cluster # 6666

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Schistosoma mansoni
cluster # 6666 cluster # 6666 Sequences # 4 consensus # 2

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consensus_6666#0 length = 1277 sequences # 3

consensus_6666#1 length = 455 sequences # 1

consensusID : consensus_6666#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1277
fasta sequence

                              [CAANAATTTGGCACGAGGGATTCTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAAGCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCATCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGCTTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAATAACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACCCGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGCGGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAATGACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTTAAGAAGGTTATTTCGTGTCTTTCAACGTGTATATTTCCTGATCGTACAACTTATCCAATCGACGAAACTATGGTACACAATGGACCTCCACATGATTCTAATTACGGATATTCTTATGCTAAACGCATGATTGATGTAATGAATAGAGGGTATAGCGAGACTTTCGATGTTCTTTATACGTCTATTATACCTACCAATGTATTTGGTCCATTTGATAACTTCGATATTAATCAAGGACATGTTCTTCCTGGTCTTATCCATAAAGCATACTTGGCTAAAAAGAATGGCGAACCTTTAACTGTTTGGGGTTCTGGTAAGCCATTGCGTCAGTTTATTTATTCTGTTGATTTGGGTCATCTCATCATATGGACTTTACGGGAGTACAACGATTCTTCTCCAATTATACTTTCTGTACCCGAAAGTGATGAAATTTCGATCCGTCAAGCTGCTGAAGTAGTAGCCAAGGCAATGGATTGTCCTGAACTCGTTTTTGACACAACTAAAGCGGATGGTCAGTTTAAGAAAACTGCTAATGCATCCAAACTTCGCCAACTTTATCCTGATTTTAAATTCACTCCTTTTGAACAGGCTATTGAATATACTTGCAAATGGTTCCGTGAAAATTATGACACTATTCGGTGCTAGTTGTGTCTAGAATTATCTGTGGATAATCACTAATATGATTAGTTATTTTCAATGTATTTTTTTACTGTGTCACTATAATCTGGTTAAATATGTAAAAAATAGTTTGATTTTGATTTTAATTTTTCTAATAACTCAATCCGGATAATATGTTCTAAGTATTCAGTTAAAATAAATAA]

[+] EMBL CD079469             [CAANAATTTGGCACGAGGGATTCTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAAGCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCATCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGCTTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAATAACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACCCGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGCGGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAATGACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTTAAGAAGGTTATTTCGTGTCTTTCAACGTGTATATTTCCTGATCGTACAACTTATCCAATCGACGAAACTATGGTACACAATGGACCTCCACATGATTCTAATTACGGATATTCTTATGCTAAACGCATGATTGATGTAATGAATAGAGGGTATAGCGAGACTTTCGATGTTCTTTATACGTCTATTATACCTACCAATGTATTTGGTCCATTTGATAACTTCGATATTAATCAAGGACATGTTCTTCCTGGTCTTATCCATAAAGCATACTTGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL CD073740             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCTAATTACGGATATTCTTATGCTAAACGCATGATTGATGTAATGAATAGAGGGTATAGCGAGACTTTCGATGTTCTTTATACGTCTATTATACCTACCAATGTATTTGGTCCATTTGATAACTTCGATATTAATCAAGGACATGTTCTTCCTGGTCTTATCCATAAAGCATACTTGGCTAAAAAGAATGGCGAACCTTTAACTGTTTGGGGTTCTGGTAAGCCATTGCGTCAGTTTATTTATTCTGTTGATTTGGGTCATCTCATCATATGGACTTTACGGGAGTACAACGATTCTTCTCCAATTATACTTTCTGTACCCGAAAGTGATGAAATTTCGATCCGTCAAGCTGCTGAAGTAGTAGCCAAGGCAATGGATTGTCCTGAACTCGTTTTTGACACAACTAAAGCGGATGGTCAGTTTAAGAAAACTGCTAATGCATCCAAACTTCGCCAACTTTATCCTGATTTTAAATTCACTCCTTTTGAACAGGCTATTGAATATACTTGCAAATGGTTCCGTGAAAATTATGACACTATTCGGTGCTAGTTGTGTCTAGAATTATCTGTGGATAATCACTAATATGATTAGTTATTTTCAATGTATTTTTTTACTGTGTCACTATAATCTGGTTAAATATGTAAAAAATAGT                                                                         ]
[+] EMBL SMAA28843            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCAAATGGTTCCGTGAAAATTATGACACTATTCGGTGCTAGTTGTGTCTAGAATTATCTGTGGATAATCACTAATATGATTAGTTATTTTCAATGTATTTTTTTACTGTTTCACTATAATCTGGTTAGCTATGTAAAAAATAGTTTGATTTTGATTTTAATTTTTCTAATAACTCAATCCGGATAATATGTTCTAAGTATTCAGTTAAAATAAATAA]




>consensus_6666#0
CAANAATTTGGCACGAGGGATTCTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAA
GCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCA
TCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGC
TTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAAT
AACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACC
CGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGC
GGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAAT
GACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTTAAGAAGGTTATTTCGTGTCTTTCA
ACGTGTATATTTCCTGATCGTACAACTTATCCAATCGACGAAACTATGGTACACAATGGA
CCTCCACATGATTCTAATTACGGATATTCTTATGCTAAACGCATGATTGATGTAATGAAT
AGAGGGTATAGCGAGACTTTCGATGTTCTTTATACGTCTATTATACCTACCAATGTATTT
GGTCCATTTGATAACTTCGATATTAATCAAGGACATGTTCTTCCTGGTCTTATCCATAAA
GCATACTTGGCTAAAAAGAATGGCGAACCTTTAACTGTTTGGGGTTCTGGTAAGCCATTG
CGTCAGTTTATTTATTCTGTTGATTTGGGTCATCTCATCATATGGACTTTACGGGAGTAC
AACGATTCTTCTCCAATTATACTTTCTGTACCCGAAAGTGATGAAATTTCGATCCGTCAA
GCTGCTGAAGTAGTAGCCAAGGCAATGGATTGTCCTGAACTCGTTTTTGACACAACTAAA
GCGGATGGTCAGTTTAAGAAAACTGCTAATGCATCCAAACTTCGCCAACTTTATCCTGAT
TTTAAATTCACTCCTTTTGAACAGGCTATTGAATATACTTGCAAATGGTTCCGTGAAAAT
TATGACACTATTCGGTGCTAGTTGTGTCTAGAATTATCTGTGGATAATCACTAATATGAT
TAGTTATTTTCAATGTATTTTTTTACTGTGTCACTATAATCTGGTTAAATATGTAAAAAA
TAGTTTGATTTTGATTTTAATTTTTCTAATAACTCAATCCGGATAATATGTTCTAAGTAT
TCAGTTAAAATAAATAA

consensusID : consensus_6666#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 455
fasta sequence

                              [CTCGTGGAGGCTATGGTTTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAAGCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCATCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGCTTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAATAACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACCCGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGCGGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAATGACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTCAAGA]

[+] EMBL CD118368             [CTCGTGGAGGCTATGGTTTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAAGCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCATCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGCTTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAATAACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACCCGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGCGGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAATGACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTCAAGA]




>consensus_6666#1
CTCGTGGAGGCTATGGTTTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAAGCTGA
CCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCATCTAT
AACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGCTTAGT
GGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAATAACGA
AAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACCCGGGC
ATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGCGGTTT
GTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAATGACAA
TGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTCAAGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6666#0      CAANAATTTGGCACGAGGGATTCTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAA 60
consensus_6666#1      ---CTCGTGGAGGCTATGG--TTTTCTAGGGCCTATATATCCAGCAGAATACTTACCAAA 55
                             * *   * * **  * *************************************

consensus_6666#0      GCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCA 120
consensus_6666#1      GCTGACCTATCCAAGTTCTAGATACTATTAAATTGCCGGCTTACAACACATCTGGTCTCA 115
                      ************************************************************

consensus_6666#0      TCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGC 180
consensus_6666#1      TCTATAACACTATAAACTTAAAATATGGAAACCACTGTATTAGTTACAGGGGGTTCTGGC 175
                      ************************************************************

consensus_6666#0      TTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAAT 240
consensus_6666#1      TTAGTGGGAAATGGTATCCGACTAGCTCTAGAGAACATTAACGGTCCCCTCAAACGAAAT 235
                      ************************************************************

consensus_6666#0      AACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACC 300
consensus_6666#1      AACGAAAAGTGGATATTTTTGTCTTCTAAAGACGTTAATCTGACGGATAGTAATGCTACC 295
                      ************************************************************

consensus_6666#0      CGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGC 360
consensus_6666#1      CGGGCATATTTTGAGCGCATACGCCCAACCTATGTAATCCACTTAGCTGCCAAAGTCGGC 355
                      ************************************************************

consensus_6666#0      GGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAAT 420
consensus_6666#1      GGTTTGTTTGCCAATATGTCTGACAATCTTGAATTCTTTCGCCAAAACATGCATATTAAT 415
                      ************************************************************

consensus_6666#0      GACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTTAAGAAGGTTATTTCGTGTCTTTCA 480
consensus_6666#1      GACAATGTATTGTCAAGCAGTCATGCAGTTGGTGTCAAGA-------------------- 455
                      *********************************** ****                    

consensus_6666#0      ACGTGTATATTTCCTGATCGTACAACTTATCCAATCGACGAAACTATGGTACACAATGGA 540
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      CCTCCACATGATTCTAATTACGGATATTCTTATGCTAAACGCATGATTGATGTAATGAAT 600
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      AGAGGGTATAGCGAGACTTTCGATGTTCTTTATACGTCTATTATACCTACCAATGTATTT 660
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      GGTCCATTTGATAACTTCGATATTAATCAAGGACATGTTCTTCCTGGTCTTATCCATAAA 720
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      GCATACTTGGCTAAAAAGAATGGCGAACCTTTAACTGTTTGGGGTTCTGGTAAGCCATTG 780
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      CGTCAGTTTATTTATTCTGTTGATTTGGGTCATCTCATCATATGGACTTTACGGGAGTAC 840
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      AACGATTCTTCTCCAATTATACTTTCTGTACCCGAAAGTGATGAAATTTCGATCCGTCAA 900
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      GCTGCTGAAGTAGTAGCCAAGGCAATGGATTGTCCTGAACTCGTTTTTGACACAACTAAA 960
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      GCGGATGGTCAGTTTAAGAAAACTGCTAATGCATCCAAACTTCGCCAACTTTATCCTGAT 1020
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      TTTAAATTCACTCCTTTTGAACAGGCTATTGAATATACTTGCAAATGGTTCCGTGAAAAT 1080
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      TATGACACTATTCGGTGCTAGTTGTGTCTAGAATTATCTGTGGATAATCACTAATATGAT 1140
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      TAGTTATTTTCAATGTATTTTTTTACTGTGTCACTATAATCTGGTTAAATATGTAAAAAA 1200
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      TAGTTTGATTTTGATTTTAATTTTTCTAATAACTCAATCCGGATAATATGTTCTAAGTAT 1260
consensus_6666#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6666#0      TCAGTTAAAATAAATAA 1277
consensus_6666#1      -----------------