cluster # 5873

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Schistosoma mansoni
cluster # 5873 cluster # 5873 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_5873#0 length = 982 sequences # 2

consensus_5873#1 length = 568 sequences # 1

consensusID : consensus_5873#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 982
fasta sequence

                              [CTCCAACAATTGTTGGTCAACAACTGTAGAGTTCACATCTTGTTCTTCAACAGATGATGATGTTAACGGTTTACTTTGAACAGTCGATGGAGTAGGAATTATTTGAATTGAATTTAAACGACATGTTAAATCACTGATTTCATTATCTTTCTCACGTAATTGTCGACTAACTGATTCCAATGACAATTCCATTTCTTGTTTTAATTTATTCGTTTCAGATAATTGACAACGTAAATCATTTGCCTCTTGTTCAACCTGTGCAACGTAGTTATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTCTGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACGTTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACTATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAATTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTTCGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTTCTGAAGGCATGTAATCTGGTTCTGTAGATCATTGTTACCAGTTTGTAAGCTATTCACAGTTGCATTACTCTCTGATAAATTACGTTCCAAATCTAAAATCTGTTGACGTGATGCTTTTAACTTAGAGTTGACTTCTTCGATCTCTCGTAATCGTTGTCCAGCTAAATTATCCAAGTGTGTCACTTGTGACTGAAGTTCAGTTTTTTCAGCAACTAAAATTCCAATAGTTTTAGCGTGTGCTTTAATTTGTTCTTTGGTTTTCTCTAAGTCTCGTTGAGATATATTTTGTAAATTTGCACGTTCACTGCTTAAATCAGTCAATCGACGTTCATATTGATCTTTCATTAAGTCCAGTTTAACTTTTAGAATGTCATATGCTCGA]

[-] EMBL CD158835             [CTCCAACAATTGTTGGTCAACAACTGTAGAGTTCACATCTTGTTCTTCAACAGATGATGATGTTAACGGTTTACTTTGAACAGTCGATGGAGTAGGAATTATTTGAATTGAATTTAAACGACATGTTAAATCACTGATTTCATTATCTTTCTCACGTAATTGTCGACTAACTGATTCCAATGACAATTCCATTTCTTGTTTTAATTTATTCGTTTCAGATAATTGACAACGTAAATCATTTGCCTCTTGTTCAACCTGTGCAACGTAGTTATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTCTGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACGTTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACTATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CD113418             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATCTTCCGAACACACTAAACTATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAATTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTTCGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTTCTGAAGGCATGTAATCTGGTTCTGTAGATCATTGTTACCAGTTTGTAAGCTATTCACAGTTGCATTACTCTCTGATAAATTACGTTCCAAATCTAAAATCTGTTGACGTGATGCTTTTAACTTAGAGTTGACTTCTTCGATCTCTCGTAATCGTTGTCCAGCTAAATTATCCAAGTGTGTCACTTGTGACTGAAGTTCAGTTTTTTCAGCAACTAAAATTCCAATAGTTTTAGCGTGTGCTTTAATTTGTTCTTTGGTTTTCTCTAAGTCTCGTTGAGATATATTTTGTAAATTTGCACGTTCACTGCTTAAATCAGTCAATCGACGTTCATATTGATCTTTCATTAAGTCCAGTTTAACTTTTAGAATGTCATATGCTCGA]




>consensus_5873#0
CTCCAACAATTGTTGGTCAACAACTGTAGAGTTCACATCTTGTTCTTCAACAGATGATGA
TGTTAACGGTTTACTTTGAACAGTCGATGGAGTAGGAATTATTTGAATTGAATTTAAACG
ACATGTTAAATCACTGATTTCATTATCTTTCTCACGTAATTGTCGACTAACTGATTCCAA
TGACAATTCCATTTCTTGTTTTAATTTATTCGTTTCAGATAATTGACAACGTAAATCATT
TGCCTCTTGTTCAACCTGTGCAACGTAGTTATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTC
TGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACG
TTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACT
ATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAA
TTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTT
CGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTT
CTGAAGGCATGTAATCTGGTTCTGTAGATCATTGTTACCAGTTTGTAAGCTATTCACAGT
TGCATTACTCTCTGATAAATTACGTTCCAAATCTAAAATCTGTTGACGTGATGCTTTTAA
CTTAGAGTTGACTTCTTCGATCTCTCGTAATCGTTGTCCAGCTAAATTATCCAAGTGTGT
CACTTGTGACTGAAGTTCAGTTTTTTCAGCAACTAAAATTCCAATAGTTTTAGCGTGTGC
TTTAATTTGTTCTTTGGTTTTCTCTAAGTCTCGTTGAGATATATTTTGTAAATTTGCACG
TTCACTGCTTAAATCAGTCAATCGACGTTCATATTGATCTTTCATTAAGTCCAGTTTAAC
TTTTAGAATGTCATATGCTCGA

consensusID : consensus_5873#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 568
fasta sequence

                              [TATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTCTGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACGTTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACTATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAATTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTTCGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTTCTGAAGGCATGTAATCTAAGTGGGAATAAGTAGAGAAGAGGAAACGATGGGAAGAATTACTGTAAATAATACGTTTCCTAAAGTTCTCTATTAAATAACCGAAAATTCCTAATAGCATGTAACTGTAAGTATATAATACAACTCATTTGAGGTATTTGGGACGTATGTTTTTGCTAATCATCGCCTATGATGATGAGCGATTATGGCTGTTGGTACGCGCAATATGGAATAAAGCTA]

[+] EMBL CD095293             [TATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTCTGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACGTTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACTATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAATTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTTCGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTTCTGAAGGCATGTAATCTAAGTGGGAATAAGTAGAGAAGAGGAAACGATGGGAAGAATTACTGTAAATAATACGTTTCCTAAAGTTCTCTATTAAATAACCGAAAATTCCTAATAGCATGTAACTGTAAGTATATAATACAACTCATTTGAGGTATTTGGGACGTATGTTTTTGCTAATCATCGCCTATGATGATGAGCGATTATGGCTGTTGGTACGCGCAATATGGAATAAAGCTA]




>consensus_5873#1
TATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTCTGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAA
GCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACGTTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAG
AATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACTATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCAT
AAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAATTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTA
ACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTTCGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTC
GGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTTCTGAAGGCATGTAATCTAAGTGGGAATAA
GTAGAGAAGAGGAAACGATGGGAAGAATTACTGTAAATAATACGTTTCCTAAAGTTCTCT
ATTAAATAACCGAAAATTCCTAATAGCATGTAACTGTAAGTATATAATACAACTCATTTG
AGGTATTTGGGACGTATGTTTTTGCTAATCATCGCCTATGATGATGAGCGATTATGGCTG
TTGGTACGCGCAATATGGAATAAAGCTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5873#0      CTCCAACAATTGTTGGTCAACAACTGTAGAGTTCACATCTTGTTCTTCAACAGATGATGA 60
consensus_5873#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5873#0      TGTTAACGGTTTACTTTGAACAGTCGATGGAGTAGGAATTATTTGAATTGAATTTAAACG 120
consensus_5873#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5873#0      ACATGTTAAATCACTGATTTCATTATCTTTCTCACGTAATTGTCGACTAACTGATTCCAA 180
consensus_5873#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5873#0      TGACAATTCCATTTCTTGTTTTAATTTATTCGTTTCAGATAATTGACAACGTAAATCATT 240
consensus_5873#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5873#0      TGCCTCTTGTTCAACCTGTGCAACGTAGTTATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTC 300
consensus_5873#1      -----------------------------TATGATACTGAGAATCTAACTGTTTCTTCTC 31
                                                   *******************************

consensus_5873#0      TGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACG 360
consensus_5873#1      TGTATCCATCGAAGATAATGACAATTCAAGCACTTTCAATCGATTCTGTAGATCAGCACG 91
                      ************************************************************

consensus_5873#0      TTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACT 420
consensus_5873#1      TTCTGACAACCACTCTTCTTTTTCCTCAGAATACTTTTTATCTTCCGAACACACTAAACT 151
                      ************************************************************

consensus_5873#0      ATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAA 480
consensus_5873#1      ATCTGTTGTATTCAATAATTGATTAGCATAAATTTGTGAGAATTCAAGTTGCTGTTTTAA 211
                      ************************************************************

consensus_5873#0      TTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTT 540
consensus_5873#1      TTCCTTTAAGCTTATTCCAGTTTGAGCTAACTCACAGGATTTGGCTGTTAATCGTGAGTT 271
                      ************************************************************

consensus_5873#0      CGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTT 600
consensus_5873#1      CGTTTCAGCCAATTCACACTCAAGATTTCGGCGCGCAATTTCTTCGTGTTTTATTTTCTT 331
                      ************************************************************

consensus_5873#0      CTGAAGGCATGTAATCTGGTTCTGTAGATCATTGTTACCAGTTTGTAAGCTATTCACAGT 660
consensus_5873#1      CTGAAGGCATGTAATCTAAGT-----GGGAATAAGTAGAGAAGAGGAAACGATGGGAAG- 385
                      *****************   *     *   **   **       * ** * **    ** 

consensus_5873#0      TGCATTACTCTCTGATAAATTACGTTCCAAATCTAAAATCTGTTGACGTGATGCTTTTAA 720
consensus_5873#1      --AATTACTGT---AAATAATACGTTTC----CTAAAGTTCTCTA-----------TTAA 425
                         ****** *   * * * ****** *    ***** *    *            ****

consensus_5873#0      CTTAGAGTTGACTTCTTCGATCTCTCGTAATCGTTGTCCAGCTAAATTATCCAAGTGTGT 780
consensus_5873#1      ATAACCGAAAATTCCT--AATAGCATGTAACTGTAAGTATATAATACAACTCATTTGAGG 483
                       * *  *   * * **   **  *  ****  **         * *  *  **  ** * 

consensus_5873#0      CACTTGTGACTGAAGTTCAGTTTTTTCAGCAACTAAAATTCCAATAGTTTTAGCGTGTGC 840
consensus_5873#1      TATTTGGGACGTATGTTTTTGCTAATCATCGCCTATGATGATGAGCGATT--ATGGCTGT 541
                       * *** ***  * ***     *  *** *  ***  **    *  * **    *  ** 

consensus_5873#0      TTTAATTTGTTCTTTGGTTTTCTCTAAGTCTCGTTGAGATATATTTTGTAAATTTGCACG 900
consensus_5873#1      TGGTACGCGCAATATGGAATAAAGCTA--------------------------------- 568
                      *   *   *   * ***  *      *                                 

consensus_5873#0      TTCACTGCTTAAATCAGTCAATCGACGTTCATATTGATCTTTCATTAAGTCCAGTTTAAC 960
consensus_5873#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5873#0      TTTTAGAATGTCATATGCTCGA 982
consensus_5873#1      ----------------------