These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6202#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 934 fasta sequence [TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTAGATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATTTTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATATGCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCATATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCAGTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAAGATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACCATTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTTTGGCTTTTTTTATTGAAATCATAAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTTACTTTATTTATATGGATAAAAAAGCCAACATTTTGTAACAAACG] [+] EMBL CD141196 [TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTAGATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATTTTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATATGCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCATATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGT ] [+] EMBL CD145214 [ ATGTATTTTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATGCCATTAAACATAATTCATTATGATTCTAATCATATGCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTAATGCATATACATAGGAAATATGAAAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCAGTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAAGATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACCATTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTTTGGCTTTTTTTATTGAAATCATAAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTTACTTTATTTATATGGATAAAAAAGCCAACATTTTGTAACAAACG] consensusID : consensus_6202#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 548 fasta sequence [ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTTTTGC--TTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGTGGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTATGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAGCGCCTGAA] [-] EMBL CD145301 [ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCATTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTTTTGC TTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGTGGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTATGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAGCGCCTGAA] [-] EMBL CD145371 [ ATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAACCTATCGTTATTCATGTTGTNTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTTTTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTTGCTTTTTTATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCTGAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACGCTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACAATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTTAATAACATTGAACCGTTAAAATAATATTTTTTTGCTTTTTTTTATTGAAATTCATCAAATTGTGTTGCTTAATGCTTTATTCTTTTTACTTTATTTATATTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAacaaacgaa] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6202#0 TTGGATATATACAAATAATTATTTGTACCGCAATGAATTATGCTCGAATGCAAGAGGCTA 60 consensus_6202#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6202#0 GATATTATGAAACATCTGATATTGGTGAAGAAGGTGTTGCATTACAACAATAAATGTATT 120 consensus_6202#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6202#0 TTATAAAAAAAGTAATTCTGTAATTCCATTAAACATAATTCATTATGATTTTAATCATAT 180 consensus_6202#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6202#0 GCCTCCTATTCTTCACATATGCAACTAACTACTTAGAATTTACAAACAATGTTCATGCAT 240 consensus_6202#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6202#0 ATACATAGGACATATGACAACTGCACATTGTATAGTAATTTGAATAAAAAAATTTATTCA 300 consensus_6202#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6202#0 GTTCAAAGGACTTCATTGAAAATAATGAACACTTCCAAAAGAGAGTCTTCTTAAGAGCAA 360 consensus_6202#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6202#0 GATGTATGTATTTATGTTCCAGAATAATCATAATAATAATAATAATAATAACAATCCTCA 420 consensus_6202#1 --------------------------------ATAATAATAATAATAATGCCAATCGTCA 28 ***************** ***** *** consensus_6202#0 TTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTTTTCATTTTAAA 480 consensus_6202#1 TTAACACTGACTTATGCAATATCTCATTATTTTCATTCAGTCTTGTGTCTTCATTTTAAA 88 ************************************************ *********** consensus_6202#0 CCTATCGTTATTCATGTTGCTTTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTTTGTTTGTTTTT 540 consensus_6202#1 CCTATCGTTATTCATGTTGTTGTCTTCTACTTCTGTTGTCTCTCATGTGTGTCTGTTTTT 148 ******************* * ************************** *** ******* consensus_6202#0 TTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCANAATAAACATCACTTATTTGCTTTTT 600 consensus_6202#1 TTTATTTTATAATCATCCAGTTGAAAAAAAAGCAAAATAAACATCACTTATTCGCTTTTT 208 ********************************** ***************** ******* consensus_6202#0 TATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCCTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCT 660 consensus_6202#1 TATTTCATCTTAAATCATTCCATAATCGTTCATCACATACCATTTAAGTATTGTTTATCT 268 *************************** ******************************** consensus_6202#0 GAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAA-CAGTTTTCACCATTTAAAAAATATACG 719 consensus_6202#1 GAAGATCATTCTGCTTATTAAGTCGGAGAAAAACAGTCTTCTCCATTTAAAAAATATACG 328 ******************************** **** *** ****************** consensus_6202#0 CTACATTTTAGTTGGTTAAAATCGTTTTAATGGTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAAACC 779 consensus_6202#1 CTACATTTTAGTTGTTTAAATTCGTTTTAATGTTTTAATTAAAGAATAAAAGAAAAGTCA 388 ************** ***** *********** *********************** * consensus_6202#0 ATTAGGAAATAATAAAAGNTATTATTTTTAATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTTTT 839 consensus_6202#1 ATTAGGAAATAATAAAAGTTATTATTTT-AATAACATTGAATCGTTAAAATAATATTCTT 447 ****************** ********* **************************** ** consensus_6202#0 TGGCTTTTTTTATTGAAATCAT--AAATGGGGCTGCTAAAGCCTAATNCTTTT-ACTTTA 896 consensus_6202#1 TTGCTTTTTTATTGAAATTCATCAAAGTGTGGTGGTTAATGCTTTAGTCTTTAGACTGTA 507 * ******** * ** **** ** ** ** * *** ** * * **** *** ** consensus_6202#0 TTTATATGGATAAAAAAGCCAACATTTT-GTAACAAACG-- 934 consensus_6202#1 TGTATACTGATTAAATAGCCAACATTATAGTAGCGCCTGAA 548 * **** *** *** ********** * *** * * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||