These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_260#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 397 fasta sequence [AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTGATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGATTTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGCAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTAATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA] [+] EMBL CD074570 [AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTGATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGATTTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGCAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTAATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA] consensusID : consensus_260#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 349 fasta sequence [AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATCTATGCGATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCCTATGTTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGATTTTCTAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGAAATTTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT] [+] EMBL SMAA69897 [AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTCATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATCTATGCGATACAGCAACACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCCTATGTTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGATTTTCTAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGGAAATTTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_260#0 AAAAGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTC 60 consensus_260#1 ---AGATATTGTACCTTTATGAAACTAGATAATTTACATGAGATAATATCTATTATGTTC 57 ********************************************************* consensus_260#0 ATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATATTTTATCCTATTTTATACAGCAA 120 consensus_260#1 ATGTTCAAATATTTGCACATAATATGACGGTAGTATAATGGATC-TATGCGATACAGCAA 116 ************************************* * *** *** ********* consensus_260#0 CACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGACCTACCACTTCCGGCTGACTCCAATAATATTCTTG 180 consensus_260#1 CACCATCGCTGGGACGAGGTTGTGAGCTACCACTTCCGGCTGACTTAAATAGTAATCTCC 176 ************************* ******************* **** ** *** consensus_260#0 ATGGTTGATTATATCCTTCCAATTCATGGACCAATCGATTAAACTCTTGATTGATTGGAT 240 consensus_260#1 TATGTTGATTATATCCTCCCAATTCATTGAGCAATCGATTTAACTCTTGATTGATTTGAT 236 ************** ********* ** ********* *************** *** consensus_260#0 TTTCTAGGGGAGAAAAATTCATTTTTGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGG 300 consensus_260#1 TTTCTAGTTGAGATAAATGCATTTGGGTTTTAGCTAAATGAGTATCCACTTGATCGATGG 296 ******* **** **** ***** ********************************** consensus_260#0 CAATTTTATGCCGTTCACATTCTGATAATAATTCACGTTGTCTGGCACGATTTGTATCTA 360 consensus_260#1 AAATTTTATGCCGTTAAAATTCTGATAATAATGAACGTTGTCTGGCACGATTT------- 349 ************** * ************** ******************* consensus_260#0 ATAATTGTGACCATGGTGTAGCTGCTAGTTGAGCTAA 397 consensus_260#1 ------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||