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Schistosoma mansoni
cluster # 4513 cluster # 4513       Sequences # 3       consensus # 3


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4513#0 length = 534 sequences # 1  
consensus_4513#1 length = 382 sequences # 1  
consensus_4513#2 length = 247 sequences # 1  

consensusID : consensus_4513#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 534
fasta sequence
                              [AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG]

[+] EMBL CD094990             [AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG]


>consensus_4513#0 AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGAC AACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGT TTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGAC TGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCT GAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG



consensusID : consensus_4513#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 382
fasta sequence
                              [ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA]

[+] EMBL CD120834             [ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA]


>consensus_4513#1 ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTT GAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGA CTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTA TTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGAGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGAT AAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTATGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGA CAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTG TTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA



consensusID : consensus_4513#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 247
fasta sequence
                              [TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAANAAAATCN]

[+] EMBL CD122929             [TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAANAAAATCN]


>consensus_4513#2 TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTT AGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGT TGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA TTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATAAAAN AAAATCN



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4513#0      AGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGTGAC 60
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4513#0      AACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGT 120
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4513#0      TTGAGTGTTGGTGGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT 180
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ------------------------------------ATTGTAGCGTGTTGGGACTGCAGT 24
                                                                                  

consensus_4513#0      GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 240
consensus_4513#2      ---------------------------TGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 33
consensus_4513#1      GACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGG 84
                                                 *********************************

consensus_4513#0      TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 300
consensus_4513#2      TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGGTTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 93
consensus_4513#1      TGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCGTGTTGGGACTGC 144
                      *********************** ************************************

consensus_4513#0      AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 360
consensus_4513#2      AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 153
consensus_4513#1      AGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATTATTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAG 204
                      **********************************  ************************

consensus_4513#0      TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGA---TTGTAGCGTGT--- 414
consensus_4513#2      TGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGA---TTGTAGCGTGT--- 207
consensus_4513#1      AGGAGTTGCAGTGGTTCTCAATATTCCATTAATGATAAATTCACGTTCGTCAGGTTTGTA 264
                       ** ***  **** *  ** ** *    *** ** *  * * *   * **   ** *   

consensus_4513#0      TGGGACTGCAGTGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTGATGATGGTTTGAGGTATTGTGT 474
consensus_4513#2      TGGGACTGNANTNNCAACCCGANGCAATA--AAANAAAATCN------------------ 247
consensus_4513#1      TGTGAAGGGAGGTAGAACCGGTTGCAGTGTTGATGACAACTGGAACTGGTTGTAATGTTG 324
                      ** **  * *     ***  *      *    *     *                     

consensus_4513#0      TGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGATTTAGTGGTGGACTGATTGTAGCG 534
consensus_4513#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4513#1      ATGATGGTTTGAGGTATTGTGTTGTCCTGAGTGGTGTTTGAGTGTTGGTCGATGTGGA-- 382
                                                                                  




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)