cluster # 10535

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Schistosoma mansoni
cluster # 10535 cluster # 10535 Sequences # 17 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_10535#0 length = 624 sequences # 2

consensus_10535#1 length = 514 sequences # 13
consensus_10535#2 length = 331 sequences # 2

consensusID : consensus_10535#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 624
fasta sequence

                              [AAATAGGACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGGTAGGACACATACATTCTCTTATTGCTTTCAGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAGATTTATATGGACGGAGCCTCATAGTAGAAGAATATCTATAGAGGTACTAATTTATCTCTTTTGCTTTTTGGCTTAACAGTTTGTTGCTAAATTAATGAATTTAAAATGACGGTCTAAGTAATCGAAATCATAAAGTGCGTTACATCATACTAGATTCACTCGCACGTTT]

[+] EMBL CD189595             [AAATAGGACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGGTAGGACACATACATTCTCTTATTGCTTTCAGTTATTTAAACCCACCATCTAAT                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CD066273             [                                                                                                                                                                        TAGTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGGTAGGACACATACATTCTCTTATTGCTTTCAGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAGATTTATATGGACGGAGCCTCATAGTAGAAGAATATCTATAGAGGTACTAATTTATCTCTTTTGCTTTTTGGCTTAACAGTTTGTTGCTAAATTAATGAATTTAAAATGACGGTCTAAGTAATCGAAATCATAAAGTGCGTTACATCATACTAGATTCACTCGCACGTTT]




>consensus_10535#0
AAATAGGACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTT
ACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAA
TCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGCTG
CAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAG
TGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATG
TGAACGGTAGGACACATACATTCTCTTATTGCTTTCAGTTATTTAAACCCACCATCTAAT
TGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGT
GGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAGATTTATATGGACGGAGCCTCATAGT
AGAAGAATATCTATAGAGGTACTAATTTATCTCTTTTGCTTTTTGGCTTAACAGTTTGTT
GCTAAATTAATGAATTTAAAATGACGGTCTAAGTAATCGAAATCATAAAGTGCGTTACAT
CATACTAGATTCACTCGCACGTTT

consensusID : consensus_10535#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 13
consensus length = 514
fasta sequence

                              [AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAAATTCCGATGGACGGAGCCTCATAGTAGAAGAATATCTATAGAGATAACCGTTCAGGGAACATTACAAACAGGTGATCGTGTTGAACAACAAATTCCAATCGACTTCACAGTTCACACTCAAC]

[+] EMBL CD097784             [AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTTATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAA                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD157633             [AAAAAT  AACGATACGTGTGTTCTGATGAAGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTC AAACACTGTAAACCTTTGTCCG                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD147967             [  AAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATCCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAGATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGT                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD157634             [  AAAT  AACGATACGTGTGTTCTGATGAAGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCCGAATGTGAACGTTATTTA                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD178572             [   AATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD165651             [                                                                                                      CATTCGTAAAAGATATCTAATCAAGGTCTATCTTT ATCCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCATGGGGNGCAAACTTTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAAATTCCG                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD165708             [                                                                                                      CATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTT                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD165659             [                                                                                                      CATTCGTAAATGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGATGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTT                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CD165694             [                                                                                                       ATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTCTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTC                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD165712             [                                                                                                       ATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCGCATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTACATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTC                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD165717             [                                                                                                       ATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCCTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTC                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CD165633             [                                                                                                       ATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTCGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTC                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD089050             [                                                                                                                                                                                                                                                  AAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGACCGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAGATTTATATGGACGGAGCCTCATAGTAGAAGAATATCTATAGAGATAACCGTTCAGGGAACATTACAAACAGGTGATCGTGTTGAACAACAAATTCCAATCGACTTCACAGTTCACACTCAAC]




>consensus_10535#1
AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACC
TTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCT
AATCAAGGTCTATCTTTAATTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACT
GCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGT
CAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATTGG
GTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCCGTGGA
CTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAAATTCCGATGGACGGAGCCTCATAGTAGA
AGAATATCTATAGAGATAACCGTTCAGGGAACATTACAAACAGGTGATCGTGTTGAACAA
CAAATTCCAATCGACTTCACAGTTCACACTCAAC

consensusID : consensus_10535#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 331
fasta sequence

                              [AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATT]

[+] EMBL CD189114             [AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAAT ]
[-] EMBL CD183404             [   AATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACCTTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCTAATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGCTGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCCAGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAATGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATT]




>consensus_10535#2
AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACC
TTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCT
AATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGC
TGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCC
AGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAA
TGTGAACGTTATTTAAACCCACCATCTAATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10535#0      --AAATAGGACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACC 58
consensus_10535#2      AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACC 60
consensus_10535#1      AAAAATAGAACGTCACGTGTGTTCGAATGAGGGTGAACCTCTAGCTACTGTGTGCTAACC 60
                         ****** ***************************************************

consensus_10535#0      TTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCT 118
consensus_10535#2      TTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCT 120
consensus_10535#1      TTACCGCTAAGTAAATATTTGTCTGTGTTATATCACAAAATCCATTCGTAAAAGATGTCT 120
                       ************************************************************

consensus_10535#0      AATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGC 178
consensus_10535#2      AATCAAGGTCTATCTTTAATGTAAGTTGGAAATTAGAAATCACTTGGATTTAGTCTTTGC 180
consensus_10535#1      AATCAAGGTCTATCTTTAAT---------------------------------TCTTTGC 147
                       ********************                                 *******

consensus_10535#0      TGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCC 238
consensus_10535#2      TGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCC 240
consensus_10535#1      TGCAAATGTGGCGTTCAGATGTATTCTAATACTGCAAATATGTGTTTCACATGCCTATCC 207
                       ************************************************************

consensus_10535#0      AGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAA 298
consensus_10535#2      AGTGAGGCAGACATTGCTGAACACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAA 300
consensus_10535#1      AGTGAGGCAGACATTGCTGAGCACATCGACCGTCAAAACACTGTAACCTTTTGTCCGAAA 267
                       ******************** ***************************************

consensus_10535#0      TGTGAACGGTAGGACACATACATTCTCTTATTGCTTTCAGTTATTTAAACCCACCATCTA 358
consensus_10535#2      TGTGAACGTTATT-TAAACCCACCATCTAATT---------------------------- 331
consensus_10535#1      TGTGAACG--------------------------------TTATTTAAACCCACCATCTA 295
                       ********                                                    

consensus_10535#0      ATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCC 418
consensus_10535#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10535#1      ATTGGGTTTCTGCCGAACCAGAGTCACCAGAATTGCTTTCATTATGCATCAAGAAGATCC 355
                                                                                   

consensus_10535#0      GTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAGATTTATATGGACGGAGCCTCATA 478
consensus_10535#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10535#1      GTGGACTGAAGAAAGGTTTGGAAGTTCGGAATGCTAAATTCCGATGGACGGAGCCTCATA 415
                                                                                   

consensus_10535#0      GTAGAAGAATATCTATAGAGGTACTAATTTATCTCTTTTGCTTTTTGGCTTAACAGTTTG 538
consensus_10535#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10535#1      GTAGAAGAATATCTATAGAGATAACCGTTCAGGG----AACATTACA----AACAGGTGA 467
                                                                                   

consensus_10535#0      TTGC-TAAATTAATGAATTTAAAATGACGGTCTAAGTAATCGAAATCATAAAGTGCGTTA 597
consensus_10535#2      ------------------------------------------------------------
consensus_10535#1      TCGTGTTGAACAACAAATTCCAATCGACTTCACAGTTCACACTCAAC------------- 514
                                                                                   

consensus_10535#0      CATCATACTAGATTCACTCGCACGTTT 624
consensus_10535#2      ---------------------------
consensus_10535#1      ---------------------------