cluster # 4848

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Schistosoma mansoni
cluster # 4848 cluster # 4848 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4848#0 length = 531 sequences # 2

consensus_4848#1 length = 439 sequences # 1

consensusID : consensus_4848#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 531
fasta sequence

                              [GTTGTTGTTGAAAAGAGACACCATTATTAAATGGATTGGATCTATCTGATTCGTGTAATAGTTTGTTTATTTCTGGTTAAACAACTCATCGACCTACTATGTATCATATTCAATTATACAATAGGAAAGAAGTTATTCTCAAAAAGGAAATTATTAAAACAAGCTGGTGAATGGGCAATTGTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGAAGAATTAGCTAGTGATGGTTTGAAAATTATGTTAATTAGTGAAAATGAAGAGGAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATTGAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTCTATTCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTACTCAATAATGTTGCTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGATTTCATTAAAAATCTCATTTTTTGCAACAATCTACCAGTTGCCATAGTGACA]

[+] EMBL CD078707             [GTTGTTGTTGAAAAGAGACACCATTATTAAATGGATTGGATCTATCTGATTCGTGTAATAGTTTGTTTATTTCTGGTTAAACAACTCATCGACCTACTATGTATCATATTCAATTATACAATAGGAAAGAAGTTATTCTCAAAAAGGAAATTATTAAAACAAGCTGGTGAATGGGCAATTGTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGAAGAATTAGCTAGTGATGGTTTGAAAATTATGTTAATTAGTGAAAATGAAGAGGAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATTGAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTCTATTCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTACTCAATAATGTTGCTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGATTTCATTAAAAATCTCATTTTTTGCAACAATCTACCAGTTGCCATAGTGACA]
[+] EMBL CD192402             [                                                                                                                                                    AATTATTAAAAGAAGCTGGTGAATGGGCAATTGTTACTGGTGCAACTGATGGAATTGGTAAAGTCTATGCCGAAGAATTAGCTAGTGACGGTTTGAAAATTATGTTAATTAGTAGAAATGAAGAGAAACTTTTAAAAGTTGCTAATGAAATTGAACGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTT                                                                                                                                                                                           ]




>consensus_4848#0
GTTGTTGTTGAAAAGAGACACCATTATTAAATGGATTGGATCTATCTGATTCGTGTAATA
GTTTGTTTATTTCTGGTTAAACAACTCATCGACCTACTATGTATCATATTCAATTATACA
ATAGGAAAGAAGTTATTCTCAAAAAGGAAATTATTAAAACAAGCTGGTGAATGGGCAATT
GTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGAAGAATTAGCTAGTGATGGT
TTGAAAATTATGTTAATTAGTGAAAATGAAGAGGAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATT
GAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTC
TATTCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTACTCAATAAT
GTTGCTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGAT
TTCATTAAAAATCTCATTTTTTGCAACAATCTACCAGTTGCCATAGTGACA

consensusID : consensus_4848#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 439
fasta sequence

                              [CGGCACGAGGATTGAAACAAGCTGGTGAATGGGCATTGTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGATGAATTAGCTAGTGATGGTTTGAAAATTATGTTAATTAGTAGAAATGAAGAGAAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATTGAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTCTATCCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTAGTCAATAATGTTGGTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGATTTCATTAAAAATCTCATTTTTTGTAATAATCTACCAATTGCCATAATGACACATTTAGTATTACCTAAAATGTTGAGACAACATACCAATGGAATGGCTATT]

[+] EMBL CD083384             [CGGCACGAGGATTGAAACAAGCTGGTGAATGGGCATTGTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGATGAATTAGCTAGTGATGGTTTGAAAATTATGTTAATTAGTAGAAATGAAGAGAAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATTGAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTCTATCCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTAGTCAATAATGTTGGTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGATTTCATTAAAAATCTCATTTTTTGTAATAATCTACCAATTGCCATAATGACACATTTAGTATTACCTAAAATGTTGAGACAACATACCAATGGAATGGCTATT]




>consensus_4848#1
CGGCACGAGGATTGAAACAAGCTGGTGAATGGGCATTGTTACTGGTGCAACCGATGGAAT
TGGTAAAGTATATGCCGATGAATTAGCTAGTGATGGTTTGAAAATTATGTTAATTAGTAG
AAATGAAGAGAAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATTGAATGTAATTATCATGTGGAGAC
AAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTCTATCCAAGAATACAAGAAGCTAT
AGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTAGTCAATAATGTTGGTATGGGTCCTCCTACATT
CGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGATTTCATTAAAAATCTCATTTTTTG
TAATAATCTACCAATTGCCATAATGACACATTTAGTATTACCTAAAATGTTGAGACAACA
TACCAATGGAATGGCTATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4848#0      GTTGTTGTTGAAAAGAGACACCATTATTAAATGGATTGGATCTATCTGATTCGTGTAATA 60
consensus_4848#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4848#0      GTTTGTTTATTTCTGGTTAAACAACTCATCGACCTACTATGTATCATATTCAATTATACA 120
consensus_4848#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4848#0      ATAGGAAAGAAGTTATTCTCAAAAAGGAAATTATTAAAACAAGCTGGTGAATGGGCAATT 180
consensus_4848#1      ----------------------CGGCACGAGGATTGAAACAAGCTGGTGAATGGGCA-TT 37
                                                   *  *** ********************* **

consensus_4848#0      GTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGAAGAATTAGCTAGTGATGGT 240
consensus_4848#1      GTTACTGGTGCAACCGATGGAATTGGTAAAGTATATGCCGATGAATTAGCTAGTGATGGT 97
                      ***************************************** ******************

consensus_4848#0      TTGAAAATTATGTTAATTAGTGAAAATGAAGAGGAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATT 300
consensus_4848#1      TTGAAAATTATGTTAATTAGTAGAAATGAAGAGAAACTTGTAAGAGTGGCTAATGAGATT 157
                      *********************  ********** **************************

consensus_4848#0      GAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTC 360
consensus_4848#1      GAATGTAATTATCATGTGGAGACAAGAATAGTGACAGCGGATTTTACAAATATTGATGTC 217
                      ************************************************************

consensus_4848#0      TATTCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTACTCAATAAT 420
consensus_4848#1      TATCCAAGAATACAAGAAGCTATAGATCAATTATCATCTATTGCTTGTTTAGTCAATAAT 277
                      *** *********************************************** ********

consensus_4848#0      GTTGCTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGAT 480
consensus_4848#1      GTTGGTATGGGTCCTCCTACATTCGACTATTACGCTACCACAGATTATATCACTATCGAT 337
                      **** *******************************************************

consensus_4848#0      TTCATTAAAAATCTCATTTTTTGCAACAATCTACCAGTTGCCATAGTGACA--------- 531
consensus_4848#1      TTCATTAAAAATCTCATTTTTTGTAATAATCTACCAATTGCCATAATGACACATTTAGTA 397
                      *********************** ** ********* ******** *****         

consensus_4848#0      ------------------------------------------
consensus_4848#1      TTACCTAAAATGTTGAGACAACATACCAATGGAATGGCTATT 439