These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4513#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 534 fasta sequence [AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG] [+] EMBL CD094990 [AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG] consensusID : consensus_4513#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 382 fasta sequence [ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA] [+] EMBL CD120834 [ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA] consensusID : consensus_4513#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 247 fasta sequence [TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAANAAAATCN] [+] EMBL CD122929 [TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAANAAAATCN] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4513#0 AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGAC 60 consensus_4513#2 ------------------------------------------------------------ consensus_4513#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4513#0 AACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGT 120 consensus_4513#2 ------------------------------------------------------------ consensus_4513#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4513#0 TTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT 180 consensus_4513#2 ------------------------------------------------------------ consensus_4513#1 ------------------------------------ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT 24 consensus_4513#0 GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 240 consensus_4513#2 ---------------------------TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 33 consensus_4513#1 GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 84 ********************************* consensus_4513#0 TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 300 consensus_4513#2 TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 93 consensus_4513#1 TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 144 *********************** ************************************ consensus_4513#0 AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 360 consensus_4513#2 AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 153 consensus_4513#1 AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 204 ********************************** ************************ consensus_4513#0 TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGA---TTGTAGCGTGT--- 414 consensus_4513#2 TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGA---TTGTAGCGTGT--- 207 consensus_4513#1 AGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTA 264 ** *** **** * ** ** * *** ** * * * * * ** ** * consensus_4513#0 TGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGT 474 consensus_4513#2 TGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATA--AAANAAAATCN------------------ 247 consensus_4513#1 TGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTG 324 ** ** * * *** * * * * consensus_4513#0 TGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG 534 consensus_4513#2 ------------------------------------------------------------ consensus_4513#1 ATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA-- 382 |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||