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Schistosoma mansoni
cluster # 10840 cluster # 10840       Sequences # 23       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10840#0 length = 1658 sequences # 20  
consensus_10840#1 length = 1025 sequences # 3  

consensusID : consensus_10840#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 20
consensus length = 1658
fasta sequence
                              [ATTCGTGTTTCACAAAATATCCTAAAAATTAAATTTTAGTTATTGACTGATAAAAACTCTTGGCAATAAATTACTGAGTACATATTTCTCATTTACAACTATTCGCTGTTAAACCCTAACAAAACACATTGTCCTTGTGAATTTAAAAGAAATTTTTATTTATTTCAATGAGATTGACAAGATCTTCAATGCAACTTGAACGTTTTGGAGATTCTAAGAACACTCCACTGAATACACTCTTACGCTTGTCATGGATAATGATATTATTATTATTAAAAGTCTTATATTCAGAAGCTCGTGGAAAAGTGACCATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATTCAAATGGATTTATTAAACTATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAAGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTGACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTAGCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTGAAAAAATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAGATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTGATTGGTTTATGGATAAAATAAAGCGACCACCCTATTTACTCCAATACCCTTGGCCATTAACGAAATATCCTAATGAAAGTGCCTGGTTTTTAACCTATGCCACATATGAGAGTGCACATGCATTTGAAAGTATATATAAAAATGTTTCAGGATTATGGAATTATTTTGCAGAATATTGGAGGATAACAACTGATCGTTTCGGGAAGAAATATAACGTTTTAGGCTATGAATTGATAAATGAACCACCACCTGGAAATTTTTATTTAAATCCATTTCTTCTTTTGCCTAATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATATTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGCAACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATGAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATTACTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAATCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTGTGTCTTCC-TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT-AACTTAATTGTAGAAAACATTTCC-TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT-CCACAATCAACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGAGATTCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTGTACCAACACAGAAGAATTGTACAAATGTGAACTCAACATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGTTCCAATGTCGATTCATTATCCACATGGAGTGAAGACTCGTTTCATCCCAGAACAATTATCT]

[+] EMBL CD096157             [ATTCGTGTTTCACAAAATATCCTAAAAATTAAATTTTAGTTATTGACTGATAAAAACTCTTGGCAATAAATTACTGAGTACATATTTCTCATTTACAACTATTCGCTGTTAAACCCTAACAAAACACATTGTCCTTGTGAATTTAAAAGAAATTTTTATTTATTTCAATGAGATTGACAAGATCTTCAATGCAACTTGAACGTTTTGGAGATTCTAAGAACACTCCACTGAATACACTCTTACGCTTGTCATGGATAATGATATTATTATTATTAAAAGTCTTATATTCAGAAGCTCGTGGAAAAGTGACCATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATTCTAATGGATTTATTAAACTATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAGGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTGACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTAGCTGGATAGCATTAANACCACATGANAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTGAAnnaga                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD146866             [                                                                                        tgATTTACAACTATTCGCTGTTAAACACTAACAAAACACATTGTCCTTGTGGATTTAAAAGGAATTTTTATTTATTTCAATGAGATTGACAAGATCATCAAAGCAACTTGAACTTTCTGGAGATTCTAAGAACACTCCAGTGAATACACTCTTACGCTTGTCATGGATAATGA   TATTATTACTAAAAGTGTTTTATTTAGAAGCTCGTGGAAAAGTGACTATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATCCAAATGGATTTATTAAACTATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAAGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTGACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD152705             [                                                                                                                   CTAACAAAACACATTGTCCTTGTGAATTTAAAAGAAATTTTTATTTATTTCAATGAGATTGACAAGATCTTCAATGCAACTTGAAGGTTTTGGAGATTATAAGAGCGCTCCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD161013             [                                                                                                                                                                               GACAAGATCTTCAAAGCAACTTGAACGTTTTGGAGATTCTAAGAACACTCCAGTGAATACACTCTTACGCTTGTCATGGATAATGATATTATTATTATTAAAAGTCTTATATTCAGAAGCTCGTGGAAAAGTGACCATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATTCAAATGGATTTATTAAACTATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAAGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTGACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTAGCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTGAAAAGATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAGATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTTATTGGTTTATGGATAAAATAAAGCGACCACCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD096782             [                                                                                                                                                                                                    TGAACGTTTTGGAGATTCTAAGAACACTCCACTGAATACACTCTTACGCTTGTCATGGATAATGATATTATTATTATTAAAAGTCTTATATTCAGAAGCTCGTGGAAAAGTGACCATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATTCAAATGGATTTATTAAACTATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAAGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTGACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTAGCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATATTATTGAAAAAATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAGATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTGATTGGTTTATGGATAAAATAAAGCGACCACCCTATTTATTCCAATACCCTTGGCCATTAACGAAATATCCTAATGAAAGTGCCTGGTTTTTAACCTACGCCACATATGAGAGTGCACATGCATTTGAAAGTATATAT AAAATGTTTCAGGATTATGGAATTATTTTGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD096876             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTGATTCTAATGGATTTATTAAACTATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAGGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTGACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATCTAGCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTGAAAAGATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAGATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTGATTGGTTTATGGATAAAATAAAGCGACCACCCTATTTACTCCAATACCCTTGGCCATTAACGAAATATCCTAATGAAAGTGCCTGGTTTTTAACCTATGCCACATATGAGAGTGCACATGCATTTGAAAGTATATATAAAAATGTTTCAGGATTATGGAGTTATTTTGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[-] EMBL CD097020             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctTAAAGTCAAACCATTTTACCCTCCAAAATTACTTGACTCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGAATTCAGCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAGTCTAGAGTATATAGATATTATTGAAAAAATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAGATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTTATTGGTTTATGGATAAAATAAAGCGAGCACCCTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD154103             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTAGCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTGAAAAGATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAGATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTGATTGGTTTATGGATAAAATAAAGCGACCACCCTATTTACTCCAATACCCTTGGCCATTAACGAAATATCCTAATGAAAGTGCCTGGTTTTTAACCTATGCCACATATGAGAGTGCACATGCATTTGAAAGTATATATAAAAATGTTTCAGGATTATGGAATTATTTTGCAGAATATTGGAGGATAACAACTGATCGTTTCGGGAAGAAATATAACGTTTTAGGCTATGAATTGATAAATGAACCACCACCTGGAAATTTTTATTTAAATCCATTTCTTCTTTTGCCTAATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD096092             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCGTTTCGGGAAGAAATATAACGTTTTAGGCTATGAATTGATAAATGAACCACCACCTGGAAATTTTTATTTAAATCCATTTCTTCTTTTGCCTAATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATATTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGCAACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATGAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATTACTACTGTTGGCCATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAATCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTATGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGACAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTNTCTAAACTTAATTGT  ANAACATGTCCTTTTGAATCG TCAGTCGTACATATCCCAC ATCA                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CD162943             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CATTGATATTTTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATTTTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGCAACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATGAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATTACTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACGATATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAATCCACTGGTGGCGGACGATTTTTAACAGAATTCGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD122848             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TACCTGGTACTGGCATGCAACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATGAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATTACTACTGTTGGCCATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAGTCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTATGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGACAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAATTGTTAAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAATCAACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGAGATTCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTGTACCAACACAGAAGAATTGTACAAATGTGAACTCAACATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGTTCCAATGTCGATTCATTATCCACATGGAGTGAA                            ]
[+] EMBL CD095959             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATCTTATCATTACTATTGTTGGCTATTGGAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCCTGGAAACGATATTTGTGTGATCAACTTCTCTTAAATTATGCATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCGATCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTGTGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGACAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAATTGTAGAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAAT                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD095804             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATCTTATCATTACTATTGTTGGCTATTGGAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAATCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTATGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTCCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAATTGTTAAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAAT                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD095973             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATCTTATCATTACTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAATCCACTGGTGGCGGACGATTTTTAACAGAATTCGGTTTGTGTCTTCC TGATGGTAATCCAGAATCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAAATGTAGAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAAT                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD095880             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATCTTATCATTACTATTGTTGGCTATTGGAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACGATATTTGTGTGATCAACTTCTCTTAAATTATGCATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCGATCCACTGGTGGCGGACGGTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD095863             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TATCTTATCATTACTATTGTTGGCTATTGGAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACGATATTTGTGTGATCAACTTCTCTTAAATTATGCATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCGATCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTGTGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGACAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAATTGTAGAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAAT                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD150328             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAATCCACTGGTGGCGGACGATTTTTAACAGAATTCGGTTTGTGTCTTCC TGATGGTAATCCAGAATCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAAATGTAGAAAACATTTCC TTGAAGTCGTTCAGTC                                                                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL CD157942             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATCAGC TCTCTTAA  TATACATTCAAAAATGT AGGAGTATAG TCAATCCACTGGTGGCGGACGGTTTATAACAGAATCNGGTCTATGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAATCATGGATGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAATTGTTAAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAATCAACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGAGATTCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTGTACCAACACAGAAGAATTGTACAAATGTGAACTCAACATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGTTCCAATGTCGATTCATTATCCACATGGAGTGAAGACTCGTTTCATCCCAGAACAATTATCT]
[+] EMBL CD150561             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTGTCTTCC TGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAAATGTAGAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAATCGACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGGAATTCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTATACCAACACAGAAGAATTGTACAAATGTGAACTCAGCATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGCTCCAATGTCGATTCATTATCCACATGGAATGAGGA                          ]
[+] EMBL CD150587             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTGTGTTCCTTGATGGTAATCCAGATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCT AACTTAAATGTAGAAAACATTTCC TTGAAATCGTTCAGTCGTACATAT CCACAATCGACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGGAATTCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTATACCAACACAGAAGAATTGTACAAATGTGAACTCAGCATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGCTCCAATGTCGATTCATTATCCACATGGAATGAGGA                          ]


>consensus_10840#0 ATTCGTGTTTCACAAAATATCCTAAAAATTAAATTTTAGTTATTGACTGATAAAAACTCT TGGCAATAAATTACTGAGTACATATTTCTCATTTACAACTATTCGCTGTTAAACCCTAAC AAAACACATTGTCCTTGTGAATTTAAAAGAAATTTTTATTTATTTCAATGAGATTGACAA GATCTTCAATGCAACTTGAACGTTTTGGAGATTCTAAGAACACTCCACTGAATACACTCT TACGCTTGTCATGGATAATGATATTATTATTATTAAAAGTCTTATATTCAGAAGCTCGTG GAAAAGTGACCATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATTCAAATGGATTTATTAAAC TATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAAGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTG ACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTA GCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTG AAAAAATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATTATCATTGACTTGCATCAAG ATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTGATTGGTTTATGGATAAAA TAAAGCGACCACCCTATTTACTCCAATACCCTTGGCCATTAACGAAATATCCTAATGAAA GTGCCTGGTTTTTAACCTATGCCACATATGAGAGTGCACATGCATTTGAAAGTATATATA AAAATGTTTCAGGATTATGGAATTATTTTGCAGAATATTGGAGGATAACAACTGATCGTT TCGGGAAGAAATATAACGTTTTAGGCTATGAATTGATAAATGAACCACCACCTGGAAATT TTTATTTAAATCCATTTCTTCTTTTGCCTAATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTT ATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAGA GTGTAACTTATGGAATATATTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGCAAC GTGTTCCTGGTCTATTACAAGATGAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATT ACTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAAT ATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAAT CCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTGTGTCTTCCTGATGGTAATCCAG ATTCAATAAATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGAAT CATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCTAACTTAATTGTAGAAAACATTTCCT TGAAATCGTTCAGTCGTACATATCCACAATCAACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGAGAT TCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTGTACCAACACAGAAGAATTGTACAA ATGTGAACTCAACATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGTTCCAATGTCGATTCATTATCCAC ATGGAGTGAAGACTCGTTTCATCCCAGAACAATTATCT



consensusID : consensus_10840#1
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Sequences nbr = 3
consensus length = 1025
fasta sequence
                              [CTTTTGCACAGTAATTAATCATAATTGACAACTTCATTCAGTTAGAGAGAGCTAAAATTATACCGATCTAATAATTGCATCAATGTTAATTACTGTGAGTTGTTGCTTTATTGTACGTCTAATTTCTTTCTTCTAAACATAAACATAATTGACTGAATACTTGCAAAATAAGTATTTACCTAGATGTAAAGTAAGTAGGAATATTCACGCTCAACCACAATCTTGATTTCGGAAAACATTCTGTCCATCACAAATATGTTCATTTCAGCTTAACATAGACTGACTTACTTATGTACTGCAATATTAGAAATCATTGTTGTTAACTCTCAATTGTCTTCATTCTGAAAATCTATTTCGGTTCTTACATTTCTGGTCTTTTTCTTTTTGTATTCGCACAGATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATTTTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGNCACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATAAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATTATTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGGTGAGAGTTTTAATACCTGGTTTATTGTTTGTAGTGTATGTGCATTTTGAATATTTGATGCCTTAATACCAACATTCACCCACTGATATATTGTAGCATAAGCTGACTGACTTGATTTTTGTTCGTAACTTGATAACCAGACTTGACTGAAAAATTTTGAAATTCTTTGTCACCCTTATTAAATTATTCGATCTATATTCAACACAACTACATTCAGTTAAAGATCGAAGGACCGCTGACCCAGAGTATTTTCGTAATAAAATATTGTTTACATTTGACACCATATCCTTACGTTAACCAGACAACTATATGCGAATCAGTAGTGCGTGTTTACAACACTACT]

[+] EMBL CD114561             [CTTTTGCACAGTAATTAATCATAATTGACAACTTCATTCAGTTAGAGAGAGCTAAAATTATACCGATCTAATAATTGCATCAATGTTAATTACTGTGAGTTGTTGCTTTATTGTACGTCTAATTTCTTTCTTCTAAACATAAACATAATTGACTGAATACTTGCAAAATAAGTATTTACCTAGATGTAAAGTAAGTAGGAATATTCACGCTCAACCACAATCTTGATTTCGGAAAACATTCTGTCCATCACAAATATGTTCATTTCAGCTTAACATAGACTGACTTACTTATGTACTGCAATATTAGAAATCATTGTTGTTAACTCTCAATTGTCTTCATTCTGAAAATCTATTTCGGTTCTTACATTTCTGGTCTTTTTCTTTTTGTATTCGCACAGATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATTTTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGNCACGTGTTCCTGGTCTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD162538             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CAGGTCAAAATCTTTTATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATATTTTCCATTTGTCGATGGAATACCTGGTACTGGCATGCAACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATAAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCATTATTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGGTGAGAGTTTTAATACCTGGTTTATTGTTTGTAGTGTATGTGCATTTTGAATATTTGATGCCTTAATACCAACATTCACCCACTG                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CD111345             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TCATGGAAACAATATTTGTGTGATCAGGTGAGAGTTTTAATACCTGGTTTATTGTTTGTAGTGTATGTGCATTTTGAATATTTGATGCCTTAATACCAACATTCACCCACTGATATATTGTAGCATAAGCTGACTGACTTGATTTTTGTTCGTAACTTGATAACCAGACTTGACTGAAAAATTTTGAAATTCTTTGTCACCCTTATTAAATTATTCGATCTATATTCAACACAACTACATTCAGTTAAAGATCGAAGGACCGCTGACCCAGAGTATTTTCGTAATAAAATATTGTTTACATTTGACACCATATCCTTACGTTAACCAGACAACTATATGCGAATCAGTAGTGCGTGTTTACAACACTACT]


>consensus_10840#1 CTTTTGCACAGTAATTAATCATAATTGACAACTTCATTCAGTTAGAGAGAGCTAAAATTA TACCGATCTAATAATTGCATCAATGTTAATTACTGTGAGTTGTTGCTTTATTGTACGTCT AATTTCTTTCTTCTAAACATAAACATAATTGACTGAATACTTGCAAAATAAGTATTTACC TAGATGTAAAGTAAGTAGGAATATTCACGCTCAACCACAATCTTGATTTCGGAAAACATT CTGTCCATCACAAATATGTTCATTTCAGCTTAACATAGACTGACTTACTTATGTACTGCA ATATTAGAAATCATTGTTGTTAACTCTCAATTGTCTTCATTCTGAAAATCTATTTCGGTT CTTACATTTCTGGTCTTTTTCTTTTTGTATTCGCACAGATATTGCAGGTCAAAATCTTTT ATTGTTTTATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATT TTACGAGAGTGTAACTTATGGAATATTTTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGG CATGNCACGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATAAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATC TTATCATTATTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATG GAAACAATATTTGTGTGATCAGGTGAGAGTTTTAATACCTGGTTTATTGTTTGTAGTGTA TGTGCATTTTGAATATTTGATGCCTTAATACCAACATTCACCCACTGATATATTGTAGCA TAAGCTGACTGACTTGATTTTTGTTCGTAACTTGATAACCAGACTTGACTGAAAAATTTT GAAATTCTTTGTCACCCTTATTAAATTATTCGATCTATATTCAACACAACTACATTCAGT TAAAGATCGAAGGACCGCTGACCCAGAGTATTTTCGTAATAAAATATTGTTTACATTTGA CACCATATCCTTACGTTAACCAGACAACTATATGCGAATCAGTAGTGCGTGTTTACAACA CTACT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_10840#0      ATTCGTGTTTCACAAAATATCCTAAAAATTAAATTTTAGTTATTGACTGATAAAAACTCT 60
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      TGGCAATAAATTACTGAGTACATATTTCTCATTTACAACTATTCGCTGTTAAACCCTAAC 120
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      AAAACACATTGTCCTTGTGAATTTAAAAGAAATTTTTATTTATTTCAATGAGATTGACAA 180
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      GATCTTCAATGCAACTTGAACGTTTTGGAGATTCTAAGAACACTCCACTGAATACACTCT 240
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      TACGCTTGTCATGGATAATGATATTATTATTATTAAAAGTCTTATATTCAGAAGCTCGTG 300
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      GAAAAGTGACCATTGACGATGATACTGGTTACTTTGTTGATTCAAATGGATTTATTAAAC 360
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      TATTTCATGGTATCAATTGTGTGCATAAAGTCACACCATTTTACATTCCAAAATTACTTG 420
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      ACCCTCATACATTCAAAGTACTTCGAGATTGGGGAATCAATGTTATACGCTTAGGATTTA 480
consensus_10840#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_10840#0      GCTGGATAGCATTAAAACCACATGAAAATGAGACCAATCTAGAGTATATAGATACTATTG 540
consensus_10840#1      ---------------------------------CTTTTGCACAGTAATTAATCATAATTG 27
                                                        *   *  * ****  **   *  ****

consensus_10840#0      AAAAAATTATCGACAATGCTGGATTATATGGAGTTTATATT-ATCATTGACTTGCATCAA 599
consensus_10840#1      ACAACTTCATTCA----GTTAGAGAGAGCTAAAATTATACCGATCTAATAATTGCATCAA 83
                       * **  * **  *    * * **        *  *****   ***    * *********

consensus_10840#0      GATGGATTATCGAAACGTCTCGGTGCAATTGATGCTGTGCCTGATTGGTTTATGGATAAA 659
consensus_10840#1      TGTTAATTACTGTGAGTTGTTGCTTTATTGTACGTCTAATTTCTTTCTTCTAAACATAAA 143
                         *  ****  *  *  * * * *  * *  * *       *  **  * **   *****

consensus_10840#0      ATAAAGCGACCACCCTATTTACTCCAATACCCTTGGCCATTAACGAAATATCCTAATGAA 719
consensus_10840#1      CATAATTGACTGAA-TACTTGCAAAATAAGTATTTACC-TAGATGTAAAGT--AAGTAGG 199
                          **  ***     ** ** *   *  *   **  ** *  * * **  *   * *   

consensus_10840#0      AGTGCCTGGTTTTTAACCTATGCCACATATGAGAGTGCACATGCATTTGAAAGTATATAT 779
consensus_10840#1      AATATTCACGCTCAACCACAATCTTGATTTCGGAAA--ACATTCTGTCCATCACAAATAT 257
                       * *        *  * *  *  *   ** *  **    **** *  *  *    * ****

consensus_10840#0      AAAAATGTTTCAGGATTATGGAATTATTTTGCAGAATATTGGAGGATAACAACTGATCGT 839
consensus_10840#1      GTTCATTTCAGCTTAACATAGACTGACTTACTTATGTACTGCAATATTAGAAATCATTGT 317
                           ** *      *  ** ** * * **       ** ** *  ** * ** * ** **

consensus_10840#0      TTCGGGAAGAAATATAACGTTTTAGGCTATGAATTGATAAATGAACCACCACCTGGAAAT 899
consensus_10840#1      T----GTTAACTCTCAATTGTCTTCATTCTGAA------AATCTATTTCGGTTCTTACAT 367
                       *    *   *     **   * *    * ****      ***  *   *       * **

consensus_10840#0      TTTTATTTAAATCCATTTCTTCTTTTGCCTAATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTT 959
consensus_10840#1      TTCTGGTCTTTTTCTTTTTGTATTCGCACAGATATTGCAGGTCAAAATCTTTTATTGTTT 427
                       ** *  *    * * ***  * **    *  *****************************

consensus_10840#0      TATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAG 1019
consensus_10840#1      TATGATTACTTGGTGAATGTTATTCGTCAAACAGACAAGGATACATTGATATTTTACGAG 487
                       ************************************************************

consensus_10840#0      AGTGTAACTTATGGAATATATTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGCAA 1079
consensus_10840#1      AGTGTAACTTATGGAATATTTTTTCCATTTGTCAATGGAATACCTGGTACTGGCATGNCA 547
                       ******************* *************************************  *

consensus_10840#0      CGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATGAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCAT 1139
consensus_10840#1      CGTGTTCCTGGTCTATTACAAGATAAGATGGCCAGAAAGAAGAGTGTATTATCTTATCAT 607
                       ************************ ***********************************

consensus_10840#0      TACTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAA 1199
consensus_10840#1      TATTACTGTTGGCTATTGCAATCGACACCAGCTACAGAGCATATGCCATCATGGAAACAA 667
                       ** *********************************************************

consensus_10840#0      TATTTGTGTGATCAGCTTCTCTTAAATTATACATTCAAAAATGTGAGAAGTATAGTTCAA 1259
consensus_10840#1      TATTTGTGTGATCAGGT-------------------GAGAGTTTTA-ATACCTGGTTTA- 706
                       *************** *                    * * * * * *    * *** * 

consensus_10840#0      TCCACTGGTGGCGGACGGTTTTTAACAGAATTCGGTCTGTGTCTTCCTGATGGTAATCCA 1319
consensus_10840#1      -TTGTTTGTAGTGTATGTGCATT-------TTGAATATTTGATGCCTTAATACCAACATT 758
                            * ** * * * *    **       **   * * **    * * **   **    

consensus_10840#0      GATTCAATAA-ATACGGTTGAATGTAATGCTGTGCTGAATGCAGCAGATAGGAACTTCGA 1378
consensus_10840#1      CACCCACTGATATATTGTAGCATAAGCTGACTGACTTGATTT--TTGTTCGTAACTTGAT 816
                        *  ** * * ***  ** * **    **     **  **      * * * *****   

consensus_10840#0      ATCATGGACGTACTGGGACGGATATGAATTATTTTCTAACTTAATTGTAGAAAACATTTC 1438
consensus_10840#1      AACCAGACTTGACTGAAAAATTTTGAAATTCTTTGTCACCCTTATT----AAATTATTCG 872
                       * *  *     ****  *    *   **** ***   * * * ***    ***  ***  

consensus_10840#0      CTTGAAATCGTTCAGTCGTACATATCCACAATCAACTGCCGGTCAACCTGTCCAACTGAG 1498
consensus_10840#1      ATCTATATTCAACACAACTACAT-TCAGTTAAAGATCGAAGGACCGCTGACCCAGAGTAT 931
                        *  * **    **    ***** **    *   *  *  ** *  *    ***    * 

consensus_10840#0      ATTCGATGTAGATTCAGGTGTGTTTTATTATGCTTTTGTACCAACACAGAAGAATTGTAC 1558
consensus_10840#1      TTTCGTAATAAAATATTGTTTACATT-TGACACCAT-ATCCTTACGTTAACCAGACAACT 989
                        ****   ** * *   ** *   ** * *  *  *  * *  **    *  *       

consensus_10840#0      AAATGTGAACTCAACATTGTTAGTTGCAGAAATTTTTGTTCCAATGTCGATTCATTATCC 1618
consensus_10840#1      ATATGCGAA-TCAGTAGTGCGTGTTTACAACACTACT----------------------- 1025
                       * *** *** ***  * **   ***    * * *  *                       

consensus_10840#0      ACATGGAGTGAAGACTCGTTTCATCCCAGAACAATTATCT 1658
consensus_10840#1      ----------------------------------------
                                                               




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)