cluster # 4454

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Schistosoma mansoni
cluster # 4454 cluster # 4454 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4454#0 length = 618 sequences # 1

consensus_4454#1 length = 523 sequences # 2

consensusID : consensus_4454#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 618
fasta sequence

                              [CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTTAGCCTTTTACGCTAATAAACTTGGGTCTACTAAAGATAATGAAATAATAACTGCACGAGATGAATTCAGTCGTTTATTGCCGATTCTAGATAAGTTGGAACTCGTAATAAACTCTACATCACACTCGATGGGCAATTCGACTTTAAATCTTCTACAATGTATTAAAGTTACATTAGCCACACGTGGAGCTATTCCTTGTCATGATTCTTTTTCATCTACGCCTGTAAACAATTTGTATTTTACTGAATGTAATTTTGACAAAGTAGAAGCTGAAACCTATCAATCAAAATATCATCGAAAAATTATCGAAGAAGTTGCTGTCTCCAACCTCCAGGATGTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTTTTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTATCAGCTATGGGCTGCATAT]

[+] EMBL CD080572             [CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTTAGCCTTTTACGCTAATAAACTTGGGTCTACTAAAGATAATGAAATAATAACTGCACGAGATGAATTCAGTCGTTTATTGCCGATTCTAGATAAGTTGGAACTCGTAATAAACTCTACATCACACTCGATGGGCAATTCGACTTTAAATCTTCTACAATGTATTAAAGTTACATTAGCCACACGTGGAGCTATTCCTTGTCATGATTCTTTTTCATCTACGCCTGTAAACAATTTGTATTTTACTGAATGTAATTTTGACAAAGTAGAAGCTGAAACCTATCAATCAAAATATCATCGAAAAATTATCGAAGAAGTTGCTGTCTCCAACCTCCAGGATGTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTTTTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTATCAGCTATGGGCTGCATAT]




>consensus_4454#0
CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTTAGCCTTTTACGCTAATAAACTTGGGTCTAC
TAAAGATAATGAAATAATAACTGCACGAGATGAATTCAGTCGTTTATTGCCGATTCTAGA
TAAGTTGGAACTCGTAATAAACTCTACATCACACTCGATGGGCAATTCGACTTTAAATCT
TCTACAATGTATTAAAGTTACATTAGCCACACGTGGAGCTATTCCTTGTCATGATTCTTT
TTCATCTACGCCTGTAAACAATTTGTATTTTACTGAATGTAATTTTGACAAAGTAGAAGC
TGAAACCTATCAATCAAAATATCATCGAAAAATTATCGAAGAAGTTGCTGTCTCCAACCT
CCAGGATGTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTTT
CGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCG
ATTGGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTTT
TAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTAT
CAGCTATGGGCTGCATAT

consensusID : consensus_4454#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 523
fasta sequence

                              [AATTCGGCACGAGGCCACCTCCAGGATGTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTTTTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTATCAGCTATGGGCTGCATATTAACGGACAAAGTATTAAATCTACTATTAAATCAATTCACCAAGATCGTGCAGACTACCAATAAACCGGCAAATTCGATTGGTACCATTGTCACTAGTACTACTGGCGATTATGATATTGAATATAAATTGAAATTAGCTGAATCTATAATGCGTGTTTTGTCAAATTTAGGTGAGGTGGCACCAAAGTATCGAACAGAAGTGTTTAACTCGTTTGTTATGGGATCTAAGTCATCTGACGAGTTAA]

[+] EMBL CD083714             [AATTCGGCACGAGGCCACCTCCAGGATGTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTTTTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTATCAGCTATGGGCTGCATATTAACGGACAAAGTATTAAATCTACTATTAAATCAATTCACCAAGATCGTGCAGACTACCAATAAACCGGCAAATTCGATTGGTACCATTGTCACTAGTACTACTGGCGATTATGATATTGAATATAAATTGAAATTAGCTGAATCTATAATGCGTGTTTTGTCAAATTTAGGTGAGGTGGCACCAAAGTATCGAACAGAAGTGTTTAACTCGTTTGTTATGGGATCTAAGTCATCTGACGAGTTAA]
[+] EMBL CD146634             [                              CAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTTTTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTATCAGCTATGGGCTGCATATTAACGGACAAAGTATTAAATCTACTATTAAATCAATTCACCAAGATCGTGCAGACTACCAATAAACCGGCAAATTCGATTGGTACCATTGTCACTAGTACTACTGGAGATTATGATATTGAATATAAATTGAAATTAGCTGAATCTATAATGCGTGTTTTGTC                                                                                   ]




>consensus_4454#1
AATTCGGCACGAGGCCACCTCCAGGATGTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGAT
CCAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCAT
GCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAA
CAACTCATATTTGAAGTTTTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTG
AATGCGATTCGATGCCTATCAGCTATGGGCTGCATATTAACGGACAAAGTATTAAATCTA
CTATTAAATCAATTCACCAAGATCGTGCAGACTACCAATAAACCGGCAAATTCGATTGGT
ACCATTGTCACTAGTACTACTGGCGATTATGATATTGAATATAAATTGAAATTAGCTGAA
TCTATAATGCGTGTTTTGTCAAATTTAGGTGAGGTGGCACCAAAGTATCGAACAGAAGTG
TTTAACTCGTTTGTTATGGGATCTAAGTCATCTGACGAGTTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4454#0      CTCGAGGGCCAGAATTCGGCACGAGGTCTTAGCCTTTTACGCTAATAAACTTGGGTCTAC 60
consensus_4454#1      ------------AATTCGGCACGAGGCC---ACCTCCAGGATGTACAACAATCTGCTTGC 45
                                  ************** *    ***         * **   *  *  * *

consensus_4454#0      TAAAGATAATGAAATAATAACTGCACGAGATGAATTCAGTCGTTTATTGCCGATTCTAGA 120
consensus_4454#1      AACCAGCTAGAGGATC-CAACTTTGAAAAAGATTTTCGAAGAATTGCA--TGATCCT--- 99
                       *      *    **   ****     * *    ***      **      *** **   

consensus_4454#0      TAAGTTGGAACTCGTAATAAACTCTACATCACACTCGATGGGCAATTCGACTTTAAATCT 180
consensus_4454#1      TTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCCGATTGTTGGAATCCAGAGAT 159
                      *   **     **    * *    *  **    **     *    ** ** *  * *  *

consensus_4454#0      TCTACAATGTATTAAAGTTACATTAGCCACACGTGGAGCTATTCCTTGTCATGATTCTTT 240
consensus_4454#1      TC----ATGTATTTGGGGC-CATGAACAACTCATATTTGAAGTTTTAACTA--AATATTT 212
                      **    *******   *   *** * * ** * *      * *  *    *  * * ***

consensus_4454#0      TTCATCTACGCCTGTAAACAATTTGTATTTTACTGAATGTAATTTTGACAAAGTAGAAGC 300
consensus_4454#1      GTCACATAC------AGATAGTT-ATATTTATTTGAATGCGATT----CGATGC-----C 256
                       ***  ***      * * * **  *****   ******  ***    * * *      *

consensus_4454#0      TGAAACCTATCAATCAAAATATCATCGAAAAATTATCGAAGAAGTTGCTGTCTCCAACCT 360
consensus_4454#1      TATCAGCTATGGGCTGCATATTAACGGACAAAGTATTAAATCTACTATTAAATCAATTCA 316
                      *   * ****       *   * *  ** *** ***  **     *  *   ** *  * 

consensus_4454#0      CCAGGAT-GTACAACAATCTGCTTGCAACCAGCTAGAGGATCCAACTTTGAAAAAGATTT 419
consensus_4454#1      CCAAGATCGTGCAG------ACTACCAATAAACCGGCAAATTCGA--TTGGTACCATTGT 368
                      *** *** ** **        **  ***  * *  *   ** * *  ***  *    * *

consensus_4454#0      TCGAAGAATTGCATGATCCTTTGATTCCTGTTCAAGGTCATGCATTGATTGTGCTTAGCC 479
consensus_4454#1      CACTAGTACTACTGGCGATTATGATATTGAATATAAATTG-AAATTAGCTGAATCTA--T 425
                          ** * * *  *    * ****      *  *  *     ***   **    **   

consensus_4454#0      GATTGGTTGGAATCCAGAGATTCATGTATTTGGGGCCATGAACAACTCATATTTGAAGTT 539
consensus_4454#1      AATGCGT--GTTTTGTCAAATTTAGGTGA--GGTGGCACCAAAGTATCGAACAGAAGTGT 481
                       **  **  *  *    * *** * **    ** * **  **    **  *    *   *

consensus_4454#0      TTAACTAAATATTTGTCACATACAGATAGTTATATTTATTTGAATGCGATTCGATGCCTA 599
consensus_4454#1      TTAACTCGTTTGTTATGGGATCTAAGTCATC-TGACGAGTTAA----------------- 523
                      ******   *  ** *   **  *  *  *  *    * ** *                 

consensus_4454#0      TCAGCTATGGGCTGCATAT 618
consensus_4454#1      -------------------