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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10693#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 19 consensus length = 470 fasta sequence
[TCGTCTCATAGTAACCGGGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC-AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT-AACAGT-TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC-GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA-GGATAAGATCCCATCGGGGTATACGTCACTATTGGGGATTGCGAGTTCGCGGTCAACACACAAGAACAACTGGCACGGA]
[+] EMBL CD186067 [TCGTCTCATAGTAACCGGGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATG ]
[+] EMBL CD148112 [ CGGGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT ]
[-] EMBL CD148131 [ GGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGTCAACAGT T ]
[-] EMBL CD171199 [ GGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTG ]
[-] EMBL CD123057 [ GGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATAGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGCGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AAC ]
[-] EMBL CD147971 [ GGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT T ]
[-] EMBL CD162775 [ GGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTA ]
[-] EMBL CD146196 [ ATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTCCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATCGGGGTATAC ]
[+] EMBL CD137385 [ ATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTCNAACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATCGGGG ]
[+] EMBL CD158071 [ ATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACTTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTCGT AACAGT TATGAGCAATCCNAG ]
[+] EMBL CD158041 [ ATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTTAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACTTTAACt ]
[+] EMBL CD137357 [ ATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTCNAACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTTGACGATTAAAGAGGGAT AGAATCCATCGGGGGATA ]
[-] EMBL CD097460 [ TATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGGTGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT T ]
[-] EMBL CD138332 [ cCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATC ]
[-] EMBL CD072651 [ TACCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TA ]
[-] EMBL CD145690 [ GATGGTC AACTGAAAATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCCTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCCATCCAAGGCAGTGCAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTCTGATGATGGCCAACACTCACAGATGATGTGTGGTGCTTTGGAAAATAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATCGGGGTATACGTCACTATTGGGGAGTGCGAGTT ]
[+] EMBL CD190865 [ TGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCTACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATTATCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATCGGGGTACACGTCACTATTGGGGATTGCGAGTTCGCGGTCAACACACAAGAACAACTGGCACGGA]
[+] EMBL CD190885 [ TGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGTCTATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATCGGGGTACACGTCACTATTGGGGATTGCGAGTTCGCGGTCAACACAC ]
[-] EMBL CD097590 [ TAATGTAGTATGCAAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAAAAGCTTGT AACAGT TATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAATAGACAGAAAGATGTC GATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGA GGATAAGATCCCATCGGGGTATACGTCACTATTGGGGATTGCGAGTTCGCGGTCAACACA ]
consensusID : consensus_10693#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 162 fasta sequence
[ACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTGGAACGATTAAAGAGGATAAGATCCCATCGGGTATACGTCACTATTGGGGATTCGGAGTTCCGGGTCACACACAGACACTGGACGACGTGACGACAGTCGGTGAATCTCGAGA]
[+] EMBL AA938811 [ACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACTAAGCTGCGTGAAGATCTGGAACGATTAAAGAGGATAAGATCCCATCGGGTATACGTCACTATTGGGGATTCGGAGTTCCGGGTCACACACAGACACTGGACGACGTGACGACAGTCGGTGAATCTCGAGA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10693#0 TCGTCTCATAGTAACCGGGATATTTGATCAAAGTCGCTAGCCACGATGGATCTTATGCTA 60
consensus_10693#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10693#0 CCAGAAAAGTTTCAGCACATTCTTCGTGTTATGAACACGAATATTGATGGTCAACTGAAA 120
consensus_10693#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10693#0 ATAATGTATGCTATAACTTCGATTAAAGGTGTTGGCCGACGCTATGCTAATGTAGTATGC 180
consensus_10693#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10693#0 AAAAAAGCTGATATCGACCTTAACAAGCGTGCTGGTGAACTAACTGAAGATGAGGTTGAA 240
consensus_10693#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10693#0 AAGCTTGTAACAGTTATGAGCAATCCAAGGCAGTACAAGATCCCTGATTGGTTTCTAAAT 300
consensus_10693#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10693#0 AGACAGAAAGATGTCGATGATGGCAAACACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACT 360
consensus_10693#1 ----------------------------ACTCACAGTTGATGTCTGGTGCTTTGGAAACT 32
********************************
consensus_10693#0 AAGCTGCGTGAAGATCTTGAACGATTAAAGAGGATAAGATCCCATCGGGGTATACGTCAC 420
consensus_10693#1 AAGCTGCGTGAAGATCTGGAACGATTAAAGAGGATAAGATCCCATCGGG-TATACGTCAC 91
***************** ******************************* **********
consensus_10693#0 TATTGGGGATTGCGAGTTCGCGGTCAACACACAAGAAC-AACTGGCACGGA--------- 470
consensus_10693#1 TATTGGGGATTCGGAGTTCCGGGTCA-CACACAGACACTGGACGACGTGACGACAGTCGG 150
*********** ****** ***** ****** ** * * *
consensus_10693#0 ------------
consensus_10693#1 TGAATCTCGAGA 162
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||