATGCTTGGAAAACCCGATGTTAGCCCATTTCTTCATCAATACACTAGATCTATGGGTCATCCGCGTTTAGTGACTGTGTTATCTAAACTGTATACAAGTTTTTTAAGATGTGATCGTAAACTGTACAGTGAATCTGGAAGTCTTCAAGTGGACTCATTTGGACCAGACAGAGAAATCGATCCTTTAAAAGAAGTTATTATAACCTGTTGGTGCCTTATGGTTCGCTTTTTACGGCTATTTCAGCATTAGTTGATCCTGGTGATGAAGTGATAATTATGGATCCAAGTTTTGATTGTTATACTCCAATGACAGTAATGGGCTGGTGGTGTACCGATTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAAGAATTAATCAGTGATTGTTGGAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACTAAAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCCTTTTGGGTAAAGTATTTAATAGAGAAGAATTGGAAAGTATCGCTGgat                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD067917             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cTTAAAAGAAGTTATTATAA CTGTTGGTG CTTATGGTTCGCTTTTTACGGCTATTTCAGCATTAGTTGATCCTGGTGATGAAGTGATAATTATGGATCCAAGTTTTGATTGTTATACTCCAATGACAGTAAT GGCTGGTGGTGTACCGATTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAAGAATTAATCAGTGATTGTTGGAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACT AAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCC TTTGGGTAAAGTATTTAATAGAGAAGAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTCTTTGCCTGGTATGTGGTCAC GTACCCTGACTATTGGAAGTGCTGGCAAAACACTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCG]
[+] EMBL CD195958             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTTATACTCCAATGACAGTAAT GGCTGGTGGTGTACCGATTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAAGAATTAATCAGTGATTGTTGGAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACT AAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCC TTTGGGTAAAGTATTTAATAGAGAAGAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCG CTAATC ACATATT AAATCGCCTC TTGCCTGGTATGTGG CAC GT CCCTGACTATTGNAAGTGCT GCAAAACA TCAGTGT                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD195871             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GTTATACTCCAATGACAGTAAT GGCTGGTGGTGTACCGATTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAAGAATTAATCAGTGATTGTTGGAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACT AAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCC TTTGNGTAAAGTATTTAATAGAGAAGAA TGNNAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATG AGTTNATGAAT GNTAGTATTTCCG CTTATCAACATATA AAATCGCTTC TTGCC GGNATGGGG CCCGGA CCCTGACTA TGGAAGGGCT GCAAAAAA TC                                                                                                                                                                     ]


>consensus_10467#0 TTGTGATTTGTTGCATGGCTAAAGAGAATTGTACAGATATCCCTAATGAAACACGATCTG TTATGATTCTTCCAGCTGCTCGTATTCTGAAGCAAAAACCCAGTATTTGGGTGGAAATTA ATCTTGCGGTGGCTAAATACAAACCAATCAATTTAGGTCAGGGCTTTCCGGACATTCTCC CAAAACAACATGTTCTTGAAAGTCTATCCATGCTTGGAAAACCCGATGTTAGCCCATTTC TTCATCAATACACTAGATCTATGTCATCCGCGTTTAGTGACTGTGTTATCTAAACTGTAT ACAAGTTTTTTAAGATGTGATCGTAAACTGTACAGTGAATCTGGAAGTCTTCAAGTGGAC TCATTTGGACCAGACAGAGAAATCGATCCTTTAAAAGAAGTTATTATAACCTGTTGGTGC CTTATGGTTCGCTTTTTACGGCTATTTCAGCATTAGTTGATCCTGGTGATGAAGTGATAA TTATGGATCCAAGTTTTGATTGTTATACTCCAATGACAGTAATGGCTGGTGGTGTACCGA TTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAAGAATTAATCAGTGATTGTTGGA AATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACTAAAGTGTTACTATTAA ACACACCACATAATCCTTTGGGTAAAGTATTTAATAGAGAAGAATTGGAAAGTATCGCTG ATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTAT TTCCGCTAATCACATATTAAATCGCCTCTTGCCTGGTATGTGGCACGTCCCTGACTATTG GAAGTGCTGCAAAACATCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCT AATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCT TTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAA TCG



consensusID : consensus_10467#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
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fasta sequence
                              [TATTCGGCACGCAGGGNAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACTAAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCCTTTGGGTAAAGCATTT---AATAGAG-AAGAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTC-TTTGCC-TGG-TATGTGG-TCACG-TACCCTGACTATTGGAA-GTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT-CTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTA-CTATTAAGTTGATTGGTTTTTT-CATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAAT-ATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATGTTG]

[+] EMBL CD081598             [TATTCGGCACGCAGGGNAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAACTAAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCCTTTGGGTAAAGTATTT   AATAGAG AAGAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTC TTTGCC TGG TATGTGG TCACG TACCCTGACTATTGGAA GTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACATCCTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGC AAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTG CTTTTTTCTACTTACCTATTAAG TGATTGGTTTTTT CATAGGGGATCAA TCAAATCCCGTGCTGAAAT ATTACAGCTTCGTACTTTCCTTAG NATTAT NTAATAATACTAAT ATTATTTCTA TTTCATATA AAAAAATTGA     ]
[+] EMBL CD082138             [                                                   aagacAAAACTAAAGTGTTACTATTAAACACACCACTTTATCCTTTGGGTAAAGCATTT   AATAGAG AAGAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTC TTTGCC TGG TATGTGG TCACG TACCCTGACTATTGGAA GTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCANAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATC ACAT CTTGGTTC AAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGA GATTTCACG TGAA TCAGC TATGAAA TTTGAAG AAT GTGA TGA TTAATCGC  AAATA TACTC TGCATCGNG TGGATTNG A TCAC ATCA TTGA TTG NTTGAC  TTTTNTAC TA CTA TAAG TGA TGG  TTTT CCTA GGGA C ATNC AATC  GNGCTG AATA  TAC GC TCG ACA                                                                   ]
[+] EMBL CD079646             [                                                                                                  agccAAGNATTTGGCACGAGGGNAANAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTC TTTGCC TGG TATGTGG TCACG TACCCTGACTATTGGAA GTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT CTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTC AAGAGGATTCAACGTTGAATTC                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD078836             [                                                                                                                                               TGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTC TTTGCC TGG TATGTGG TCACG TACCCTGACTATTGGAA GTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCANAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT CTTGGTTCANAATATTTACGATTCTGTTTTTTC AAGAGGAT                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL AW497860             [                                                                                                                                                                                                                                  TCGCCTCTTTTGCCGTGGATATGTGGTTCACGATACCCTGACTATTGGAATGTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATGAATGAATACACATGAATCGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD067923             [                                                                                                                                                                                                                                                                                        CTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAACTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT CTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGGAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGAGTTGTATTGACTTTTTTCAACTTA CTATTAAGTTGATTGGTTTTTT Ccat                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD073908             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AAGCTATGCAATTGCATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT CTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTA CTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATGATAATATCTATTTTCAAAAAGAATAAATTGAT    ]
[-] EMBL CD075421             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CAACTCCTTANCAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT CTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTA CTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATGTTG]
[-] EMBL CD073296             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACAT CTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTA CTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATG   ]


>consensus_10467#1 TATTCGGCACGCAGGGNAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAA CTAAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCCTTTGGGTAAAGCATTTAATAGAGAAG AATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAG TTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTCTTTGCCTGGTA TGTGGTCACGTACCCTGACTATTGGAAGTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGA AATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAA ATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTG AATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAAC CGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCA CTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGG ATAAAAATGAATCATTATCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAG GTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACATCTTGGTTCAA AATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTT TGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGT ATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTACTATTAAGTTGATTGGTTTT TTCATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAG TAATAATAATAATAATAATAATATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATGTTG



consensusID : consensus_10467#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 659
fasta sequence
                              [CGCAGGCCAAAATTCGGCACGAGGAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCG-AATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATNCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACATCTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTACTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATG]

[+] EMBL CD078183             [CGCAGGCCAAAATTCGGCACGAGGAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCG AATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATNCGTATGATGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD075753             [                                                 ATTGAATTATCATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTAT CGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACATCTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTACTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATAGGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATG]


>consensus_10467#2 CGCAGGCCAAAATTCGGCACGAGGAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGATTGAATTATC ATTAATGAATACACATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATTGAACCGAAAGG TCGAATATGGTTAAGAAATTGAATGAAATAGGAATGATAGCAGTAAGACCCACTGGAGGA TACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATGTCCCGTCGAATGAACTGGATAAAAAT GAATCATTATNCGTATGATGTGAAATTTAATAATTGGATGATGCAAAATAAAGGTGTTTC TGCTATTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCAATCAACATCTTGGTTCAAAATATTT ACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGAATTCAGCATATGAAATTTTGAAGAA ATGGTGATTGATTTAATCGCAAAAATATTACTCTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACA ATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCTACTTACTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATA GGGGATCAATTCAAATCCGGTGCTGAAATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAA TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10467#1      TATTCGGCACGCAGGGNAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAAAATTACATCAAAAA 60
consensus_10467#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10467#0      -----------------TTGTGATTTGTTGCATGGCTAAAGAGAATTGTACAGATATCCC 43
                                                                                   

consensus_10467#1      CTAAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCCTTTGGGTAAAGCATTTAATAGAGAAG 120
consensus_10467#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10467#0      TAATGAAACACGATCTGTTATGATTCTTCCAGCTGCTCGTATTCTGAAGCAAAAACCCAG 103
                                                                                   

consensus_10467#1      AATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTCATAATTTGGTGTGTATTTCAGATGAAG 180
consensus_10467#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10467#0      TATTTGGGTGGAAATTAATCTTGCGGTGGCTAAATACAAACCAATCAATTTAGGTCAGGG 163
                                                                                   

consensus_10467#1      TTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCCTAATCAACATATTAAAATCGCCTCTTTGCCTGGTA 240
consensus_10467#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10467#0      CTTTCCGGACATTCTCCCAAAACAACATGTTCTTGAAAGTCTATCCATGCTTGGAAAACC 223
                                                                                   

consensus_10467#1      TGTGGTCACGTACCCTGACTATTGGAAGTGCTGGCAAAACATTCAGTGTAACCGGTTGGA 300
consensus_10467#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10467#0      CGATGTTAGCCCATTTCTTCATCAATACACTAGATCTATGTCATCCGCGTTTAGTGACTG 283
                                                                                   

consensus_10467#1      AATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGCATCAACAAA 360
consensus_10467#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10467#0      TGTTATCTAAACTGTATACAAGTTTTTTAAGATGTGATCGTAAACTGTACAGTGAATCTG 343
                                                                                   

consensus_10467#1      ATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAA---GAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGA 417
consensus_10467#2      ----------CGCAGGCCAAAATTCGGCACGAGGAGAAGCTGTTGCACGAAGTTTAGAGA 50
consensus_10467#0      GAAGTCTTCAAGTGGACTCATTTGGACCAGACAGAGAAATCGATCCTTTAAA---AGAAG 400
                                          *  *     *      ***   * * *   **    ***  

consensus_10467#1      TTGAATTATCATTAATGAATACAC-ATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATT 476
consensus_10467#2      TTGAATTATCATTAATGAATACAC-ATGAATCGTATTTCAATGAGATGTGTGCATTAATT 109
consensus_10467#0      TT--ATTATAACCTGTTGGTGCCTTATGGTTCGCTTTTTACGGCTATTTCAGCATTAGTT 458
                       **  ***** *    *   * *   ***  ***  *** *  *  ** *  ****** **

consensus_10467#1      GAACCGAAAGGTCGAAATATGGTTAAGAAATTGAATGA-AATAGGAATG-----ATAGCA 530
consensus_10467#2      GAACCGAAAGGTCGAA-TATGGTTAAGAAATTGAATGA-AATAGGAATG-----ATAGCA 162
consensus_10467#0      GATCCTGGTGATGAAGTGATAATTATGGATCCAAGTTTTGATTGTTATACTCCAATGACA 518
                       ** **    * *  *   **  *** * *    * *    ** *  **      **  **

consensus_10467#1      GTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATG-TCCCGTC 589
consensus_10467#2      GTAAGACCCACTGGAGGATACTTCCTCGTGGCAGATATCTCCAAATTGCATG-TCCCGTC 221
consensus_10467#0      GTAATGGCTGGTGGTGTACCGATTTATGTGCCACTTCGACCGCAATTAAACGATGGTGAA 578
                       ****   *   *** * *    *    *** **  *    *  ****  * * *   *  

consensus_10467#1      GAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATC-GT--ATGATGTGAAATTTAATAATTGGAT 646
consensus_10467#2      GAATGAACTGGATAAAAATGAATCATTATNCGT--ATGATGTGAAATTTAATAATTGGAT 279
consensus_10467#0      GAATTAATCAG-TGATTGTTGGAAATTAGATATCAAAGAATTGGAATCGAA-AATTACAT 636
                       **** **   * * *   *     ****    *  * **  ** ***  ** ****  **

consensus_10467#1      GATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTA----TTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCA 702
consensus_10467#2      GATGCAAAATAAAGGTGTTTCTGCTA----TTCCAATGAGTGTGTTTTATTCGATATCCA 335
consensus_10467#0      CA---AAAACTAAAGTGTTACTATTAAACACACCACATAATCCTTTGGGTAAAGTATTTA 693
                        *   ****  ** ***** **  **      ***   * *   **   *    ***  *

consensus_10467#1      ATCAACATCTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGA 762
consensus_10467#2      ATCAACATCTTGGTTCAAAATATTTACGATTCTGTTTTTTCAAAGAGGATTCAACGTTGA 395
consensus_10467#0      ATAGAGAA--GAATTGGAAAGTATCGCTGATGTGTGCATTCGTC-ATAATTTGGTGTGTA 750
                       **  * *      **  ***   *  *   * ***   ***    *  ***    **  *

consensus_10467#1      ATTCAGCATATGAAATTT-TGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAA--AATATTACT 819
consensus_10467#2      ATTCAGCATATGAAATTT-TGAAGAAATGGTGATTGATTTAATCGCAAA--AATATTACT 452
consensus_10467#0      TTTCAG---ATGAAGTTTATGAATGGTTAGTATTTCCGCTAATCACATATTAAATCGCCT 807
                        *****   ***** *** ****    * **  **    ***** ** *  **     **

consensus_10467#1      CTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCT---A 876
consensus_10467#2      CTTGCATCGTGTTGGATTTGTATTCACAATCATTTGATTTGTTTTGACTTTTTTCT---A 509
consensus_10467#0      CTTGCCTGGTATGTGGCACG--TCCCTGACTATTGGAAGTGCTGCAAAACATCAGTGTAA 865
                       ***** * ** *  *    *  * *   *  *** **  ** *   *    *   *   *

consensus_10467#1      CTTACTATTAAGTTGATTGGTTTTTTC-ATAGGGGA--TCAATTCAAATCCGGTGCTGAA 933
consensus_10467#2      CTTACTATTAAGTTGATTGGTTTTTTCCATAGGGGA--TCAATTCAAATCCGGTGCTGAA 567
consensus_10467#0      CCGGTTGGAAATTAGGTTGGACAATTGGACCAGCTAATTTAATACAAGCTATGCAATTGC 925
                       *    *   ** * * ****    **  *   *  *  * *** ***     *   *   

consensus_10467#1      ATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATA---------- 983
consensus_10467#2      ATAATTACAGCTTCGTACATTTCTTAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAA 627
consensus_10467#0      ATCAACAAAATACAGTGTATACATGTCCAACTCCTTTACAAGAAGCTGTTGCACGAAGTT 985
                       ** *  * *     **  **   *    **      **  *  *    *           

consensus_10467#1      TAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATGTTG---- 1018
consensus_10467#2      TAATATCTATTTTCATATAGAATAAATTGATG------- 659
consensus_10467#0      TAGAGATTGAATTATCATT-AATGAATACACATGAATCG 1023
                       **     *   **   **  *** ***  *         




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)