These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6554#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 472 fasta sequence [ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGACTATGGGATTGCTGATTGGTCCAACGTTGCTGGCTATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGTTT] [+] EMBL CD168348 [ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGACTATGGGATTGCTGATTGGTCCAACGTTGCTGGCTATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGTTT] [+] EMBL CD168346 [ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAGGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAAGTTGAAAAA ] consensusID : consensus_6554#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 466 fasta sequence [TTGTTTACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTTCGAAGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGATGAAGAAGAGTTCAGTGAAAATTCTAGACCAATGTCTCCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGATGTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGGTGATCTTGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCTGCATCTGATTTTTCAAACAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAACTATATAAAGGATATTTTATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTTTTT] [+] EMBL CD066798 [TTGTTTACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTTCGAAGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGATGAAGAAGAGTTCAGTGAAAATTCTAGACCAATGTCTCCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGATGTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGG ] [+] EMBL CD067322 [ CCGGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTTTCAACCTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATATAATCCCTCAATGTATGATGTATTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCAATTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGGTGATCTTGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCTGCATCTGATTTTTCAAACAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAACTATATAAAGGATATTTTATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTTTTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6554#0 ATTGGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT 60 consensus_6554#1 -TTGTTT--ACCTTGCATATCAACAATACCATATGACAATTCAACGTTGATTTCCAATTT 57 *** ** ** **** * * * * ** **** * * * ** * ** consensus_6554#0 GGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAA---AGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT 117 consensus_6554#1 CGAAGAAATTCAACCATTAGATTCTAAAGATCTGGACGAT-GAAGAAGAGTTCAGTGAA- 115 * ** * ** * * ** * ** ** ** * * * * *** consensus_6554#0 GGTTCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGT 177 consensus_6554#1 AATTCTAGACCAATGTCTCC-GGTCGATAATATAAACCAACCAATCAATTATCTTTT--- 171 *** * ** ** * *** ** ** ** * * *** ** consensus_6554#0 TCAACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCA 237 consensus_6554#1 TCAAC-CTGTAGCCAGCAACGTTGAACCAATCAGCAATCCCATAAGTAATA--TAATCCC 228 ***** ** * * ** * ** ** * ** * * * * * * consensus_6554#0 ACGTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATT---GGTTCA 294 consensus_6554#1 TCAATGTATGATGTA--TTACGTTGCTTCATCTGCTGTTGGTTTGCCTACTTCCGATTCA 286 * ** * * * ** * ** * * ** **** * * * **** consensus_6554#0 ACGTTGCTGGCTACAGGTTGA-AAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAAC 353 consensus_6554#1 A--TTGTTAGCAACAGCAGAATAAAAGGTGATCT-TGGTCAAATTCCTGAAAATGTTCCT 343 * *** * ** **** * ***** * ** * * *** **** * consensus_6554#0 GTTGCTGGCTACAGGTTGAAAAAGATAATTG-ACTATGGG-ATTGCTGATTGGTCCAACG 411 consensus_6554#1 GCATCTGATTTTTCAAACAGTAATTTCGTCACACAATCTTTGTTGCCAATGAACTTAAAC 403 * *** * * ** * * ** ** **** ** ** consensus_6554#0 T-TGCTGGCTATAGGTTGAAAAAGATAATTGATTATGGGATTGCTGATTGGTTCAACCGT 470 consensus_6554#1 TATATAAAGGATATTTTATCTCTGCCTGTTGGTCGTTTACAAAATGGAAGCGTGAACCTT 463 * * *** ** * *** * * ** * * **** * consensus_6554#0 TT- 472 consensus_6554#1 TTT 466 ** |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||