cluster # 5355

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Schistosoma mansoni
cluster # 5355 cluster # 5355 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5355#0 length = 646 sequences # 2

consensus_5355#1 length = 331 sequences # 1

consensusID : consensus_5355#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 646
fasta sequence

                              [AGCAACTTATACCCCATTAATAATTGATGAAAATAATAATCATACTAATAAAAACAATACTGATAAATCATTTTCAATGATCACTTCATCATCTGTTTGTGTTCAATTAGGTGATGATCAACCACGAATTCGTCTTGTTCAAATTGATGGTAACAATCATGAAAATGAAGACATTTTAAAGCATGTCTATTGGACGTTGGATGAATTAGAGGAAATCTTGAACTCTGGCAAACAACCAGAAATTTAACGTTTCGTAGACATTAGGTTATTTTACAACCTTGTTTTCCTACAGTGTATAACGTCATAATATTTGTTGTTTTTTCTTTTTGAATGGGGGCATCATGTAGAAGGACTAAGTTTGTTTTTGAAAAAAATATTTCTTGAAAATAATTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCATCTTTTAGTCATATTTGCTATGCCTGTGATTGAATTTTCTATGGTTTGTTTTAATTGCATCATTGTACTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCCTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTNTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGNTCANAAAGT-ATCTANNAT-ATAGAGAAAG]

[+] EMBL CD078887             [AGCAACTTATACCCCATTAATAATTGATGAAAATAATAATCATACTAATAAAAACAATACTGATAAATCATTTTCAATGATCACTTCATCATCTGTTTGTGTTCAATTAGGTGATGATCAACCACGAATTCGTCTTGTTCAAATTGATGGTAACAATCATGAAAATGAAGACATTTTAAAGCATGTCTATTGGACGTTGGATGAATTAGAGGAAATCTTGAACTCTGGCAAACAACCAGAAATTTAACGTTTCGTAGACATTAGGTTATTTTACAACCTTGTTTTCCTACAGTGTATAACGTCATAATATTTGTTGTTTTTTCTTTTTGAATGGGGGCATCATGTAGAAGGACTAAGTTTGTTTTTGAAAAAAATATTTCTTGAAAATAATTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCATCTTTTAGTCATATTTGCTATGCCTGTGATTGAATTTTCTATGGTTTGTTTTAATTGCATCATTGTACTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCCTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTNTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGNTCANAAAGT ATCTANNAT ATAGAGAAA ]
[-] EMBL CD073346             [       TATACCCCATTAATAATTGATGAAAATAATAATCATACTAATAAAAACAATACTGATAAATCATTTTCAATGATCACTTCATCATCTGTTTGTGTTCAATTAGGTGATGATCAACCAGGAATTCGTCTTGTTCAAATTGATGGTAACAATCATGAAAATGAAGACATTTTAAAGCATGTCTATTGGACGTTGGATGAATTAGAGGAAATCTTGAACTCTGGCAAACAACCAGAAATTTAACGTTTCGTAGACATTAGGTTATTTTACAACCTTGTTTTCCTACAGTGTATAACGTCATAATATTTGTTGTTTTTTCTTTTTGAATGGGGGCATCATGTAGAAGGACTAAGTTTGTTTTTGAAAAAAATATTTCTTGAAAATAATTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCATCTTTTAGTCATATTTGCTATGCCTGTGATTGAATTTTCTATGGTTTGTTTTAATTGCATCATTGTACTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCCTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTTTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGTTCA AAAGTAATCTA AATAATAGAGAAAG]




>consensus_5355#0
AGCAACTTATACCCCATTAATAATTGATGAAAATAATAATCATACTAATAAAAACAATAC
TGATAAATCATTTTCAATGATCACTTCATCATCTGTTTGTGTTCAATTAGGTGATGATCA
ACCACGAATTCGTCTTGTTCAAATTGATGGTAACAATCATGAAAATGAAGACATTTTAAA
GCATGTCTATTGGACGTTGGATGAATTAGAGGAAATCTTGAACTCTGGCAAACAACCAGA
AATTTAACGTTTCGTAGACATTAGGTTATTTTACAACCTTGTTTTCCTACAGTGTATAAC
GTCATAATATTTGTTGTTTTTTCTTTTTGAATGGGGGCATCATGTAGAAGGACTAAGTTT
GTTTTTGAAAAAAATATTTCTTGAAAATAATTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCATCTTT
TAGTCATATTTGCTATGCCTGTGATTGAATTTTCTATGGTTTGTTTTAATTGCATCATTG
TACTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCCTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAG
GTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTNTTTTCTAGA
CATAAATATATACGTTGNTCANAAAGTATCTANNATATAGAGAAAG

consensusID : consensus_5355#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 331
fasta sequence

                              [TTTTTGATGGGGGCTTCTTGTGGAGGGCTAAGTTTGTTTTTGTGTAATATTGGGAATATTTTTTCTTGAAAAATATTTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCTTCTTTTAGTCATATTTGCTTTGCCTGTGATTGATTTTCTTTGGTTTGTTTTATTTGCATTATTGTTCTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCTTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTTTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGTTCAAAAGTAATCTAAATAATAGAGAAAG]

[-] EMBL AA999600             [TTTTTGATGGGGGCTTCTTGTGGAGGGCTAAGTTTGTTTTTGTGTAATATTGGGAATATTTTTTCTTGAAAAATATTTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCTTCTTTTAGTCATATTTGCTTTGCCTGTGATTGATTTTCTTTGGTTTGTTTTATTTGCATTATTGTTCTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCTTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTTTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGTTCAAAAGTAATCTAAATAATAGAGAAAG]




>consensus_5355#1
TTTTTGATGGGGGCTTCTTGTGGAGGGCTAAGTTTGTTTTTGTGTAATATTGGGAATATT
TTTTCTTGAAAAATATTTTGTTTTTTATTGCTTTCCCCCCTTCTTTTAGTCATATTTGCT
TTGCCTGTGATTGATTTTCTTTGGTTTGTTTTATTTGCATTATTGTTCTAATCATTTGAA
TTGGTGAATTTTTTTTCCTTTTTTTAGTGTACTATTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTAT
GTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCATTTTTTTCTAGACATAAATATATACGT
TGTTCAAAAGTAATCTAAATAATAGAGAAAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5355#0      AGCAACTTATACCCCATTAATAATTGATGAAAATAATAATCATACTAATAAAAACAATAC 60
consensus_5355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5355#0      TGATAAATCATTTTCAATGATCACTTCATCATCTGTTTGTGTTCAATTAGGTGATGATCA 120
consensus_5355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5355#0      ACCACGAATTCGTCTTGTTCAAATTGATGGTAACAATCATGAAAATGAAGACATTTTAAA 180
consensus_5355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5355#0      GCATGTCTATTGGACGTTGGATGAATTAGAGGAAATCTTGAACTCTGGCAAACAACCAGA 240
consensus_5355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5355#0      AATTTAACGTTTCGTAGACATTAGGTTATTTTACAACCTTGTTTTCCTACAGTGTATAAC 300
consensus_5355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5355#0      GTCATAATATTTGTTGTTTTTTCTTTTTGAATGGGGGCATCATGTAGAAGGACTAAGTTT 360
consensus_5355#1      ------------------------TTTTTGATGGGGGCTTCTTGTGGA-GGGCTAAGTTT 35
                                              ****  ******** ** *** ** ** ********

consensus_5355#0      GTTTTTGAAAAA-------AATATTTCTT----GAAAATAATTTGTTTTTTATTGCTTTC 409
consensus_5355#1      GTTTTTGTGTAATATTGGGAATATTTTTTCTTGAAAAATATTTTGTTTTTTATTGCTTTC 95
                      *******   **       ******* **     ****** *******************

consensus_5355#0      CCCCCATCTTTTAGTCATATTTGCTATGCCTGTGATTGAATTTTCTATGGTTTGTTTTAA 469
consensus_5355#1      CCCCCTTCTTTTAGTCATATTTGCTTTGCCTGTGATTGA-TTTTCTTTGGTTTGTTTTAT 154
                      ***** ******************* ************* ****** ************ 

consensus_5355#0      TTGCATCATTGTACTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCCTTTTTTAGTGTACTA 529
consensus_5355#1      TTGCATTATTGTTCTAATCATTTGAATTGGTGAATTTTTTTTCCTTTTTTTAGTGTACTA 214
                      ****** ***** ******************************* ***************

consensus_5355#0      TTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCAT 589
consensus_5355#1      TTAATTTCAAGGTTCCAATTATTTATGTTTGAAAGTTGGTATATTCAACTGATGTATCAT 274
                      ************************************************************

consensus_5355#0      TNTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGNTCANAAAGTATCTANNATATAGAGAAAG 646
consensus_5355#1      TTTTTTCTAGACATAAATATATACGTTGTTCAAAAGTAATCTAAATAATAGAGAAAG 331
                      * ************************** *** **   *****    **********