cluster # 6331

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Schistosoma mansoni
cluster # 6331 cluster # 6331 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6331#0 length = 414 sequences # 1

consensus_6331#1 length = 320 sequences # 3

consensusID : consensus_6331#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 414
fasta sequence

                              [TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATCACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCTTCTTCTAACATAGCATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATTTATTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAAACTTGATGAATATACCGTAGATGAATTAAAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC]

[+] EMBL CD188992             [TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATCACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCTTCTTCTAACATAGCATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATTTATTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAAACTTGATGAATATACCGTAGATGAATTAAAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC]




>consensus_6331#0
TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATC
ACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCT
TCTTCTAACATAGCATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATTTA
TTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAATAT
TTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTA
CGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAAACTTGATGAATATACCGTAGATGAATTA
AAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC

consensusID : consensus_6331#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 320
fasta sequence

                              [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA]

[+] EMBL CD185245             [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTCTAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA]
[+] EMBL CD185578             [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCACGAAGA]
[+] EMBL CD133818             [ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTAATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTTAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA]




>consensus_6331#1
ACGTAATAAATATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACG
TGGACGTAATTTACGATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTTTATTAGTAT
CTAAGTCATTATTATTAATATCTAATTTTTCTAATGTTTCTGGTAAATCAGGTAATTGTA
ATTCATTGATTAATTTTTTTTCTTTTAAGATAGGATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCAC
AACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTTTATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAG
TTTCAATTGCATCATGAAGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6331#0      TGTTTGTTGTTCATCATCATCTTCGTCTTCTTCTTCGCCATCATCATCATCATTATCATC 60
consensus_6331#1      ---ACGTAATAAAT-ATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAAT-TTGATGTTATT 55
                           **  *  ** **  * ***** ** ***** *     *  *   *   * * ** 

consensus_6331#0      ACGATCATCACCATAATCTACACGATCATCATCATCATCATCTTCTTCTTCTTCTCTTCT 120
consensus_6331#1      CTA--CGTGGACGTAATTTAC--GATGAGGATAATGTTTGATTATTGATTATTGATTTTT 111
                           * *   * **** ***  *** *  ** **  *    *  *  ** **   ** *

consensus_6331#0      TCTTCTAACATAG--CATTATTATGATTTTCTTGAATTTTTCTTGAATATGTACATGATT 178
consensus_6331#1      TATTAGTATCTAAGTCATTATTATTAATATCT--AATTTTTCTA----ATGTTTCTGGTA 165
                      * **   *  **   ********* * * ***  *********     ****   ** * 

consensus_6331#0      TATTATTATTAGTAGTAGATGATGATGACGATGATTTTTTAGTTATATCACGTAATAAAT 238
consensus_6331#1      AATCA--GGTAATTGTAATTCAT-----TGATTAATTTTT-----TTTCTTTTAAGATAG 213
                       ** *    ** * ***  * **      *** * *****     * **   *** * * 

consensus_6331#0      ATTTTTTTCGTTTTTTTCTTTGTGGATAATAATTTGATGTTATTCTACGTGGACGTAATT 298
consensus_6331#1      GATTCAATTGTTGTTTGATTAGTTCACAACCATTAGTTGCTATGTAAATTCTTATAGGTT 273
                        **   * *** ***  ** **  * **  *** * ** ***   *  *        **

consensus_6331#0      TACGATGAGGATAATGTAAATTTAAATCTTCTAA-ACTTGATGAATATACCGTAGATGAA 357
consensus_6331#1      TATTATTATCATTAGGTTCGGTTAAAGTTTCAATTGCATCATGAAGA------------- 320
                      **  ** *  ** * **    *****  *** *   * * ***** *             

consensus_6331#0      TTAAAATTTTTTTCAATAAAATAATTCTGATTATTATTAATGGATGAATTTTCTAAC 414
consensus_6331#1      ---------------------------------------------------------