These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_11555#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 96 consensus length = 1182 fasta sequence [ATGGTAGTGCTTGAAGAATCAGGCGCTAAATTTCATTTGTGGATAGGGATGAAATATAATTTATTAGTTTATTATGATTTAATATTATATGTTTTAGGAATGAGGGTTTTTATTCCGTTATGATGTGTTATAGTAATGTGTTATCAGATATATGAGTCTTTTCAAGTAAGTATAATTATTCCAAGTGAATCTCGGTTATTGGAATTTGTTTGGACCTTGGTTCCATC-TTTTATAGTTTTAGTATTATGC-TTTTTTAACTTGAAATATTTAGTTTATTATAGTTCGTTTTGTTTTTCTGATCCAGTTAAGGTGATAGGTCATCA-GTGGTATTGATCTTATGAATTATCAA-GGGGGGCAAAGTATGATTCATTTATGACTGATTTGATAGGTGGTGTTAATAAGCCTTTACGATTATTAATG-AAGGTGCCA-TATTCATTA-CTTGTAACATCTAGAGATGTTATACATTCTTTTTCAGTTCCTGATTTATATATAAAGATGGATGCGGTTCCAGGTCGAATTAATTGTTTAGGGG-TAATATTAAGT-CG-TTTAGGGGTATTT-ACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATA-GTGGTTGAAGTTGTAATG-AATAAAAAGA--TGTAAACAGTAGAAATTTTTATGAT-GTTAGTTTTATTATCTATAGTTTTATTCGGGTTTACTTTTAAAGGTAGGCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTGGTTTTGGTTTCTTTTATAGTAAGTCTTTGGATATTTAAGGTTTTTAGTTTTAGTTGATACTTTTTATTATTTG-TTTTGGTTTAT-GTTGGTGGTATCTATGTTATATTAATTTATGTAAGTATGGCGTTTCCTAAATTTAGATTA-TTTAGATTTAAACTGCGAGGTTGAG-CAGGTTTCGTAGTTTTATTA-TTTTTGTTACTTGGGGTGTGGAGAGATGTGAGCGTTATGGATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATCTGTTTTTATGTTT-AGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATT-TTATTGTTGGGTTTTCTACTAGTAGATATTTTCGTTAATCGCAATTAAACTGGCTTAGTATAAGGGGAGTATGGCAAATTGTAAATTTGTAGGTAGAGTTAGTCTAGTCGGGA] 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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 281 fasta sequence [TATATATAAAGATGGTTGCAGNNCCAGGTCGGAATTAATTGTTTAGGGGTAATATTAAGTCGNNTAGGGGTGTTTAGAGGTTATTGTTCAGATTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTAGTCGAAGTTGTAATGAATAACAAGATGTAAATAGTAGAAATCTTTATGATGTCAATTTTATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTACTTTTAAAGGTAGGCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTAGTT-TTGGTTTCTTTTATA-TAAGTCTTGGG] [+] EMBL SM410 [TATATATAAAGATGGTTGCAGNNCCAGGTCGGAATTAATTGTTTAGGGGTAATATTAAGTCGNNTAGGGGTGTTTAGAGGTTATTGTTCAGATTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTAG ] [+] EMBL SMAA69043 [ GGTTATTGTTCAGAATTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTAGTCGAAGTTGTAATGAATAACAAGATGTAAATAGTAGAAATCTTTATGATGTCAATTTTATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTACTTTTAAAGGTAGGCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTAGTTGCTTCTTTCTTTTATA ] [+] EMBL SM499 [ GTCGAAGTTGTAATGAATAACAAGATGTAAATAGTAGAAATCTTTATGATGTCAATTTCATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTACTTTTAAAGGTAGGCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTAGTT TTGGTTTCTTTT ] [+] EMBL SM9321 [ TCTTTATGATGTCAATTTTATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTACTTTTAAAGGTAGGCCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTAGTT TTGGTTTC TTTATAGTAAGTCTTGGG] consensusID : consensus_11555#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 261 fasta sequence [GATGAGGGTTTTTATNCCGTTATGATGTGTTATAGTAATGTGTTATCANATATATGAGTCTTTNCAAGTAAGTATAATTATNCCGAGTGAATCTCGGTTATTGGAGTTTGTTTGGACCTTGATNCCANCTTTTATAGTTTTAGTATTATGCTTTTTTTAACTTGAAATATTTAGTTTATNATAGTNCGTTNCGTTTTNCTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCNNCAGTGGTATTGANCTTATGAACTANCAAGGGGGAATA] [+] EMBL AA559503 [GATGAGGGTTTTTATNCCGTTATGATGTGTTATAGTAATGTGTTATCANATATATGAGTCTTTNCAAGTAAGTATAATTATNCCGAGTGAATCTCGGTTATTGGAGTTTGTTTGGACCTTGATNCCANCTTTTATAGTTTTAGTATTATGCTTTTTTTAACTTGAAATATTTAGTTTATNATAGTNCGTTNCGTTTTNCTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCNNCAGTGGTATTGANCTTATGAACTANCAAGGGGGAATA] consensusID : consensus_11555#5 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 250 fasta sequence [ATCGGGCGATAGCCCAGGTCGAATTAATTGTTTAGGGGTAATATTAAGTCGTTTAGGGGTATTTACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTGGTCGAAGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAACAGTAGAAATCTTTATGATGTTAGTTTTATTATCGATAGTTTTATTCGGATTTACTTTTAAGGTAAGGCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTGGGTTTGGTTTC] [+] EMBL AW497765 [ATCGGGCGATAGCCCAGGTCGAATTAATTGTTTAGGGGTAATATTAAGTCGTTTAGGGGTATTTACAGGTTATTGTTCAGAGTTATGCGGTGTGGGTCATGCTTATATGCCTATAGTGGTCGAAGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAACAGTAGAAATCTTTATGATGTTAGTTTTATTATCGATAGTTTTATTCGGATTTACTTTTAAGGTAAGGCTTTGACTCGAGCAGTTTTATTGGGTTTGGTTTC] consensusID : consensus_11555#6 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 230 fasta sequence [TCTTTTATAGTTTTAGTATTATGCTTTTTTAACTT-GAAATATTTAG-TTATTATAGTTCG-TTCGTTTTTCTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCATCAGTGGTATTGA-C-TA-G-ACTATCAAGGGGGATAAAGTATGATTCATTTATG-ACTGATTT-GATAGGTGGTGGTTAATAAGCCTTTACGGTTATTAATGAAGGTGCCGTATTCAATACTTGGTAACATCTAGGGATGTC] [+] EMBL AA938809 [TCTTTTATAGTTTTAGTATTATGCTTTTTTAACTT GAAATATTTAG TTATTATAGTTCG TTCGTTTTTCTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCATCAGTGGTATTGA C TA G ACTATCAAGGGGGATAAAGTATGATTCATTTATG ACTGATTT GATA ] [+] EMBL SM631 [ ATTATGCTTTTTTAACTTGGAAATATTTAGTTTATNATAGTTCGTTTCGTTTTTCTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCATCAGTGGTATTGATCTTATGAACTATCAAGGGGGATAAAGTATGATTCATTTATGNACTGATTTGGATAGGTGGTGGTTAATAAGCCTTTACGGTTATTAATGAAGGTGCCGTATTCAATACTTGGTAACATCTAGGGATGTC] consensusID : consensus_11555#7 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 175 fasta sequence [CTTGGGGTNTGGAGAGATGTGAGCGTTATGGATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATCTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTACTAGTAGATATANNNCCGTTA] [-] EMBL SMAA40570 [CTTGGGGTNTGGAGAGATGTGAGCGTTATGGATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTGAAGTTTTAATCTATCTGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTAGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTACTAGTAGATATANNNCCGTTA] consensusID : consensus_11555#8 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 133 fasta sequence [GAAGAGATTTATTTATGTGGAGTTTCGAAGCCTAATCTATTTGGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTTTTTAATTGTGATT] [-] EMBL AA566150 [GAAGAGATTTATTTATGTGGAGTTTCGAAGCCTAATCTATTTGGTTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTTTTCTATTAGTAGATATTTTTTTTAATTGTGATT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_11555#3 ------------------------------------------------------------ consensus_11555#5 ------------------------------------------------------------ consensus_11555#0 ATGGTAGTGCTTGAAGAATCAGGCGCTAAATTTCATTTGTGGATAGGGATGAAATATAAT 60 consensus_11555#2 ------------------------------------------------------------ consensus_11555#8 ------------------------------------------------------------ consensus_11555#7 ------------------------------------------------------------ consensus_11555#1 ------------------------------------------------------------ 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ATATGCCTATAGTGGTCGA-AGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAA-CAGTAGAAATCTTT 162 consensus_11555#0 ATATGCCTATAGTGGTTGA-AGTTGTAATGAATAAAAAGATGTAAACAGTAGAAATTTTT 657 consensus_11555#2 ATGAAGGGTTAATAGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTG-AAGTTTTAATCTAT 313 consensus_11555#8 ----------------GAAGAGATTT-ATTTATGTGGAGTTTC-G-AAGCCT-AATCTAT 40 consensus_11555#7 ATGAAGGGTTGATGGAGAATAGATTTTATTTATGTGGAGTTTCTG-AAGTTTTAATCTAT 90 consensus_11555#1 CTGATCCAGTTAAGGTGATAGGTCATCAGTGGTATTGATCTTATG-AATTATCAAGGGGG 302 consensus_11555#6 CTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCATCAGTGGTATTGAC----TA-GACTATCAAGGGGG 123 consensus_11555#4 CTGATCCAGTTAAGGTAGTAGGTCNNCAGTGGTATTGANCTTATG-AACTANCAAGGGGG 257 * * * * * ** consensus_11555#3 ATGATGTCAAT-TTTATTATCTATGGTTTTACTTGGGTTTAC---TTTTAAAGGTAGGCC 230 consensus_11555#5 ATGATGTTAGT-TTTATTATCGATAGTTTTATTCGGATTTAC---TTTTAA-GGTAAGGC 217 consensus_11555#0 ATGATGTTAGT-TTTATTATCTATAGTTTTATTCGGGTTTAC---TTTTAAAGGTAGGCC 713 consensus_11555#2 TTG-TTTTTATGTTTAGTGTTGATGATTGGTTTAGTATTTATAAATTTTATTGTTGGGTT 372 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Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||