These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6193#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 538 fasta sequence [CTTTTTTAAATATAAAAATTATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTGCTGTAAGGAGGTTACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTACTATTATTGTTATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCT--ACTGATTGATGTAATATT] [+] EMBL CD167122 [CTTTTTTAAATATAAAAATTATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTGCTGTAAGGAGGTTACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTACTATTATTGTTATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAATGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATAC ] [+] EMBL CD120950 [ TAGTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATAGAATTAGGAGTTGATATTGTTGTAAGGAGGTTACTACTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTATTATTACTGTTATTATTATTAGTAGACGAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCTAAACTGATTGATGTA ] [-] EMBL CD166833 [ TGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCT ACTGATTGATGTAATATT] consensusID : consensus_6193#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 241 fasta sequence [TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAATT] [+] EMBL CD196223 [TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAATT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6193#0 ---------CTTTTTTAAATATAAAAATT----ATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATG 47 consensus_6193#1 TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATG 60 *** * * ** ** *************************** consensus_6193#0 AATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAG 107 consensus_6193#1 AATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAG 120 ***************************************************** ****** consensus_6193#0 TTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGAT 167 consensus_6193#1 TTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGAT 180 ************************************************************ consensus_6193#0 TATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAAT 227 consensus_6193#1 TATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAAT 240 ******************************* *********************** *** consensus_6193#0 TTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTG 287 consensus_6193#1 T----------------------------------------------------------- 241 * consensus_6193#0 CTGTAAGGAGGTTACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATAT 347 consensus_6193#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6193#0 TACTATTATTGTTATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTG 407 consensus_6193#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6193#0 ATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAAC 467 consensus_6193#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6193#0 CTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCTACTGATT 527 consensus_6193#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6193#0 GATGTAATATT 538 consensus_6193#1 ----------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||