cluster # 6697

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6697 cluster # 6697 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6697#0 length = 968 sequences # 3

consensus_6697#1 length = 607 sequences # 1

consensusID : consensus_6697#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 968
fasta sequence

                              [GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGTTTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAAAGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAGTCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCATTATTAAAAGGTTCATATGATTGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGAAGTATAGAGTTTAGACTCATTTGATTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTACGTAATAGATTTTTTGATTTTTCTTTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACATTTATATCATTTTGTTTTAATGTAATATAATT]

[+] EMBL CD079936             [GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGTTTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAAAGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAGTCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAG                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD079947             [                      gacCATTGGTATATGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGTTTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTAC ACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAAAGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAGTCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD074133             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTTTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCATTATTAAAAGGTTCATATGATTGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGAAGTATAGAGTTTAGACTCATTTGATTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTACGTAATAGATTTTTTGATTTTTCTTTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACATTTATATCATTTTGTTTTAATGTAATATAATT]




>consensus_6697#0
GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGT
TTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAA
AGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAG
TCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAAC
CATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTT
ATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAAT
CCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGC
AAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGT
GATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAA
CCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAA
ATTGAACAAGAAGTGACAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGC
CGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAA
CAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCATTATTAAAAGGTTCATATGAT
TGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGAAGTATAGAGTTTAGACTCATTTGA
TTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTACGTAATAGATTTTTTGATTTTTCT
TTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACATTTATATCATTTTGTTTTAATGTA
ATATAATT

consensusID : consensus_6697#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 607
fasta sequence

                              [AACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTGTNTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTAAAATAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCAT]

[-] EMBL CD125532             [AACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTGTNTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTAAAATAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAAGAAGTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAAGGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGAATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAATTCAT]




>consensus_6697#1
AACCATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTG
TNTATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAA
AATCCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAA
GGCAAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCT
GGTGATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTA
AAATAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGT
GAACCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAA
GAAGTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAA
GGATTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGA
ATTTTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTT
AATTCAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6697#0      GGCCAGAATTCGGCACGAGGAGAAACATTGGTATCTGGTTGTTTACTTAGTAAGTTATGT 60
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      TTATCAATTATACTTTCAGTTTCATCATTTTTACAACAAGAAATTGTTTCATCCGCTGAA 120
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      AGAGTAACTTTATGTTCAGATGATGGAGATTTACATGATGATGATGATGATGAAGATGAG 180
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      TCCAAATGTAAAGATGGTGATAAGTATGGAAGTAATTTTGATCCTGCAGTAGTTTGTAAC 240
consensus_6697#1      ---------------------------------------------------------AAC 3
                                                                               ***

consensus_6697#0      CATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTATTT 300
consensus_6697#1      CATGACCTCCTCATTTGATTCCTCACTCTTTTAGTTAATAATTTCCTTCTTGGTCTGTNT 63
                      ******************************************************** * *

consensus_6697#0      ATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAAT 360
consensus_6697#1      ATTGATTCATTAGTTTCACTGACTAAATTAGATAAATCCAATGTTGCTGATTTACAAAAT 123
                      ************************************************************

consensus_6697#0      CCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGC 420
consensus_6697#1      CCTTTGTATGTTGTTTTAGAATTATTCAATAAGGTTCGGTTTTCATTTACTTCAAAAGGC 183
                      ************************************************************

consensus_6697#0      AAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGT 480
consensus_6697#1      AAGCTTGTATGCTCTAAACAATCTGGACTAATAATACATTGTGTACATTTTGGAGCTGGT 243
                      ************************************************************

consensus_6697#0      GATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCG-------------------------- 514
consensus_6697#1      GATGGTGGAGGATCTGGTGATATAGGTATAATCGGTATATCATTTTTATGTACATTAAAA 303
                      **********************************                          

consensus_6697#0      ----------------------TTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAA 552
consensus_6697#1      TAATTATCTTTATTTATTTCAGTTTCAGTAGTTGATCGAGTAATGTAACCACAACGTGAA 363
                                            **************************************

consensus_6697#0      CCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAATGAACTAGAAATTGAACAAGAA 612
consensus_6697#1      CCACTATCTGTACATAAATAAATACCACTATCTGTTAACGAACTAGAAATTGAACAAGAA 423
                      ************************************** *********************

consensus_6697#0      GTGACAGG------------------------------------ATGATATATCCAAGGA 636
consensus_6697#1      GTGACAGGTATTTTAGATTTAGTATTGTTTAACTCTAGTTTAGGATGATATATCCAAGGA 483
                      ********                                    ****************

consensus_6697#0      TTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAAATATTTCTGGTGTATTCTGAATT 696
consensus_6697#1      TTTGTACGAATTCCTTTATTTTGCCGATGTGATTGAATAATTTCTGGTGTATTCTGAATT 543
                      *************************************  *********************

consensus_6697#0      TTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAAT 756
consensus_6697#1      TTGATTAATTGAATTTCAGTTAAACAATGAGGACATTTCCATATTTGTGATGAATTTAAT 603
                      ************************************************************

consensus_6697#0      TCATTATTAAAAGGTTCATATGATTGTGAGAAACTAGTAGATTTTAATGGATTATAATGA 816
consensus_6697#1      TCAT-------------------------------------------------------- 607
                      ****                                                        

consensus_6697#0      AGTATAGAGTTTAGACTCATTTGATTTTGATTAGGATCCAATAACATTGTAGTTGATTTA 876
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      CGTAATAGATTTTTTGATTTTTCTTTCATTTCATTTAATGATTGTCTTCTATATTGTACA 936
consensus_6697#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6697#0      TTTATATCATTTTGTTTTAATGTAATATAATT 968
consensus_6697#1      --------------------------------