These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6325#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 539 fasta sequence [GTAACTTAAGCTTTCGTTGGCACTAGTCGAGATCTCATGAGAAGATTGTCCAATGAAGAAAGCATCAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTTGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGTACATTTAATTGTGCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGAGATGGTGTTGGCAAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATGCCCATAGGATTTTGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGGGGATAGCCTTGGGGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTANCACTATTAGG] [+] EMBL CD148674 [GTAACTTAAGCTTTCGTTGGCACTAGTCGAGATCTCATGAGAAGATTGTCCAATGAAGAAAGCATCAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTTGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGTACATTTAATTGTGCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGAGATGGTGTTGGCAAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATGCCCATAGGATTTTGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGGGGATAGCCTTGGGGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTANCACTATTAGG] consensusID : consensus_6325#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 253 fasta sequence [CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTAACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTT] [+] EMBL CD124860 [CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTAACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATT ] [-] EMBL CD164183 [ CAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTATCTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGCGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTT] [-] EMBL CD164139 [ CAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTAACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTTGTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGTTCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAATGTATTTGCATTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6325#0 ---GTAACTTAAGCTTTCGTTGG-CACTAGTCGAGATCTC----ATGAGAAGATTGTCCA 52 consensus_6325#1 CCAGGAATTTCAGATTTCGAAGGACAATCAACAACACGTTGATGATGAGAATGATGATTA 60 * ** ** ** ***** ** ** * * * * * ******* ** * consensus_6325#0 ATGAAGAAAGCATC----AACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCACTTGACGAATTT 108 consensus_6325#1 ACTCCATCAGTATTGTATAACAATGGATGATTATTTGAAGTATATTCATTTGACGAATTT 120 * ** ** ****************************** *********** consensus_6325#0 GTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGT 168 consensus_6325#1 GTCATACGAATTGTACTATTATTATTATTGTTATCTGATTGTCGAACTGAACGTAAATGT 180 ************************************************************ consensus_6325#0 TCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAA 228 consensus_6325#1 TCATGAGATGATGGTGGTGGAACTGGATGTTGTGTTGTTGACGGTTGTTGTTGTGCAAAA 240 ************************************************************ consensus_6325#0 TGTATTTGCATTTGACCAGTTGATCCAGGTGCACTAACATGTTGATAATTCATTTGTTGT 288 consensus_6325#1 TGTATTTGCATTT----------------------------------------------- 253 ************* consensus_6325#0 ACATTTAATTGTGCATTAAAAAATGTATTATTCACTTGAATTGAAGGAGGCTGTTGTTGA 348 consensus_6325#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6325#0 GATGGTGTTGGCAAATTAGGAACTGGAGAAGGAAGTGAAGAACCACAATTAGTGACAATG 408 consensus_6325#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6325#0 CCCATAGGATTTTGTGGTGGTTGTTGTTGTAATGTTGGTTGAAGTTGTGGATTTGTATGG 468 consensus_6325#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6325#0 GGATAGCCTTGGGGATTAAATTTAGAATTTATTGGAATACTTTGAGAATGAGGTNAATTA 528 consensus_6325#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6325#0 NCACTATTAGG 539 consensus_6325#1 ----------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||