cluster # 6074

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Schistosoma mansoni
cluster # 6074 cluster # 6074 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6074#0 length = 1035 sequences # 2

consensus_6074#1 length = 467 sequences # 2

consensusID : consensus_6074#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1035
fasta sequence

                              [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAACAAATTAATAATTGGCATTCAATTCCTGTAGATCCACAGGATTTCAATTTGTTTTCGACTTTAAATAGTGGTCAAGCTTTCCGCTGGGTTTTTAATTCAACTCTGAATGAATGGCATGGAGTAATAAATGGTCACTTATGGCGATTACGTCAAATGGAGGATTCTAACCCAGTTGAATATTATCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTAAACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTAGTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAAATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAAATGGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTCGTTCCGTGTCCCATGTTGAAGCTCAGGCATTTCTGCTTCAAATACCTGNGATCGGAAAGAAGGTTGCAGATTGTATATGTCTTATGTCGTTAGATAAACTAGATGTTGTCCCTATCGATGTCCATATGCATCGTGTTGCACGTGAGAAAGGAATTCCCGAAGCATCCTGTAAAACTATGGCTACAAAATCGTATGATATTATTTCAAAGTCACTTAGTGATTTTTGGGGAAATTATTCTGGATGGGCACAAACGATCCTTTTCTATACTCGTATAATGGAATCGAAACCTAATAAAAAACTTAAGGAACAAATCAGTCGTTTCAGGGTCAACAGTTAATTTACCAAGCTCAAGGAACTTGAAATCGAATGAATGTTGAGTTATCATTCACCACCTCAGTTACTACTAAACATTTTATCTGCAATACATTCAAATTTGGATATTGTTTTAAAATACTTTGTTTTGAAAACTACAATTATAAATACTGGATTGTAACAAAAACAATTATACATGGAAGTGATTCATAATTCTGTAATTCATTATTGGTTGCATAACATGCAAACTTCAAATAGTTTACTAATCATGTTT]

[+] EMBL CD078875             [GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAACAAATTAATAATTGGCATTCAATTCCTGTAGATCCACAGGATTTCAATTTGTTTTCGACTTTAAATAGTGGTCAAGCTTTCCGCTGGGTTTTTAATTCAACTCTGAATGAATGGCATGGAGTAATAAATGGTCACTTATGGCGATTACGTCAAATGGAGGATTCTAACCCAGTTGAATATTATCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTAAACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTAGTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAAATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAAATGGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTCGTTCCGTGTCCCATGTTGAAGCTCAGGCATTTCTGCTTCAAATACCTGNGATCGGAAAGAAGGTTGCAGATTGTATATGTCTTATGTCGTTAGATAAACTAGATGTTGTCCCTATCGATGTCCATATGCATCGTGTTGCACGTGAGAAAGGAATTCCCGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL CD073335             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTACTTGAACTTCGTTCCGTGTCCCATGTTGAAGCTCAGGCATTTCTGCTTCAAATACCTGGGATCGGAAAGAAGGTTGCAGATTGTATATGTCTTATGTCGTTAGATAAACTAGATGTTGTCCCTATCGATGTCCATATGCATCGTGTTGCACGTGAGAAAGGAATTCCCGAAGCATCCTGTAAAACTATGGCTACAAAATCGTATGATATTATTTCAAAGTCACTTAGTGATTTTTGGGGAAATTATTCTGGATGGGCACAAACGATCCTTTTCTATACTCGTATAATGGAATCGAAACCTAATAAAAAACTTAAGGAACAAATCAGTCGTTTCAGGGTCAACAGTTAATTTACCAAGCTCAAGGAACTTGAAATCGAATGAATGTTGAGTTATCATTCACCACCTCAGTTACTACTAAACATTTTATCTGCAATACATTCAAATTTGGATATTGTTTTAAAATACTTTGTTTTGAAAACTACAATTATAAATACTGGATTGTAACAAAAACAATTATACATGGAAGTGATTCATAATTCTGTAATTCATTATTGGTTGCATAACATGCAAACTTCAAATAGTTTACTAATCATGTTT]




>consensus_6074#0
GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAACAAATTAATAATTGGCATTCAATTCCTGTA
GATCCACAGGATTTCAATTTGTTTTCGACTTTAAATAGTGGTCAAGCTTTCCGCTGGGTT
TTTAATTCAACTCTGAATGAATGGCATGGAGTAATAAATGGTCACTTATGGCGATTACGT
CAAATGGAGGATTCTAACCCAGTTGAATATTATCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTA
AACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTA
GTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAA
ATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAAAT
GGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTCGTTCCGTGTCCCATGTTGAAGCTCAGGCATTT
CTGCTTCAAATACCTGNGATCGGAAAGAAGGTTGCAGATTGTATATGTCTTATGTCGTTA
GATAAACTAGATGTTGTCCCTATCGATGTCCATATGCATCGTGTTGCACGTGAGAAAGGA
ATTCCCGAAGCATCCTGTAAAACTATGGCTACAAAATCGTATGATATTATTTCAAAGTCA
CTTAGTGATTTTTGGGGAAATTATTCTGGATGGGCACAAACGATCCTTTTCTATACTCGT
ATAATGGAATCGAAACCTAATAAAAAACTTAAGGAACAAATCAGTCGTTTCAGGGTCAAC
AGTTAATTTACCAAGCTCAAGGAACTTGAAATCGAATGAATGTTGAGTTATCATTCACCA
CCTCAGTTACTACTAAACATTTTATCTGCAATACATTCAAATTTGGATATTGTTTTAAAA
TACTTTGTTTTGAAAACTACAATTATAAATACTGGATTGTAACAAAAACAATTATACATG
GAAGTGATTCATAATTCTGTAATTCATTATTGGTTGCATAACATGCAAACTTCAAATAGT
TTACTAATCATGTTT

consensusID : consensus_6074#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 467
fasta sequence

                              [CGAGGCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTAACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTAGTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAAATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGGCAAGATCCAGAAGAAACATTATTCTCTTTCATTACATCAGCTAATAATAATCTAACAAGAATTACCAAATTACTTTGTAAATTGTGTAGTGAATATGGTAATCCATTGTACTTGGAAAATGGTGATCTAGGGCACTGGACATTCCCATCACTTGAGATACTTGCACAACCTGGTATGCAGGATAATTTGAAAAAAATTGGTTTTGGTTATCGTTCCAAGTTTATTACACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAAATGGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTC]

[+] EMBL CD084098             [CGAGGCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTAACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTAGTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAAATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGGCAAGATCCAGAAGAAACATTATTCTCTTTCATTACATCAGCTAATAATAATCTAACAAGAATTACCAAATTACTTTGTAAATTGTGTAGTGAATATGGTAATCCATTGTACTTGGAAAATGGTGATCTAGGGCACTGGACATTCCCATCACTTGAGATACTTGCACAACCTGGTATGCAGGATAATTTGAAAAAAATTGGTTTTGGTTATCGTTCCAAGTTTATTACACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAA                              ]
[-] EMBL CD063205             [                                                                                                                                                                                                  AAGAAACATTATTCTCTTTCATTACATCAGCTAATAATAATCTAACAAGAATTACCAAATTACTTTGTAAATTGTGTAGTGAATATGGTAATCCATTGTACTTGGAAAATGGTGATCTAGGGCACTGGACATTCCCATCACTTGAGATACTTGCACAACCTGGTATGCAGGATAATTTGAAAAAAATTGGTTTTGGTTATCGTTCCAAGTTTATTACACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAAATGGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTC]




>consensus_6074#1
CGAGGCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTAACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTA
CTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTAGTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATG
GTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAAATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATT
AAGGCAAGATCCAGAAGAAACATTATTCTCTTTCATTACATCAGCTAATAATAATCTAAC
AAGAATTACCAAATTACTTTGTAAATTGTGTAGTGAATATGGTAATCCATTGTACTTGGA
AAATGGTGATCTAGGGCACTGGACATTCCCATCACTTGAGATACTTGCACAACCTGGTAT
GCAGGATAATTTGAAAAAAATTGGTTTTGGTTATCGTTCCAAGTTTATTACACTTGCTGC
CAACTGGCTTTTGAAAAATGGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6074#0      GGTTTTACTCTTGTGATTTGTTGCATGAAACAAATTAATAATTGGCATTCAATTCCTGTA 60
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      GATCCACAGGATTTCAATTTGTTTTCGACTTTAAATAGTGGTCAAGCTTTCCGCTGGGTT 120
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      TTTAATTCAACTCTGAATGAATGGCATGGAGTAATAAATGGTCACTTATGGCGATTACGT 180
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      CAAATGGAGGATTCTAACCCAGTTGAATATTATCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTA 240
consensus_6074#1      ----------------------------CGAGGCTTGAGAAAAATTCGAAAATAAAATTA 32
                                                       ***************************

consensus_6074#0      AACGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTA 300
consensus_6074#1      A-CGATGTTCCTTTTGATTTACGTGATTACTTTAGATTGGATATGAATTTGTCTGATCTA 91
                      * **********************************************************

consensus_6074#0      GTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAA 360
consensus_6074#1      GTAAAGGAATGGTCTATAAAGGACAAATGGTTTGAGAATCGTTTCTCTAAAAATTGTCAA 151
                      ************************************************************

consensus_6074#0      ATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGACTTGCTGCCAACTGGCTTTTGAAAAAT 420
consensus_6074#1      ATGGATACAGCACGTGGTTTACGCTTATTAAGGCAAGATCC--------------AGAAG 197
                      ******************************** *  * * *              * ** 

consensus_6074#0      GGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTCGTTCCGTGTCCCATGTTGAAGCTCAGGCATTT 480
consensus_6074#1      AAACATTATTCTCTTTCATTACA--TCAGCTAATAATAATCTAACAAGAATTACCAAATT 255
                        *  *   **** *  * *  *  *  * *     *    *    *   * *   * **

consensus_6074#0      CTGCTTCAAATACCTGNGATCGGAAAGAAGGTTGCAGATTGTATATGTCTTATGTCGTTA 540
consensus_6074#1      ACTTTGTAAAT---TGTG-TAGTGAATATGGTAATCCATTGTACTTGGAAAATGGTGATC 311
                          *  ****   ** * * *  ** * ***     ******  **    ***  * * 

consensus_6074#0      GATAA-ACTAGATGTTGTCCCTA-TCGATGTCCATATGCATCGTGTTGCACGTGAGAAAG 598
consensus_6074#1      TAGGGCACTGGACATTCCCATCACTTGAGATACTTGCACAACCTGGTATGC-----AGGA 366
                       *    *** **  **  *   * * **  * * *   ** * ** *   *     *   

consensus_6074#0      GAATTCCCGAAGCATCCTGTAAAACTATGGCTACAAAATCGTATGATATTATTTCAAAGT 658
consensus_6074#1      TAATTTGAAAAAAATTGGTTTTGGTTATCGTTCCAAGTT--TATTACACTT-------GC 417
                       ****    **  **    *     *** * * ***  *  *** * * *        * 

consensus_6074#0      CACTTAGTGATTTTTGGGGAAATTATTCTGGATGGGCACAAACGATCCTTTTCTATACTC 718
consensus_6074#1      TGCCAACTGGCTTTTGAAAAATGGAGGTCGATCTCGTCTACTTGAACTTC---------- 467
                        *  * **  *****   **   *    *     *   *   ** * *           

consensus_6074#0      GTATAATGGAATCGAAACCTAATAAAAAACTTAAGGAACAAATCAGTCGTTTCAGGGTCA 778
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      ACAGTTAATTTACCAAGCTCAAGGAACTTGAAATCGAATGAATGTTGAGTTATCATTCAC 838
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      CACCTCAGTTACTACTAAACATTTTATCTGCAATACATTCAAATTTGGATATTGTTTTAA 898
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      AATACTTTGTTTTGAAAACTACAATTATAAATACTGGATTGTAACAAAAACAATTATACA 958
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      TGGAAGTGATTCATAATTCTGTAATTCATTATTGGTTGCATAACATGCAAACTTCAAATA 1018
consensus_6074#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6074#0      GTTTACTAATCATGTTT 1035
consensus_6074#1      -----------------