cluster # 580

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 580 cluster # 580 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_580#0 length = 966 sequences # 1

consensus_580#1 length = 634 sequences # 1

consensusID : consensus_580#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 966
fasta sequence

                              [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGTTGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATGCCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACTAACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAACATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTCACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAGCTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNTGTCGCTGGTATCGACATTATTATGAAATATTATGNTTCTAACTTAGATATCTGCACTGTGTGTGTCCTTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTTAATTNGNGAANGGCAGTCTTNAAANTCTAGCTCTGTCCTTTCTNTACCATGNNTGGTGAATNATGATGCATTGATGCCAAAAACAGATTCAGT]

[+] EMBL CD081132             [CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGTTGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATGCCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACTAACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAACATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTCACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAGCTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNTGTCGCTGGTATCGACATTATTATGAAATATTATGNTTCTAACTTAGATATCTGCACTGTGTGTGTCCTTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTTAATTNGNGAANGGCAGTCTTNAAANTCTAGCTCTGTCCTTTCTNTACCATGNNTGGTGAATNATGATGCATTGATGCCAAAAACAGATTCAGT]




>consensus_580#0
CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGT
TGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATG
CCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACT
AACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAAC
ATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTC
ACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAG
CTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACT
TACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATG
TTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAA
TGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCAT
GATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTAT
CGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAATGCGCTTG
TCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNTG
TCGCTGGTATCGACATTATTATGAAATATTATGNTTCTAACTTAGATATCTGCACTGTGT
GTGTCCTTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTTAATTNGNGAANGGCAGTCTTNAAANTC
TAGCTCTGTCCTTTCTNTACCATGNNTGGTGAATNATGATGCATTGATGCCAAAAACAGA
TTCAGT

consensusID : consensus_580#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 634
fasta sequence

                              [TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTGTCGGCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCACTGTGTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCTTTAAAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCATTTGTATGCCAAAAAAAACACAGACATACAAGTGTATT]

[-] EMBL CD074955             [TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGTCACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTTGTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTGTCGGCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCACTGTGTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCTTTAAAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCATTTGTATGCCAAAAAAAACACAGACATACAAGTGTATT]




>consensus_580#1
TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACTTAC
TATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATGTTT
CAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAATGA
TATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCATGAT
ATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTATCGT
CACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTTGTC
AATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTGTCG
GCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCACTGT
GTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCTTTA
AAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCATTTG
TATGCCAAAAAAAACACAGACATACAAGTGTATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_580#0      CTCCAGGCCAANAATTTGGCACGAGGAGAAACTGACTCAAAAGTTCCTGGGATTAGTTGT 60
consensus_580#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_580#0      TGGTCAACTGATTCTTATTCACATCAAATGAATCGGAGACAAACCGAATTTCATGAAATG 120
consensus_580#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_580#0      CCTCAATGTATGCATAATATTTATGATTTAAGTAATAATAAGGATAATAATAATAATACT 180
consensus_580#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_580#0      AACAATAATAATGATTTGTTAGTGTTTGTGGATAACTATATCGCAACTGCAGAGAATAAC 240
consensus_580#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_580#0      ATGATCGGAGATCCTCCAGATTCTTCAAATGACCGAATTAATCGAGATTTAGATCTACTC 300
consensus_580#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_580#0      ACACGTAAAGTAACGGAACATGCTATTGGAGGTTTCGATTCTATGACAGATTAATTGAAG 360
consensus_580#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_580#0      CTGTCCTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACT 420
consensus_580#1      ---TCNTGCTGGACATTAGATAAATACTTACGTTTTCATCTAGGTTCAGTTGATACCACT 57
                        ** ******************************************************

consensus_580#0      TACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATG 480
consensus_580#1      TACTATATAATCCAATTATCCATTCTCTCTTAATCTGCTTTTCATCCTTGTCAGTTTATG 117
                     ************************************************************

consensus_580#0      TTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAA 540
consensus_580#1      TTTCAAATCTGTTTTTGAGTTGAATTATAATAATTATTTTCTTTTTACCTGTCTTTACAA 177
                     ************************************************************

consensus_580#0      TGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCAT 600
consensus_580#1      TGATATCAATTTCCTTCTGTTATTCATTGTTGTAACCTAGTACTACTTGTGATCTTTCAT 237
                     ************************************************************

consensus_580#0      GATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTAT 660
consensus_580#1      GATATTCAAGAGTCTAACTTATCATTATTTTATTTCTTCGATTATTATTATTACGTCTAT 297
                     ************************************************************

consensus_580#0      CGTCACTGTTATTCTTATCGTTNTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAA-TGCGCTT 719
consensus_580#1      CGTCACTGTTATTCTTATCGTTTTACAATAAGTCATCCCAGGATTTAACAAAATGCGCTT 357
                     ********************** ***************************** *******

consensus_580#0      GTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTNNT 779
consensus_580#1      GTCAATCTTTTTAATTTATCATTATCACTTGTGAATGTGCAATTTTAGTCAATGATTTTG 417
                     *********************************************************   

consensus_580#0      GTCGCTGGTATCGACATT-ATTATGAAATATT-ATGNTTCTAACTT-AGATAT-CTGCAC 835
consensus_580#1      TCGGCTGGTATCGACATTTATTATGAATTATTTATGTTTCTAACTTTAGATATTCTGCAC 477
                        *************** ******** **** *** ********* ****** ******

consensus_580#0      TGTGTGTGTCC-TTAANTGGNNTNGAATGNNTACTGNTT-AATTNGNGAANGGCAGTC-T 892
consensus_580#1      TGTGTGTGTCCCTTAATTGGTTTGGAATGTTACTTGTTTTAATTTGTGAAGGCAGGTCCT 537
                     *********** **** ***  * *****     ** ** **** * *** *   *** *

consensus_580#0      TNAAANTCTAGCTCT-GTCCTTT--CTNTACC--ATGNNTG-GTGAATN-ATG-ATGCAT 944
consensus_580#1      TTAAAATCTAGCTCTTGTCCCTTTCCTCTACCCAATGTTTGCGTGAATTTATGTATGCAT 597
                     * *** ********* **** **  ** ****  ***  ** ******  *** ******

consensus_580#0      TG--ATGCCAAAAACAGATTCAGT-------------- 966
consensus_580#1      TTGTATGCCAAAAA-AAACACAGACATACAAGTGTATT 634
                     *   ********** * *  ***