cluster # 260

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Schistosoma mansoni
cluster # 260 cluster # 260 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_260#0 length = 397 sequences # 1

consensus_260#1 length = 349 sequences # 1

consensusID : consensus_260#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 397
fasta sequence

                              [AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTGATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGATTTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGCAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTAATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA]

[+] EMBL CD074570             [AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTGATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGATTTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGCAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTAATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA]




>consensus_260#0
AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTC
ATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAA
CACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTG
ATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGAT
TTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGG
CAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTA
ATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA

consensusID : consensus_260#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 349
fasta sequence

                              [AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATCTATGCGATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCCTATGTTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGATTTTCTAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGAAATTTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT]

[+] EMBL SMAA69897            [AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATCTATGCGATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCCTATGTTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGATTTTCTAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGAAATTTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT]




>consensus_260#1
AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATG
TTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATCTATGCGATACAGCAACACC
ATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCCTATG
TTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGATTTTC
TAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGAAAT
TTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_260#0      AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTC 60
consensus_260#1      ---AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTC 57
                        *********************************************************

consensus_260#0      ATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAA 120
consensus_260#1      ATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATC-TATGCGATACAGCAA 116
                     ************************************* *  *** ***   *********

consensus_260#0      CACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTG 180
consensus_260#1      CACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCC 176
                     ************************* *******************  **** ** ***  

consensus_260#0      ATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGAT 240
consensus_260#1      TATGTTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGAT 236
                        ************** ********* ** ********* *************** ***

consensus_260#0      TTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGG 300
consensus_260#1      TTTCTAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGG 296
                     *******  **** **** *****  **********************************

consensus_260#0      CAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTA 360
consensus_260#1      AAATTTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT------- 349
                      ************** * **************  *******************       

consensus_260#0      ATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA 397
consensus_260#1      -------------------------------------