cluster # 629

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Schistosoma mansoni
cluster # 629 cluster # 629 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_629#0 length = 391 sequences # 1

consensus_629#1 length = 311 sequences # 1

consensusID : consensus_629#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 391
fasta sequence

                              [TACTTCCCATTTTATTGTCTGTGTGTACGTGCCCCAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTTTAGTTAGGTAAACCAAGATATTCCATGACGTATTTCTGTATAGTTTTAGTTAAGAGGATGACTAAATTACTTCGTTTGATTGAAAGGGTATCATCGTTTTATCTCTACAAAATGGATGATGCTATGAGATGTACATAAAACCTAAATAACGATAAGATTGCGTACTAATACTAACTTTAATCATACCAAAGTATGGTAAATTGTGTTTCTTTATAAATACTAAACTCAGTGCTTGTTATTTTTAAAGTTAATAACCATAAAGTTTTCTTCCATTAGTGAAAAAAAAAAATATTATTTACCTGTTAACGTCCCGGGGGGGGGCCGGATTCTA]

[+] EMBL AI882644             [TACTTCCCATTTTATTGTCTGTGTGTACGTGCCCCAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTTTAGTTAGGTAAACCAAGATATTCCATGACGTATTTCTGTATAGTTTTAGTTAAGAGGATGACTAAATTACTTCGTTTGATTGAAAGGGTATCATCGTTTTATCTCTACAAAATGGATGATGCTATGAGATGTACATAAAACCTAAATAACGATAAGATTGCGTACTAATACTAACTTTAATCATACCAAAGTATGGTAAATTGTGTTTCTTTATAAATACTAAACTCAGTGCTTGTTATTTTTAAAGTTAATAACCATAAAGTTTTCTTCCATTAGTGAAAAAAAAAAATATTATTTACCTGTTAACGTCCCGGGGGGGGGCCGGATTCTA]




>consensus_629#0
TACTTCCCATTTTATTGTCTGTGTGTACGTGCCCCAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTT
TAGTTAGGTAAACCAAGATATTCCATGACGTATTTCTGTATAGTTTTAGTTAAGAGGATG
ACTAAATTACTTCGTTTGATTGAAAGGGTATCATCGTTTTATCTCTACAAAATGGATGAT
GCTATGAGATGTACATAAAACCTAAATAACGATAAGATTGCGTACTAATACTAACTTTAA
TCATACCAAAGTATGGTAAATTGTGTTTCTTTATAAATACTAAACTCAGTGCTTGTTATT
TTTAAAGTTAATAACCATAAAGTTTTCTTCCATTAGTGAAAAAAAAAAATATTATTTACC
TGTTAACGTCCCGGGGGGGGGCCGGATTCTA

consensusID : consensus_629#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 311
fasta sequence

                              [TACTTCCCATTTDDTTGTCTGTGTGTATGTGCCCAAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTTTAGTTAGGTAAACCAAAATATTCAATGACGTATTTCTGTTTAGTTTTAGTTTAGAGGATACAAATTTCTTCTTTGATTGAAGGGGTATCTTCTTTTTCTCTAAAAATGACTGTTGCTAATGATATTTATTTAAACCTAAATACCATATGATTGTCTATAATAACAACCTTTATATTATCCAAGTATGTAAATGTGTTTCCTTTTAATTAACAAACCAGTGTGTAATTTTAAAAGTAATAATAATAAGTTAT]

[+] EMBL AI882652             [TACTTCCCATTTDDTTGTCTGTGTGTATGTGCCCAAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTTTAGTTAGGTAAACCAAAATATTCAATGACGTATTTCTGTTTAGTTTTAGTTTAGAGGATACAAATTTCTTCTTTGATTGAAGGGGTATCTTCTTTTTCTCTAAAAATGACTGTTGCTAATGATATTTATTTAAACCTAAATACCATATGATTGTCTATAATAACAACCTTTATATTATCCAAGTATGTAAATGTGTTTCCTTTTAATTAACAAACCAGTGTGTAATTTTAAAAGTAATAATAATAAGTTAT]




>consensus_629#1
TACTTCCCATTTDDTTGTCTGTGTGTATGTGCCCAAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTT
TAGTTAGGTAAACCAAAATATTCAATGACGTATTTCTGTTTAGTTTTAGTTTAGAGGATA
CAAATTTCTTCTTTGATTGAAGGGGTATCTTCTTTTTCTCTAAAAATGACTGTTGCTAAT
GATATTTATTTAAACCTAAATACCATATGATTGTCTATAATAACAACCTTTATATTATCC
AAGTATGTAAATGTGTTTCCTTTTAATTAACAAACCAGTGTGTAATTTTAAAAGTAATAA
TAATAAGTTAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_629#0      TACTTCCCATTTTATTGTCTGTGTGTACGTGCCCCAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTT 60
consensus_629#1      TACTTCCCATTTDDTTGTCTGTGTGTATGTGCCCAAGTTCTTTATAAACATAAAACTTTT 60
                     ************  ************* ****** *************************

consensus_629#0      TAGTTAGGTAAACCAAGATATTCCATGACGTATTTCTGTATAGTTTTAGTTAAGAGGATG 120
consensus_629#1      TAGTTAGGTAAACCAAAATATTCAATGACGTATTTCTGTTTAGTTTTAGTTTAGAGGATA 120
                     **************** ****** *************** *********** ******* 

consensus_629#0      ACTAAATTACTTCGTTTGATTGAAAGGGTATCATCGTTTTATCTCTACAAAATGGATGAT 180
consensus_629#1      --CAAATTTCTTC-TTTGATTGAAGGGGTATCTTC--TTTTTCTCTA-AAAATGACTGTT 174
                        ***** **** ********** ******* **  *** ****** ******  ** *

consensus_629#0      GCTA-TGAGATGTACATAAAACCTAAATAACGATAAGATTGCGTACTAATACTAACTTTA 239
consensus_629#1      GCTAATGATATTTAT-TTAAACCTAAATACC-ATATGATTGTCTA-TAATAACAACCTTT 231
                     **** *** ** **  * *********** * *** *****  ** *****  *** ** 

consensus_629#0      ATCATACCAAAGTATGGTAAATTGTGTTTCTTTATAAATACTAAACTCAGTGCTTGTTAT 299
consensus_629#1      ATATTATCCAAGTATG-TAAAT-GTGTTTCCTTTTAATTAACAAAC-CAGTG--TGTAAT 286
                     **  ** * ******* ***** ******* ** *** **  **** *****  *** **

consensus_629#0      TTTTAAAGTTAATAACCATAAAGTTTTCTTCCATTAGTGAAAAAAAAAAATATTATTTAC 359
consensus_629#1      TTTAAAAGT-AATAATAATAAGTTAT---------------------------------- 311
                     *** ***** *****  ****  * *                                  

consensus_629#0      CTGTTAACGTCCCGGGGGGGGGCCGGATTCTA 391
consensus_629#1      --------------------------------