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Schistosoma mansoni
cluster # 11230 cluster # 11230       Sequences # 40       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_11230#0 length = 1025 sequences # 2  
consensus_11230#1 length = 998 sequences # 4  
consensus_11230#2 length = 497 sequences # 34  

consensusID : consensus_11230#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1025
fasta sequence
                              [AATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTAAAACGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAGTATTTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCTTATATTATATTAATCAATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAAATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAGATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGATATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAATATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAAAGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATTACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGATGAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAACCACAAACAATTGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATGAACGGTTTTTTTACGCAACATAGTAATTTTTACCACAATTTTAAAATTATTTTTGGAGAGGCTGCTCTCGTTGAGTATCTTATTGAGAGAAGAGGCGCTTATGCGCAATTATCATAGTTGGAATTTCGGCGTAGATTAACTTAAACAGGAGCCGCACTGTCGGTAAGTAAAATCATAGTATAACGCAACGTCGTAACGTTTGTGTACCAAAATAATTCTTTAAAGTGGTCG]

[+] EMBL CD075424             [AATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTAAAACGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAGTATTTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCTTATATTATATTAATCAATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAAATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAGATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGATATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAATATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAAAGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATTACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGATGAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL AI882647             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACTAGTTTTAAAAAAAGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATTACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGATGAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAACCACAAACAATTGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATGAACGGTTTTTTTACGCAACATAGTAATTTTTACCACAATTTTAAAATTATTTTTGGAGAGGCTGCTCTCGTTGAGTATCTTATTGAGAGAAGAGGCGCTTATGCGCAATTATCATAGTTGGAATTTCGGCGTAGATTAACTTAAACAGGAGCCGCACTGTCGGTAAGTAAAATCATAGTATAACGCAACGTCGTAACGTTTGTGTACCAAAATAATTCTTTAAAGTGGTCG]


>consensus_11230#0 AATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTA AAACGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAG TATTTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCTTATATTATATTAATC AATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAA ATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAG ATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGA TATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAA TATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAA AGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATT ACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGAT GAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGG AATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAG AAAAACCACAAACAATTGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTA ACCGTTGATCAATGAACGGTTTTTTTACGCAACATAGTAATTTTTACCACAATTTTAAAA TTATTTTTGGAGAGGCTGCTCTCGTTGAGTATCTTATTGAGAGAAGAGGCGCTTATGCGC AATTATCATAGTTGGAATTTCGGCGTAGATTAACTTAAACAGGAGCCGCACTGTCGGTAA GTAAAATCATAGTATAACGCAACGTCGTAACGTTTGTGTACCAAAATAATTCTTTAAAGT GGTCG



consensusID : consensus_11230#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 998
fasta sequence
                              [ATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTAAACGGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAGTATTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCNTATATATATTTAATCAATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAAATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAGATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGATATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAATATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAAAGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATTACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGATGAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATC-AATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGG-AAACCAGCACAGTCGGCCTCGGCCGAATATGGCTC]

[-] EMBL CD081601             [ATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTAAACGGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAGTATTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCNTATATATATTTAATCAATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAAATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAGATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGATATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAATATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAAAGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATTACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGATGAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATC AATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGG AAACCAGCACAGTCGGCCTCGGCCGAATATGGCTC]
[+] EMBL CD142351             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAAATAG TGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAAACCAG                            ]
[+] EMBL CD142338             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAGTAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGNGAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATN CATAGTTGGAAATTTTCGCAGAT                                                        ]
[+] EMBL CD142415             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCCCTCATTCGAACGGCAATACATTAAGATTGAAATTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAAAATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATCAATAAACGCTTCGTTTACGCTACATAGCAA                                                                                                                                                                                     ]


>consensus_11230#1 ATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTAA ACGGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAGT ATTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCNTATATATATTTAATCAA TATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAAAT TGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAGAT GTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGATA TTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAATA TAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAAAG GTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATTAC AATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGATGA ATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAA TACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAA AAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAA CCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAA ATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAGGC GCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAAC AGGAAACCAGCACAGTCGGCCTCGGCCGAATATGGCTC



consensusID : consensus_11230#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 34
consensus length = 497
fasta sequence
                              [AAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAA-AAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGA-TATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATC-AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT-AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG-TTAAAGTAAAAAT-CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA-TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]

[+] EMBL CD198643             [AAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAA AAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGA TATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAA                                       ]
[+] EMBL CD142412             [                                 TCCCTCATTCGAACGAAAGTACATCAATATTGAAG TGGGAAGCAGGTTAGAATGTGCCTATACTAACATATGCAGAGAAAAATCCACACACAAATGTCAACCATATGATTACTATAATGAGTATATGAAACATGTTTTAACCGGTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAGAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTG TATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGGNTTAAAG                                                                                                                         ]
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[+] EMBL CD198638             [                                 TCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAATATTGAAGTTGGGAA AAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGA TATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATACTACA             ]
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[-] EMBL CD198608             [                                                                       GGAA AAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGA TATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD198655             [                                                                                TTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGA TATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTGTACTACAAATTTTAAAAATAAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCGGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD198443             [                                                                                        TGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAGCCACAAACAAATGACAACAATATTATTACAATAATGA TATGTGAAACATGTTTTAACCGTTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD198598             [                                                                                                  AACATATTCAGAGAAAAAACCACAAACAAATTTCAACCATATTATTACAATAATGA TATATGAAACATGTTTTAACCGTTGATC AATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATAAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD142364             [                                                                                                                                                       TGA TATATGAAACATGTTTTAACCG TGATCAAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD142327             [                                                                                                                                                                                                   TGTTANCGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATNCCTGTTGGGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAATCCAGCACATGCCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCCGATA                                                                                 ]
[-] EMBL CD142466             [                                                                                                                                                                                                       TACGCTACATAGT ATTTNTACTACAAATTNTAAAAATTAA TATGNAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD198634             [                                                                                                                                                                                                                                AAATTTAAAAAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]
[-] EMBL CD142331             [                                                                                                                                                                                                                                    TTAAAAAATTAATTATGNAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTT AATTGTAGTGCGAGAGGCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACCAGCACATGTCGG TTAAAGTAAAAAT CATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAA TTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT]


>consensus_11230#2 AAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGGAATACATTAA TATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAGAAAAAACCAC AAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTTAACCGTTGAT CAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAAAAATTAATTA TTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAGGCGCCTTATG CAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAAACAGGAAACC AGCACATGTCGGTTAAAGTAAAAATCATATAAGTAATAAACAGACAACAGTCTGATAACA AGTTTAGTGTATCACAATAAATTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTTTGTTTGATAA TACATTTGTGGGCCAGT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_11230#0      AATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTA 60
consensus_11230#1      -ATATGTATATTTATATTATCCACTGAATAGCTGAAAGCTATTTTGTGTTTATTATACTA 59
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      AAACGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAG 120
consensus_11230#1      AACGGAATTCGACCATGAATGATACAACGTATAGCCAGTTCATTAGAAAAAACCCCATAG 119
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      TATTTGAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCTTATATTATATTAATC 180
consensus_11230#1      TATT-GAATGGATACGTGTTAATATCACCAACAATCAAGTGTTCNTATATATATTTAATC 178
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      AATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAA 240
consensus_11230#1      AATATTTACTCAGTCTAATAAACAATAAACTGAGGAAAATTAATATCCTGAAATATCAAA 238
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      ATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAG 300
consensus_11230#1      ATTGACAATCAAAACTGCGAAATCATATGTATTTCCTGATGAGTGACTTCATTATTTCAG 298
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      ATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGA 360
consensus_11230#1      ATGTATAGAAGTACCTTGAAATTATAAATACAGACGAATTAATAAGTTCTCATACAGTGA 358
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      TATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAA 420
consensus_11230#1      TATTTAATTTCAAGTATATTGAGTACTTTACTACCTATTCAGGCTCCAAAGGATAATAAA 418
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      TATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAA 480
consensus_11230#1      TATAATGATGAACGTGAGCGTTCTTATAATGCGTTACACACGAAAACAAGTTTTAAAAAA 478
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      AGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATT 540
consensus_11230#1      AGGTGGGTGATAGTCACCATTGAGAAAGAAAAAATAATGACCTACGAAGAAGAAATTATT 538
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      ACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGAT 600
consensus_11230#1      ACAATAAGAGCGATTGTTATGAATAAATAAGTAATGAAATAATCGAAACAATTATTTGAT 598
consensus_11230#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_11230#0      GAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGG 660
consensus_11230#1      GAATCGGCCAAAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGG 658
consensus_11230#2      ----------AAAAGACTGGACATAAATGGAATGAATAGACATTCCCTCATTCGAACGGG 50
                                 **************************************************

consensus_11230#0      AATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAG 720
consensus_11230#1      AATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAG 718
consensus_11230#2      AATACATTAATATTGAAGTTGGGAAAAGTTTAGAATGTGCATATACTAACATATTCAGAG 110
                       ************************************************************

consensus_11230#0      AAAAA-CCACAAACAATTGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTT 779
consensus_11230#1      AAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTT 778
consensus_11230#2      AAAAAACCACAAACAAATGTCAACCATATTATTACAATAATGATATATGAAACATGTTTT 170
                       ***** ********** *******************************************

consensus_11230#0      AACCGTTGATCAATGAACGGTTTTTTTACGCAACATAGTAATTTTTACCACAA-TTTTAA 838
consensus_11230#1      AACCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAA 838
consensus_11230#2      AACCGTTGATCAATGAACGGTTTGTTTACGCTACATAGTAATTTTTACTACAAATTTTAA 230
                       *********************** ******* **************** **** ******

consensus_11230#0      AATT--ATTTTTGGAGA-GGCTGC-TCTC-GTTGAGTATCTTAT-----TGAGAGAAGAG 888
consensus_11230#1      AAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAG 898
consensus_11230#2      AAATTAATTATTGAAGAAGGCTGCATCTCTGTTGAGTACTCTTTAATTGTAGAGGAAGAG 290
                       ** *  *** *** *** ****** **** ********   * *     *    ******

consensus_11230#0      GCGC-TTATGCG--CAATTATCA-TAGTTGGAA-TTTCGGCG--TAGATTAACTT---AA 938
consensus_11230#1      GCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAA 958
consensus_11230#2      GCGCCTTATGCAGCCAATTATCAATAGTTGGAAATTTCGGCAGATAGATTAAACTTTAAA 350
                       **** ******   ********* ********* *******   ********  *   **

consensus_11230#0      ACAGGAGCCGCAC---TGTCGGTAAGTAAAATCATAGTATAACGCA---ACGTCGTAACG 992
consensus_11230#1      ACAGGAAACCAGC---A--CAGTCGGCCTCGGCCGAATATGGCTC--------------- 998
consensus_11230#2      ACAGGAAACCAGCACATGTCGGTTAAAGTAAAAATCATATAAGTAATAAACAGACAACAG 410
                       ******  *   *      * **              ***                    

consensus_11230#0      TTTGTGTACCAAAATAATTCTTTAAAGTGGTCG--------------------------- 1025
consensus_11230#1      ------------------------------------------------------------
consensus_11230#2      TCTGATAACAAGTTTAGTGTATCACAATAAATTAAAATCATTTTAAAAAGATGGTCCGTT 470
                                                                                   

consensus_11230#0      ---------------------------
consensus_11230#1      ---------------------------
consensus_11230#2      TGTTTGATAATACATTTGTGGGCCAGT 497
                                                  




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)