These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_2504#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 507 fasta sequence [CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGTTGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTGAATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATACGTAATTGTACCATGAGTAATATTTTGCATTGTGATATATTTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAGATAATATGTAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAGTTAATAAATTTCCGGTGCAACATAATCAGGAGTTCCTGCAAGTTCTCGATGTTGTTTGCCTTCAGTTAATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA] [+] EMBL CD065819 [CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGTTGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTGAATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATACGTAATTGTACCATGAGTAATATTTTGCATTGTGATATATTTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAGATAATATGTAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAGTTAATAAATTTCCGGTGCAACATAATCAGGAGTTCCTGCAAGTTCTCGATGTTGTTTGCCTTCAGTTAATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA] consensusID : consensus_2504#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 466 fasta sequence [TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTTCGGATGATGATGATGGGTGGTTGTTTATCGAAGAGATAAAATGTGTAGATAATGCTGAGTTGACAACAGGAAGATTGTCAACACACAATTTTAGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTGTTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATATATACAGGAGACTGTACTAAAAACTGGGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACAATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTCGTCTATGTACCTACGTCGGTGAACGTTGAAGA] [-] EMBL CD092059 [TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTTCGGATGATGATGATGGGTGGTTGTTTATCGAAGAGATAAAATGTGTAGATAATGCTGAGTTGACAACAGGAAGATTGTCAACACACAATTTTAGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTGTTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATATATACAGGAGACTGTACTAAAAACTGGGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACAATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTCGTCTATGTACCTACGTCGGTGAACGTTGAAGA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_2504#0 CTAACAATTTCAACATGGATCTACATGGAATAATTCAATAGCGTATTTCACGTTATTATC 60 consensus_2504#1 -------------------TTTTTGGATATCTTTCTAATAGACTGTT-CGGATGATGATG 40 * * * * ***** * ** * * ** ** consensus_2504#0 ATCACTAATACTATTCTCGTTATTATACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTAATTTC 120 consensus_2504#1 ATGGGTGGTTGT-TTATCGAAGAGATAAAATGTG-TAGATAATGCTGAGTTGACAACAGG 98 ** * * * ** *** *** ****** * * *** * * * ** consensus_2504#0 TGTTTCGATTATGATTGGTTGATTGAATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTC 180 consensus_2504#1 AA----GATTGTCAACACACAATT------TTAGTGAAGGCAATAGTTTGACAAAATTTG 148 **** * * *** ** * * ** *** * * * ** consensus_2504#0 TTTGGCAGACATACGTTGTGTCGGTGAACGT-TGAAGAAGGCGCTGAATAAAGTCAATTG 239 consensus_2504#1 TTTGACTAACAACATCTACATATGGAACAATATATACAGGAGACTGTACTAAA--AACTG 206 **** * *** * * * * * * * * * *** * ** ** ** consensus_2504#0 AATCGGGTGAACGATTATTAAAAAGGGAATCAGGATAC--GTAATTGTACC-ATGAGTAA 296 consensus_2504#1 GGTTAAACAAACTGGTGACATAAATTCATTAACAATTTCAGCAATTGGATCTACATGGAA 266 * *** * * *** * * * ** * ***** * * * * ** consensus_2504#0 TATTTTG-CATTGTGATATAT-TTATCTTCACCAAGAAATGGAGAAATTCCAGTAAGTAG 354 consensus_2504#1 TAATTCAATAGCGTATTACACGTTATTATCATCACTAA----TACTATTCTCGTTATTAT 322 ** ** * ** ** * **** *** ** ** **** ** * ** consensus_2504#0 ATAATATG--TAAGAACTCCAACAGACCACATATCTGTAGCAAATGTGATAGGATCATAG 412 consensus_2504#1 ACAATGTGGTTTGTGATGATTGATGGTTA-ATTTCTGTTTCGATTATGATTGGTTGATTG 381 * *** ** * * * * ** ***** * * * **** ** * ** * consensus_2504#0 TTAATAAATTTCCGGTGCAAC-ATAATCAGGAGTTCCT---GCAAGTTCTCGATGTTGTT 468 consensus_2504#1 --AATGATTGGAGGAGCCAAGGATGATTGAGACATTCTTTGGCAGACATACGTTCGTCTA 439 *** * * * *** ** ** ** * ** *** ** * * * consensus_2504#0 TGCCTTCAGTTAATATGGTCGCTAAACCAAAATCTGTGA 507 consensus_2504#1 TGTACCTACGTCG-GTGAACGTTGAAGA----------- 466 ** * * ** ** * ** |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||