These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6638#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 898 fasta sequence [AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTGAAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAACACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTAGCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATGAATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGCAGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAACAATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTAACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG] [+] EMBL CD078704 [AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTGAAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAACACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTAGCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATGAATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGCAGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAACAATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTAACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCANAATTTATTTAACTCTT ] [-] EMBL CD160298 [ AAACGTTAATGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG] [-] EMBL CD160252 [ TGGGAATATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCTATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATCTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAATCGAATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTGGTTTACGTAATG] consensusID : consensus_6638#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 577 fasta sequence [GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTTATCTAACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAACATTCGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAGGATGATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACACCATTGTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA] [-] EMBL CD073167 [GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGAGTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGTCAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTATTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATGGCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCATTGCCTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTTATCTAACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAACATTCGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAGGATGATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACACCATTGTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6638#0 AGAAAAGAAAAGAATATTTGATTTCCGTATGTTTATGACAAGTTAACCAGTTCTACGTTG 60 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 AAATTCAATATGGTTTACGGGAATGGAACGAATTGTGATAAATTATGGCGTGCATGGAAC 120 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 ACAATATTAATCACAGTGCTACATATATTTCTCATATATGTTGGAATTAATCGTTATTTA 180 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 GCTTTTAAAACACAAGCATTTGACGCTAAATTTGGTGGTGCTTGGGATCAGTCATGTATG 240 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 AATTTCACTTTGGCAATGCTTATCACAACATTGACATGTTTCTGTTTATTTCTATTCTGC 300 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 AGTTTGATACGTACAACAAATTATGCTAACGAAGGAACTCAGATTGGTAGAGATACAAAC 360 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 AATTTACATTTATTAAGTTCAACATGTACTTGGAAATCTGAACTACCTATGATGAAGTTA 420 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 ACTTCAATGACAGATCATCAAAACTGTATGTATCCTAACTCAACAAACGGTAATGGGAAT 480 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 ATGATGAAAACATTAAGTCGAAATGGTTACAATCCAGGTGATGATGATCATGCTTCAGCT 540 consensus_6638#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#0 ATTGGACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGA 600 consensus_6638#1 ----GACCAGATGATGTTCTACCTGGTCCTAATTATGACACATGGTCAGGACGTAGTGGA 56 ******************************************************** consensus_6638#0 GTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGT 660 consensus_6638#1 GTTAATCAAAATTTATTTAACTCTTATGCAACTAACAATCCTAATAACACATCTACCAGT 116 ************************************************************ consensus_6638#0 CAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTA 720 consensus_6638#1 CAACGTTTAATTAATAATGATAATTATTTGCATTTATCTTTTAAACGTAGCTTCGACTTA 176 ************************************************************ consensus_6638#0 TTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATG 780 consensus_6638#1 TTATGGCAACGATTTAAAAGGAACTTTTTGCCATATTGTGTTGTTTTGCATTTGATTATG 236 ************************************************************ consensus_6638#0 GCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCA 840 consensus_6638#1 GCTTATTGTCTATACATACCAATACCTTTAATGCAATCACAACAAATATATCATCGAGCA 296 ************************************************************ consensus_6638#0 TTGCCTGTCAATCGA-ATTTGGCGTTCAGATTTGGATGTCTTGTTTG--GTTTACGTAAT 897 consensus_6638#1 TTGCCTGTCAGTAAGTAAAAAATAACCATTTCTATATATTTTTTCTGTAAACTACTTTTT 356 ********** * * ** * * ** * ** * ** *** * * consensus_6638#0 G----------------------------------------------------------- 898 consensus_6638#1 ATCTAACTTGTACCGTGATTATAAACCTTTGCAGTATATTTAATCCTATCTATCATGAAA 416 consensus_6638#0 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#1 CATTCGAATTCTCAGTCTTTATTTATCACTTGAATAAAGGCTTATTTTCCTTTGAAAAAG 476 consensus_6638#0 ------------------------------------------------------------ consensus_6638#1 GATGATCAAGCAATTTAATATAGGTCCACCACCTTTTATAAAAATTATTTGCATAAACAC 536 consensus_6638#0 ----------------------------------------- consensus_6638#1 CATTGTGTATCATAGAGATCTTAATGTTTTATCAAGAAAAA 577 |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||