These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_225#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 672 fasta sequence [AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTTAATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGATTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATTTGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAATGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGATTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATACATTTATTAGTCGTAATCATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCACCATTTATGAAGCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCACCAGATAAATGAAAAGTCACTTATATTAGCAGGGTGAATGTTAGAGGGTGATCGTAGTTACTTTACCAACCTCACGGAATTCGTATTTTATTTACAGAAGATTACAGGATTTCGGAATGGCTTTGCAACCACCTGGTTGGAAAAAAATGGAACATAATACTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATTTACTGACCTTGG] [+] EMBL AI639540 [AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTTAATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGATTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATTTGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAATGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGATTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATACATTTATTAGTCGTAATCATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCACCATTTATGAAGCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCACCAGATAAATGAAAAGTCACTTATATTAGCAGGGTGAATGTTAGAGGGTGATCGTAGTTACTTTACCAACCTCACGGAATTCGTATTTTATTTACAGAAGATTACAGGATTTCGGAATGGCTTTGCAACCACCTGGTTGGAAAAAAATGGAACATAATACTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATTTACTGACCTTGG] consensusID : consensus_225#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 403 fasta sequence [TATTAAATTAGAAATAACATTTATTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAACATCAATTAGTGATACATTAGCACCATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGTTGGACGTAATACAGTTTTAACACCAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGGTAAAATGTTTAGAGGTTGTATGAGTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAATATTAATTTACCAGAAGATTTACCAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGTTTGGTAACAAAAAATGGAAAACATAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAATTTACTTGAATCATTAGTTATCCCAATATATCCCATTTTGTTC] [-] EMBL AI976721 [TATTAAATTAGAAATAACATTTATTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAACATCAATTAGTGATACATTAGCACCATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGTTGGACGTAATACAGTTTTAACACCAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGGTAAAATGTTTAGAGGTTGTATGAGTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAATATTAATTTACCAGAAGATTTACCAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGTTTGGTAACAAAAAATGGAAAACATAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAATTTACTTGAATCATTAGTTATCCCAATATATCCCATTTTGTTC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_225#0 AGTTTAAATCGACAATTGTTCATGTTCCAGAAATATTGATGAATATTTAAAGTATAGTTT 60 consensus_225#1 ------------------------------------------------------------ consensus_225#0 AATTAAATTATATATACCAGAGATGTTTACTCAACCTGGACATGATAAATTAACATTTGA 120 consensus_225#1 ------------------------------------------------------------ consensus_225#0 TTTTAGTTTCTTTTATGATCGTAATACTATAAAACAAGCTAGTTTATTTGTATTAACATT 180 consensus_225#1 ------------------------------------------------------------ consensus_225#0 TGGTGGAACAATTGATCAACCTAGTGAAGAAATTCATTTATGGTTATTCCTATCAAATAA 240 consensus_225#1 ------------------------------------------------------------ consensus_225#0 TGAAGTTAAAATGGGTTATATACAGATCCGAATGATGAATTAGATTAAATCATGAAGTGA 300 consensus_225#1 ------------------------------------------------------------ consensus_225#0 TTTGGCTAATATGGGACATAATCAAATATTGGGCATTATATAAATTAGATATA-CATTTA 359 consensus_225#1 ------------------------------------TAT-TAAATTAGAAATAACATTTA 23 *** ********* *** ****** consensus_225#0 TTAGTCGTAATC-ATTATTTCGAATTAAATCGCCAACATCAATTAGTGATACATCAGCAC 418 consensus_225#1 TTAATGGTAATCCATTATTTCAATTAAAATCTCAAACATCAATTAGTGATACATTAGCAC 83 *** * ****** ******** * * ***** * ******************** ***** consensus_225#0 CATTTATGAA-GCTAGTCGATTGATAACAATACATCTGGGACGTAATACGTTTTAACCAC 477 consensus_225#1 CATTTATGAAAGCTAGTCGATTGATATCAATACATGTTGGACGTAATACAGTTTTAACAC 143 ********** *************** ******** * *********** *** * *** consensus_225#0 CAGATAAAT--GAAAAGTCA-CTTATA-TTAGCAGGGTGAA-TGTTAGAGGGTGATC--- 529 consensus_225#1 CAGATAAAATGAAAAAGTCAACTTATAATTATCATGGTAAAATGTTTAGAGGTTGTATGA 203 ******** ******** ****** *** ** *** ** **** *** * consensus_225#0 GTAGTT-AC-TTTACCAAC-CTCACGGAATT-CGTATTTT--ATTTAC-AGAAGATTA-- 580 consensus_225#1 GTAGTTTACATTTATCAACACTCACAGAAATACGTAATATTAATTTACCAGAAGATTTAC 263 ****** ** **** **** ***** *** * **** * * ****** ******** consensus_225#0 CAGGATTTCGGAATGGCTTTGCAACCACCTGGTTGGA--------AAAAAATGGAA--CA 630 consensus_225#1 CAGGATTTCTGTATGGTCTTTGTCATACCTCATTGGTTTGGTAACAAAAAATGGAAAACA 323 ********* * **** ** **** **** *********** ** consensus_225#0 TAATA-----CTTGGTCTCCGCTTCTCTAAAGATTTACTGACCTTGG------------- 672 consensus_225#1 TAATAGAGTATGTTATTCTCCTTTCTCTTTAAAGTAATTTACTTGAATCATTAGTTATCC 383 ***** * * * ****** * * * * * ** * consensus_225#0 -------------------- consensus_225#1 CAATATATCCCATTTTGTTC 403 |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||