These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6497#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 694 fasta sequence [TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCAATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCAAAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT] [+] EMBL CD064647 [TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCAATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCAAAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGTGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGCTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCACTGGTCTCCGAAtat ] [+] EMBL CD088361 [ ATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTG ] [+] EMBL CD068743 [ GTGTCCGCCGCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGACGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGGTGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT] consensusID : consensus_6497#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 458 fasta sequence [AAAGGGAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTCCACTGGTCTCCGAATATCACAGCACTCGAACCGGG] [-] EMBL CD064610 [AAAGGGAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGAGTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAAGAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCACAGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGTGAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTCCACTGGTCTCCGAATATCACAGCACTCGAACCGGG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6497#0 TCTCTACAGGATCCCCTGGATGTGGGTGCTAAGGTTGATGTGCCGAAATCACACATTTCA 60 consensus_6497#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6497#0 ATCAAGGCACCGAAATTCGGGTTCGGTCTGGGCAAGAAGAAGACGAAAGTGAAGACTCCA 120 consensus_6497#1 ----------------------------------------AAAGGGAGGTAAGAAGTTCC 20 * * * * ** * * * * consensus_6497#0 AAGGCTGATGTGAAAGTGGAGGGTGGAGCAGGTGAGGAGATAGATTGGTGGAGGTGCTGA 180 consensus_6497#1 ATTGGTCTCCT--AAGTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGA 78 * * * * **** ** ** * *** * ******************* consensus_6497#0 TGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGT 240 consensus_6497#1 TGGTGTGGATGTATCTCTTCCGAAACCCGAACTCGATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGT 138 ************************************************************ consensus_6497#0 TGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGA 300 consensus_6497#1 TGATGTGTCCGCCTCTGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCGATTAGAGGTGGGGA 198 ************************************************************ consensus_6497#0 GTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAA 360 consensus_6497#1 GTTGGGACTGACTGGGAAGGTTTGTTCACCCGATGTAGATGTCAGTGTTCCATCAAAGAA 258 ************************************************************ consensus_6497#0 GAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCAC 420 consensus_6497#1 GAAGTTCACCTTCGGTTGGGGCTCGAAAGGCAAGAAGGCGAAGAAGGTGAAGTTGCCCAC 318 ************************************************************ consensus_6497#0 AGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGT 480 consensus_6497#1 AGTGTCGGGAGACGTGGATGCTGGTTTGGATGTGGGTGGAAAGGTTGATGTTCCCAGTGT 378 ************************************************************ consensus_6497#0 GAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGTTCCATTGGTCTCCTAA 540 consensus_6497#1 GAAGGTCGATGTGGACTCAGGTGATCGAGTCAAAGGTAAGAAGT-CCACTGGTCTCCGAA 437 ******************************************** *** ******** ** consensus_6497#0 GTTCGGGTTGCCGAAGGGTGGTCTGAAGATTGGTGGAGGTGCTGATGGTGTGGATGTATC 600 consensus_6497#1 TATCACAGCACTCGAACCGGG--------------------------------------- 458 ** * * ** consensus_6497#0 TCTTCCGAAACCCGAACTCTATGTCTCCATGGAGGTTCCCGATGTTGATGTGTCCGCCTC 660 consensus_6497#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6497#0 TGGGCCCGAAATCGGTGTATCAGGTGGTGCCATT 694 consensus_6497#1 ---------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||