These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_486#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 471 fasta sequence [TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG] [+] EMBL CD146682 [TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG] consensusID : consensus_486#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 183 fasta sequence [GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA] [-] EMBL CD145900 [GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_486#0 TCTTTCCATGCTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGCTGG 60 consensus_486#1 ------------------------------------------------------------ consensus_486#0 TCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTCTGT 120 consensus_486#1 ------------------------------------------------------------ consensus_486#0 GTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCATGC 180 consensus_486#1 ------------------------------------------------------------ consensus_486#0 TGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTCGTC 240 consensus_486#1 -----------------------GTCGAGCCACCACTCTTCCTCGGTCTTCCACTTCGTC 37 **** * * ********************* consensus_486#0 TGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCA 300 consensus_486#1 TGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTGTCA 97 ************************************************************ consensus_486#0 TGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTC 360 consensus_486#1 TGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCGGTCTTCCACTTC 157 ************************************************************ consensus_486#0 GTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCAGTGTAGTAGGAGGTGGTGTCGGTCTCCTCGGTTG 420 consensus_486#1 GTCTGTGTCTCTTTCCATACTTGTCA---------------------------------- 183 ************************** consensus_486#0 TCATGCTGGTCGACTCGGTGCCTGAAGATGTCGGTGTGGTTCGCCTCCTCG 471 consensus_486#1 --------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||