Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6755 cluster # 6755       Sequences # 4       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_6755#0 length = 1204 sequences # 2  
consensus_6755#1 length = 477 sequences # 2  

consensusID : consensus_6755#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1204
fasta sequence
                              [CGGCACCAGGAGTTATTACACACTGATATTGGGATTTATCCCACTTACTGATTACTTATGGTATAATACAAGGTTTCGGGTTTGGATTTGGTTATTCAGCTACTATAGCTGCATCAATTGCATGGTTTCAAAATCATCGAGGTTTAATTGTTGGCCTAATTGTTGGTGGCTTTGGGGCTGGTCCCATTATCTTTACACCGATTCAAACAATACATTAATCCAAATAATATCAAAATAGATGACAAAACAAAGCGATTTGAAGATGCTGATTTAATTAATCGTGTTCCTTCTGTGTTTCTACTTATTGGTGGTGTTTTGTTAGTTATCCAGTTAACTGGGTTATATCTGATGAGAGATAAACAAAAGAAGGTGGATCACGACCTCAAGGGTTCGGATAAGTCACATGAATTTCCACCTGTTATAAATTCAGTAAATTTACGACCTTTGGAATTATTGAAACAAAAAGAATTTTATTTTTTATGGATCATTATATTTTGTGCTGGAATACCTTTGACATCGTTGGCGACACTTTTCAAGCTCTTTGGTAAAACTCATATTAACGATGACAGATTTCTTGCTATTATGGGTGTCGTTGCGGCTGTATTCAATTCTGTTGGACGTGCTTTCTGGGGTGCTATCAGTGATCGTATTTCGTTCAAGGTTCCATTGTGCATCATACTTTTATGCTGGTCACTTTTACTAACTTCATTCCCACTTTTACCGTTGATATTTGGGCCTC-AATCAAAGTTGGTTTTGGTATTTGGTTATGTGGTCTTTATTTATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTTTGCACCACTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAATTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGCTCGTCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTACTATGTGCTGCATGTGTATTTTAGCTTATTAATTGTCCCTGGATACTGATANGAAAATGCCAAATATTTCAGCTTGTTTCCACTTTATCCGCCAAGCCCAGTTGAATTCTCTAATAACTTGTCACCAGTGCTGTTATCTGAAAATTTCATAGTTTTTACCAAGACACAAACTTTCTTTATTAGTGCATTCAAAATAATTTACCTGACACTGCCAAATAAAACATTTTTTTAAATAACAGTTGAAAAAATG]

[+] EMBL CD081496             [CGGCACCAGGAGTTATTACACACTGATATTGGGATTTATCCCACTTACTGATTACTTATGGTATAATACAAGGTTTCGGGTTTGGATTTGGTTATTCAGCTACTATAGCTGCATCAATTGCATGGTTTCAAAATCATCGAGGTTTAATTGTTGGCCTAATTGTTGGTGGCTTTGGGGCTGGTCCCATTATCTTTACACCGATTCAAACAATACATTAATCCAAATAATATCAAAATAGATGACAAAACAAAGCGATTTGAAGATGCTGATTTAATTAATCGTGTTCCTTCTGTGTTTCTACTTATTGGTGGTGTTTTGTTAGTTATCCAGTTAACTGGGTTATATCTGATGAGAGATAAACAAAAGAAGGTGGATCACGACCTCAAGGGTTCGGATAAGTCACATGAATTTCCACCTGTTATAAATTCAGTAAATTTACGACCTTTGGAATTATTGAAACAAAAAGAATTTTATTTTTTATGGATCATTATATTTTGTGCTGGAATACCTTTGACATCGTTGGCGACACTTTTCAAGCTCTTTGGTAAAACTCATATTAACGATGACAGATTTCTTGCTATTATGGGTGTCGTTGCGGCTGTATTCAATTCTGTTGGACGTGCTTTCTGGGGTGCTATCAGTGATCGTATTTCGTTCAAGGTTCCATTGTGCATCATACTTTTATGCTGGTCACTTTTACTAACTTCATTCCCACTTTTACCGTTGATATTTGGGCCTC AATCAAAGTTGGTTTTGGTATTTGGTTATGTGGTCTTTATTTATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTTTGCACCACTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAATTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGCTCGTCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTACTATGTGCTGCATGTGTATTTTAGCTTATTAATTGTCCCTGGATACTGATANGAAAATGCCAAATATTTCAGCTTGTTTCCACTTTATCCGCCAAGCCCAGTTGAATTCTCTAATAACTTGTCACCAGTGCTGTTATCTGAAAATTTCATAGTTTTTACCAAGACACAAACTTTCTTTATTAGTGCATTCAAAATAATTTACCTGACACTGCCAAATAAAACATTTTTTTAAATAACAGTTGAAAAAATG]
[+] EMBL CD085809             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTTTATGGATCATTATATTTTGTGCTGGAATACCTTTGACATCGTAGGCGACACTTTTCAAGCTCTTTGGTAAAACTCATATTAACGATGACAGATTTCTTGCTATTATGGGTGTCGTTGCGGCTGTATTCAATTCTGTTGGACGTGCTTTCTGGGGTGCTATCAGTGATCGTATTTCGTTCAAGGTTCCATTGTGCATCATACTTTCATGCTGGTCACTTTTACTAACTTCATTCCCACATTTACCGTTGATATTTGGGCCTCAAATCAAA  TGGTgtgcttgt                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]


>consensus_6755#0 CGGCACCAGGAGTTATTACACACTGATATTGGGATTTATCCCACTTACTGATTACTTATG GTATAATACAAGGTTTCGGGTTTGGATTTGGTTATTCAGCTACTATAGCTGCATCAATTG CATGGTTTCAAAATCATCGAGGTTTAATTGTTGGCCTAATTGTTGGTGGCTTTGGGGCTG GTCCCATTATCTTTACACCGATTCAAACAATACATTAATCCAAATAATATCAAAATAGAT GACAAAACAAAGCGATTTGAAGATGCTGATTTAATTAATCGTGTTCCTTCTGTGTTTCTA CTTATTGGTGGTGTTTTGTTAGTTATCCAGTTAACTGGGTTATATCTGATGAGAGATAAA CAAAAGAAGGTGGATCACGACCTCAAGGGTTCGGATAAGTCACATGAATTTCCACCTGTT ATAAATTCAGTAAATTTACGACCTTTGGAATTATTGAAACAAAAAGAATTTTATTTTTTA TGGATCATTATATTTTGTGCTGGAATACCTTTGACATCGTTGGCGACACTTTTCAAGCTC TTTGGTAAAACTCATATTAACGATGACAGATTTCTTGCTATTATGGGTGTCGTTGCGGCT GTATTCAATTCTGTTGGACGTGCTTTCTGGGGTGCTATCAGTGATCGTATTTCGTTCAAG GTTCCATTGTGCATCATACTTTTATGCTGGTCACTTTTACTAACTTCATTCCCACTTTTA CCGTTGATATTTGGGCCTCAATCAAAGTTGGTTTTGGTATTTGGTTATGTGGTCTTTATT TATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTTTGCACCACTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAAT TAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGCTCGT CTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTACTATGT GCTGCATGTGTATTTTAGCTTATTAATTGTCCCTGGATACTGATANGAAAATGCCAAATA TTTCAGCTTGTTTCCACTTTATCCGCCAAGCCCAGTTGAATTCTCTAATAACTTGTCACC AGTGCTGTTATCTGAAAATTTCATAGTTTTTACCAAGACACAAACTTTCTTTATTAGTGC ATTCAAAATAATTTACCTGACACTGCCAAATAAAACATTTTTTTAAATAACAGTTGAAAA AATG



consensusID : consensus_6755#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 477
fasta sequence
                              [CTTTATTTATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTNTGCACCAACTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAATTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGTTCGTCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTATCTATGTGCTGCAATGTGTATTTTAGCTTTATTAATTGTACCATGGATACATGATAGGAAAATGCCCAAATATTTCAGCTTGTTTCGACTTTATCGGCAAAGCCACAGTTGAATTCTCCTAATAACTTGTTCAACAAGTGCTGTTATCCTGAAAAATTATCATAGTTTTTTAGCAGAGAAACACAAAACTTATCTTTCATTAGTGTCATTTCAAAAATATAATTTCACCTGAACAAATGCACAGAATTAATAACATCGTTTTATAAAATTAGCATGTCTGAGAAAATACATGATC]

[-] EMBL CD075320             [CTTTATTTATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTNTGCACCAACTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAATTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGTTCGTCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTATCTATGTGCTGCAATGTGTATTTTAGCTTTATTAATTGTACCATGGATACATGATAGGAAAATGCCCAAATATTTCAGCTTGTTTCGACTTTATCGGCAAAGCCACAGTTGAATTCTCCTAATAACTTGTTCAACAAGTGCTGTTATCCTGAAAAATTATCATAGTTTTTTAGCAGAGAAACACAAAACTTATCTTTCATTAGTGTCATTTCAAAAATATAATTTCACCTGAACAAATGCACAGAATTAATAACATCGTTTTATAAAATTAGCATGTCTGAGAAAATACATGATC]
[+] EMBL CD077476             [                                                                                             GTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGTTCGTCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTATCTATGTGCTGCAATGTGTATTTTAGCTTTATTAATTGTACCA                                                                                                                                                                                                                                                            ]


>consensus_6755#1 CTTTATTTATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTNTGCACCAACTGCTACAGAAACCTTATTT GGATCAATTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGT CTGTTCGTCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTT TATCTATGTGCTGCAATGTGTATTTTAGCTTTATTAATTGTACCATGGATACATGATAGG AAAATGCCCAAATATTTCAGCTTGTTTCGACTTTATCGGCAAAGCCACAGTTGAATTCTC CTAATAACTTGTTCAACAAGTGCTGTTATCCTGAAAAATTATCATAGTTTTTTAGCAGAG AAACACAAAACTTATCTTTCATTAGTGTCATTTCAAAAATATAATTTCACCTGAACAAAT GCACAGAATTAATAACATCGTTTTATAAAATTAGCATGTCTGAGAAAATACATGATC



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6755#0      CGGCACCAGGAGTTATTACACACTGATATTGGGATTTATCCCACTTACTGATTACTTATG 60
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      GTATAATACAAGGTTTCGGGTTTGGATTTGGTTATTCAGCTACTATAGCTGCATCAATTG 120
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      CATGGTTTCAAAATCATCGAGGTTTAATTGTTGGCCTAATTGTTGGTGGCTTTGGGGCTG 180
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      GTCCCATTATCTTTACACCGATTCAAACAATACATTAATCCAAATAATATCAAAATAGAT 240
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      GACAAAACAAAGCGATTTGAAGATGCTGATTTAATTAATCGTGTTCCTTCTGTGTTTCTA 300
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      CTTATTGGTGGTGTTTTGTTAGTTATCCAGTTAACTGGGTTATATCTGATGAGAGATAAA 360
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      CAAAAGAAGGTGGATCACGACCTCAAGGGTTCGGATAAGTCACATGAATTTCCACCTGTT 420
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      ATAAATTCAGTAAATTTACGACCTTTGGAATTATTGAAACAAAAAGAATTTTATTTTTTA 480
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      TGGATCATTATATTTTGTGCTGGAATACCTTTGACATCGTTGGCGACACTTTTCAAGCTC 540
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      TTTGGTAAAACTCATATTAACGATGACAGATTTCTTGCTATTATGGGTGTCGTTGCGGCT 600
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      GTATTCAATTCTGTTGGACGTGCTTTCTGGGGTGCTATCAGTGATCGTATTTCGTTCAAG 660
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      GTTCCATTGTGCATCATACTTTTATGCTGGTCACTTTTACTAACTTCATTCCCACTTTTA 720
consensus_6755#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6755#0      CCGTTGATATTTGGGCCTCAATCAAAGTTGGTTTTGGTATTTGGTTATGTGGTCTTTATT 780
consensus_6755#1      -----------------------------------------------------CTTTATT 7
                                                                           *******

consensus_6755#0      TATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTTTGCACCA-CTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAA 839
consensus_6755#1      TATTAATTAGTGGTGTGCTTGTCTNTGCACCAACTGCTACAGAAACCTTATTTGGATCAA 67
                      ************************ ******* ***************************

consensus_6755#0      TTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGCTCG 899
consensus_6755#1      TTAATATGGCTGTAAACTACGGATTAGTTTTCAATGCTTTTGTATTCGGTGGTCTGTTCG 127
                      ******************************************************** ***

consensus_6755#0      TCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTA-CTAT 958
consensus_6755#1      TCTCACTATTGTCCATCGTAACTCCACAGTTTCATGAATGGGATAATCTATTTTATCTAT 187
                      ******************************************************* ****

consensus_6755#0      GTGCTGCA-TGTGTATTTTAGCTT-ATTAATTGTCCC-TGGATAC-TGATANGAAAATGC 1014
consensus_6755#1      GTGCTGCAATGTGTATTTTAGCTTTATTAATTGTACCATGGATACATGATAGGAAAATGC 247
                      ******** *************** ********* ** ******* ***** ********

consensus_6755#0      C-AAATATTTCAGCTTGTTTCCACTTTATCCGCCAAGCC-CAGTTGAATTCTC-TAATAA 1071
consensus_6755#1      CCAAATATTTCAGCTTGTTTCGACTTTATCGGCAAAGCCACAGTTGAATTCTCCTAATAA 307
                      * ******************* ******** ** ***** ************* ******

consensus_6755#0      CTTGTC--ACCAGTGCTGTTATC-TGAAAATTT--CATAGTTTTT----ACCAAGACACA 1122
consensus_6755#1      CTTGTTCAACAAGTGCTGTTATCCTGAAAAATTATCATAGTTTTTTAGCAGAGAAACACA 367
                      *****   ** ************ ****** **  **********    *   * *****

consensus_6755#0      AACTTT---CTTTATTAGTG-CATTCAAAA----TAATTT-ACCTGAC--ACTGCC---A 1168
consensus_6755#1      AAACTTATCTTTCATTAGTGTCATTTCAAAAATATAATTTCACCTGAACAAATGCACAGA 427
                      **  **    ** ******* ****  ***    ****** ******   * ***    *

consensus_6755#0      AATAA-AACATTTTTTTAAATAACAG------TTGAAAAAATG------- 1204
consensus_6755#1      ATTAATAACATCGTTTTATAAAATTAGCATGTCTGAGAAAATACATGATC 477
                      * *** *****  ***** * **          *** *****        




Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)