cluster # 6686

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Schistosoma mansoni
cluster # 6686 cluster # 6686 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6686#0 length = 850 sequences # 3

consensus_6686#1 length = 315 sequences # 1

consensusID : consensus_6686#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 850
fasta sequence

                              [CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATAGGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTATAATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTGCGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCTTCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCAGTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAATAAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGTACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTGAATGCCAC-CAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAAC------ATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTACTGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGCATTACCGTACTGCGTA]

[+] EMBL CD079793             [CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATAGGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTATAATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTGCGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCTTCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCAGTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAATAAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGTACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTGAATGCCAC CAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAANAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAAC      ATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAA                                                                                                                              ]
[-] EMBL CD074051             [                                                                                                         CATGAAGTGAATTATAATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTGCGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCTTCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCAGTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAATAAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGTACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTGAATGCCAC CAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAAC      ATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT                                                                                ]
[-] EMBL AW017398             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTTAA    ACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATTTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAACATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAATGTTTATTTTAAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTACTGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGCATTACCGTACTGCGTA]




>consensus_6686#0
CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATA
GGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTAT
AATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTG
CGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCT
TCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCA
GTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAAT
AAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGT
ACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTA
TGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAA
CTTACATTGAATGCCACCAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCA
AAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCT
TGAATTTCTTGATATGTAACATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATAT
TTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTACTGCACA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGCATTACC
GTACTGCGTA

consensusID : consensus_6686#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 315
fasta sequence

                              [TAAACAAAATTGGTTTAAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTTTCCAGTGTAAACTTACATTTAAACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATTTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAAATCCAACCAATCTATCCCTTGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGGGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT]

[-] EMBL CD077315             [TAAACAAAATTGGTTTAAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTTTCCAGTGTAAACTTACATTTAAACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATTTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAAATCCAACCAATCTATCCCTTGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGGGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT]




>consensus_6686#1
TAAACAAAATTGGTTTAAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTC
ATTGTAAATTTTCCAGTGTAAACTTACATTTAAACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTC
TTACTGTACGATTTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAA
ATCCAACCAATCTATCCCTTGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATA
TGTATATATATATGGGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTT
TCATTTTAAAAAAAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6686#0      CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATA 60
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      GGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTAT 120
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      AATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTG 180
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      CGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCT 240
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      TCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCA 300
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      GTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAAT 360
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      AAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGT 420
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      ACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTA 480
consensus_6686#1      --------------------------------------TAAACAAAATTGGTTTAAAGTA 22
                                                            ************** * *****

consensus_6686#0      TGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAA 540
consensus_6686#1      TGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTTTCCAGTGTAAA 82
                      ************************************************ * *********

consensus_6686#0      CTTACATTGAATGCCACCAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCA 600
consensus_6686#1      CTTACATTTAAACTTAC---ATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATTTATTCA 139
                      ******** **    **   ********************************* ******

consensus_6686#0      AAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCT 660
consensus_6686#1      AAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAAATCCAACCAATCTATCCCT 199
                      ************************************* ********* ******** ***

consensus_6686#0      TGAATTTCTTGATATGTA------ACATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTAC 714
consensus_6686#1      TGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGGGTAC 259
                      ******************      * ***************************** ****

consensus_6686#0      ATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTAC 774
consensus_6686#1      ATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT---- 315
                      ********************************************************    

consensus_6686#0      TGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGC 834
consensus_6686#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6686#0      ATTACCGTACTGCGTA 850
consensus_6686#1      ----------------